src/jalview/viewmodel/seqfeatures/IdColumns.java

   1 package jalview.viewmodel.seqfeatures;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.LinkedHashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Vector;
   8
   9 import jalview.api.DBRefEntryI;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13 import jalview.datamodel.features.SequenceFeaturesI;
  14
  15 public class IdColumns
  16 {
  17
  18   AlignmentI alignment = null;
  19
  20   public IdColumns(AlignmentI al)
  21   {
  22     alignment = al;
  23     columns.put(STRUCTURES_NUM.getLabel(), STRUCTURES_NUM);
  24     updateTypeList();
  25   }
  26
  27   public final static IdColumn STRUCTURES_NUM;
  28   static
  29   {
  30     STRUCTURES_NUM = new IdColumn("3D Structures",
  31             "Number of associated structure files", false);
  32   }
  33
  34   LinkedHashMap<String, IdColumn> columns = new LinkedHashMap<String, IdColumn>();
  35
  36   /**
  37    * register a feature on the columnset
  38    *
  39    * @param sf
  40    * @return true if feature was not seen before
  41    */
  42   boolean updateListForFeature(SequenceFeature sf)
  43   {
  44     String colname = sf.getType();
  45     if (columns.get(colname) != null)
  46     {
  47       return false;
  48     }
  49
  50     IdColumn col = new IdColumn(colname,
  51             "Nonpositional feature: " + colname, false);
  52     col.featureTypeName = sf.getType();
  53     // col.featureGroupName = sf.getFeatureGroup();
  54     columns.put(colname, col);
  55     return true;
  56   }
  57
  58   boolean updateListForDbxref(DBRefEntryI dbref)
  59   {
  60     String colname = dbref.getSource();
  61     if (columns.get(colname) != null)
  62     {
  63       return false;
  64     }
  65
  66     IdColumn col = new IdColumn(colname,
  67             "Database CrossReference: " + colname, false);
  68     col.DbRefName = colname;
  69     // col.featureGroupName = sf.getFeatureGroup();
  70     columns.put(colname, col);
  71     return true;
  72   }
  73
  74   public void updateTypeList()
  75   {
  76     for (SequenceI sq : alignment.getSequences())
  77     {
  78       SequenceI seq = sq;
  79       while (seq.getDatasetSequence() != null)
  80       {
  81         seq = seq.getDatasetSequence();
  82       }
  83
  84       SequenceFeaturesI sqf = seq.getFeatures();
  85       List<SequenceFeature> nonpos = sqf.getNonPositionalFeatures();
  86       if (nonpos != null)
  87       {
  88         for (SequenceFeature sf : nonpos)
  89         {
  90           updateListForFeature(sf);
  91         }
  92       }
  93       for (DBRefEntryI dbr : seq.getDBRefs())
  94       {
  95         updateListForDbxref(dbr);
  96       }
  97     }
  98   }
  99
 100   public void toggleVisible(String column)
 101   {
 102     IdColumn col = columns.get(column);
 103     if (col != null)
 104     {
 105       col.visible = !col.visible;
 106     }
 107   }
 108
 109   public List<IdColumn> getVisible()
 110   {
 111     // probably want to cache this
 112     ArrayList<IdColumn> vis = new ArrayList();
 113     for (IdColumn col : columns.values())
 114     {
 115       if (col.visible)
 116       {
 117         vis.add(col);
 118       }
 119     }
 120     return vis;
 121   }
 122
 123   public final class ColumnCell
 124   {
 125     public final String label;
 126
 127     public final Color bg;
 128
 129     public final Color fg;
 130
 131     public ColumnCell(final String label, final Color bg, final Color fg)
 132     {
 133       this.label = label;
 134       this.bg = bg;
 135       this.fg = fg;
 136     }
 137   }
 138
 139   /**
 140    * render the column value for this sequence
 141    *
 142    * @param seq
 143    * @param col
 144    * @return
 145    */
 146   public ColumnCell getCellFor(SequenceI seq, IdColumn col)
 147   {
 148     ColumnCell cell = null;
 149     if (col != null)
 150     {
 151       SequenceI dseq = seq;
 152       while (dseq.getDatasetSequence() != null)
 153       {
 154         dseq = dseq.getDatasetSequence();
 155       }
 156       if (col == STRUCTURES_NUM)
 157       {
 158         Vector pdbE = dseq.getAllPDBEntries();
 159         if (pdbE == null)
 160         {
 161           return null;
 162         }
 163         return new ColumnCell("" + pdbE.size(), Color.red, Color.white);
 164       }
 165       if (col.featureTypeName != null)
 166       {
 167         List<SequenceFeature> np = dseq.getFeatures()
 168                 .getNonPositionalFeatures(col.featureTypeName);
 169         if (np != null)
 170         {
 171           for (SequenceFeature npfeat : np)
 172           {
 173             // nb deal with multiplicities!
 174             if (col.featureGroupName != null && npfeat.featureGroup != null
 175                     && npfeat.featureGroup.equals(col.featureGroupName))
 176             {
 177               Color fg = Color.black;
 178               Color bg = Color.white;
 179
 180               return new ColumnCell(npfeat.description, fg, bg);
 181             }
 182           }
 183         }
 184       }
 185       if (col.DbRefName != null)
 186       {
 187         for (DBRefEntryI dbr : dseq.getDBRefs())
 188         {
 189           if (dbr.getSource().equals(col.DbRefName))
 190           {
 191             return new ColumnCell(dbr.getAccessionId(), Color.black,
 192                     Color.white);
 193           }
 194         }
 195       }
 196     }
 197     // no value for this sequence in given column
 198     return null;
 199   }
 200
 201   public IdColumn[] getIdColumns()
 202   {
 203     return columns.values().toArray(new IdColumn[0]);
 204   }
 205 }