src/jalview/util/Format.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 /**
  22  * A class for formatting numbers that follows printf conventions.
  23  * Also implements C-like atoi and atof functions
  24  * @version 1.03 25 Oct 1997
  25  * @author Cay Horstmann
  26  */
  27 package jalview.util;
  28
  29 /**
  30  * DOCUMENT ME!
  31  *
  32  * @author $author$
  33  * @version $Revision$
  34  */
  35 public class Format
  36 {
  37   private int width;
  38
  39   private int precision;
  40
  41   private String pre;
  42
  43   private String post;
  44
  45   private boolean leading_zeroes;
  46
  47   private boolean show_plus;
  48
  49   private boolean alternate;
  50
  51   private boolean show_space;
  52
  53   private boolean left_align;
  54
  55   private char fmt; // one of cdeEfgGiosxXos
  56
  57   /**
  58    * Creates a new Format object.
  59    *
  60    * @param s
  61    *          DOCUMENT ME!
  62    */
  63   public Format(String s)
  64   {
  65     width = 0;
  66     precision = -1;
  67     pre = "";
  68     post = "";
  69     leading_zeroes = false;
  70     show_plus = false;
  71     alternate = false;
  72     show_space = false;
  73     left_align = false;
  74     fmt = ' ';
  75
  76     int length = s.length();
  77     int parse_state = 0;
  78
  79     // 0 = prefix, 1 = flags, 2 = width, 3 = precision,
  80     // 4 = format, 5 = end
  81     int i = 0;
  82
  83     while (parse_state == 0)
  84     {
  85       if (i >= length)
  86       {
  87         parse_state = 5;
  88       }
  89       else if (s.charAt(i) == '%')
  90       {
  91         if (i < (length - 1))
  92         {
  93           if (s.charAt(i + 1) == '%')
  94           {
  95             pre = pre + '%';
  96             i++;
  97           }
  98           else
  99           {
 100             parse_state = 1;
 101           }
 102         }
 103         else
 104         {
 105           throw new java.lang.IllegalArgumentException();
 106         }
 107       }
 108       else
 109       {
 110         pre = pre + s.charAt(i);
 111       }
 112
 113       i++;
 114     }
 115
 116     while (parse_state == 1)
 117     {
 118       if (i >= length)
 119       {
 120         parse_state = 5;
 121       }
 122       else if (s.charAt(i) == ' ')
 123       {
 124         show_space = true;
 125       }
 126       else if (s.charAt(i) == '-')
 127       {
 128         left_align = true;
 129       }
 130       else if (s.charAt(i) == '+')
 131       {
 132         show_plus = true;
 133       }
 134       else if (s.charAt(i) == '0')
 135       {
 136         leading_zeroes = true;
 137       }
 138       else if (s.charAt(i) == '#')
 139       {
 140         alternate = true;
 141       }
 142       else
 143       {
 144         parse_state = 2;
 145         i--;
 146       }
 147
 148       i++;
 149     }
 150
 151     while (parse_state == 2)
 152     {
 153       if (i >= length)
 154       {
 155         parse_state = 5;
 156       }
 157       else if (('0' <= s.charAt(i)) && (s.charAt(i) <= '9'))
 158       {
 159         width = ((width * 10) + s.charAt(i)) - '0';
 160         i++;
 161       }
 162       else if (s.charAt(i) == '.')
 163       {
 164         parse_state = 3;
 165         precision = 0;
 166         i++;
 167       }
 168       else
 169       {
 170         parse_state = 4;
 171       }
 172     }
 173
 174     while (parse_state == 3)
 175     {
 176       if (i >= length)
 177       {
 178         parse_state = 5;
 179       }
 180       else if (('0' <= s.charAt(i)) && (s.charAt(i) <= '9'))
 181       {
 182         precision = ((precision * 10) + s.charAt(i)) - '0';
 183         i++;
 184       }
 185       else
 186       {
 187         parse_state = 4;
 188       }
 189     }
 190
 191     if (parse_state == 4)
 192     {
 193       if (i >= length)
 194       {
 195         parse_state = 5;
 196       }
 197       else
 198       {
 199         fmt = s.charAt(i);
 200       }
 201
 202       i++;
 203     }
 204
 205     if (i < length)
 206     {
 207       post = s.substring(i, length);
 208     }
 209   }
 210
 211   /**
 212    * Formats the number following printf conventions. Main limitation: Can only
 213    * handle one format parameter at a time Use multiple Format objects to format
 214    * more than one number
 215    *
 216    * @param s
 217    *          the format string following printf conventions The string has a
 218    *          prefix, a format code and a suffix. The prefix and suffix become
 219    *          part of the formatted output. The format code directs the
 220    *          formatting of the (single) parameter to be formatted. The code has
 221    *          the following structure
 222    *          <ul>
 223    *          <li>a % (required)
 224    *          <li>a modifier (optional)
 225    *          <dl>
 226    *          <dt>+
 227    *          <dd>forces display of + for positive numbers
 228    *          <dt>0
 229    *          <dd>show leading zeroes
 230    *          <dt>-
 231    *          <dd>align left in the field
 232    *          <dt>space
 233    *          <dd>prepend a space in front of positive numbers
 234    *          <dt>#
 235    *          <dd>use "alternate" format. Add 0 or 0x for octal or hexadecimal
 236    *          numbers. Don't suppress trailing zeroes in general floating point
 237    *          format.
