src/jalview/viewmodel/ViewportRanges.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25
  26 /**
  27  * Slightly less embryonic class which: Supplies and updates viewport properties
  28  * relating to position such as: start and end residues and sequences; ideally
  29  * will serve hidden columns/rows too. Intention also to support calculations
  30  * for positioning, scrolling etc. such as finding the middle of the viewport,
  31  * checking for scrolls off screen
  32  */
  33 public class ViewportRanges extends ViewportProperties
  34 {
  35   public static final String STARTRES = "startres";
  36
  37   public static final String ENDRES = "endres";
  38
  39   public static final String STARTSEQ = "startseq";
  40
  41   public static final String ENDSEQ = "endseq";
  42
  43   private boolean wrappedMode = false;
  44
  45   // start residue of viewport
  46   private int startRes;
  47
  48   // end residue of viewport
  49   private int endRes;
  50
  51   // start sequence of viewport
  52   private int startSeq;
  53
  54   // end sequence of viewport
  55   private int endSeq;
  56
  57   // alignment
  58   private AlignmentI al;
  59
  60   /**
  61    * Constructor
  62    *
  63    * @param alignment
  64    *          the viewport's alignment
  65    */
  66   public ViewportRanges(AlignmentI alignment)
  67   {
  68     // initial values of viewport settings
  69     this.startRes = 0;
  70     this.endRes = alignment.getWidth() - 1;
  71     this.startSeq = 0;
  72     this.endSeq = alignment.getHeight() - 1;
  73     this.al = alignment;
  74   }
  75
  76   /**
  77    * Get alignment width in cols, including hidden cols
  78    */
  79   public int getAbsoluteAlignmentWidth()
  80   {
  81     return al.getWidth();
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Get alignment height in rows, including hidden rows
  86    */
  87   public int getAbsoluteAlignmentHeight()
  88   {
  89     return al.getHeight() + al.getHiddenSequences().getSize();
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Get alignment width in cols, excluding hidden cols
  94    */
  95   public int getVisibleAlignmentWidth()
  96   {
  97     return al.getWidth() - al.getHiddenColumns().getSize();
  98   }
  99
 100   /**
 101    * Get alignment height in rows, excluding hidden rows
 102    */
 103   public int getVisibleAlignmentHeight()
 104   {
 105     return al.getHeight();
 106   }
 107
 108   /**
 109    * Set first residue visible in the viewport, and retain the current width.
 110    * Fires a property change event.
 111    *
 112    * @param res
 113    *          residue position
 114    */
 115   public void setStartRes(int res)
 116   {
 117     int width = getViewportWidth();
 118     setStartEndRes(res, res + width - 1);
 119   }
 120
 121   /**
 122    * Set start and end residues at the same time. This method only fires one
 123    * event for the two changes, and should be used in preference to separate
 124    * calls to setStartRes and setEndRes.
 125    *
 126    * @param start
 127    *          the start residue
 128    * @param end
 129    *          the end residue
 130    */
 131   public void setStartEndRes(int start, int end)
 132   {
 133     int oldstartres = this.startRes;
 134
 135     /*
 136      * if not wrapped, don't leave white space at the right margin
 137      */
 138     int lastColumn = getVisibleAlignmentWidth() - 1;
 139     if (!wrappedMode && (start > lastColumn))
 140     {
 141       startRes = Math.max(lastColumn, 0);
 142     }
 143     else if (start < 0)
 144     {
 145       startRes = 0;
 146     }
 147     else
 148     {
 149       startRes = start;
 150     }
 151
 152     int oldendres = this.endRes;
 153     if (end < 0)
 154     {
 155       endRes = 0;
 156     }
 157     else if (!wrappedMode && (end > lastColumn))
 158     {
 159       endRes = Math.max(lastColumn, 0);
 160     }
 161     else
 162     {
 163       endRes = end;
 164     }
 165
 166     changeSupport.firePropertyChange(STARTRES, oldstartres, startRes);
 167     if (oldstartres == startRes)
 168     {
 169       // event won't be fired if start positions are same
 170       // fire an event for the end positions in case they changed
 171       changeSupport.firePropertyChange(ENDRES, oldendres, endRes);
 172     }
 173   }
 174
 175   /**
 176    * Set the first sequence visible in the viewport, maintaining the height. If
 177    * the viewport would extend past the last sequence, sets the viewport so it
 178    * sits at the bottom of the alignment. Fires a property change event.
