src/jalview/viewmodel/OverviewDimensionsHideHidden.java

   1 package jalview.viewmodel;
   2
   3 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
   4 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
   7 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
   8 import jalview.datamodel.VisibleColsCollection;
   9 import jalview.datamodel.VisibleRowsCollection;
  10
  11 public class OverviewDimensionsHideHidden extends OverviewDimensions
  12 {
  13   private ViewportRanges ranges;
  14
  15   public OverviewDimensionsHideHidden(ViewportRanges vpranges,
  16           boolean showAnnotationPanel)
  17   {
  18     super(vpranges, showAnnotationPanel);
  19     ranges = vpranges;
  20     resetAlignmentDims();
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
  25           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols)
  26   {
  27     int xAsRes = getLeftXFromCentreX(mousex, hiddenCols);
  28     int yAsSeq = getTopYFromCentreY(mousey, hiddenSeqs);
  29
  30     updateViewportFromTopLeft(xAsRes, yAsSeq, hiddenSeqs, hiddenCols);
  31
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public void adjustViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
  36           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols)
  37   {
  38     // calculate translation in pixel terms:
  39     // get mouse location in viewport coords, add translation in viewport
  40     // coords, and update viewport as usual
  41     int vpx = Math.round((float) mousex * alwidth / width);
  42     int vpy = Math.round((float) mousey * alheight / sequencesHeight);
  43
  44     updateViewportFromTopLeft(vpx + fixedX, vpy + fixedY, hiddenSeqs,
  45             hiddenCols);
  46
  47   }
  48
  49   @Override
  50   protected void updateViewportFromTopLeft(int xAsRes, int yAsSeq,
  51           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols)
  52   {
  53
  54     resetAlignmentDims();
  55
  56     if (xAsRes < 0)
  57     {
  58       xAsRes = 0;
  59     }
  60
  61     if (yAsSeq < 0)
  62     {
  63       yAsSeq = 0;
  64     }
  65
  66     //
  67     // Convert x value to residue position
  68     //
  69
  70     // need to determine where scrollCol should be, given x
  71     // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
  72     // correction
  73
  74     // convert x to residues - this is an absolute position
  75     // int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
  76
  77     // get viewport width in residues
  78     int vpwidth = ranges.getViewportWidth();
  79
  80     if (xAsRes + vpwidth > alwidth)
  81     {
  82       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  83
  84       // if last position was before the end of the alignment, need to update
  85       if (ranges.getStartRes() < alwidth)
  86       {
  87         xAsRes = alwidth - vpwidth;
  88       }
  89       else
  90       {
  91         xAsRes = ranges.getStartRes();
  92       }
  93     }
  94
  95
  96     //
  97     // Convert y value to sequence position
  98     //
  99
 100     // get viewport height in sequences
 101     // add 1 because height includes both endSeq and startSeq
 102     int vpheight = ranges.getViewportHeight();
 103
 104     if (yAsSeq + vpheight > alheight)
 105     {
 106       // went past the end of the alignment, adjust backwards
 107       if (ranges.getEndSeq() < alheight)
 108       {
 109         yAsSeq = alheight - vpheight;
 110       }
 111       else
 112       {
 113         yAsSeq = ranges.getStartSeq();
 114       }
 115     }
 116
 117     // update viewport
 118     ranges.setStartRes(xAsRes);
 119     ranges.setStartSeq(yAsSeq);
 120
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 125           HiddenColumns hiddenCols)
 126   {
 127     setBoxPosition(ranges.getStartRes(), ranges.getStartSeq(),
 128             ranges.getViewportWidth(), ranges.getViewportHeight());
 129   }
 130
 131   @Override
 132   public AlignmentColsCollectionI getColumns(AlignmentI al)
 133   {
 134     return new VisibleColsCollection(0,
 135             ranges.getAbsoluteAlignmentWidth() - 1, al);
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public AlignmentRowsCollectionI getRows(AlignmentI al)
 140   {
 141     return new VisibleRowsCollection(0,
 142             ranges.getAbsoluteAlignmentHeight() - 1, al);
 143   }
 144
 145   @Override
 146   protected void resetAlignmentDims()
 147   {
 148     alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 149     alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
 150   }
 151
 152   @Override
 153   protected int getLeftXFromCentreX(int mousex, HiddenColumns hidden)
 154   {
 155     int vpx = Math.round((float) mousex * alwidth / width);
 156     return vpx - ranges.getViewportWidth() / 2;
 157   }
 158
 159   @Override
 160   protected int getTopYFromCentreY(int mousey, HiddenSequences hidden)
 161   {
 162     int vpy = Math.round((float) mousey * alheight / sequencesHeight);
 163     return vpy - ranges.getViewportHeight() / 2;
 164   }
 165
 166   @Override
 167   public void setDragPoint(int x, int y, HiddenSequences hiddenSeqs,
 168           HiddenColumns hiddenCols)
 169   {
 170     // get alignment position of x and box (can get directly from vpranges) and
 171     // calc difference
 172     int vpx = Math.round((float) x * alwidth / width);
 173
 174     int vpy = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
 175
 176     fixedX = ranges.getStartRes() - vpx;
 177     fixedY = ranges.getStartSeq() - vpy;
 178
 179   }
 180
 181 }