src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.styles;
  22
  23 import jalview.api.ViewStyleI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 /**
  28  * A container for holding alignment view properties. View properties are
  29  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  30  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  31  * rendering system.
  32  *
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  37 {
  38   private boolean abovePIDThreshold = false;
  39
  40   int charHeight;
  41
  42   int charWidth;
  43
  44   int idWidth = -1;
  45
  46   /**
  47    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  48    */
  49   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  50
  51   /**
  52    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  53    */
  54   boolean centreColumnLabels = false;
  55
  56   private boolean showdbrefs;
  57
  58   private boolean shownpfeats;
  59
  60   // --------END Structure Conservation
  61
  62   /**
  63    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  64    */
  65   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  66
  67   boolean conservationColourSelected = false;
  68
  69   /**
  70    * show the reference sequence in the alignment view
  71    */
  72   private boolean displayReferenceSeq = false;
  73
  74   private int increment;
  75
  76   /**
  77    * display gap characters
  78    */
  79   boolean renderGaps = true;
  80
  81   private boolean rightAlignIds = false;
  82
  83   boolean scaleAboveWrapped = false;
  84
  85   boolean scaleLeftWrapped = true;
  86
  87   boolean scaleRightWrapped = true;
  88
  89   boolean seqNameItalics;
  90
  91   /**
  92    * show annotation tracks on the alignment
  93    */
  94   private boolean showAnnotation = true;
  95
  96   /**
  97    * render each residue in a coloured box
  98    */
  99   boolean showBoxes = true;
 100
 101   /**
 102    * Colour sequence text
 103    */
 104   boolean showColourText = false;
 105
 106   /**
 107    * show blue triangles
 108    */
 109   boolean showHiddenMarkers = true;
 110
 111   /**
 112    * show /start-end in ID panel
 113    */
 114   boolean showJVSuffix = true;
 115
 116   /**
 117    * scale features height according to score
 118    */
 119   boolean showSeqFeaturesHeight;
 120
 121   /**
 122    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 123    */
 124   boolean showSequenceFeatures = false;
 125
 126   /**
 127    * display sequence symbols
 128    */
 129   boolean showText = true;
 130
 131   /**
 132    * show non-conserved residues only
 133    */
 134   protected boolean showUnconserved = false;
 135
 136   Color textColour = Color.black;
 137
 138   Color textColour2 = Color.white;
 139
 140   /**
 141    * PID or consensus threshold
 142    */
 143   int threshold;
 144
 145   /**
 146    * threshold for switching between textColour & textColour2
 147    */
 148   int thresholdTextColour = 0;
 149
 150   /**
 151    * upper case characters in sequence are shown in bold
 152    */
 153   boolean upperCasebold = false;
 154
 155   /**
 156    * name of base font for view
 157    */
 158   private String fontName;
 159
 160   /**
 161    * size for base font
 162    */
 163   private int fontSize;
 164
 165   /*
 166    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 167    * SplitFrame views only)
 168    */
 169   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 170
 171   /**
 172    * Copy constructor
 173    *
 174    * @param vs
 175    */
 176   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 177   {
 178     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 179     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 180     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 181     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 182     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 183     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 184     setColourText(vs.getColourText());
 185     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 186     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 187     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 188     setFontName(vs.getFontName());
 189     setFontSize(vs.getFontSize());
 190     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 191     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 192     setIncrement(vs.getIncrement());
 193     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 194     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 195     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 196     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 197     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 198     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 199     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 200     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 201     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 202     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 203     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 204     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 205     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 206     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 207     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 208     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 209     setShowText(vs.getShowText());
 210     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 211     setTextColour(vs.getTextColour());
 212     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 213     setThreshold(vs.getThreshold());
 214     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 215     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 216     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 217     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 218     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 219   }
 220
 221   public ViewStyle()
 222   {
 223   }
 224
 225   /**
 226    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 227    */
 228   @Override
 229   public boolean equals(Object other)
 230   {
 231     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 232     {
 233       return false;
 234     }
 235     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 236
 237     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 238             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 239             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 240             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 241             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 242                     .getColourAppliesToAllGroups()
 243             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 244             && getColourText() == vs.getColourText()
 245             && isConservationColourSelected() == vs
 246                     .isConservationColourSelected()
 247             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 248             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 249             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 250             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 251             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 252             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 253             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 254             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 255             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 256             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 257             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 258             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 259             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 260             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 261             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 262             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 263             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 264             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 265             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 266             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 267             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 268                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 269             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 270             && getShowText() == vs.getShowText()
 271             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 272             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 273             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 274             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 275             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment() && getWrappedWidth() == vs
 276             .getWrappedWidth());
 277     /*
 278      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 279      * values
 280      */
 281     match = match
 282             && String.valueOf(getFontName()).equals(
 283                     String.valueOf(vs.getFontName()));
 284     match = match
 285             && String.valueOf(getTextColour()).equals(
 286                     String.valueOf(vs.getTextColour()));
 287     match = match
 288             && String.valueOf(getTextColour2()).equals(
 289                     String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 290     return match;
 291     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 292   }
 293
 294   /**
 295    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 296    * vs2.hashCode()
 297    */
 298   @Override
 299   public int hashCode()
 300   {
 301     /*
 302      * No need to include all properties, just a selection...
