src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.seqfeatures;
  22
  23 import jalview.schemes.GraduatedColor;
  24
  25 import java.util.Arrays;
  26 import java.util.Hashtable;
  27 import java.util.Iterator;
  28 import java.util.Map;
  29 import java.util.concurrent.ConcurrentHashMap;
  30
  31 public class FeatureRendererSettings implements Cloneable
  32 {
  33   String[] renderOrder;
  34
  35   Map featureGroups;
  36
  37   Map featureColours;
  38
  39   float transparency;
  40
  41   Map featureOrder;
  42
  43   public FeatureRendererSettings(String[] renderOrder,
  44           Hashtable featureGroups, Hashtable featureColours,
  45           float transparency, Hashtable featureOrder)
  46   {
  47     super();
  48     this.renderOrder = Arrays.copyOf(renderOrder, renderOrder.length);
  49     this.featureGroups = new ConcurrentHashMap(featureGroups);
  50     this.featureColours = new ConcurrentHashMap(featureColours);
  51     this.transparency = transparency;
  52     this.featureOrder = new ConcurrentHashMap(featureOrder);
  53   }
  54
  55   /**
  56    * create an independent instance of the feature renderer settings
  57    *
  58    * @param fr
  59    */
  60   public FeatureRendererSettings(
  61           jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel fr)
  62   {
  63     renderOrder = null;
  64     featureGroups = new ConcurrentHashMap();
  65     featureColours = new ConcurrentHashMap();
  66     featureOrder = new ConcurrentHashMap();
  67     if (fr.renderOrder != null)
  68     {
  69       this.renderOrder = new String[fr.renderOrder.length];
  70       System.arraycopy(fr.renderOrder, 0, renderOrder, 0,
  71               fr.renderOrder.length);
  72     }
  73     if (fr.featureGroups != null)
  74     {
  75       this.featureGroups = new ConcurrentHashMap(fr.featureGroups);
  76     }
  77     if (fr.featureColours != null)
  78     {
  79       this.featureColours = new ConcurrentHashMap(fr.featureColours);
  80     }
  81     Iterator en = fr.featureColours.keySet().iterator();
  82     while (en.hasNext())
  83     {
  84       Object next = en.next();
  85       Object val = featureColours.get(next);
  86       if (val instanceof GraduatedColor)
  87       {
  88         featureColours.put(next, new GraduatedColor((GraduatedColor) val));
  89       }
  90     }
  91     this.transparency = fr.transparency;
  92     if (fr.featureOrder != null)
  93     {
  94       this.featureOrder = new ConcurrentHashMap(fr.featureOrder);
  95     }
  96   }
  97 }