src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.seqfeatures;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.FeatureColourI;
  25 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer;
  30 import jalview.schemes.GraduatedColor;
  31 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  32
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.beans.PropertyChangeListener;
  35 import java.beans.PropertyChangeSupport;
  36 import java.util.ArrayList;
  37 import java.util.Arrays;
  38 import java.util.HashMap;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Iterator;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Map;
  43 import java.util.Set;
  44 import java.util.concurrent.ConcurrentHashMap;
  45
  46 public abstract class FeatureRendererModel implements
  47         jalview.api.FeatureRenderer
  48 {
  49
  50   /**
  51    * global transparency for feature
  52    */
  53   protected float transparency = 1.0f;
  54
  55   protected Map<String, Object> featureColours = new ConcurrentHashMap<String, Object>();
  56
  57   protected Map<String, Boolean> featureGroups = new ConcurrentHashMap<String, Boolean>();
  58
  59   protected Object currentColour;
  60
  61   /*
  62    * feature types in ordering of rendering, where last means on top
  63    */
  64   protected String[] renderOrder;
  65
  66   protected PropertyChangeSupport changeSupport = new PropertyChangeSupport(
  67           this);
  68
  69   protected AlignmentViewport av;
  70
  71   /*
  72    * map holds per feature type, {{min, max}, {min, max}} feature score
  73    * values for positional and non-positional features respectively
  74    */
  75   private Map<String, float[][]> minmax = new Hashtable<String, float[][]>();
  76
  77   @Override
  78   public AlignViewportI getViewport()
  79   {
  80     return av;
  81   }
  82
  83   public FeatureRendererSettings getSettings()
  84   {
  85     return new FeatureRendererSettings(this);
  86   }
  87
  88   public void transferSettings(FeatureRendererSettings fr)
  89   {
  90     this.renderOrder = fr.renderOrder;
  91     this.featureGroups = fr.featureGroups;
  92     this.featureColours = fr.featureColours;
  93     this.transparency = fr.transparency;
  94     this.featureOrder = fr.featureOrder;
  95   }
  96
  97   /**
  98    * update from another feature renderer
  99    *
 100    * @param fr
 101    *          settings to copy
 102    */
 103   public void transferSettings(jalview.api.FeatureRenderer _fr)
 104   {
 105     FeatureRenderer fr = (FeatureRenderer) _fr;
 106     FeatureRendererSettings frs = new FeatureRendererSettings(fr);
 107     this.renderOrder = frs.renderOrder;
 108     this.featureGroups = frs.featureGroups;
 109     this.featureColours = frs.featureColours;
 110     this.transparency = frs.transparency;
 111     this.featureOrder = frs.featureOrder;
 112     if (av != null && av != fr.getViewport())
 113     {
 114       // copy over the displayed feature settings
 115       if (_fr.getFeaturesDisplayed() != null)
 116       {
 117         FeaturesDisplayedI fd = getFeaturesDisplayed();
 118         if (fd == null)
 119         {
 120           setFeaturesDisplayedFrom(_fr.getFeaturesDisplayed());
 121         }
 122         else
 123         {
 124           synchronized (fd)
 125           {
 126             fd.clear();
 127             java.util.Iterator<String> fdisp = _fr.getFeaturesDisplayed()
 128                     .getVisibleFeatures();
 129             while (fdisp.hasNext())
 130             {
 131               fd.setVisible(fdisp.next());
 132             }
 133           }
 134         }
