src/jalview/viewmodel/OverviewDimensions.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel;
  22
  23 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  24 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  25
  26 import java.awt.Graphics;
  27
  28 public class OverviewDimensions
  29 {
  30   // Default width and height values
  31   private static final int DEFAULT_GRAPH_HEIGHT = 20;
  32
  33   private static final int MAX_WIDTH = 400;
  34
  35   private static final int MIN_WIDTH = 120;
  36
  37   private static final int MIN_SEQ_HEIGHT = 40;
  38
  39   private static final int MAX_SEQ_HEIGHT = 300;
  40
  41   // width of the overview panel
  42   private int width;
  43
  44   // height of sequences part of the overview panel
  45   private int sequencesHeight;
  46
  47   // height of the graphs part of the overview panel
  48   private int graphHeight = DEFAULT_GRAPH_HEIGHT;
  49
  50   // dimensions of box outlining current extent of view in alignment panel
  51   // location of left side of box
  52   private int boxX = -1;
  53
  54   // location of bottom of box
  55   private int boxY = -1;
  56
  57   // width of box
  58   private int boxWidth = -1;
  59
  60   // height of box
  61   private int boxHeight = -1;
  62
  63   // scroll position in viewport corresponding to boxX
  64   private int scrollCol = -1;
  65
  66   // scroll position in viewport corresponding to boxY
  67   private int scrollRow = -1;
  68
  69   /**
  70    * Create an OverviewDimensions object
  71    *
  72    * @param ranges
  73    *          positional properties of the viewport
  74    * @param showAnnotationPanel
  75    *          true if the annotation panel is to be shown, false otherwise
  76    */
  77   public OverviewDimensions(ViewportRanges ranges,
  78           boolean showAnnotationPanel)
  79   {
  80     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment
  81     float initialScale = (float) ranges.getAbsoluteAlignmentWidth()
  82             / (float) ranges.getAbsoluteAlignmentHeight();
  83
  84     if (!showAnnotationPanel)
  85     {
  86       graphHeight = 0;
  87     }
  88
  89     if (ranges.getAbsoluteAlignmentWidth() > ranges
  90             .getAbsoluteAlignmentHeight())
  91     {
  92       // wider
  93       width = MAX_WIDTH;
  94       sequencesHeight = Math.round(MAX_WIDTH / initialScale);
  95       if (sequencesHeight < MIN_SEQ_HEIGHT)
  96       {
  97         sequencesHeight = MIN_SEQ_HEIGHT;
  98       }
  99     }
 100     else
 101     {
 102       // taller
 103       width = Math.round(MAX_WIDTH * initialScale);
 104       sequencesHeight = MAX_SEQ_HEIGHT;
 105
 106       if (width < MIN_WIDTH)
 107       {
 108         width = MIN_WIDTH;
 109       }
 110     }
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Check box dimensions and scroll positions and correct if necessary
 115    *
 116    * @param mousex
 117    *          x position in overview panel
 118    * @param mousey
 119    *          y position in overview panel
 120    * @param hiddenSeqs
 121    *          hidden sequences
 122    * @param hiddenCols
 123    *          hidden columns
 124    * @param ranges
 125    *          viewport position properties
 126    */
 127   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
 128           HiddenSequences hiddenSeqs, ColumnSelection hiddenCols,
 129           ViewportRanges ranges)
 130   {
 131     int x = mousex;
 132     int y = mousey;
 133
 134     int alwidth = ranges.getAbsoluteAlignmentWidth();
 135     int alheight = ranges.getAbsoluteAlignmentHeight();
 136
 137     if (x < 0)
 138     {
 139       x = 0;
 140     }
 141
 142     if (y < 0)
 143     {
 144       y = 0;
 145     }
 146
 147     //
 148     // Convert x value to residue position
 149     //
 150
 151     // need to determine where scrollCol should be, given x
 152     // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
 153     // correction
 154
 155     // convert x to residues - this is an absolute position
 156     int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
 157
 158     // get viewport width in residues
 159     int vpwidth = ranges.getViewportWidth();
 160
 161     // get where x should be when accounting for hidden cols
 162     // if x is in a hidden col region, shift to left - but we still need
 163     // absolute position
 164     // so convert back after getting visible region position
 165     int visXAsRes = hiddenCols.findColumnPosition(xAsRes);
 166
 167     // check in case we went off the edge of the alignment
 168     int visAlignWidth = hiddenCols.findColumnPosition(alwidth - 1);
 169     if (visXAsRes + vpwidth - 1 > visAlignWidth)
 170     {
 171       // went past the end of the alignment, adjust backwards
 172
 173       // if last position was before the end of the alignment, need to update
 174       if ((scrollCol + vpwidth - 1) < visAlignWidth)
 175       {
 176         visXAsRes = hiddenCols.findColumnPosition(hiddenCols
 177                 .subtractVisibleColumns(vpwidth - 1, alwidth - 1));
 178       }
 179       else
