src/jalview/util/DBRefUtils.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import java.util.ArrayList;
  26 import java.util.BitSet;
  27 import java.util.HashMap;
  28 import java.util.HashSet;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import com.stevesoft.pat.Regex;
  33
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  36 import jalview.datamodel.Mapping;
  37 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39
  40 /**
  41  * Utilities for handling DBRef objects and their collections.
  42  */
  43 public class DBRefUtils
  44 {
  45   /*
  46    * lookup from lower-case form of a name to its canonical (standardised) form
  47    */
  48   private static Map<String, String> canonicalSourceNameLookup = new HashMap<>();
  49
  50   public final static int DB_SOURCE = 1;
  51
  52   public final static int DB_VERSION = 2;
  53
  54   public final static int DB_ID = 4;
  55
  56   public final static int DB_MAP = 8;
  57
  58   public final static int SEARCH_MODE_NO_MAP_NO_VERSION = DB_SOURCE | DB_ID;
  59
  60   public final static int SEARCH_MODE_FULL = DB_SOURCE | DB_VERSION | DB_ID
  61           | DB_MAP;
  62
  63   static
  64   {
  65     // TODO load these from a resource file?
  66     canonicalSourceNameLookup.put("uniprotkb/swiss-prot",
  67             DBRefSource.UNIPROT);
  68     canonicalSourceNameLookup.put("uniprotkb/trembl", DBRefSource.UNIPROT);
  69
  70     // Ensembl values for dbname in xref REST service:
  71     canonicalSourceNameLookup.put("uniprot/sptrembl", DBRefSource.UNIPROT);
  72     canonicalSourceNameLookup.put("uniprot/swissprot", DBRefSource.UNIPROT);
  73
  74     canonicalSourceNameLookup.put("pdb", DBRefSource.PDB);
  75     canonicalSourceNameLookup.put("ensembl", DBRefSource.ENSEMBL);
  76     // Ensembl Gn and Tr are for Ensembl genomic and transcript IDs as served
  77     // from ENA.
  78     canonicalSourceNameLookup.put("ensembl-tr", DBRefSource.ENSEMBL);
  79     canonicalSourceNameLookup.put("ensembl-gn", DBRefSource.ENSEMBL);
  80
  81     // guarantee we always have lowercase entries for canonical string lookups
  82     for (String k : canonicalSourceNameLookup.keySet())
  83     {
  84       canonicalSourceNameLookup.put(k.toLowerCase(Locale.ROOT),
  85               canonicalSourceNameLookup.get(k));
  86     }
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Returns those DBRefEntry objects whose source identifier (once converted to
  91    * Jalview's canonical form) is in the list of sources to search for. Returns
  92    * null if no matches found.
  93    *
  94    * @param dbrefs
  95    *          DBRefEntry objects to search
  96    * @param sources
  97    *          array of sources to select
  98    * @return
  99    */
 100   public static List<DBRefEntry> selectRefs(List<DBRefEntry> dbrefs,
 101           String[] sources)
 102   {
 103     if (dbrefs == null || sources == null)
 104     {
 105       return dbrefs;
 106     }
 107
 108     // BH TODO (what?)
 109     HashSet<String> srcs = new HashSet<String>();
 110     for (String src : sources)
 111     {
 112       srcs.add(src.toUpperCase(Locale.ROOT));
 113     }
 114
 115     int nrefs = dbrefs.size();
 116     List<DBRefEntry> res = new ArrayList<DBRefEntry>();
 117     for (int ib = 0; ib < nrefs; ib++)
 118     {
 119       DBRefEntry dbr = dbrefs.get(ib);
 120       String source = getCanonicalName(dbr.getSource());
 121       if (srcs.contains(source.toUpperCase(Locale.ROOT)))
 122       {
 123         res.add(dbr);
 124       }
 125     }
 126     if (res.size() > 0)
 127     {
 128       // List<DBRefEntry> reply = new DBRefEntry[res.size()];
 129       return res;// .toArray(reply);
 130     }
 131     return null;
 132   }
 133
 134   private static boolean selectRefsBS(List<DBRefEntry> dbrefs,
 135           int sourceKeys, BitSet bsSelect)
 136   {
 137     if (dbrefs == null || sourceKeys == 0)
 138     {
 139       return false;
 140     }
 141     for (int i = 0, n = dbrefs.size(); i < n; i++)
 142     {
 143       DBRefEntry dbr = dbrefs.get(i);
 144       if ((dbr.getSourceKey() & sourceKeys) != 0)
 145       {
 146         bsSelect.clear(i);
 147       }
 148     }
 149     return !bsSelect.isEmpty();
 150   }
 151
 152   /**
 153    * Returns a (possibly empty) list of those references that match the given
 154    * entry, according to the given comparator.