 135       }
 136     }
 137   }
 138
 139   public void setFeaturesDisplayedFrom(FeaturesDisplayedI featuresDisplayed)
 140   {
 141     av.setFeaturesDisplayed(new FeaturesDisplayed(featuresDisplayed));
 142   }
 143
 144   @Override
 145   public void setVisible(String featureType)
 146   {
 147     FeaturesDisplayedI fdi = av.getFeaturesDisplayed();
 148     if (fdi == null)
 149     {
 150       av.setFeaturesDisplayed(fdi = new FeaturesDisplayed());
 151     }
 152     if (!fdi.isRegistered(featureType))
 153     {
 154       pushFeatureType(Arrays.asList(new String[] { featureType }));
 155     }
 156     fdi.setVisible(featureType);
 157   }
 158
 159   @Override
 160   public void setAllVisible(List<String> featureTypes)
 161   {
 162     FeaturesDisplayedI fdi = av.getFeaturesDisplayed();
 163     if (fdi == null)
 164     {
 165       av.setFeaturesDisplayed(fdi = new FeaturesDisplayed());
 166     }
 167     List<String> nft = new ArrayList<String>();
 168     for (String featureType : featureTypes)
 169     {
 170       if (!fdi.isRegistered(featureType))
 171       {
 172         nft.add(featureType);
 173       }
 174     }
 175     if (nft.size() > 0)
 176     {
 177       pushFeatureType(nft);
 178     }
 179     fdi.setAllVisible(featureTypes);
 180   }
 181
 182   /**
 183    * push a set of new types onto the render order stack. Note - this is a
 184    * direct mechanism rather than the one employed in updateRenderOrder
 185    *
 186    * @param types
 187    */
 188   private void pushFeatureType(List<String> types)
 189   {
 190
 191     int ts = types.size();
 192     String neworder[] = new String[(renderOrder == null ? 0
 193             : renderOrder.length) + ts];
 194     types.toArray(neworder);
 195     if (renderOrder != null)
 196     {
 197       System.arraycopy(neworder, 0, neworder, renderOrder.length, ts);
 198       System.arraycopy(renderOrder, 0, neworder, 0, renderOrder.length);
 199     }
 200     renderOrder = neworder;
 201   }
 202
 203   public Map<String, float[][]> getMinMax()
 204   {
 205     return minmax;
 206   }
 207
 208   /**
 209    * normalise a score against the max/min bounds for the feature type.
 210    *
 211    * @param sequenceFeature
 212    * @return byte[] { signed, normalised signed (-127 to 127) or unsigned
 213    *         (0-255) value.
 214    */
 215   protected final byte[] normaliseScore(SequenceFeature sequenceFeature)
 216   {
 217     float[] mm = minmax.get(sequenceFeature.type)[0];
 218     final byte[] r = new byte[] { 0, (byte) 255 };
 219     if (mm != null)
 220     {
 221       if (r[0] != 0 || mm[0] < 0.0)
 222       {
 223         r[0] = 1;
 224         r[1] = (byte) ((int) 128.0 + 127.0 * (sequenceFeature.score / mm[1]));
 225       }
 226       else
 227       {
 228         r[1] = (byte) ((int) 255.0 * (sequenceFeature.score / mm[1]));
 229       }
 230     }
 231     return r;
 232   }
 233
 234   boolean newFeatureAdded = false;
 235
 236   boolean findingFeatures = false;
 237
 238   protected boolean updateFeatures()
 239   {
 240     if (av.getFeaturesDisplayed() == null || renderOrder == null
 241             || newFeatureAdded)
 242     {
 243       findAllFeatures();
 244       if (av.getFeaturesDisplayed().getVisibleFeatureCount() < 1)
 245       {
 246         return false;
 247       }
 248     }
 249     // TODO: decide if we should check for the visible feature count first
 250     return true;
 251   }
 252
 253   /**
 254    * search the alignment for all new features, give them a colour and display
 255    * them. Then fires a PropertyChangeEvent on the changeSupport object.