 303      */
 304     int hash = 0;
 305     int m = 1;
 306     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 307     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 308     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 309     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 310     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 311     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 312     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 313     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 314     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 315     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 316     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 317     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 318     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 319     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 320     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 321     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 322     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 323     hash += m++ * this.charHeight;
 324     hash += m++ * this.charWidth;
 325     hash += m++ * fontSize;
 326     hash += m++ * fontStyle;
 327     hash += m++ * idWidth;
 328     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 329     return hash;
 330   }
 331
 332   /**
 333    * @return the upperCasebold
 334    */
 335   @Override
 336   public boolean isUpperCasebold()
 337   {
 338     return upperCasebold;
 339   }
 340
 341   /**
 342    * @param upperCasebold
 343    *          the upperCasebold to set
 344    */
 345   @Override
 346   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 347   {
 348     this.upperCasebold = upperCasebold;
 349   }
 350
 351   /**
 352    * flag for wrapping
 353    */
 354   boolean wrapAlignment = false;
 355
 356   /**
 357    * number columns in wrapped alignment
 358    */
 359   int wrappedWidth;
 360
 361   private int fontStyle;
 362
 363   /**
 364    * GUI state
 365    *
 366    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 367    */
 368   @Override
 369   public boolean getAbovePIDThreshold()
 370   {
 371     return abovePIDThreshold;
 372   }
 373
 374   /**
 375    * DOCUMENT ME!
 376    *
 377    * @return DOCUMENT ME!
 378    */
 379   @Override
 380   public int getCharHeight()
 381   {
 382     return charHeight;
 383   }
 384
 385   /**
 386    * DOCUMENT ME!
 387    *
 388    * @return DOCUMENT ME!
 389    */
 390   @Override
 391   public int getCharWidth()
 392   {
 393     return charWidth;
 394   }
 395
 396   /**
 397    *
 398    *
 399    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 400    */
 401   @Override
 402   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 403   {
 404     return colourAppliesToAllGroups;
 405   }
 406
 407   /**
 408    * DOCUMENT ME!
 409    *
 410    * @return DOCUMENT ME!
 411    */
 412   @Override
 413   public boolean getColourText()
 414   {
 415     return showColourText;
 416   }
 417
 418   /**
 419    * GUI state
 420    *
 421    * @return true if conservation based shading is enabled
 422    */
 423   @Override
 424   public boolean getConservationSelected()
 425   {
 426     return conservationColourSelected;
 427   }
 428
 429   /**
 430    * GUI State
 431    *
 432    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 433    */
 434   @Override
 435   public int getIncrement()
 436   {
 437     return increment;
 438   }
 439
 440   /**
 441    * DOCUMENT ME!
 442    *
 443    * @return DOCUMENT ME!
 444    */
 445   @Override
 446   public boolean getScaleAboveWrapped()
 447   {
 448     return scaleAboveWrapped;
 449   }
 450
 451   /**
 452    * DOCUMENT ME!
 453    *
 454    * @return DOCUMENT ME!
 455    */
 456   @Override
 457   public boolean getScaleLeftWrapped()
 458   {
 459     return scaleLeftWrapped;
 460   }
 461
 462   /**
 463    * DOCUMENT ME!