 155    *
 156    * @param refs
 157    *          an array of database references to search
 158    * @param entry
 159    *          an entry to compare against
 160    * @param comparator
 161    * @return
 162    */
 163   static List<DBRefEntry> searchRefs(DBRefEntry[] refs, DBRefEntry entry,
 164           DbRefComp comparator)
 165   {
 166     List<DBRefEntry> rfs = new ArrayList<>();
 167     if (refs == null || entry == null)
 168     {
 169       return rfs;
 170     }
 171     for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 172     {
 173       if (comparator.matches(entry, refs[i]))
 174       {
 175         rfs.add(refs[i]);
 176       }
 177     }
 178     return rfs;
 179   }
 180
 181   /**
 182    * look up source in an internal list of database reference sources and return
 183    * the canonical jalview name for the source, or the original string if it has
 184    * no canonical form.
 185    *
 186    * @param source
 187    * @return canonical jalview source (one of jalview.datamodel.DBRefSource.*)
 188    *         or original source
 189    */
 190   public static String getCanonicalName(String source)
 191   {
 192     if (source == null)
 193     {
 194       return null;
 195     }
 196     String canonical = canonicalSourceNameLookup
 197             .get(source.toLowerCase(Locale.ROOT));
 198     return canonical == null ? source : canonical;
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Returns a (possibly empty) list of those references that match the given
 203    * entry. Currently uses a comparator which matches if
 204    * <ul>
 205    * <li>database sources are the same</li>
 206    * <li>accession ids are the same</li>
 207    * <li>both have no mapping, or the mappings are the same</li>
 208    * </ul>
 209    *
 210    * @param ref
 211    *          Set of references to search
 212    * @param entry
 213    *          pattern to match
 214    * @param mode
 215    *          SEARCH_MODE_FULL for all; SEARCH_MODE_NO_MAP_NO_VERSION optional
 216    * @return
 217    */
 218   public static List<DBRefEntry> searchRefs(List<DBRefEntry> ref,
 219           DBRefEntry entry, int mode)
 220   {
 221     return searchRefs(ref, entry,
 222             matchDbAndIdAndEitherMapOrEquivalentMapList, mode);
 223   }
 224
 225   /**
 226    * Returns a list of those references that match the given accession id
 227    * <ul>
 228    * <li>database sources are the same</li>
 229    * <li>accession ids are the same</li>
 230    * <li>both have no mapping, or the mappings are the same</li>
 231    * </ul>
 232    *
 233    * @param refs
 234    *          Set of references to search
 235    * @param accId
 236    *          accession id to match
 237    * @return
 238    */
 239   public static List<DBRefEntry> searchRefs(List<DBRefEntry> refs,
 240           String accId)
 241   {
 242     List<DBRefEntry> rfs = new ArrayList<DBRefEntry>();
 243     if (refs == null || accId == null)
 244     {
 245       return rfs;
 246     }
 247     for (int i = 0, n = refs.size(); i < n; i++)
 248     {
 249       DBRefEntry e = refs.get(i);
 250       if (accId.equals(e.getAccessionId()))
 251       {
 252         rfs.add(e);
 253       }
 254     }
 255     return rfs;
 256     // return searchRefs(refs, new DBRefEntry("", "", accId), matchId,
 257     // SEARCH_MODE_FULL);
 258   }
 259
 260   /**
 261    * Returns a (possibly empty) list of those references that match the given
 262    * entry, according to the given comparator.