 179    *
 180    * @param seq
 181    *          sequence position
 182    */
 183   public void setStartSeq(int seq)
 184   {
 185     int startseq = seq;
 186     int height = getViewportHeight();
 187     if (startseq + height - 1 > getVisibleAlignmentHeight() - 1)
 188     {
 189       startseq = getVisibleAlignmentHeight() - height;
 190     }
 191     setStartEndSeq(startseq, startseq + height - 1);
 192   }
 193
 194   /**
 195    * Set start and end sequences at the same time. The viewport height may
 196    * change. This method only fires one event for the two changes, and should be
 197    * used in preference to separate calls to setStartSeq and setEndSeq.
 198    *
 199    * @param start
 200    *          the start sequence
 201    * @param end
 202    *          the end sequence
 203    */
 204   public void setStartEndSeq(int start, int end)
 205   {
 206     int oldstartseq = this.startSeq;
 207     int visibleHeight = getVisibleAlignmentHeight();
 208     if (start > visibleHeight - 1)
 209     {
 210       startSeq = Math.max(visibleHeight - 1, 0);
 211     }
 212     else if (start < 0)
 213     {
 214       startSeq = 0;
 215     }
 216     else
 217     {
 218       startSeq = start;
 219     }
 220
 221     int oldendseq = this.endSeq;
 222     if (end >= visibleHeight)
 223     {
 224       endSeq = Math.max(visibleHeight - 1, 0);
 225     }
 226     else if (end < 0)
 227     {
 228       endSeq = 0;
 229     }
 230     else
 231     {
 232       endSeq = end;
 233     }
 234
 235     changeSupport.firePropertyChange(STARTSEQ, oldstartseq, startSeq);
 236     if (oldstartseq == startSeq)
 237     {
 238       // event won't be fired if start positions are the same
 239       // fire in case the end positions changed
 240       changeSupport.firePropertyChange(ENDSEQ, oldendseq, endSeq);
 241     }
 242   }
 243
 244   /**
 245    * Set the last sequence visible in the viewport. Fires a property change
 246    * event.
 247    *
 248    * @param seq
 249    *          sequence position
 250    */
 251   public void setEndSeq(int seq)
 252   {
 253     int height = getViewportHeight();
 254     setStartEndSeq(seq - height + 1, seq);
 255   }
 256
 257   /**
 258    * Get start residue of viewport
 259    */
 260   public int getStartRes()
 261   {
 262     return startRes;
 263   }
 264
 265   /**
 266    * Get end residue of viewport
 267    */
 268   public int getEndRes()
 269   {
 270     return endRes;
 271   }
 272
 273   /**
 274    * Get start sequence of viewport
 275    */
 276   public int getStartSeq()
 277   {
 278     return startSeq;
 279   }
 280
 281   /**
 282    * Get end sequence of viewport
 283    */
 284   public int getEndSeq()
 285   {
 286     return endSeq;
 287   }
 288
 289   /**
 290    * Set viewport width in residues, without changing startRes. Use in
 291    * preference to calculating endRes from the width, to avoid out by one
 292    * errors! Fires a property change event.
 293    *
 294    * @param w
 295    *          width in residues
 296    */
 297   public void setViewportWidth(int w)
 298   {
 299     setStartEndRes(startRes, startRes + w - 1);
 300   }
 301
 302   /**
 303    * Set viewport height in residues, without changing startSeq. Use in
 304    * preference to calculating endSeq from the height, to avoid out by one
 305    * errors! Fires a property change event.
 306    *
 307    * @param h
 308    *          height in sequences
 309    */
 310   public void setViewportHeight(int h)
 311   {
 312     setStartEndSeq(startSeq, startSeq + h - 1);
 313   }
 314
 315   /**
 316    * Set viewport horizontal start position and width. Use in preference to
 317    * calculating endRes from the width, to avoid out by one errors! Fires a
 318    * property change event.