 464    *
 465    * @return DOCUMENT ME!
 466    */
 467   @Override
 468   public boolean getScaleRightWrapped()
 469   {
 470     return scaleRightWrapped;
 471   }
 472
 473   /**
 474    * DOCUMENT ME!
 475    *
 476    * @return DOCUMENT ME!
 477    */
 478   @Override
 479   public boolean getShowBoxes()
 480   {
 481     return showBoxes;
 482   }
 483
 484   @Override
 485   public boolean getShowHiddenMarkers()
 486   {
 487     return showHiddenMarkers;
 488   }
 489
 490   /**
 491    * DOCUMENT ME!
 492    *
 493    * @return DOCUMENT ME!
 494    */
 495   @Override
 496   public boolean getShowJVSuffix()
 497   {
 498     return showJVSuffix;
 499   }
 500
 501   /**
 502    * DOCUMENT ME!
 503    *
 504    * @return DOCUMENT ME!
 505    */
 506   @Override
 507   public boolean getShowText()
 508   {
 509     return showText;
 510   }
 511
 512   @Override
 513   public boolean getShowUnconserved()
 514   {
 515     return showUnconserved;
 516   }
 517
 518   /**
 519    * @return the textColour
 520    */
 521   @Override
 522   public Color getTextColour()
 523   {
 524     return textColour;
 525   }
 526
 527   /**
 528    * @return the textColour2
 529    */
 530   @Override
 531   public Color getTextColour2()
 532   {
 533     return textColour2;
 534   }
 535
 536   /**
 537    * DOCUMENT ME!
 538    *
 539    * @return DOCUMENT ME!
 540    */
 541   @Override
 542   public int getThreshold()
 543   {
 544     return threshold;
 545   }
 546
 547   /**
 548    * @return the thresholdTextColour
 549    */
 550   @Override
 551   public int getThresholdTextColour()
 552   {
 553     return thresholdTextColour;
 554   }
 555
 556   /**
 557    * DOCUMENT ME!
 558    *
 559    * @return DOCUMENT ME!
 560    */
 561   @Override
 562   public boolean getWrapAlignment()
 563   {
 564     return wrapAlignment;
 565   }
 566
 567   /**
 568    * DOCUMENT ME!
 569    *
 570    * @return DOCUMENT ME!
 571    */
 572   @Override
 573   public int getWrappedWidth()
 574   {
 575     return wrappedWidth;
 576   }
 577
 578   @Override
 579   public boolean isColourByReferenceSeq()
 580   {
 581     return colourByReferenceSeq;
 582   }
 583
 584   /**
 585    * @return the conservationColourSelected
 586    */
 587   @Override
 588   public boolean isConservationColourSelected()
 589   {
 590     return conservationColourSelected;
 591   }
 592
 593   @Override
 594   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 595   {
 596     return displayReferenceSeq;
 597   }
 598
 599   /**
 600    * @return the renderGaps
 601    */
 602   @Override
 603   public boolean isRenderGaps()
 604   {
 605     return renderGaps;
 606   }
 607
 608   @Override
 609   public boolean isRightAlignIds()
 610   {
 611     return rightAlignIds;
 612   }
 613
 614   /**
 615    * @return the seqNameItalics
 616    */
 617   @Override
 618   public boolean isSeqNameItalics()
 619   {
 620     return seqNameItalics;
 621   }
 622
 623   @Override
 624   public boolean isShowAnnotation()
 625   {
 626     return showAnnotation;
 627   }
 628
 629   /**
 630    * @return the showColourText
 631    */
 632   @Override
 633   public boolean isShowColourText()
 634   {
 635     return showColourText;
 636   }
 637
 638   /**
 639    * @return the showSeqFeaturesHeight
 640    */
 641   @Override
 642   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 643   {
 644     return showSeqFeaturesHeight;
 645   }
 646
 647   @Override
 648   public boolean isShowSequenceFeatures()
 649   {
 650     return showSequenceFeatures;
 651   }
 652
 653   /**
 654    * GUI state
 655    *
 656    *
 657    * @param b
 658    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 659    */
 660   @Override
 661   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 662   {
 663     abovePIDThreshold = b;
 664   }
 665
 666   /**
 667    * DOCUMENT ME!