 263    *
 264    * @param refs
 265    *          an array of database references to search
 266    * @param entry
 267    *          an entry to compare against
 268    * @param comparator
 269    * @param mode
 270    *          SEARCH_MODE_FULL for all; SEARCH_MODE_NO_MAP_NO_VERSION optional
 271    * @return
 272    */
 273   static List<DBRefEntry> searchRefs(List<DBRefEntry> refs,
 274           DBRefEntry entry, DbRefComp comparator, int mode)
 275   {
 276     List<DBRefEntry> rfs = new ArrayList<DBRefEntry>();
 277     if (refs == null || entry == null)
 278     {
 279       return rfs;
 280     }
 281     for (int i = 0, n = refs.size(); i < n; i++)
 282     {
 283       DBRefEntry e = refs.get(i);
 284       if (comparator.matches(entry, e, SEARCH_MODE_FULL))
 285       {
 286         rfs.add(e);
 287       }
 288     }
 289     return rfs;
 290   }
 291
 292   interface DbRefComp
 293   {
 294     default public boolean matches(DBRefEntry refa, DBRefEntry refb)
 295     {
 296       return matches(refa, refb, SEARCH_MODE_FULL);
 297     };
 298
 299     public boolean matches(DBRefEntry refa, DBRefEntry refb, int mode);
 300   }
 301
 302   /**
 303    * match on all non-null fields in refa
 304    */
 305   // TODO unused - remove? would be broken by equating "" with null
 306   public static DbRefComp matchNonNullonA = new DbRefComp()
 307   {
 308     @Override
 309     public boolean matches(DBRefEntry refa, DBRefEntry refb, int mode)
 310     {
 311       if ((mode & DB_SOURCE) != 0 && (refa.getSource() == null
 312               || DBRefUtils.getCanonicalName(refb.getSource()).equals(
 313                       DBRefUtils.getCanonicalName(refa.getSource()))))
 314       {
 315         if ((mode & DB_VERSION) != 0 && (refa.getVersion() == null
 316                 || refb.getVersion().equals(refa.getVersion())))
 317         {
 318           if ((mode & DB_ID) != 0 && (refa.getAccessionId() == null
 319                   || refb.getAccessionId().equals(refa.getAccessionId())))
 320           {
 321             if ((mode & DB_MAP) != 0
 322                     && (refa.getMap() == null || (refb.getMap() != null
 323                             && refb.getMap().equals(refa.getMap()))))
 324             {
 325               return true;
 326             }
 327           }
 328         }
 329       }
 330       return false;
 331     }
 332   };
 333
 334   /**
 335    * either field is null or field matches for all of source, version, accession
 336    * id and map.
 337    */
 338   // TODO unused - remove?
 339   public static DbRefComp matchEitherNonNull = new DbRefComp()
 340   {
 341     @Override
 342     public boolean matches(DBRefEntry refa, DBRefEntry refb, int mode)
 343     {
 344       if (nullOrEqualSource(refa.getSource(), refb.getSource())
 345               && nullOrEqual(refa.getVersion(), refb.getVersion())
 346               && nullOrEqual(refa.getAccessionId(), refb.getAccessionId())
 347               && nullOrEqual(refa.getMap(), refb.getMap()))
 348       {
 349         return true;
 350       }
 351       return false;
 352     }
 353
 354   };
 355
 356   /**
 357    * Parses a DBRefEntry and adds it to the sequence, also a PDBEntry if the
 358    * database is PDB.