 238    *          </dl>
 239    *          <li>an integer denoting field width (optional)
 240    *          <li>a period followed by an integer denoting precision (optional)
 241    *          <li>a format descriptor (required)
 242    *          <dl>
 243    *          <dt>f
 244    *          <dd>floating point number in fixed format
 245    *          <dt>e, E
 246    *          <dd>floating point number in exponential notation (scientific
 247    *          format). The E format results in an uppercase E for the exponent
 248    *          (1.14130E+003), the e format in a lowercase e.
 249    *          <dt>g, G
 250    *          <dd>floating point number in general format (fixed format for
 251    *          small numbers, exponential format for large numbers). Trailing
 252    *          zeroes are suppressed. The G format results in an uppercase E for
 253    *          the exponent (if any), the g format in a lowercase e.
 254    *          <dt>d, i
 255    *          <dd>integer in decimal
 256    *          <dt>x
 257    *          <dd>integer in hexadecimal
 258    *          <dt>o
 259    *          <dd>integer in octal
 260    *          <dt>s
 261    *          <dd>string
 262    *          <dt>c
 263    *          <dd>character
 264    *          </dl>
 265    *          </ul>
 266    * @exception IllegalArgumentException
 267    *              if bad format
 268    *
 269    */
 270   public static String getHexString(java.awt.Color color)
 271   {
 272     String r;
 273     String g;
 274     String b;
 275     r = Integer.toHexString(color.getRed());
 276
 277     if (r.length() < 2)
 278     {
 279       r = "0" + r;
 280     }
 281
 282     g = Integer.toHexString(color.getGreen());
 283
 284     if (g.length() < 2)
 285     {
 286       g = "0" + g;
 287     }
 288
 289     b = Integer.toHexString(color.getBlue());
 290
 291     if (b.length() < 2)
 292     {
 293       b = "0" + b;
 294     }
 295
 296     return r + g + b;
 297   }
 298
 299   /**
 300    * prints a formatted number following printf conventions
 301    *
 302    * @param s
 303    *          a PrintStream
 304    * @param fmt
 305    *          the format string
 306    * @param x
 307    *          the double to print
 308    */
 309   public static void print(java.io.PrintStream s, String fmt, double x)
 310   {
 311     s.print(new Format(fmt).form(x));
 312   }
 313
 314   /**
 315    * prints a formatted number following printf conventions
 316    *
 317    * @param s
 318    *          a PrintStream
 319    * @param fmt
 320    *          the format string
 321    * @param x
 322    *          the long to print
 323    */
 324   public static void print(java.io.PrintStream s, String fmt, long x)
 325   {
 326     s.print(new Format(fmt).form(x));
 327   }
 328
 329   /**
 330    * prints a formatted number following printf conventions
 331    *
 332    * @param s
 333    *          a PrintStream
 334    * @param fmt
 335    *          the format string
 336    * @param x
 337    *          the character to
 338    */
 339   public static void print(java.io.PrintStream s, String fmt, char x)
 340   {
 341     s.print(new Format(fmt).form(x));
 342   }
 343
 344   /**
 345    * prints a formatted number following printf conventions
 346    *
 347    * @param s
 348    *          a PrintStream, fmt the format string
 349    * @param x
 350    *          a string that represents the digits to print
 351    */
 352   public static void print(java.io.PrintStream s, String fmt, String x)
 353   {
 354     s.print(new Format(fmt).form(x));
 355   }
 356
 357   /**
 358    * Converts a string of digits (decimal, octal or hex) to an integer
 359    *
 360    * @param s
 361    *          a string
 362    * @return the numeric value of the prefix of s representing a base 10 integer
 363    */
 364   public static int atoi(String s)
 365   {
 366     return (int) atol(s);
 367   }
 368
 369   /**
 370    * Converts a string of digits (decimal, octal or hex) to a long integer
 371    *
 372    * @param s
 373    *          a string
 374    * @return the numeric value of the prefix of s representing a base 10 integer
 375    */
 376   public static long atol(String s)
 377   {
 378     int i = 0;
 379
 380     while ((i < s.length()) && Character.isWhitespace(s.charAt(i)))
 381     {
 382       i++;
 383     }
 384
 385     if ((i < s.length()) && (s.charAt(i) == '0'))
 386     {
 387       if (((i + 1) < s.length())
 388               && ((s.charAt(i + 1) == 'x') || (s.charAt(i + 1) == 'X')))
 389       {
 390         return parseLong(s.substring(i + 2), 16);
 391       }
 392       else
 393       {
 394         return parseLong(s, 8);
 395       }
 396     }
 397     else
 398     {
 399       return parseLong(s, 10);
 400     }
 401   }
 402
 403   /**
 404    * DOCUMENT ME!
