src/jalview/util/DBRefUtils.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.util;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class DBRefUtils
  26 {
  27   /**
  28    * Utilities for handling DBRef objects and their collections.
  29    */
  30   /**
  31    *
  32    * @param dbrefs Vector of DBRef objects to search
  33    * @param sources String[] array of source DBRef IDs to retrieve
  34    * @return Vector
  35    */
  36   public static DBRefEntry[] selectRefs(DBRefEntry[] dbrefs, String[] sources)
  37   {
  38     if (dbrefs == null)
  39     {
  40       return null;
  41     }
  42     if (sources == null)
  43     {
  44       return dbrefs;
  45     }
  46     Hashtable srcs = new Hashtable();
  47     Vector res = new Vector();
  48
  49     for (int i = 0; i < sources.length; i++)
  50     {
  51       srcs.put(new String(sources[i]), new Integer(i));
  52     }
  53     for (int i = 0, j = dbrefs.length; i < j; i++)
  54     {
  55       if (srcs.containsKey(dbrefs[i].getSource()))
  56       {
  57         res.add(dbrefs[i]);
  58       }
  59     }
  60
  61     if (res.size() > 0)
  62     {
  63       DBRefEntry[] reply = new DBRefEntry[res.size()];
  64       for (int i = 0; i < res.size(); i++)
  65       {
  66         reply[i] = (DBRefEntry) res.elementAt(i);
  67       }
  68       return reply;
  69     }
  70     res = null;
  71     // there are probable  memory leaks in the hashtable!
  72     return null;
  73   }
  74
  75   /**
  76    * isDasCoordinateSystem
  77    *
  78    * @param string String
  79    * @param dBRefEntry DBRefEntry
  80    * @return boolean true if Source DBRefEntry is compatible with DAS CoordinateSystem name
  81    */
  82   public static Hashtable DasCoordinateSystemsLookup = null;
  83   public static boolean isDasCoordinateSystem(String string,
  84                                               DBRefEntry dBRefEntry)
  85   {
  86     if (DasCoordinateSystemsLookup == null)
  87     { // Initialise
  88       DasCoordinateSystemsLookup = new Hashtable();
  89       DasCoordinateSystemsLookup.put("pdbresnum",
  90                                      jalview.datamodel.DBRefSource.PDB);
  91       DasCoordinateSystemsLookup.put("uniprot",
  92                                      jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT);
  93     }
  94
  95     String coordsys = (String) DasCoordinateSystemsLookup.get(string.
  96         toLowerCase());
  97     if (coordsys != null)
  98     {
  99       return coordsys.equals(dBRefEntry.getSource());
 100     }
 101     return false;
 102   }
 103 }