 359    * <p>
 360    * Used by file parsers to generate DBRefs from annotation within file (eg
 361    * Stockholm)
 362    *
 363    * @param dbname
 364    * @param version
 365    * @param acn
 366    * @param seq
 367    *          where to annotate with reference
 368    * @return parsed version of entry that was added to seq (if any)
 369    */
 370   public static DBRefEntry parseToDbRef(SequenceI seq, String dbname,
 371           String version, String acn)
 372   {
 373     DBRefEntry ref = null;
 374     if (dbname != null)
 375     {
 376       String locsrc = DBRefUtils.getCanonicalName(dbname);
 377       if (locsrc.equals(DBRefSource.PDB))
 378       {
 379         /*
 380          * Check for PFAM style stockhom PDB accession id citation e.g.
 381          * "1WRI A; 7-80;"
 382          */
 383         Regex r = new com.stevesoft.pat.Regex(
 384                 "([0-9][0-9A-Za-z]{3})\\s*(.?)\\s*;\\s*([0-9]+)-([0-9]+)");
 385         if (r.search(acn.trim()))
 386         {
 387           String pdbid = r.stringMatched(1);
 388           String chaincode = r.stringMatched(2);
 389           if (chaincode == null)
 390           {
 391             chaincode = " ";
 392           }
 393           // String mapstart = r.stringMatched(3);
 394           // String mapend = r.stringMatched(4);
 395           if (chaincode.equals(" "))
 396           {
 397             chaincode = "_";
 398           }
 399           // construct pdb ref.
 400           ref = new DBRefEntry(locsrc, version, pdbid + chaincode);
 401           PDBEntry pdbr = new PDBEntry();
 402           pdbr.setId(pdbid);
 403           pdbr.setType(PDBEntry.Type.PDB);
 404           pdbr.setChainCode(chaincode);
 405           seq.addPDBId(pdbr);
 406         }
 407         else
 408         {
 409           System.err.println("Malformed PDB DR line:" + acn);
 410         }
 411       }
 412       else
 413       {
 414         // default:
 415         ref = new DBRefEntry(locsrc, version, acn.trim());
 416       }
 417     }
 418     if (ref != null)
 419     {
 420       seq.addDBRef(ref);
 421     }
 422     return ref;
 423   }
 424
 425   /**
 426    * accession ID and DB must be identical. Version is ignored. Map is either
 427    * not defined or is a match (or is compatible?)
 428    */
 429   // TODO unused - remove?
 430   public static DbRefComp matchDbAndIdAndEitherMap = new DbRefComp()
 431   {
 432     @Override
 433     public boolean matches(DBRefEntry refa, DBRefEntry refb, int mode)
 434     {
 435       if (refa.getSource() != null && refb.getSource() != null
 436               && DBRefUtils.getCanonicalName(refb.getSource()).equals(
 437                       DBRefUtils.getCanonicalName(refa.getSource())))
 438       {
 439         // We dont care about version
 440         if (refa.getAccessionId() != null && refb.getAccessionId() != null
 441                 // FIXME should be && not || here?
 442                 || refb.getAccessionId().equals(refa.getAccessionId()))
 443         {
 444           if ((refa.getMap() == null || refb.getMap() == null)
 445                   || (refa.getMap() != null && refb.getMap() != null
 446                           && refb.getMap().equals(refa.getMap())))
 447           {
 448             return true;
 449           }
 450         }
 451       }
 452       return false;
 453     }
 454   };
 455
 456   /**
 457    * accession ID and DB must be identical. Version is ignored. No map on either
 458    * or map but no maplist on either or maplist of map on a is the complement of
 459    * maplist of map on b.
 460    */
 461   // TODO unused - remove?
