src/jalview/viewmodel/OverviewDimensions.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel;
  22
  23 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  24 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  25
  26 import java.awt.Graphics;
  27
  28 public class OverviewDimensions
  29 {
  30   // Default width and height values
  31   private static final int DEFAULT_GRAPH_HEIGHT = 20;
  32
  33   private static final int MAX_WIDTH = 400;
  34
  35   private static final int MIN_WIDTH = 120;
  36
  37   private static final int MIN_SEQ_HEIGHT = 40;
  38
  39   private static final int MAX_SEQ_HEIGHT = 300;
  40
  41   // width of the overview panel
  42   private int width;
  43
  44   // height of sequences part of the overview panel
  45   private int sequencesHeight;
  46
  47   // height of the graphs part of the overview panel
  48   private int graphHeight = DEFAULT_GRAPH_HEIGHT;
  49
  50   // dimensions of box outlining current extent of view in alignment panel
  51   // location of left side of box
  52   private int boxX = -1;
  53
  54   // location of bottom of box
  55   private int boxY = -1;
  56
  57   // width of box
  58   private int boxWidth = -1;
  59
  60   // height of box
  61   private int boxHeight = -1;
  62
  63   // scroll position in viewport corresponding to boxX
  64   private int scrollCol = -1;
  65
  66   // scroll position in viewport corresponding to boxY
  67   private int scrollRow = -1;
  68
  69   /**
  70    * Create an OverviewDimensions object
  71    *
  72    * @param props
  73    *          positional properties of the viewport
  74    * @param showAnnotationPanel
  75    *          true if the annotation panel is to be shown, false otherwise
  76    */
  77   public OverviewDimensions(ViewportPositionProps props,
  78           boolean showAnnotationPanel)
  79   {
  80     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment
  81     float initialScale = (float) props.getAbsoluteAlignmentWidth()
  82             / (float) props.getAbsoluteAlignmentHeight();
  83
  84     if (!showAnnotationPanel)
  85     {
  86       graphHeight = 0;
  87     }
  88
  89     if (props.getAbsoluteAlignmentWidth() > props
  90             .getAbsoluteAlignmentHeight())
  91     {
  92       // wider
  93       width = MAX_WIDTH;
  94       sequencesHeight = (int) (MAX_WIDTH / initialScale);
  95       if (sequencesHeight < MIN_SEQ_HEIGHT)
  96       {
  97         sequencesHeight = MIN_SEQ_HEIGHT;
  98       }
  99     }
 100     else
 101     {
 102       // taller
 103       width = (int) (MAX_WIDTH * initialScale);
 104       sequencesHeight = MAX_SEQ_HEIGHT;
 105
 106       if (width < MIN_WIDTH)
 107       {
 108         width = MIN_WIDTH;
 109       }
 110     }
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Check box dimensions and scroll positions and correct if necessary
 115    *
 116    * @param mousex
 117    *          x position in overview panel
 118    * @param mousey
 119    *          y position in overview panel
 120    * @param hiddenSeqs
 121    *          hidden sequences
 122    * @param hiddenCols
 123    *          hidden columns
 124    * @param props
 125    *          viewport position properties
 126    */
 127   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
 128           HiddenSequences hiddenSeqs, ColumnSelection hiddenCols,
 129           ViewportPositionProps props)
 130   {
 131     int x = mousex;
 132     int y = mousey;
 133
 134     int alwidth = props.getAbsoluteAlignmentWidth();
 135     int alheight = props.getAbsoluteAlignmentHeight();
 136
 137     if (x < 0)
 138     {
 139       x = 0;
 140     }
 141
 142     if (y < 0)
 143     {
 144       y = 0;
 145     }
 146
 147     //
 148     // Convert x value to residue position
 149     //
 150
 151     // need to determine where scrollCol should be, given x
 152     // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
 153     // correction
 154
 155     // convert x to residues - this is an absolute position
 156     int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
 157
 158     // get viewport width in residues
 159     int vpwidth = props.getEndRes() - props.getStartRes() + 1;
 160
 161     // get where x should be when accounting for hidden cols
 162     // if x is in a hidden col region, shift to left - but we still need
 163     // absolute position
 164     // so convert back after getting visible region position
 165     xAsRes = hiddenCols.adjustForHiddenColumns(hiddenCols
 166             .findColumnPosition(xAsRes));
 167
 168     // get where end res should be by adding the viewport width on
 169     // subtract 1 because the width includes endRes
 170     int endRes = xAsRes + vpwidth - 1;
 171
 172     // check in case we went off the edge of the alignment
 173     int visAlignWidth = hiddenCols.findColumnPosition(alwidth);
 174     if (endRes > visAlignWidth - 1)
 175     {
 176       // went past the end of the alignment, adjust backwards
 177       endRes = visAlignWidth - 1;
 178       // recalc xAsRes backwards from endRes
 179       // add 1 because width includes xAsRes
 180       xAsRes = hiddenCols.adjustForHiddenColumns(endRes - vpwidth + 1);
 181     }
 182
 183     //
