src/jalview/viewmodel/annotationfilter/AnnotationFilterParameter.java

   1 package jalview.viewmodel.annotationfilter;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 public class AnnotationFilterParameter
   7 {
   8   public enum ThresholdType
   9   {
  10     NO_THRESHOLD, BELOW_THRESHOLD, ABOVE_THRESHOLD;
  11   }
  12
  13   public enum SearchableAnnotationField
  14   {
  15     DISPLAY_STRING, DESCRIPTION;
  16   }
  17
  18   private ThresholdType thresholdType;
  19
  20   private float thresholdValue;
  21
  22   private boolean filterAlphaHelix = false;
  23
  24   private boolean filterBetaSheet = false;
  25
  26   private boolean filterTurn = false;
  27
  28   private String regexString;
  29
  30   private List<SearchableAnnotationField> regexSearchFields = new ArrayList<SearchableAnnotationField>();
  31
  32   public ThresholdType getThresholdType()
  33   {
  34     return thresholdType;
  35   }
  36
  37   public void setThresholdType(ThresholdType thresholdType)
  38   {
  39     this.thresholdType = thresholdType;
  40   }
  41
  42   public float getThresholdValue()
  43   {
  44     return thresholdValue;
  45   }
  46
  47   public void setThresholdValue(float thresholdValue)
  48   {
  49     this.thresholdValue = thresholdValue;
  50   }
  51
  52   public String getRegexString()
  53   {
  54     return regexString;
  55   }
  56
  57   public void setRegexString(String regexString)
  58   {
  59     this.regexString = regexString;
  60   }
  61
  62   public List<SearchableAnnotationField> getRegexSearchFields()
  63   {
  64     return regexSearchFields;
  65   }
  66
  67   public void addRegexSearchField(SearchableAnnotationField regexSearchField)
  68   {
  69     this.regexSearchFields.add(regexSearchField);
  70   }
  71
  72   public boolean isFilterAlphaHelix()
  73   {
  74     return filterAlphaHelix;
  75   }
  76
  77   public void setFilterAlphaHelix(boolean alphaHelix)
  78   {
  79     this.filterAlphaHelix = alphaHelix;
  80   }
  81
  82   public boolean isFilterBetaSheet()
  83   {
  84     return filterBetaSheet;
  85   }
  86
  87   public void setFilterBetaSheet(boolean betaSheet)
  88   {
  89     this.filterBetaSheet = betaSheet;
  90   }
  91
  92   public boolean isFilterTurn()
  93   {
  94     return filterTurn;
  95   }
  96
  97   public void setFilterTurn(boolean turn)
  98   {
  99     this.filterTurn = turn;
 100   }
 101
 102 }