 319    *
 320    * @param start
 321    *          start residue
 322    * @param w
 323    *          width in residues
 324    */
 325   public void setViewportStartAndWidth(int start, int w)
 326   {
 327     int vpstart = start;
 328     if (vpstart < 0)
 329     {
 330       vpstart = 0;
 331     }
 332
 333     /*
 334      * if not wrapped, don't leave white space at the right margin
 335      */
 336     if (!wrappedMode)
 337     {
 338       if ((w <= getVisibleAlignmentWidth())
 339               && (vpstart + w - 1 > getVisibleAlignmentWidth() - 1))
 340       {
 341         vpstart = getVisibleAlignmentWidth() - w;
 342       }
 343
 344     }
 345     setStartEndRes(vpstart, vpstart + w - 1);
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Set viewport vertical start position and height. Use in preference to
 350    * calculating endSeq from the height, to avoid out by one errors! Fires a
 351    * property change event.
 352    *
 353    * @param start
 354    *          start sequence
 355    * @param h
 356    *          height in sequences
 357    */
 358   public void setViewportStartAndHeight(int start, int h)
 359   {
 360     int vpstart = start;
 361     if (vpstart < 0)
 362     {
 363       vpstart = 0;
 364     }
 365     else if ((h <= getVisibleAlignmentHeight())
 366             && (vpstart + h - 1 > getVisibleAlignmentHeight() - 1))
 367     // viewport height is less than the full alignment and we are running off
 368     // the bottom
 369     {
 370       vpstart = getVisibleAlignmentHeight() - h;
 371     }
 372     setStartEndSeq(vpstart, vpstart + h - 1);
 373   }
 374
 375   /**
 376    * Get width of viewport in residues
 377    *
 378    * @return width of viewport
 379    */
 380   public int getViewportWidth()
 381   {
 382     return (endRes - startRes + 1);
 383   }
 384
 385   /**
 386    * Get height of viewport in residues
 387    *
 388    * @return height of viewport
 389    */
 390   public int getViewportHeight()
 391   {
 392     return (endSeq - startSeq + 1);
 393   }
 394
 395   /**
 396    * Scroll the viewport range vertically. Fires a property change event.
 397    *
 398    * @param up
 399    *          true if scrolling up, false if down
 400    *
 401    * @return true if the scroll is valid
 402    */
 403   public boolean scrollUp(boolean up)
 404   {
 405     /*
 406      * if in unwrapped mode, scroll up or down one sequence row;
 407      * if in wrapped mode, scroll by one visible width of columns
 408      */
 409     if (up)
 410     {
 411       if (wrappedMode)
 412       {
 413         pageUp();
 414       }
 415       else
 416       {
 417         if (startSeq < 1)
 418         {
 419           return false;
 420         }
 421         setStartSeq(startSeq - 1);
 422       }
 423     }
 424     else
 425     {
 426       if (wrappedMode)
 427       {
 428         pageDown();
 429       }
 430       else
 431       {
 432         if (endSeq >= getVisibleAlignmentHeight() - 1)
 433         {
 434           return false;
 435         }
 436         setStartSeq(startSeq + 1);
 437       }
 438     }
 439     return true;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Scroll the viewport range horizontally. Fires a property change event.
 444    *
 445    * @param right
 446    *          true if scrolling right, false if left
 447    *
 448    * @return true if the scroll is valid
 449    */
 450   public boolean scrollRight(boolean right)
 451   {
 452     if (!right)
 453     {
 454       if (startRes < 1)
 455       {
 456         return false;
 457       }
 458
 459       setStartRes(startRes - 1);
 460     }
 461     else
 462     {
 463       if (endRes >= getVisibleAlignmentWidth() - 1)
 464       {
 465         return false;
 466       }
 467
 468       setStartRes(startRes + 1);
 469     }
 470
 471     return true;
 472   }
 473
 474   /**
 475    * Scroll a wrapped alignment so that the specified residue is in the first
 476    * repeat of the wrapped view. Fires a property change event. Answers true if
 477    * the startRes changed, else false.
 478    *
 479    * @param res
 480    *          residue position to scroll to NB visible position not absolute
 481    *          alignment position
 482    * @return
 483    */
 484   public boolean scrollToWrappedVisible(int res)
 485   {
 486     int oldStartRes = startRes;
 487     int width = getViewportWidth();
 488
 489     if (res >= oldStartRes && res < oldStartRes + width)
 490     {
 491       return false;
 492     }
 493
 494     boolean up = res < oldStartRes;
 495     int widthsToScroll = Math.abs((res - oldStartRes) / width);
 496     if (up)
 497     {
 498       widthsToScroll++;
 499     }
 500
 501     int residuesToScroll = width * widthsToScroll;
 502     int newStartRes = up ? oldStartRes - residuesToScroll : oldStartRes
 503             + residuesToScroll;
 504     if (newStartRes < 0)
 505     {
 506       newStartRes = 0;
 507     }
 508
 509     setStartRes(newStartRes);
 510
 511     return true;
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Scroll so that (x,y) is visible. Fires a property change event.