 462   public static DbRefComp matchDbAndIdAndComplementaryMapList = new DbRefComp()
 463   {
 464     @Override
 465     public boolean matches(DBRefEntry refa, DBRefEntry refb, int mode)
 466     {
 467       if (refa.getSource() != null && refb.getSource() != null
 468               && DBRefUtils.getCanonicalName(refb.getSource()).equals(
 469                       DBRefUtils.getCanonicalName(refa.getSource())))
 470       {
 471         // We dont care about version
 472         if (refa.getAccessionId() != null && refb.getAccessionId() != null
 473                 || refb.getAccessionId().equals(refa.getAccessionId()))
 474         {
 475           if ((refa.getMap() == null && refb.getMap() == null)
 476                   || (refa.getMap() != null && refb.getMap() != null))
 477           {
 478             if ((refb.getMap().getMap() == null
 479                     && refa.getMap().getMap() == null)
 480                     || (refb.getMap().getMap() != null
 481                             && refa.getMap().getMap() != null
 482                             && refb.getMap().getMap().getInverse()
 483                                     .equals(refa.getMap().getMap())))
 484             {
 485               return true;
 486             }
 487           }
 488         }
 489       }
 490       return false;
 491     }
 492   };
 493
 494   /**
 495    * accession ID and DB must be identical. Version is ignored. No map on both
 496    * or or map but no maplist on either or maplist of map on a is equivalent to
 497    * the maplist of map on b.
 498    */
 499   // TODO unused - remove?
 500   public static DbRefComp matchDbAndIdAndEquivalentMapList = new DbRefComp()
 501   {
 502     @Override
 503     public boolean matches(DBRefEntry refa, DBRefEntry refb, int mode)
 504     {
 505       if (refa.getSource() != null && refb.getSource() != null
 506               && DBRefUtils.getCanonicalName(refb.getSource()).equals(
 507                       DBRefUtils.getCanonicalName(refa.getSource())))
 508       {
 509         // We dont care about version
 510         // if ((refa.getVersion()==null || refb.getVersion()==null)
 511         // || refb.getVersion().equals(refa.getVersion()))
 512         // {
 513         if (refa.getAccessionId() != null && refb.getAccessionId() != null
 514                 || refb.getAccessionId().equals(refa.getAccessionId()))
 515         {
 516           if (refa.getMap() == null && refb.getMap() == null)
 517           {
 518             return true;
 519           }
 520           if (refa.getMap() != null && refb.getMap() != null
 521                   && ((refb.getMap().getMap() == null
 522                           && refa.getMap().getMap() == null)
 523                           || (refb.getMap().getMap() != null
 524                                   && refa.getMap().getMap() != null
 525                                   && refb.getMap().getMap()
 526                                           .equals(refa.getMap().getMap()))))
 527           {
 528             return true;
 529           }
 530         }
 531       }
 532       return false;
 533     }
 534   };
 535
 536   /**
 537    * accession ID and DB must be identical, or null on a. Version is ignored. No
 538    * map on either or map but no maplist on either or maplist of map on a is
 539    * equivalent to the maplist of map on b.
 540    */
 541   public static DbRefComp matchDbAndIdAndEitherMapOrEquivalentMapList = new DbRefComp()
 542   {
 543     @Override
 544     public boolean matches(DBRefEntry refa, DBRefEntry refb, int mode)
 545     {
 546       if (refa.getSource() != null && refb.getSource() != null
 547               && DBRefUtils.getCanonicalName(refb.getSource()).equals(
 548                       DBRefUtils.getCanonicalName(refa.getSource())))
 549       {
 550         // We dont care about version
 551         if (refa.getAccessionId() == null
 552                 || refa.getAccessionId().equals(refb.getAccessionId()))
 553         {
 554           if (refa.getMap() == null || refb.getMap() == null)
 555           {
 556             return true;
 557           }
 558           if ((refa.getMap() != null && refb.getMap() != null)