 405    *
 406    * @param s
 407    *          DOCUMENT ME!
 408    * @param base
 409    *          DOCUMENT ME!
 410    *
 411    * @return DOCUMENT ME!
 412    */
 413   private static long parseLong(String s, int base)
 414   {
 415     int i = 0;
 416     int sign = 1;
 417     long r = 0;
 418
 419     while ((i < s.length()) && Character.isWhitespace(s.charAt(i)))
 420     {
 421       i++;
 422     }
 423
 424     if ((i < s.length()) && (s.charAt(i) == '-'))
 425     {
 426       sign = -1;
 427       i++;
 428     }
 429     else if ((i < s.length()) && (s.charAt(i) == '+'))
 430     {
 431       i++;
 432     }
 433
 434     while (i < s.length())
 435     {
 436       char ch = s.charAt(i);
 437
 438       if (('0' <= ch) && (ch < ('0' + base)))
 439       {
 440         r = ((r * base) + ch) - '0';
 441       }
 442       else if (('A' <= ch) && (ch < (('A' + base) - 10)))
 443       {
 444         r = ((r * base) + ch) - 'A' + 10;
 445       }
 446       else if (('a' <= ch) && (ch < (('a' + base) - 10)))
 447       {
 448         r = ((r * base) + ch) - 'a' + 10;
 449       }
 450       else
 451       {
 452         return r * sign;
 453       }
 454
 455       i++;
 456     }
 457
 458     return r * sign;
 459   }
 460
 461   /**
 462    * Converts a string of digits to an double
 463    *
 464    * @param s
 465    *          a string
 466    */
 467   public static double atof(String s)
 468   {
 469     int i = 0;
 470     int sign = 1;
 471     double r = 0; // integer part
 472     // double f = 0; // fractional part
 473     double p = 1; // exponent of fractional part
 474     int state = 0; // 0 = int part, 1 = frac part
 475
 476     while ((i < s.length()) && Character.isWhitespace(s.charAt(i)))
 477     {
 478       i++;
 479     }
 480
 481     if ((i < s.length()) && (s.charAt(i) == '-'))
 482     {
 483       sign = -1;
 484       i++;
 485     }
 486     else if ((i < s.length()) && (s.charAt(i) == '+'))
 487     {
 488       i++;
 489     }
 490
 491     while (i < s.length())
 492     {
 493       char ch = s.charAt(i);
 494
 495       if (('0' <= ch) && (ch <= '9'))
 496       {
 497         if (state == 0)
 498         {
 499           r = ((r * 10) + ch) - '0';
 500         }
 501         else if (state == 1)
 502         {
 503           p = p / 10;
 504           r = r + (p * (ch - '0'));
 505         }
 506       }
 507       else if (ch == '.')