 256    *
 257    */
 258   protected void findAllFeatures()
 259   {
 260     synchronized (firing)
 261     {
 262       if (firing.equals(Boolean.FALSE))
 263       {
 264         firing = Boolean.TRUE;
 265         findAllFeatures(true); // add all new features as visible
 266         changeSupport.firePropertyChange("changeSupport", null, null);
 267         firing = Boolean.FALSE;
 268       }
 269     }
 270   }
 271
 272   @Override
 273   public List<SequenceFeature> findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 274   {
 275     ArrayList<SequenceFeature> tmp = new ArrayList<SequenceFeature>();
 276     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 277
 278     if (features != null)
 279     {
 280       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 281       {
 282         if (!av.areFeaturesDisplayed()
 283                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
 284                         features[i].getType()))
 285         {
 286           continue;
 287         }
 288
 289         if (features[i].featureGroup != null
 290                 && featureGroups != null
 291                 && featureGroups.containsKey(features[i].featureGroup)
 292                 && !featureGroups.get(features[i].featureGroup)
 293                         .booleanValue())
 294         {
 295           continue;
 296         }
 297
 298         if ((features[i].getBegin() <= res)
 299                 && (features[i].getEnd() >= res))
 300         {
 301           tmp.add(features[i]);
 302         }
 303       }
 304     }
 305     return tmp;
 306   }
 307
 308   /**
 309    * Searches alignment for all features and updates colours
 310    *
 311    * @param newMadeVisible
 312    *          if true newly added feature types will be rendered immediatly
 313    *          TODO: check to see if this method should actually be proxied so
 314    *          repaint events can be propagated by the renderer code
 315    */
 316   @Override
 317   public synchronized void findAllFeatures(boolean newMadeVisible)
 318   {
 319     newFeatureAdded = false;
 320
 321     if (findingFeatures)
 322     {
 323       newFeatureAdded = true;
 324       return;
 325     }
 326
 327     findingFeatures = true;
 328     if (av.getFeaturesDisplayed() == null)
 329     {
 330       av.setFeaturesDisplayed(new FeaturesDisplayed());
 331     }
 332     FeaturesDisplayedI featuresDisplayed = av.getFeaturesDisplayed();
 333
 334     ArrayList<String> allfeatures = new ArrayList<String>();
 335     ArrayList<String> oldfeatures = new ArrayList<String>();
 336     if (renderOrder != null)
 337     {
 338       for (int i = 0; i < renderOrder.length; i++)
 339       {
 340         if (renderOrder[i] != null)
 341         {
 342           oldfeatures.add(renderOrder[i]);
 343         }
 344       }
 345     }
 346     if (minmax == null)
 347     {
 348       minmax = new Hashtable<String, float[][]>();
 349     }
 350     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 351     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 352     {
 353       SequenceI asq = alignment.getSequenceAt(i);
 354       SequenceFeature[] features = asq.getSequenceFeatures();
 355
 356       if (features == null)
 357       {
 358         continue;
 359       }
 360
 361       int index = 0;
 362       while (index < features.length)
 363       {
 364         if (!featuresDisplayed.isRegistered(features[index].getType()))
 365         {
 366           String fgrp = features[index].getFeatureGroup();
 367           if (fgrp != null)
 368           {
 369             Boolean groupDisplayed = featureGroups.get(fgrp);
 370             if (groupDisplayed == null)
 371             {
 372               groupDisplayed = Boolean.valueOf(newMadeVisible);
 373               featureGroups.put(fgrp, groupDisplayed);
 374             }
 375             if (!groupDisplayed.booleanValue())
 376             {
 377               index++;
 378               continue;
 379             }
 380           }
 381           if (!(features[index].begin == 0 && features[index].end == 0))
 382           {
 383             // If beginning and end are 0, the feature is for the whole sequence
 384             // and we don't want to render the feature in the normal way
 385
 386             if (newMadeVisible
 387                     && !oldfeatures.contains(features[index].getType()))
 388             {
 389               // this is a new feature type on the alignment. Mark it for
 390               // display.
 391               featuresDisplayed.setVisible(features[index].getType());
 392               setOrder(features[index].getType(), 0);
 393             }
 394           }
 395         }
 396         if (!allfeatures.contains(features[index].getType()))
 397         {
 398           allfeatures.add(features[index].getType());
 399         }
 400         if (!Float.isNaN(features[index].score))
 401         {
 402           int nonpos = features[index].getBegin() >= 1 ? 0 : 1;
 403           float[][] mm = minmax.get(features[index].getType());
 404           if (mm == null)
 405           {
 406             mm = new float[][] { null, null };
 407             minmax.put(features[index].getType(), mm);
 408           }
 409           if (mm[nonpos] == null)
 410           {
 411             mm[nonpos] = new float[] { features[index].score,
 412                 features[index].score };
 413
 414           }
 415           else
 416           {
 417             if (mm[nonpos][0] > features[index].score)
 418             {
 419               mm[nonpos][0] = features[index].score;
 420             }
 421             if (mm[nonpos][1] < features[index].score)
 422             {
 423               mm[nonpos][1] = features[index].score;
 424             }
 425           }
 426         }
 427         index++;
 428       }
 429     }
 430     updateRenderOrder(allfeatures);
 431     findingFeatures = false;
 432   }
 433
 434   protected Boolean firing = Boolean.FALSE;
 435
 436   /**
 437    * replaces the current renderOrder with the unordered features in
 438    * allfeatures. The ordering of any types in both renderOrder and allfeatures
 439    * is preserved, and all new feature types are rendered on top of the existing
 440    * types, in the order given by getOrder or the order given in allFeatures.
