src/jalview/util/Comparison.java

   1 package jalview.util;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 public class Comparison {\r
   6 \r
   7   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj)\r
   8   {\r
   9     return Comparison.compare(ii,jj,0,ii.getLength()-1);\r
  10   }\r
  11   /**\r
  12    * this was supposed to be an ungapped pid calculation\r
  13    * @param ii SequenceI\r
  14    * @param jj SequenceI\r
  15    * @param start int\r
  16    * @param end int\r
  17    * @return float\r
  18    */\r
  19   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end) {\r
  20 \r
  21      String si   = ii.getSequence();\r
  22      String sj   = jj.getSequence();\r
  23 \r
  24      int ilen = si.length()-1;\r
  25      int jlen = sj.length()-1;\r
  26 \r
  27      while (jalview.util.Comparison.isGap(si.charAt(start + ilen)))\r
  28      {\r
  29        ilen--;\r
  30      }\r
  31 \r
  32      while (jalview.util.Comparison.isGap(sj.charAt(start + jlen)))\r
  33      {\r
  34        jlen--;\r
  35      }\r
  36 \r
  37      int   count = 0;\r
  38      int   match = 0;\r
  39      float pid   = -1;\r
  40 \r
  41      if (ilen > jlen) {\r
  42 \r
  43        for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
  44          if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
  45            match++;\r
  46          }\r
  47          count++;\r
  48        }\r
  49        pid = (float)match/(float)ilen * 100;\r
  50      } else {\r
  51        for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
  52          if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
  53            match++;\r
  54          }\r
  55          count++;\r
  56        }\r
  57        pid = (float)match/(float)jlen * 100;\r
  58      }\r
  59 \r
  60     return pid;\r
  61   }\r
  62 \r
  63   /**\r
  64    * this is a gapped PID calculation\r
  65    *\r
  66    * @param s1 SequenceI\r
  67    * @param s2 SequenceI\r
  68    * @return float\r
  69    */\r
  70   public static float PID(SequenceI s1 , SequenceI s2)\r
  71   {\r
  72     int len;\r
  73 \r
  74     if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length())\r
  75       len = s1.getSequence().length();\r
  76     else\r
  77       len = s2.getSequence().length();\r
  78 \r
  79 \r
  80     int bad = 0;\r
  81 \r
  82     for (int i = 0; i < len; i++)\r
  83     {\r
  84       char chr1;\r
  85       char chr2;\r
  86 \r
  87       if (i < s1.getSequence().length())\r
  88         chr1 = s1.getSequence().charAt(i);\r
  89       else\r
  90         chr1 = '.';\r
  91 \r
  92 \r
  93       if (i < s2.getSequence().length())\r
  94         chr2 = s2.getSequence().charAt(i);\r
  95       else\r
  96         chr2 = '.';\r
  97 \r
  98 \r
  99       if (!(jalview.util.Comparison.isGap( chr1 ))  &&  !(jalview.util.Comparison.isGap( chr2 )))\r
 100       {\r
 101         if (chr1!=chr2)\r
 102           bad++;\r
 103       }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     return (float)100*(len-bad)/len;\r
 107   }\r
 108 \r
 109   // Another pid with region specification\r
 110 \r
 111   public static float PID(SequenceI s1 , SequenceI s2, int start, int end)\r
 112   {\r
 113     int len;\r
 114 \r
 115     if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length())\r
 116       len = s1.getSequence().length();\r
 117     else\r
 118       len = s2.getSequence().length();\r
 119 \r
 120     if (end<len)\r
 121       len=end;\r
 122 \r
 123     if (len<start) {\r
 124       start = len - 1; // we just use a single residue for the difference\r
 125     }\r
 126 \r
 127     int bad = 0;\r
 128 \r
 129     for (int i = start; i < len; i++)\r
 130     {\r
 131       char chr1;\r
 132       char chr2;\r
 133 \r
 134       if (i < s1.getSequence().length())\r
 135         chr1 = s1.getSequence().charAt(i);\r
 136       else\r
 137         chr1 = '.';\r
 138 \r
 139 \r
 140       if (i < s2.getSequence().length())\r
 141         chr2 = s2.getSequence().charAt(i);\r
 142       else\r
 143         chr2 = '.';\r
 144 \r
 145 \r
 146       if (!(jalview.util.Comparison.isGap( chr1 ))  &&  !(jalview.util.Comparison.isGap( chr2 )))\r
 147       {\r
 148         if (chr1!=chr2)\r
 149           bad++;\r
 150       }\r
 151     }\r
 152 \r
 153     return (float)100*(len-bad)/len;\r
 154   }\r
 155 \r
 156 \r
 157   public static String GapChars = " .-";\r
 158   public static boolean isGap(char c)\r
 159   {\r
 160     return  (c != '.' && c != '-' && c != ' ') ? false : true;\r
 161   }\r
 162 }\r