 184     // Convert y value to sequence position
 185     //
 186
 187     // convert y to residues
 188     int yAsSeq = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
 189
 190     // get viewport height in sequences
 191     // add 1 because height includes both endSeq and startSeq
 192     int vpheight = props.getEndSeq() - props.getStartSeq() + 1;
 193
 194     // get where y should be when accounting for hidden rows
 195     // if y is in a hidden row region, shift up - but we still need absolute
 196     // position,
 197     // so convert back after getting visible region position
 198     yAsSeq = hiddenSeqs.adjustForHiddenSeqs(hiddenSeqs
 199             .findIndexWithoutHiddenSeqs(yAsSeq));
 200
 201     // get where end seq should be by adding the viewport height on
 202     int endSeq = yAsSeq + vpheight - 1;
 203
 204     // check in case we went off the edge of the alignment
 205     int visAlignHeight = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(alheight);
 206     if (hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(endSeq) > visAlignHeight - 1)
 207     {
 208       // went past the end of the alignment, adjust backwards
 209       endSeq = visAlignHeight - 1;
 210       // recalc yAsSeq backwards from endSeq
 211       yAsSeq = endSeq - vpheight + 1;
 212     }
 213
 214     // convert absolute positions back to visible alignment positions for
 215     // viewport scrolling
 216     scrollCol = hiddenCols.findColumnPosition(xAsRes);
 217     scrollRow = hiddenSeqs.findIndexWithoutHiddenSeqs(yAsSeq);
 218   }
 219
 220   /**
 221    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 222    * changed
 223    *
 224    * @param hiddenSeqs
 225    *          hidden sequences
 226    * @param hiddenCols
 227    *          hidden columns
 228    * @param props
 229    *          viewport position properties
 230    */
 231   public void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 232           ColumnSelection hiddenCols, ViewportPositionProps props)
 233   {
 234     int alwidth = props.getAbsoluteAlignmentWidth();
 235     int alheight = props.getAbsoluteAlignmentHeight();
 236
 237     // work with absolute values of startRes and endRes
 238     int startRes = hiddenCols.adjustForHiddenColumns(props.getStartRes());
 239     int endRes = hiddenCols.adjustForHiddenColumns(props.getEndRes());
 240
 241     // work with absolute values of startSeq and endSeq
 242     int startSeq = hiddenSeqs.adjustForHiddenSeqs(props.getStartSeq());
 243     int endSeq = hiddenSeqs.adjustForHiddenSeqs(props.getEndSeq());
 244
 245     // boxX, boxY is the x,y location equivalent to startRes, startSeq
 246     boxX = Math.round((float) startRes * width / alwidth);
 247     boxY = Math.round((float) startSeq * sequencesHeight / alheight);
 248
 249     // boxWidth is the width in residues translated to pixels
 250     // since the box includes both the start and end residues, add 1 to the
 251     // difference
 252     boxWidth = Math
 253             .round((float) (endRes - startRes + 1) * width / alwidth);
 254     // boxHeight is the height in sequences translated to pixels
 255     // since the box includes both the start and end sequences, add 1 to the
 256     // difference
 257     boxHeight = Math.round((float) (endSeq - startSeq + 1)
 258             * sequencesHeight
 259             / alheight);
 260   }
 261
 262   /**
 263    * Draw the overview panel's viewport box on a graphics object
 264    *
 265    * @param g
 266    *          the graphics object to draw on
 267    */
 268   public void drawBox(Graphics g)
 269   {
 270     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);
 271     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);
 272   }
 273
 274   // don't like this, scroll vals are separate from setting code
 275   public int getScrollCol()
 276   {
 277     return scrollCol;
 278   }
 279
 280   public int getScrollRow()
 281   {
 282     return scrollRow;
 283   }
 284
 285   // TODO should be removed, when unit test has mock Graphics object available
 286   // to check boxX/boxY
 287   public int getBoxX()
 288   {
 289     return boxX;
 290   }
 291
 292   // TODO should be removed, when unit test has mock Graphics object available
 293   // to check boxX/boxY
 294   public int getBoxY()
 295   {
 296     return boxY;
 297   }
 298
 299   // TODO should be removed, when unit test has mock Graphics object available
 300   public int getBoxWidth()
 301   {
 302     return boxWidth;
 303   }
 304
 305   // TODO should be removed, when unit test has mock Graphics object available
 306   public int getBoxHeight()
 307   {
 308     return boxHeight;
 309   }
 310
 311   public void setWidth(int w)
 312   {
 313     width = w;
 314   }
 315
 316   public void setHeight(int h)
 317   {
 318     sequencesHeight = h - graphHeight;
 319   }
 320
 321   public int getWidth()
 322   {
 323     return width;
 324   }
 325
 326   public int getHeight()
 327   {
 328     return sequencesHeight + graphHeight;
 329   }
 330
 331   public int getSequencesHeight()
 332   {
 333     return sequencesHeight;
 334   }
 335
 336   public int getGraphHeight()
 337   {
 338     return graphHeight;
 339   }
 340 }