 559                   && (refb.getMap().getMap() == null
 560                           && refa.getMap().getMap() == null)
 561                   || (refb.getMap().getMap() != null
 562                           && refa.getMap().getMap() != null
 563                           && (refb.getMap().getMap()
 564                                   .equals(refa.getMap().getMap()))))
 565           {
 566             return true;
 567           }
 568         }
 569       }
 570       return false;
 571     }
 572   };
 573
 574   /**
 575    * Returns the (possibly empty) list of those supplied dbrefs which have the
 576    * specified source database, with a case-insensitive match of source name
 577    *
 578    * @param dbRefs
 579    * @param source
 580    * @return
 581    */
 582   public static List<DBRefEntry> searchRefsForSource(DBRefEntry[] dbRefs,
 583           String source)
 584   {
 585     List<DBRefEntry> matches = new ArrayList<>();
 586     if (dbRefs != null && source != null)
 587     {
 588       for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 589       {
 590         if (source.equalsIgnoreCase(dbref.getSource()))
 591         {
 592           matches.add(dbref);
 593         }
 594       }
 595     }
 596     return matches;
 597   }
 598
 599   /**
 600    * Returns true if either object is null, or they are equal
 601    *
 602    * @param o1
 603    * @param o2
 604    * @return
 605    */
 606   public static boolean nullOrEqual(Object o1, Object o2)
 607   {
 608     if (o1 == null || o2 == null)
 609     {
 610       return true;
 611     }
 612     return o1.equals(o2);
 613   }
 614
 615   /**
 616    * canonicalise source string before comparing. null is always wildcard
 617    *
 618    * @param o1
 619    *          - null or source string to compare
 620    * @param o2
 621    *          - null or source string to compare
 622    * @return true if either o1 or o2 are null, or o1 equals o2 under
 623    *         DBRefUtils.getCanonicalName
 624    *         (o1).equals(DBRefUtils.getCanonicalName(o2))
 625    */
 626   public static boolean nullOrEqualSource(String o1, String o2)
 627   {
 628     if (o1 == null || o2 == null)
 629     {
 630       return true;
 631     }
 632     return DBRefUtils.getCanonicalName(o1)
 633             .equals(DBRefUtils.getCanonicalName(o2));
 634   }
 635
 636   /**
 637    * Selects just the DNA or protein references from a set of references
 638    *
 639    * @param selectDna
 640    *          if true, select references to 'standard' DNA databases, else to
 641    *          'standard' peptide databases
 642    * @param refs
 643    *          a set of references to select from
 644    * @return
 645    */
 646   public static List<DBRefEntry> selectDbRefs(boolean selectDna,
 647           List<DBRefEntry> refs)
 648   {
 649     return selectRefs(refs,
 650             selectDna ? DBRefSource.DNACODINGDBS : DBRefSource.PROTEINDBS);
 651     // could attempt to find other cross
 652     // refs here - ie PDB xrefs
 653     // (not dna, not protein seq)
 654   }
 655
 656   /**
 657    * Returns the (possibly empty) list of those supplied dbrefs which have the
 658    * specified source database, with a case-insensitive match of source name
 659    *
 660    * @param dbRefs
 661    * @param source
 662    * @return
 663    */
 664   public static List<DBRefEntry> searchRefsForSource(
 665           List<DBRefEntry> dbRefs, String source)
 666   {
 667     List<DBRefEntry> matches = new ArrayList<DBRefEntry>();
 668     if (dbRefs != null && source != null)
 669     {
 670       for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 671       {
 672         if (source.equalsIgnoreCase(dbref.getSource()))
 673         {
 674           matches.add(dbref);
 675         }
 676       }
 677     }
 678     return matches;
 679   }
 680
 681   /**
 682    * promote direct database references to primary for nucleotide or protein
 683    * sequences if they have an appropriate primary ref
 684    * <table>
 685    * <tr>
 686    * <th>Seq Type</th>
 687    * <th>Primary DB</th>
 688    * <th>Direct which will be promoted</th>
 689    * </tr>
 690    * <tr align=center>
 691    * <td>peptides</td>
 692    * <td>Ensembl</td>