 516    *
 517    * @param x
 518    *          x position in alignment (absolute position)
 519    * @param y
 520    *          y position in alignment (absolute position)
 521    */
 522   public void scrollToVisible(int x, int y)
 523   {
 524     while (y < startSeq)
 525     {
 526       scrollUp(true);
 527     }
 528     while (y > endSeq)
 529     {
 530       scrollUp(false);
 531     }
 532
 533     HiddenColumns hidden = al.getHiddenColumns();
 534     while (x < hidden.adjustForHiddenColumns(startRes))
 535     {
 536       if (!scrollRight(false))
 537       {
 538         break;
 539       }
 540     }
 541     while (x > hidden.adjustForHiddenColumns(endRes))
 542     {
 543       if (!scrollRight(true))
 544       {
 545         break;
 546       }
 547     }
 548   }
 549
 550   /**
 551    * Adjust sequence position for page up. Fires a property change event.
 552    */
 553   public void pageUp()
 554   {
 555     if (wrappedMode)
 556     {
 557       setStartRes(Math.max(0, getStartRes() - getViewportWidth()));
 558     }
 559     else
 560     {
 561       setViewportStartAndHeight(startSeq - (endSeq - startSeq),
 562               getViewportHeight());
 563     }
 564   }
 565
 566   /**
 567    * Adjust sequence position for page down. Fires a property change event.
 568    */
 569   public void pageDown()
 570   {
 571     if (wrappedMode)
 572     {
 573       /*
 574        * if height is more than width (i.e. not all sequences fit on screen),
 575        * increase page down to height
 576        */
 577       int newStart = getStartRes()
 578               + Math.max(getViewportHeight(), getViewportWidth());
 579
 580       /*
 581        * don't page down beyond end of alignment, or if not all
 582        * sequences fit in the visible height
 583        */
 584       if (newStart < getVisibleAlignmentWidth())
 585       {
 586         setStartRes(newStart);
 587       }
 588     }
 589     else
 590     {
 591       setViewportStartAndHeight(endSeq, getViewportHeight());
 592     }
 593   }
 594
 595   public void setWrappedMode(boolean wrapped)
 596   {
 597     wrappedMode = wrapped;
 598   }
 599
 600   public boolean isWrappedMode()
 601   {
 602     return wrappedMode;
 603   }
 604
 605   /**
 606    * Answers the vertical scroll position (0..) to set, given the visible column
 607    * that is at top left.
 608    *
 609    * <pre>
 610    * Example:
 611    *    viewport width 40 columns (0-39, 40-79, 80-119...)
 612    *    column 0 returns scroll position 0
 613    *    columns 1-40 return scroll position 1
 614    *    columns 41-80 return scroll position 2
 615    *    etc
 616    * </pre>
 617    *
 618    * @param topLeftColumn
 619    *          (0..)
 620    * @return
 621    */
 622   public int getWrappedScrollPosition(final int topLeftColumn)
 623   {
 624     int w = getViewportWidth();
 625
 626     /*
 627      * visible whole widths
 628      */
 629     int scroll = topLeftColumn / w;
 630
 631     /*
 632      * add 1 for a part width if there is one
 633      */
 634     scroll += topLeftColumn % w > 0 ? 1 : 0;
 635
 636     return scroll;
 637   }
 638
 639   /**
 640    * Answers the maximum wrapped vertical scroll value, given the column
 641    * position (0..) to show at top left of the visible region.
 642    *
 643    * @param topLeftColumn
 644    * @return
 645    */
 646   public int getWrappedMaxScroll(int topLeftColumn)
 647   {
 648     int scrollPosition = getWrappedScrollPosition(topLeftColumn);
 649
 650     /*
 651      * how many more widths could be drawn after this one?
 652      */
 653     int columnsRemaining = getVisibleAlignmentWidth() - topLeftColumn;
 654     int width = getViewportWidth();
 655     int widthsRemaining = columnsRemaining / width
 656             + (columnsRemaining % width > 0 ? 1 : 0) - 1;
 657     int maxScroll = scrollPosition + widthsRemaining;
 658
 659     return maxScroll;
 660   }
 661 }