src/jalview/viewmodel/seqfeatures/IdColumns.java

   1 package jalview.viewmodel.seqfeatures;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.LinkedHashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Vector;
   8
   9 import jalview.api.DBRefEntryI;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  12 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14 import jalview.datamodel.features.SequenceFeaturesI;
  15
  16 public class IdColumns
  17 {
  18
  19   AlignmentI alignment = null;
  20
  21   public IdColumns(AlignmentI al)
  22   {
  23     alignment = al;
  24     columns.put(STRUCTURES_NUM.getLabel(), STRUCTURES_NUM);
  25     updateTypeList();
  26   }
  27
  28   public final static IdColumn STRUCTURES_NUM;
  29   static
  30   {
  31     STRUCTURES_NUM = new IdColumn("3D Structures",
  32             "Number of associated structure files", false);
  33   }
  34
  35   LinkedHashMap<String, IdColumn> columns = new LinkedHashMap<String, IdColumn>();
  36
  37   /**
  38    * register a feature on the columnset
  39    *
  40    * @param sf
  41    * @return true if feature was not seen before
  42    */
  43   boolean updateListForFeature(SequenceFeature sf)
  44   {
  45     String colname = sf.getType();
  46     if (columns.get(colname) != null)
  47     {
  48       return false;
  49     }
  50
  51     IdColumn col = new IdColumn(colname,
  52             "Nonpositional feature: " + colname, false);
  53     col.featureTypeName = sf.getType();
  54     // col.featureGroupName = sf.getFeatureGroup();
  55     columns.put(colname, col);
  56     return true;
  57   }
  58
  59   boolean updateListForDbxref(DBRefEntryI dbref)
  60   {
  61     String colname = dbref.getSource();
  62     if (columns.get(colname) != null)
  63     {
  64       return false;
  65     }
  66
  67     IdColumn col = new IdColumn(colname,
  68             "Database CrossReference: " + colname, false);
  69     col.DbRefName = colname;
  70     // col.featureGroupName = sf.getFeatureGroup();
  71     columns.put(colname, col);
  72     return true;
  73   }
  74
  75   public void updateTypeList()
  76   {
  77     for (SequenceI sq : alignment.getSequences())
  78     {
  79       SequenceI seq = sq;
  80       while (seq.getDatasetSequence() != null)
  81       {
  82         seq = seq.getDatasetSequence();
  83       }
  84
  85       SequenceFeaturesI sqf = seq.getFeatures();
  86       List<SequenceFeature> nonpos = sqf.getNonPositionalFeatures();
  87       if (nonpos != null)
  88       {
  89         for (SequenceFeature sf : nonpos)
  90         {
  91           updateListForFeature(sf);
  92         }
  93       }
  94       if (seq.getDBRefs() != null)
  95       {
  96         for (DBRefEntryI dbr : seq.getDBRefs())
  97         {
  98           updateListForDbxref(dbr);
  99         }
 100       }
 101     }
 102   }
 103
 104   public void toggleVisible(String column)
 105   {
 106     IdColumn col = columns.get(column);
 107     if (col != null)
 108     {
 109       col.visible = !col.visible;
 110     }
 111   }
 112
 113   public List<IdColumn> getVisible()
 114   {
 115     // probably want to cache this
 116     ArrayList<IdColumn> vis = new ArrayList();
 117     for (IdColumn col : columns.values())
 118     {
 119       if (col.visible)
 120       {
 121         vis.add(col);
 122       }
 123     }
 124     return vis;
 125   }
 126
 127   public final class ColumnCell
 128   {
 129     public final String label;
 130
 131     public final Color bg;
 132
 133     public final Color fg;
 134
 135     public ColumnCell(final String label, final Color bg, final Color fg)
 136     {
 137       this.label = label;
 138       this.bg = bg;
 139       this.fg = fg;
 140     }
 141   }
 142
 143   /**
 144    * render the column value for this sequence
 145    *
 146    * @param seq
 147    * @param col
 148    * @return
 149    */
 150   public ColumnCell getCellFor(SequenceI seq, IdColumn col)
 151   {
 152     ColumnCell cell = null;
 153     if (col != null)
 154     {
 155       SequenceI dseq = seq;
 156       while (dseq.getDatasetSequence() != null)
 157       {
 158         dseq = dseq.getDatasetSequence();
 159       }
 160       if (col == STRUCTURES_NUM)
 161       {
 162         Vector pdbE = dseq.getAllPDBEntries();
 163         if (pdbE == null)
 164         {
 165           return null;
 166         }
 167         return new ColumnCell("" + pdbE.size(), Color.red, Color.white);
 168       }
 169       if (col.featureTypeName != null)
 170       {
 171         List<SequenceFeature> np = dseq.getFeatures()
 172                 .getNonPositionalFeatures(col.featureTypeName);
 173         if (np != null)
 174         {
 175           for (SequenceFeature npfeat : np)
 176           {
 177             // nb deal with multiplicities!
 178             if (col.featureGroupName == null || (npfeat.featureGroup != null
 179                     && npfeat.featureGroup.equals(col.featureGroupName)))
 180             {
 181               Color fg = Color.black;
 182               Color bg = Color.white;
 183
 184               return new ColumnCell(npfeat.description, fg, bg);
 185             }
 186           }
 187         }
 188       }
 189       if (col.DbRefName != null)
 190       {
 191         List<DBRefEntryI> refs = new ArrayList<DBRefEntryI>();
 192         for (DBRefEntryI dbr : dseq.getDBRefs())
 193         {
 194           if (dbr.getSource().equals(col.DbRefName))
 195           {
 196             refs.add(dbr);
 197           }
 198         }
 199         if (refs.size()==0)
 200         {
 201           return null;
 202         }
 203         StringBuilder dbr = new StringBuilder();
 204         dbr.append(refs.size());
 205         for (DBRefEntryI ref : refs)
 206         {
 207           dbr.append(" "+ref.getAccessionId());
 208         }
 209         return new ColumnCell(dbr.toString(), Color.black, Color.white);
 210
 211       }
 212     }
 213     // no value for this sequence in given column
 214     return null;
 215   }
 216
 217   public IdColumn[] getIdColumns()
 218   {
 219     return columns.values().toArray(new IdColumn[0]);
 220   }
 221 }