 441    * Note. this operates directly on the featureOrder hash for efficiency. TODO:
 442    * eliminate the float storage for computing/recalling the persistent ordering
 443    * New Cability: updates min/max for colourscheme range if its dynamic
 444    *
 445    * @param allFeatures
 446    */
 447   private void updateRenderOrder(List<String> allFeatures)
 448   {
 449     List<String> allfeatures = new ArrayList<String>(allFeatures);
 450     String[] oldRender = renderOrder;
 451     renderOrder = new String[allfeatures.size()];
 452     Object mmrange, fc = null;
 453     boolean initOrders = (featureOrder == null);
 454     int opos = 0;
 455     if (oldRender != null && oldRender.length > 0)
 456     {
 457       for (int j = 0; j < oldRender.length; j++)
 458       {
 459         if (oldRender[j] != null)
 460         {
 461           if (initOrders)
 462           {
 463             setOrder(oldRender[j], (1 - (1 + (float) j) / oldRender.length));
 464           }
 465           if (allfeatures.contains(oldRender[j]))
 466           {
 467             renderOrder[opos++] = oldRender[j]; // existing features always
 468             // appear below new features
 469             allfeatures.remove(oldRender[j]);
 470             if (minmax != null)
 471             {
 472               mmrange = minmax.get(oldRender[j]);
 473               if (mmrange != null)
 474               {
 475                 fc = featureColours.get(oldRender[j]);
 476                 if (fc != null && fc instanceof GraduatedColor
 477                         && ((GraduatedColor) fc).isAutoScale())
 478                 {
 479                   ((GraduatedColor) fc).updateBounds(
 480                           ((float[][]) mmrange)[0][0],
 481                           ((float[][]) mmrange)[0][1]);
 482                 }
 483               }
 484             }
 485           }
 486         }
 487       }
 488     }
 489     if (allfeatures.size() == 0)
 490     {
 491       // no new features - leave order unchanged.
 492       return;
 493     }
 494     int i = allfeatures.size() - 1;
 495     int iSize = i;
 496     boolean sort = false;
 497     String[] newf = new String[allfeatures.size()];
 498     float[] sortOrder = new float[allfeatures.size()];
 499     for (String newfeat : allfeatures)
 500     {
 501       newf[i] = newfeat;
 502       if (minmax != null)
 503       {
 504         // update from new features minmax if necessary
 505         mmrange = minmax.get(newf[i]);
 506         if (mmrange != null)
 507         {
 508           fc = featureColours.get(newf[i]);
 509           if (fc != null && fc instanceof GraduatedColor
 510                   && ((GraduatedColor) fc).isAutoScale())
 511           {
 512             ((GraduatedColor) fc).updateBounds(((float[][]) mmrange)[0][0],
 513                     ((float[][]) mmrange)[0][1]);
 514           }
 515         }
 516       }
 517       if (initOrders || !featureOrder.containsKey(newf[i]))
 518       {
 519         int denom = initOrders ? allfeatures.size() : featureOrder.size();
 520         // new unordered feature - compute persistent ordering at head of
 521         // existing features.
 522         setOrder(newf[i], i / (float) denom);
 523       }
 524       // set order from newly found feature from persisted ordering.
