src/jalview/viewmodel/OverviewDimensions.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
  24 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  27 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  28
  29 import java.awt.Graphics;
  30
  31 public abstract class OverviewDimensions
  32 {
  33   protected static final int MAX_WIDTH = 400;
  34
  35   protected static final int MIN_WIDTH = 120;
  36
  37   protected static final int MIN_SEQ_HEIGHT = 40;
  38
  39   protected static final int MAX_SEQ_HEIGHT = 300;
  40
  41   private static final int DEFAULT_GRAPH_HEIGHT = 20;
  42
  43   protected int width;
  44
  45   protected int sequencesHeight;
  46
  47   protected int graphHeight = DEFAULT_GRAPH_HEIGHT;
  48
  49   protected int boxX = -1;
  50
  51   protected int boxY = -1;
  52
  53   protected int boxWidth = -1;
  54
  55   protected int boxHeight = -1;
  56
  57   protected int alwidth;
  58
  59   protected int alheight;
  60
  61   protected int transX;
  62
  63   protected int transY;
  64
  65   /**
  66    * Create an OverviewDimensions object
  67    *
  68    * @param ranges
  69    *          positional properties of the viewport
  70    * @param showAnnotationPanel
  71    *          true if the annotation panel is to be shown, false otherwise
  72    */
  73   public OverviewDimensions(ViewportRanges ranges,
  74           boolean showAnnotationPanel)
  75   {
  76     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment
  77     float initialScale = (float) ranges.getAbsoluteAlignmentWidth()
  78             / (float) ranges.getAbsoluteAlignmentHeight();
  79
  80     if (!showAnnotationPanel)
  81     {
  82       graphHeight = 0;
  83     }
  84
  85     if (ranges.getAbsoluteAlignmentWidth() > ranges
  86             .getAbsoluteAlignmentHeight())
  87     {
  88       // wider
  89       width = MAX_WIDTH;
  90       sequencesHeight = Math.round(MAX_WIDTH / initialScale);
  91       if (sequencesHeight < MIN_SEQ_HEIGHT)
  92       {
  93         sequencesHeight = MIN_SEQ_HEIGHT;
  94       }
  95     }
  96     else
  97     {
  98       // taller
  99       width = Math.round(MAX_WIDTH * initialScale);
 100       sequencesHeight = MAX_SEQ_HEIGHT;
 101
 102       if (width < MIN_WIDTH)
 103       {
 104         width = MIN_WIDTH;
 105       }
 106     }
 107   }
 108
 109   /**
 110    * Draw the overview panel's viewport box on a graphics object
 111    *
 112    * @param g
 113    *          the graphics object to draw on
 114    */
 115   public void drawBox(Graphics g)
 116   {
 117     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);
 118     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);
 119   }
 120
 121   public int getBoxX()
 122   {
 123     return boxX;
 124   }
 125
 126   public int getBoxY()
 127   {
 128     return boxY;
 129   }
 130
 131   public int getBoxWidth()
 132   {
 133     return boxWidth;
 134   }
 135
 136   public int getBoxHeight()
 137   {
 138     return boxHeight;
 139   }
 140
 141   public int getWidth()
 142   {
 143     return width;
 144   }
 145
 146   public int getHeight()
 147   {
 148     return sequencesHeight + graphHeight;
 149   }
 150
 151   public int getSequencesHeight()
 152   {
 153     return sequencesHeight;
 154   }
 155
 156   public int getGraphHeight()
 157   {
 158     return graphHeight;
 159   }
 160
 161   public float getPixelsPerCol()
 162   {
 163     resetAlignmentDims();
 164     return (float) width / alwidth;
 165   }
 166
 167   public float getPixelsPerSeq()
 168   {
 169     resetAlignmentDims();
 170     return (float) sequencesHeight / alheight;
 171   }
 172
 173   public void setWidth(int w)
 174   {
 175     width = w;
 176   }
 177
 178   public void setHeight(int h)
 179   {
 180     sequencesHeight = h - graphHeight;
 181   }
 182
 183   /**
 184    * Update the viewport location from a mouse click in the overview panel
 185    *
 186    * @param mousex
 187    *          x location of mouse
 188    * @param mousey
 189    *          y location of mouse
 190    * @param hiddenSeqs
 191    *          the alignment's hidden sequences
 192    * @param hiddenCols
 193    *          the alignment's hidden columns
 194    */
 195   public abstract void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
 196           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols);
 197
 198   public abstract void adjustViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
 199           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols);
 200
 201   public abstract void setDragPoint(int x, int y,
 202           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols);
 203
 204   protected abstract void updateViewportFromTopLeft(int mousex, int mousey,
 205           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols);
 206
 207   /**
 208    * Set the overview panel's box position to match the viewport
 209    *
 210    * @param hiddenSeqs
 211    *          the alignment's hidden sequences
 212    * @param hiddenCols
 213    *          the alignment's hidden columns
 214    */
 215   public abstract void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 216           HiddenColumns hiddenCols);
 217
 218   /**
 219    * Get the collection of columns used by this overview dimensions object
 220    *
 221    * @param hiddenCols
 222    *          the alignment's hidden columns
 223    * @return a column collection
 224    */
 225   public abstract AlignmentColsCollectionI getColumns(AlignmentI al);
 226
 227   /**
 228    * Get the collection of rows used by this overview dimensions object
 229    *
 230    * @param al
 231    *          the alignment
 232    * @return a row collection
 233    */
 234   public abstract AlignmentRowsCollectionI getRows(AlignmentI al);
 235
 236   /**
 237    * Updates overview dimensions to account for current alignment dimensions
 238    */
 239   protected abstract void resetAlignmentDims();
 240
 241   protected void setBoxPosition(int startRes, int startSeq, int vpwidth,
 242           int vpheight)
 243   {
 244     resetAlignmentDims();
 245
 246     // boxX, boxY is the x,y location equivalent to startRes, startSeq
 247     boxX = Math.round((float) startRes * width / alwidth);
 248     boxY = Math.round((float) startSeq * sequencesHeight / alheight);
 249
 250     // boxWidth is the width in residues translated to pixels
 251     boxWidth = Math.round((float) vpwidth * width / alwidth);
 252
 253     // boxHeight is the height in sequences translated to pixels
 254     boxHeight = Math.round((float) vpheight * sequencesHeight / alheight);
 255
 256     System.out.println("Update box: x: " + boxX);
 257   }
 258
 259   /**
 260    * Answers if a mouse position is in the overview's red box
 261    *
 262    * @param x
 263    *          mouse x position
 264    * @param y
 265    *          mouse y position
 266    * @return true if (x,y) is inside the box
 267    */
 268   public boolean isPositionInBox(int x, int y)
 269   {
 270     return (x > boxX && y > boxY && x < boxX + boxWidth
 271             && y < boxY + boxHeight);
 272   }
 273
 274   protected abstract int getLeftXFromCentreX(int mousex, HiddenColumns hidden);
 275
 276   protected abstract int getTopYFromCentreY(int mousey,
 277           HiddenSequences hidden);
 278
 279 }