 668    *
 669    * @param h
 670    *          DOCUMENT ME!
 671    */
 672   @Override
 673   public void setCharHeight(int h)
 674   {
 675     this.charHeight = h;
 676   }
 677
 678   /**
 679    * DOCUMENT ME!
 680    *
 681    * @param w
 682    *          DOCUMENT ME!
 683    */
 684   @Override
 685   public void setCharWidth(int w)
 686   {
 687     this.charWidth = w;
 688   }
 689
 690   /**
 691    * @param value
 692    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 693    *          to all groups
 694    */
 695   @Override
 696   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 697   {
 698     colourAppliesToAllGroups = b;
 699   }
 700
 701   @Override
 702   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 703   {
 704     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 705   }
 706
 707   /**
 708    * DOCUMENT ME!
 709    *
 710    * @param state
 711    *          DOCUMENT ME!
 712    */
 713   @Override
 714   public void setColourText(boolean state)
 715   {
 716     showColourText = state;
 717   }
 718
 719   /**
 720    * @param conservationColourSelected
 721    *          the conservationColourSelected to set
 722    */
 723   @Override
 724   public void setConservationColourSelected(
 725           boolean conservationColourSelected)
 726   {
 727     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 728   }
 729
 730   /**
 731    * GUI state
 732    *
 733    * @param b
 734    *          enable conservation based shading
 735    */
 736   @Override
 737   public void setConservationSelected(boolean b)
 738   {
 739     conservationColourSelected = b;
 740   }
 741
 742   @Override
 743   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 744   {
 745     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 746   }
 747
 748   /**
 749    *
 750    * @param inc
 751    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 752    *          conservation
 753    */
 754   @Override
 755   public void setIncrement(int inc)
 756   {
 757     increment = inc;
 758   }
 759
 760   /**
 761    * DOCUMENT ME!
 762    *
 763    * @param state
 764    *          DOCUMENT ME!
 765    */
 766   @Override
 767   public void setRenderGaps(boolean state)
 768   {
 769     renderGaps = state;
 770   }
 771
 772   @Override
 773   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 774   {
 775     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 776   }
 777
 778   /**
 779    * DOCUMENT ME!
 780    *
 781    * @param b
 782    *          DOCUMENT ME!
 783    */
 784   @Override
 785   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 786   {
 787     scaleAboveWrapped = b;
 788   }
 789
 790   /**
 791    * DOCUMENT ME!
 792    *
 793    * @param b
 794    *          DOCUMENT ME!
 795    */
 796   @Override
 797   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 798   {
 799     scaleLeftWrapped = b;
 800   }
 801
 802   /**
 803    *
 804    *
 805    * @param scaleRightWrapped
 806    *          - true or false
 807    */
 808
 809   @Override
 810   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 811   {
 812     scaleRightWrapped = b;
 813   }
 814
 815   @Override
 816   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 817   {
 818     seqNameItalics = italics;
 819   }
 820
 821   @Override
 822   public void setShowAnnotation(boolean b)
 823   {
 824     showAnnotation = b;
 825   }
 826
 827   /**
 828    * DOCUMENT ME!
 829    *
 830    * @param state
 831    *          DOCUMENT ME!
 832    */
 833   @Override
 834   public void setShowBoxes(boolean state)
 835   {
 836     showBoxes = state;
 837   }
 838
 839   /**
 840    * @param showColourText
 841    *          the showColourText to set
 842    */
 843   @Override
 844   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 845   {
 846     this.showColourText = showColourText;
 847   }
 848
 849   @Override
 850   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 851   {
 852     showHiddenMarkers = show;
 853   }
 854
 855   /**
 856    * DOCUMENT ME!
 857    *
 858    * @param b
 859    *          DOCUMENT ME!
 860    */
 861   @Override
 862   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 863   {
 864     showJVSuffix = b;
 865   }
 866
 867   @Override
 868   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 869   {
 870     showSeqFeaturesHeight = selected;
 871
 872   }
 873
 874   /**
 875    * set the flag
 876    *
 877    * @param b
 878    *          features are displayed if true
 879    */
 880   @Override
 881   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 882   {
 883     showSequenceFeatures = b;
 884   }
 885
 886   /**
 887    * DOCUMENT ME!
