src/jalview/util/Comparison.java

   1 package jalview.util;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 public class Comparison {\r
   6 \r
   7   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj)\r
   8   {\r
   9     return Comparison.compare(ii,jj,0,ii.getLength()-1);\r
  10   }\r
  11   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end) {\r
  12 \r
  13      String si   = ii.getSequence();\r
  14      String sj   = jj.getSequence();\r
  15 \r
  16      int ilen = si.length()-1;\r
  17      int jlen = sj.length()-1;\r
  18 \r
  19      while (jalview.util.Comparison.isGap(si.charAt(start + ilen)))\r
  20      {\r
  21        ilen--;\r
  22      }\r
  23 \r
  24      while (jalview.util.Comparison.isGap(sj.charAt(start + jlen)))\r
  25      {\r
  26        jlen--;\r
  27      }\r
  28 \r
  29      int   count = 0;\r
  30      int   match = 0;\r
  31      float pid   = -1;\r
  32 \r
  33      if (ilen > jlen) {\r
  34 \r
  35        for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
  36          if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
  37            match++;\r
  38          }\r
  39          count++;\r
  40        }\r
  41        pid = (float)match/(float)ilen * 100;\r
  42      } else {\r
  43        for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
  44          if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
  45            match++;\r
  46          }\r
  47          count++;\r
  48        }\r
  49        pid = (float)match/(float)jlen * 100;\r
  50      }\r
  51 \r
  52     return pid;\r
  53   }\r
  54 \r
  55   /**    */\r
  56   public static float PID(SequenceI s1 , SequenceI s2)\r
  57   {\r
  58     int len;\r
  59 \r
  60     if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length())\r
  61       len = s1.getSequence().length();\r
  62     else\r
  63       len = s2.getSequence().length();\r
  64 \r
  65 \r
  66     int bad = 0;\r
  67 \r
  68     for (int i = 0; i < len; i++)\r
  69     {\r
  70       char chr1;\r
  71       char chr2;\r
  72 \r
  73       if (i < s1.getSequence().length())\r
  74         chr1 = s1.getSequence().charAt(i);\r
  75       else\r
  76         chr1 = '.';\r
  77 \r
  78 \r
  79       if (i < s2.getSequence().length())\r
  80         chr2 = s2.getSequence().charAt(i);\r
  81       else\r
  82         chr2 = '.';\r
  83 \r
  84 \r
  85       if (!(jalview.util.Comparison.isGap( chr1 ))  &&  !(jalview.util.Comparison.isGap( chr2 )))\r
  86       {\r
  87         if (chr1!=chr2)\r
  88           bad++;\r
  89       }\r
  90     }\r
  91 \r
  92     return (float)100*(len-bad)/len;\r
  93   }\r
  94   public static String GapChars = " .-";\r
  95   public static boolean isGap(char c)\r
  96   {\r
  97     return  (c != '.' && c != '-' && c != ' ') ? false : true;\r
  98   }\r
  99 }\r