 508       {
 509         if (state == 0)
 510         {
 511           state = 1;
 512         }
 513         else
 514         {
 515           return sign * r;
 516         }
 517       }
 518       else if ((ch == 'e') || (ch == 'E'))
 519       {
 520         long e = (int) parseLong(s.substring(i + 1), 10);
 521
 522         return sign * r * Math.pow(10, e);
 523       }
 524       else
 525       {
 526         return sign * r;
 527       }
 528
 529       i++;
 530     }
 531
 532     return sign * r;
 533   }
 534
 535   /**
 536    * Formats a double into a string (like sprintf in C)
 537    *
 538    * @param x
 539    *          the number to format
 540    * @return the formatted string
 541    * @exception IllegalArgumentException
 542    *              if bad argument
 543    */
 544   public String form(double x)
 545   {
 546     String r;
 547
 548     if (precision < 0)
 549     {
 550       precision = 6;
 551     }
 552
 553     int s = 1;
 554
 555     if (x < 0)
 556     {
 557       x = -x;
 558       s = -1;
 559     }
 560
 561     if (fmt == 'f')
 562     {
 563       r = fixed_format(x);
 564     }
 565     else if ((fmt == 'e') || (fmt == 'E') || (fmt == 'g') || (fmt == 'G'))
 566     {
 567       r = exp_format(x);
 568     }
 569     else
 570     {
 571       throw new java.lang.IllegalArgumentException();
 572     }
 573
 574     return pad(sign(s, r));
 575   }
 576
 577   /**
 578    * Formats a long integer into a string (like sprintf in C)
 579    *
 580    * @param x
 581    *          the number to format
 582    * @return the formatted string
 583    */
 584   public String form(long x)
 585   {
 586     String r;
 587     int s = 0;
 588
 589     if ((fmt == 'd') || (fmt == 'i'))
 590     {
 591       if (x < 0)
 592       {
 593         r = ("" + x).substring(1);
 594         s = -1;
 595       }
 596       else
 597       {
 598         r = "" + x;
 599         s = 1;
 600       }
 601     }
 602     else if (fmt == 'o')
 603     {
 604       r = convert(x, 3, 7, "01234567");
 605     }
 606     else if (fmt == 'x')
 607     {
 608       r = convert(x, 4, 15, "0123456789abcdef");
 609     }
 610     else if (fmt == 'X')
 611     {
 612       r = convert(x, 4, 15, "0123456789ABCDEF");
 613     }
 614     else
 615     {
 616       throw new java.lang.IllegalArgumentException();
 617     }
 618
 619     return pad(sign(s, r));
 620   }
 621
 622   /**
 623    * Formats a character into a string (like sprintf in C)
 624    *
 625    * @param x
 626    *          the value to format
 627    * @return the formatted string
 628    */
 629   public String form(char c)
 630   {
 631     if (fmt != 'c')
 632     {
 633       throw new java.lang.IllegalArgumentException();
 634     }
 635
 636     String r = "" + c;
 637
 638     return pad(r);
 639   }
 640
 641   /**
 642    * Formats a string into a larger string (like sprintf in C)
 643    *
 644    * @param x
 645    *          the value to format
 646    * @return the formatted string
 647    */
 648   public String form(String s)
 649   {
 650     if (fmt != 's')
 651     {
 652       throw new java.lang.IllegalArgumentException();
 653     }
 654
 655     if (precision >= 0)
 656     {
 657       s = s.substring(0, precision);
 658     }
 659
 660     return pad(s);
 661   }
 662
 663   /**
 664    * DOCUMENT ME!
 665    *
 666    * @param c
 667    *          DOCUMENT ME!
 668    * @param n
 669    *          DOCUMENT ME!
 670    *
 671    * @return DOCUMENT ME!
 672    */
 673   private static String repeat(char c, int n)
 674   {
 675     if (n <= 0)
 676     {
 677       return "";
 678     }
 679
 680     StringBuffer s = new StringBuffer(n);
 681
 682     for (int i = 0; i < n; i++)
 683     {
 684       s.append(c);
 685     }
 686
 687     return s.toString();
 688   }
 689
 690   /**
 691    * DOCUMENT ME!
 692    *
 693    * @param x
 694    *          DOCUMENT ME!
 695    * @param n
 696    *          DOCUMENT ME!
 697    * @param m
 698    *          DOCUMENT ME!
 699    * @param d
 700    *          DOCUMENT ME!
 701    *
 702    * @return DOCUMENT ME!
 703    */
 704   private static String convert(long x, int n, int m, String d)
 705   {
 706     if (x == 0)
 707     {
 708       return "0";
 709     }
 710
 711     String r = "";
 712
 713     while (x != 0)
 714     {
 715       r = d.charAt((int) (x & m)) + r;
 716       x = x >>> n;
 717     }
 718
 719     return r;
 720   }
 721
 722   /**
 723    * DOCUMENT ME!
 724    *
 725    * @param r
 726    *          DOCUMENT ME!
 727    *
 728    * @return DOCUMENT ME!
 729    */
 730   private String pad(String r)
 731   {
 732     String p = repeat(' ', width - r.length());
 733
 734     if (left_align)
 735     {
 736       return pre + r + p + post;
 737     }
 738     else
 739     {
 740       return pre + p + r + post;
 741     }
 742   }
 743
 744   /**
 745    * DOCUMENT ME!
 746    *
 747    * @param s
 748    *          DOCUMENT ME!
 749    * @param r
 750    *          DOCUMENT ME!
 751    *
 752    * @return DOCUMENT ME!