 525       sortOrder[i] = 2 - ((Float) featureOrder.get(newf[i])).floatValue();
 526       if (i < iSize)
 527       {
 528         // only sort if we need to
 529         sort = sort || sortOrder[i] > sortOrder[i + 1];
 530       }
 531       i--;
 532     }
 533     if (iSize > 1 && sort)
 534     {
 535       jalview.util.QuickSort.sort(sortOrder, newf);
 536     }
 537     sortOrder = null;
 538     System.arraycopy(newf, 0, renderOrder, opos, newf.length);
 539   }
 540
 541   /**
 542    * get a feature style object for the given type string. Creates a
 543    * java.awt.Color for a featureType with no existing colourscheme. TODO:
 544    * replace return type with object implementing standard abstract colour/style
 545    * interface
 546    *
 547    * @param featureType
 548    * @return java.awt.Color or GraduatedColor
 549    */
 550   @Override
 551   public Object getFeatureStyle(String featureType)
 552   {
 553     Object fc = featureColours.get(featureType);
 554     if (fc == null)
 555     {
 556       jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme();
 557       Color col = ucs.createColourFromName(featureType);
 558       featureColours.put(featureType, fc = col);
 559     }
 560     return fc;
 561   }
 562
 563   /**
 564    * return a nominal colour for this feature
 565    *
 566    * @param featureType
 567    * @return standard color, or maximum colour for graduated colourscheme
 568    */
 569   public Color getColour(String featureType)
 570   {
 571     Object fc = getFeatureStyle(featureType);
 572
 573     if (fc instanceof Color)
 574     {
 575       return (Color) fc;
 576     }
 577     else
 578     {
 579       if (fc instanceof GraduatedColor)
 580       {
 581         return ((GraduatedColor) fc).getMaxColor();
 582       }
 583     }
 584     throw new Error("Implementation Error: Unrecognised render object "
 585             + fc.getClass() + " for features of type " + featureType);
 586   }
 587
 588   /**
 589    * calculate the render colour for a specific feature using current feature
 590    * settings.
 591    *
 592    * @param feature
 593    * @return render colour for the given feature
 594    */
 595   public Color getColour(SequenceFeature feature)
 596   {
 597     Object fc = getFeatureStyle(feature.getType());
 598     if (fc instanceof Color)
 599     {
 600       return (Color) fc;
 601     }
 602     else
 603     {
 604       if (fc instanceof GraduatedColor)
 605       {
 606         return ((GraduatedColor) fc).findColor(feature);
 607       }
 608     }
 609     throw new Error("Implementation Error: Unrecognised render object "
 610             + fc.getClass() + " for features of type " + feature.getType());
 611   }
 612
 613   protected boolean showFeature(SequenceFeature sequenceFeature)
 614   {
 615     Object fc = getFeatureStyle(sequenceFeature.type);
 616     if (fc instanceof GraduatedColor)
 617     {
 618       return ((GraduatedColor) fc).isColored(sequenceFeature);
 619     }
 620     else
 621     {
 622       return true;
 623     }
 624   }
 625
 626   protected boolean showFeatureOfType(String type)
 627   {
 628     return av.getFeaturesDisplayed().isVisible(type);
 629   }
 630
 631   @Override
 632   public void setColour(String featureType, Object col)
 633   {
 634     // overwrite
 635     // Color _col = (col instanceof Color) ? ((Color) col) : (col instanceof
 636     // GraduatedColor) ? ((GraduatedColor) col).getMaxColor() : null;
 637     // Object c = featureColours.get(featureType);
 638     // if (c == null || c instanceof Color || (c instanceof GraduatedColor &&
 639     // !((GraduatedColor)c).getMaxColor().equals(_col)))
 640     if (col instanceof FeatureColourI)
 641     {
 642       if (((FeatureColourI) col).isGraduatedColour())
 643       {
 644         col = new GraduatedColor((FeatureColourI) col);
 645       }
 646       else
 647       {
 648         col = ((FeatureColourI) col).getColour();
 649       }
 650     }
 651       featureColours.put(featureType, col);
 652   }
 653
 654   public void setTransparency(float value)
 655   {
 656     transparency = value;
 657   }
 658
 659   public float getTransparency()
 660   {
 661     return transparency;
 662   }
 663
 664   Map featureOrder = null;
 665
 666   /**
 667    * analogous to colour - store a normalized ordering for all feature types in
 668    * this rendering context.
 669    *
 670    * @param type
 671    *          Feature type string
 672    * @param position
 673    *          normalized priority - 0 means always appears on top, 1 means
 674    *          always last.