 180       {
 181         visXAsRes = scrollCol;
 182       }
 183     }
 184
 185     //
 186     // Convert y value to sequence position
 187     //
 188
 189     // convert y to residues
 190     int yAsSeq = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
 191
 192     // get viewport height in sequences
 193     int vpheight = ranges.getViewportHeight();
 194
 195     // get where y should be when accounting for hidden rows
 196     // if y is in a hidden row region, shift up - but we still need absolute
 197     // position,
 198     // so convert back after getting visible region position
 199     yAsSeq = hiddenSeqs.adjustForHiddenSeqs(hiddenSeqs
 200             .findIndexWithoutHiddenSeqs(yAsSeq));
 201
 202     // check in case we went off the edge of the alignment
 203     int visAlignHeight = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(alheight);
 204     int visYAsRes = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(yAsSeq);
 205     if (visYAsRes + vpheight - 1 > visAlignHeight)
 206     {
 207       // went past the end of the alignment, adjust backwards
 208       if ((scrollRow + vpheight - 1) < visAlignHeight)
 209       {
 210         visYAsRes = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(hiddenSeqs
 211                 .subtractVisibleRows(vpheight - 1, alheight - 1));
 212       }
 213       else
 214       {
 215         visYAsRes = scrollRow;
 216       }
 217     }
 218
 219     // update scroll values
 220     // scrollCol = visXAsRes;
 221     // scrollRow = visYAsRes;
 222     ranges.setStartRes(visXAsRes);
 223
 224     ranges.setStartSeq(visYAsRes);
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 229    * changed
 230    *
 231    * @param hiddenSeqs
 232    *          hidden sequences
 233    * @param hiddenCols
 234    *          hidden columns
 235    * @param ranges
 236    *          viewport position properties
 237    */
 238   public void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 239           ColumnSelection hiddenCols, ViewportRanges ranges)
 240   {
 241     int alwidth = ranges.getAbsoluteAlignmentWidth();
 242     int alheight = ranges.getAbsoluteAlignmentHeight();
 243
 244     // work with absolute values of startRes and endRes
 245     int startRes = hiddenCols.adjustForHiddenColumns(ranges.getStartRes());
 246     int endRes = hiddenCols.adjustForHiddenColumns(ranges.getEndRes());
 247
 248     // work with absolute values of startSeq and endSeq
 249     int startSeq = hiddenSeqs.adjustForHiddenSeqs(ranges.getStartSeq());
 250     int endSeq = hiddenSeqs.adjustForHiddenSeqs(ranges.getEndSeq());
 251
 252     // boxX, boxY is the x,y location equivalent to startRes, startSeq
 253     boxX = Math.round((float) startRes * width / alwidth);
 254     boxY = Math.round((float) startSeq * sequencesHeight / alheight);
 255
 256     // boxWidth is the width in residues translated to pixels
 257     // since the box includes both the start and end residues, add 1 to the
 258     // difference
 259     boxWidth = Math
 260             .round((float) (endRes - startRes + 1) * width / alwidth);
 261     // boxHeight is the height in sequences translated to pixels
 262     boxHeight = Math.round((float) (endSeq - startSeq + 1)
 263             * sequencesHeight
 264             / alheight);
 265   }
 266
 267   /**
 268    * Draw the overview panel's viewport box on a graphics object
 269    *
 270    * @param g
 271    *          the graphics object to draw on
 272    */
 273   public void drawBox(Graphics g)
 274   {
 275     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);
 276     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);
 277   }
 278
 279   /*public int getScrollCol()
 280   {
 281     return scrollCol;
 282   }
 283
 284   public int getScrollRow()
 285   {
 286     return scrollRow;
 287   }*/
 288
 289   // TODO should be removed, when unit test has mock Graphics object available
 290   // to check boxX/boxY
 291   public int getBoxX()
 292   {
 293     return boxX;
 294   }
 295
 296   // TODO should be removed, when unit test has mock Graphics object available
 297   // to check boxX/boxY
 298   public int getBoxY()
 299   {
 300     return boxY;
 301   }
 302
 303   // TODO should be removed, when unit test has mock Graphics object available
 304   public int getBoxWidth()
 305   {
 306     return boxWidth;
 307   }
 308
 309   // TODO should be removed, when unit test has mock Graphics object available
 310   public int getBoxHeight()
 311   {
 312     return boxHeight;
 313   }
 314
 315   public void setWidth(int w)
 316   {
 317     width = w;
 318   }
 319
 320   public void setHeight(int h)
 321   {
 322     sequencesHeight = h - graphHeight;
 323   }
 324
 325   public int getWidth()
 326   {
 327     return width;
 328   }
 329
 330   public int getHeight()
 331   {
 332     return sequencesHeight + graphHeight;
 333   }
 334
 335   public int getSequencesHeight()
 336   {
 337     return sequencesHeight;
 338   }
 339
 340   public int getGraphHeight()
 341   {
 342     return graphHeight;
 343   }
 344 }