 888    *
 889    * @param state
 890    *          DOCUMENT ME!
 891    */
 892   @Override
 893   public void setShowText(boolean state)
 894   {
 895     showText = state;
 896   }
 897
 898   @Override
 899   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 900   {
 901     showUnconserved = showunconserved;
 902   }
 903
 904   /**
 905    * @param textColour
 906    *          the textColour to set
 907    */
 908   @Override
 909   public void setTextColour(Color textColour)
 910   {
 911     this.textColour = textColour;
 912   }
 913
 914   /**
 915    * @param textColour2
 916    *          the textColour2 to set
 917    */
 918   @Override
 919   public void setTextColour2(Color textColour2)
 920   {
 921     this.textColour2 = textColour2;
 922   }
 923
 924   /**
 925    * DOCUMENT ME!
 926    *
 927    * @param thresh
 928    *          DOCUMENT ME!
 929    */
 930   @Override
 931   public void setThreshold(int thresh)
 932   {
 933     threshold = thresh;
 934   }
 935
 936   /**
 937    * @param thresholdTextColour
 938    *          the thresholdTextColour to set
 939    */
 940   @Override
 941   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 942   {
 943     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 944   }
 945
 946   /**
 947    * DOCUMENT ME!
 948    *
 949    * @param state
 950    *          DOCUMENT ME!
 951    */
 952   @Override
 953   public void setWrapAlignment(boolean state)
 954   {
 955     wrapAlignment = state;
 956   }
 957
 958   /**
 959    * DOCUMENT ME!
 960    *
 961    * @param w
 962    *          DOCUMENT ME!
 963    */
 964   @Override
 965   public void setWrappedWidth(int w)
 966   {
 967     this.wrappedWidth = w;
 968   }
 969
 970   @Override
 971   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 972   {
 973     return this.equals(that);
 974   }
 975
 976   @Override
 977   public String getFontName()
 978   {
 979     return fontName;
 980   }
 981
 982   @Override
 983   public int getFontSize()
 984   {
 985     return fontSize;
 986   }
 987
 988   @Override
 989   public int getFontStyle()
 990   {
 991     return fontStyle;
 992   }
 993
 994   @Override
 995   public void setFontName(String name)
 996   {
 997     fontName = name;
 998   }
 999
1000   @Override
1001   public void setFontSize(int size)
1002   {
1003     fontSize = size;
1004
1005   }
1006
1007   @Override
1008   public void setFontStyle(int style)
1009   {
1010     fontStyle = style;
1011   }
1012
1013   @Override
1014   public int getIdWidth()
1015   {
1016     return idWidth;
1017   }
1018
1019   /**
1020    * @param idWidth
1021    *          the idWidth to set
1022    */
1023   @Override
1024   public void setIdWidth(int idWidth)
1025   {
1026     this.idWidth = idWidth;
1027   }
1028
1029   /**
1030    * @return the centreColumnLabels
1031    */
1032   @Override
1033   public boolean isCentreColumnLabels()
1034   {
1035     return centreColumnLabels;
1036   }
1037
1038   /**
1039    * @param centreColumnLabels
1040    *          the centreColumnLabels to set
1041    */
1042   @Override
1043   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1044   {
1045     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * @return the showdbrefs
1050    */
1051   @Override
1052   public boolean isShowDBRefs()
1053   {
1054     return showdbrefs;
1055   }
1056
1057   /**
1058    * @param showdbrefs
1059    *          the showdbrefs to set
1060    */
1061   @Override
1062   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1063   {
1064     this.showdbrefs = showdbrefs;
1065   }
1066
1067   /**
1068    * @return the shownpfeats
1069    */
1070   @Override
1071   public boolean isShowNPFeats()
1072   {
1073     return shownpfeats;
1074   }
1075
1076   /**
1077    * @param shownpfeats
1078    *          the shownpfeats to set
1079    */
1080   @Override
1081   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1082   {
1083     this.shownpfeats = shownpfeats;
1084   }
1085
1086   @Override
1087   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1088   {
1089     return this.scaleProteinAsCdna;
1090   }
1091
1092   @Override
1093   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1094   {
1095     this.scaleProteinAsCdna = b;
1096   }
1097 }