 753    */
 754   private String sign(int s, String r)
 755   {
 756     String p = "";
 757
 758     if (s < 0)
 759     {
 760       p = "-";
 761     }
 762     else if (s > 0)
 763     {
 764       if (show_plus)
 765       {
 766         p = "+";
 767       }
 768       else if (show_space)
 769       {
 770         p = " ";
 771       }
 772     }
 773     else
 774     {
 775       if ((fmt == 'o') && alternate && (r.length() > 0)
 776               && (r.charAt(0) != '0'))
 777       {
 778         p = "0";
 779       }
 780       else if ((fmt == 'x') && alternate)
 781       {
 782         p = "0x";
 783       }
 784       else if ((fmt == 'X') && alternate)
 785       {
 786         p = "0X";
 787       }
 788     }
 789
 790     int w = 0;
 791
 792     if (leading_zeroes)
 793     {
 794       w = width;
 795     }
 796     else if (((fmt == 'd') || (fmt == 'i') || (fmt == 'x') || (fmt == 'X') || (fmt == 'o'))
 797             && (precision > 0))
 798     {
 799       w = precision;
 800     }
 801
 802     return p + repeat('0', w - p.length() - r.length()) + r;
 803   }
 804
 805   /**
 806    * DOCUMENT ME!
 807    *
 808    * @param d
 809    *          DOCUMENT ME!
 810    *
 811    * @return DOCUMENT ME!
 812    */
 813   private String fixed_format(double d)
 814   {
 815     boolean removeTrailing = ((fmt == 'G') || (fmt == 'g')) && !alternate;
 816
 817     // remove trailing zeroes and decimal point
 818     if (d > 0x7FFFFFFFFFFFFFFFL)
 819     {
 820       return exp_format(d);
 821     }
 822
 823     if (precision == 0)
 824     {
 825       return (long) (d + 0.5) + (removeTrailing ? "" : ".");
 826     }
 827
 828     long whole = (long) d;
 829     double fr = d - whole; // fractional part
 830
 831     if ((fr >= 1) || (fr < 0))
 832     {
 833       return exp_format(d);
 834     }
 835
 836     double factor = 1;
 837     String leading_zeroes = "";
 838
 839     for (int i = 1; (i <= precision) && (factor <= 0x7FFFFFFFFFFFFFFFL); i++)
 840     {
 841       factor *= 10;
 842       leading_zeroes = leading_zeroes + "0";
 843     }
 844
 845     long l = (long) ((factor * fr) + 0.5);
 846
 847     if (l >= factor)
 848     {
 849       l = 0;
 850       whole++;
 851     }
 852
 853     // CSH 10-25-97
 854     String z = leading_zeroes + l;
 855     z = "." + z.substring(z.length() - precision, z.length());
 856
 857     if (removeTrailing)
 858     {
 859       int t = z.length() - 1;
 860
 861       while ((t >= 0) && (z.charAt(t) == '0'))
 862       {
 863         t--;
 864       }
 865
 866       if ((t >= 0) && (z.charAt(t) == '.'))
 867       {
 868         t--;
 869       }
 870
 871       z = z.substring(0, t + 1);
 872     }
 873
 874     return whole + z;
 875   }
 876
 877   /**
 878    * DOCUMENT ME!
 879    *
 880    * @param d
 881    *          DOCUMENT ME!
 882    *
 883    * @return DOCUMENT ME!
 884    */
 885   private String exp_format(double d)
 886   {
 887     String f = "";
 888     int e = 0;
 889     double dd = d;
 890     double factor = 1;
 891
 892     if (d != 0)
 893     {
 894       while (dd > 10)
 895       {
 896         e++;
 897         factor /= 10;
 898         dd = dd / 10;
 899       }
 900
 901       while (dd < 1)
 902       {
 903         e--;
 904         factor *= 10;
 905         dd = dd * 10;
 906       }
 907     }
 908
 909     if (((fmt == 'g') || (fmt == 'G')) && (e >= -4) && (e < precision))
 910     {
 911       return fixed_format(d);
 912     }
 913
 914     d = d * factor;
 915     f = f + fixed_format(d);
 916
 917     if ((fmt == 'e') || (fmt == 'g'))
 918     {
 919       f = f + "e";
 920     }
 921     else
 922     {
 923       f = f + "E";
 924     }
 925
 926     String p = "000";
 927
 928     if (e >= 0)
 929     {
 930       f = f + "+";
 931       p = p + e;
 932     }
 933     else
 934     {
 935       f = f + "-";
 936       p = p + (-e);
 937     }
 938
 939     return f + p.substring(p.length() - 3, p.length());
 940   }
 941 }