 675    */
 676   public float setOrder(String type, float position)
 677   {
 678     if (featureOrder == null)
 679     {
 680       featureOrder = new Hashtable();
 681     }
 682     featureOrder.put(type, new Float(position));
 683     return position;
 684   }
 685
 686   /**
 687    * get the global priority (0 (top) to 1 (bottom))
 688    *
 689    * @param type
 690    * @return [0,1] or -1 for a type without a priority
 691    */
 692   public float getOrder(String type)
 693   {
 694     if (featureOrder != null)
 695     {
 696       if (featureOrder.containsKey(type))
 697       {
 698         return ((Float) featureOrder.get(type)).floatValue();
 699       }
 700     }
 701     return -1;
 702   }
 703
 704   @Override
 705   public Map<String, Object> getFeatureColours()
 706   {
 707     return featureColours;
 708   }
 709
 710   /**
 711    * Replace current ordering with new ordering
 712    *
 713    * @param data
 714    *          { String(Type), Colour(Type), Boolean(Displayed) }
 715    * @return true if any visible features have been reordered, else false
 716    */
 717   public boolean setFeaturePriority(Object[][] data)
 718   {
 719     return setFeaturePriority(data, true);
 720   }
 721
 722   /**
 723    * Sets the priority order for features
 724    *
 725    * @param data
 726    *          { String(Type), Colour(Type), Boolean(Displayed) }
 727    * @param visibleNew
 728    *          when true current featureDisplay list will be cleared
 729    * @return true if any visible features have been reordered or recoloured,
 730    *         else false (i.e. no need to repaint)
 731    */
 732   public boolean setFeaturePriority(Object[][] data, boolean visibleNew)
 733   {
 734     /*
 735      * note visible feature ordering and colours before update
 736      */
 737     List<String> visibleFeatures = getDisplayedFeatureTypes();
 738     Map<String, Object> visibleColours = new HashMap<String, Object>(
 739             getFeatureColours());
 740
 741     FeaturesDisplayedI av_featuresdisplayed = null;
 742     if (visibleNew)
 743     {
 744       if ((av_featuresdisplayed = av.getFeaturesDisplayed()) != null)
 745       {
 746         av.getFeaturesDisplayed().clear();
 747       }
 748       else
 749       {
 750         av.setFeaturesDisplayed(av_featuresdisplayed = new FeaturesDisplayed());
 751       }
 752     }
 753     else
 754     {
 755       av_featuresdisplayed = av.getFeaturesDisplayed();
 756     }
 757     if (data == null)
 758     {
 759       return false;
 760     }
 761     // The feature table will display high priority
 762     // features at the top, but these are the ones
 763     // we need to render last, so invert the data
 764     renderOrder = new String[data.length];
 765
 766     if (data.length > 0)
 767     {
 768       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 769       {
 770         String type = data[i][0].toString();
 771         setColour(type, data[i][1]); // todo : typesafety - feature color
 772         // interface object
 773         if (((Boolean) data[i][2]).booleanValue())
 774         {
 775           av_featuresdisplayed.setVisible(type);
 776         }
 777
 778         renderOrder[data.length - i - 1] = type;
 779       }
 780     }
 781
 782     /*
 783      * get the new visible ordering and return true if it has changed
 784      * order or any colour has changed
 785      */
 786     List<String> reorderedVisibleFeatures = getDisplayedFeatureTypes();
 787     if (!visibleFeatures.equals(reorderedVisibleFeatures))
 788     {
 789       /*
 790        * the list of ordered visible features has changed
 791        */
 792       return true;
 793     }
 794
 795     /*
 796      * return true if any feature colour has changed
 797      */
 798     for (String feature : visibleFeatures)
 799     {
 800       if (visibleColours.get(feature) != getFeatureStyle(feature))
 801       {
 802         return true;
 803       }
 804     }
 805     return false;
 806   }
 807
 808   /**
 809    * @param listener
 810    * @see java.beans.PropertyChangeSupport#addPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 811    */
 812   public void addPropertyChangeListener(PropertyChangeListener listener)
 813   {
 814     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
 815   }
 816
 817   /**
 818    * @param listener
 819    * @see java.beans.PropertyChangeSupport#removePropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 820    */
 821   public void removePropertyChangeListener(PropertyChangeListener listener)
 822   {
 823     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
 824   }
 825
 826   public Set<String> getAllFeatureColours()
 827   {
 828     return featureColours.keySet();
 829   }
 830
 831   public void clearRenderOrder()
 832   {
 833     renderOrder = null;
 834   }
 835
 836   public boolean hasRenderOrder()
 837   {
 838     return renderOrder != null;
 839   }
 840
 841   public List<String> getRenderOrder()
 842   {
 843     if (renderOrder == null)
 844     {
 845       return Arrays.asList(new String[] {});
 846     }
 847     return Arrays.asList(renderOrder);
 848   }
 849
 850   public int getFeatureGroupsSize()
 851   {
 852     return featureGroups != null ? 0 : featureGroups.size();
 853   }
 854
 855   @Override
 856   public List<String> getFeatureGroups()
 857   {
 858     // conflict between applet and desktop - featureGroups returns the map in
 859     // the desktop featureRenderer
 860     return (featureGroups == null) ? Arrays.asList(new String[0]) : Arrays
 861             .asList(featureGroups.keySet().toArray(new String[0]));
 862   }
 863
 864   public boolean checkGroupVisibility(String group, boolean newGroupsVisible)
 865   {
 866     if (featureGroups == null)
 867     {
 868       // then an exception happens next..