 693    * <td>Uniprot</td>
 694    * </tr>
 695    * <tr align=center>
 696    * <td>peptides</td>
 697    * <td>Ensembl</td>
 698    * <td>Uniprot</td>
 699    * </tr>
 700    * <tr align=center>
 701    * <td>dna</td>
 702    * <td>Ensembl</td>
 703    * <td>ENA</td>
 704    * </tr>
 705    * </table>
 706    *
 707    * @param sequence
 708    */
 709   public static void ensurePrimaries(SequenceI sequence,
 710           List<DBRefEntry> pr)
 711   {
 712     if (pr.size() == 0)
 713     {
 714       // nothing to do
 715       return;
 716     }
 717     int sstart = sequence.getStart();
 718     int send = sequence.getEnd();
 719     boolean isProtein = sequence.isProtein();
 720     BitSet bsSelect = new BitSet();
 721
 722     // List<DBRefEntry> selfs = new ArrayList<DBRefEntry>();
 723     // {
 724
 725     // List<DBRefEntry> selddfs = selectDbRefs(!isprot, sequence.getDBRefs());
 726     // if (selfs == null || selfs.size() == 0)
 727     // {
 728     // // nothing to do
 729     // return;
 730     // }
 731
 732     List<DBRefEntry> dbrefs = sequence.getDBRefs();
 733     bsSelect.set(0, dbrefs.size());
 734
 735     if (!selectRefsBS(dbrefs, isProtein ? DBRefSource.PROTEIN_MASK
 736             : DBRefSource.DNA_CODING_MASK, bsSelect))
 737       return;
 738
 739     // selfs.addAll(selfArray);
 740     // }
 741
 742     // filter non-primary refs
 743     for (int ip = pr.size(); --ip >= 0;)
 744     {
 745       DBRefEntry p = pr.get(ip);
 746       for (int i = bsSelect.nextSetBit(0); i >= 0; i = bsSelect
 747               .nextSetBit(i + 1))
 748       {
 749         if (dbrefs.get(i) == p)
 750           bsSelect.clear(i);
 751       }
 752       // while (selfs.contains(p))
 753       // {
 754       // selfs.remove(p);
 755       // }
 756     }
 757     // List<DBRefEntry> toPromote = new ArrayList<DBRefEntry>();
 758
 759     for (int ip = pr.size(), keys = 0; --ip >= 0
 760             && keys != DBRefSource.PRIMARY_MASK;)
 761     {
 762       DBRefEntry p = pr.get(ip);
 763       if (isProtein)
 764       {
 765         switch (getCanonicalName(p.getSource()))
 766         {
 767         case DBRefSource.UNIPROT:
 768           keys |= DBRefSource.UNIPROT_MASK;
 769           break;
 770         case DBRefSource.ENSEMBL:
 771           keys |= DBRefSource.ENSEMBL_MASK;
 772           break;
 773         }
 774       }
 775       else
 776       {
 777         // TODO: promote transcript refs ??
 778       }
 779       if (keys == 0 || !selectRefsBS(dbrefs, keys, bsSelect))
 780         return;
 781       // if (candidates != null)
 782       {
 783         for (int ic = bsSelect.nextSetBit(0); ic >= 0; ic = bsSelect
 784                 .nextSetBit(ic + 1))
 785         // for (int ic = 0, n = candidates.size(); ic < n; ic++)
 786         {
 787           DBRefEntry cand = dbrefs.get(ic);// candidates.get(ic);
 788           if (cand.hasMap())
 789           {
 790             Mapping map = cand.getMap();
 791             SequenceI cto = map.getTo();
 792             if (cto != null && cto != sequence)
 793             {
 794               // can't promote refs with mappings to other sequences
 795               continue;
 796             }
 797             MapList mlist = map.getMap();
 798             if (mlist.getFromLowest() != sstart
 799                     && mlist.getFromHighest() != send)
 800             {
 801               // can't promote refs with mappings from a region of this sequence
 802               // - eg CDS
 803               continue;
 804             }
 805           }
 806           // and promote - not that version must be non-null here,
 807           // as p must have passed isPrimaryCandidate()
 808           cand.setVersion(p.getVersion() + " (promoted)");
 809           bsSelect.clear(ic);
 810           // selfs.remove(cand);
 811           // toPromote.add(cand);
 812           if (!cand.isPrimaryCandidate())
 813           {
 814             System.out.println(
 815                     "Warning: Couldn't promote dbref " + cand.toString()
 816                             + " for sequence " + sequence.toString());
 817           }
 818         }
 819       }
 820     }
 821   }
 822
 823 }