 869     }
 870     if (featureGroups.containsKey(group))
 871     {
 872       return featureGroups.get(group).booleanValue();
 873     }
 874     if (newGroupsVisible)
 875     {
 876       featureGroups.put(group, new Boolean(true));
 877       return true;
 878     }
 879     return false;
 880   }
 881
 882   /**
 883    * get visible or invisible groups
 884    *
 885    * @param visible
 886    *          true to return visible groups, false to return hidden ones.
 887    * @return list of groups
 888    */
 889   @Override
 890   public List getGroups(boolean visible)
 891   {
 892     if (featureGroups != null)
 893     {
 894       ArrayList gp = new ArrayList();
 895
 896       for (Object grp : featureGroups.keySet())
 897       {
 898         Boolean state = featureGroups.get(grp);
 899         if (state.booleanValue() == visible)
 900         {
 901           gp.add(grp);
 902         }
 903       }
 904       return gp;
 905     }
 906     return null;
 907   }
 908
 909   @Override
 910   public void setGroupVisibility(String group, boolean visible)
 911   {
 912     featureGroups.put(group, new Boolean(visible));
 913   }
 914
 915   @Override
 916   public void setGroupVisibility(List<String> toset, boolean visible)
 917   {
 918     if (toset != null && toset.size() > 0 && featureGroups != null)
 919     {
 920       boolean rdrw = false;
 921       for (String gst : toset)
 922       {
 923         Boolean st = featureGroups.get(gst);
 924         featureGroups.put(gst, new Boolean(visible));
 925         if (st != null)
 926         {
 927           rdrw = rdrw || (visible != st.booleanValue());
 928         }
 929       }
 930       if (rdrw)
 931       {
 932         // set local flag indicating redraw needed ?
 933       }
 934     }
 935   }
 936
 937   @Override
 938   public Hashtable getDisplayedFeatureCols()
 939   {
 940     Hashtable fcols = new Hashtable();
 941     if (getViewport().getFeaturesDisplayed() == null)
 942     {
 943       return fcols;
 944     }
 945     Iterator<String> en = getViewport().getFeaturesDisplayed()
 946             .getVisibleFeatures();
 947     while (en.hasNext())
 948     {
 949       String col = en.next();
 950       fcols.put(col, getColour(col));
 951     }
 952     return fcols;
 953   }
 954
 955   @Override
 956   public FeaturesDisplayedI getFeaturesDisplayed()
 957   {
 958     return av.getFeaturesDisplayed();
 959   }
 960
 961   /**
 962    * Returns a (possibly empty) list of visible feature types, in render order
 963    * (last is on top)
 964    */
 965   @Override
 966   public List<String> getDisplayedFeatureTypes()
 967   {
 968     List<String> typ = getRenderOrder();
 969     List<String> displayed = new ArrayList<String>();
 970     FeaturesDisplayedI feature_disp = av.getFeaturesDisplayed();
 971     if (feature_disp != null)
 972     {
 973       synchronized (feature_disp)
 974       {
 975         for (String type : typ)
 976         {
 977           if (feature_disp.isVisible(type))
 978           {
 979             displayed.add(type);
 980           }
 981         }
 982       }
 983     }
 984     return displayed;
 985   }
 986
 987   @Override
 988   public List<String> getDisplayedFeatureGroups()
 989   {
 990     List<String> _gps = new ArrayList<String>();
 991     boolean valid = false;
 992     for (String gp : getFeatureGroups())
 993     {
 994       if (checkGroupVisibility(gp, false))
 995       {
 996         valid = true;
 997         _gps.add(gp);
 998       }
 999       if (!valid)
1000       {
1001         return null;
1002       }
1003       else
1004       {
1005         // gps = new String[_gps.size()];
1006         // _gps.toArray(gps);
1007       }
1008     }
1009     return _gps;
1010   }
1011
1012 }