src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.styles;
  22
  23 import jalview.api.ViewStyleI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 /**
  28  * A container for holding alignment view properties. View properties are
  29  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  30  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  31  * rendering system.
  32  *
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  37 {
  38   private boolean abovePIDThreshold = false;
  39
  40   int charHeight;
  41
  42   int charWidth;
  43
  44   int idWidth = -1;
  45
  46   /**
  47    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  48    */
  49   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  50
  51   /**
  52    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  53    */
  54   boolean centreColumnLabels = false;
  55
  56   private boolean showdbrefs;
  57
  58   private boolean shownpfeats;
  59
  60   // --------END Structure Conservation
  61
  62   /**
  63    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  64    */
  65   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  66
  67   boolean conservationColourSelected = false;
  68
  69   /**
  70    * show the reference sequence in the alignment view
  71    */
  72   private boolean displayReferenceSeq = false;
  73
  74   private int increment;
  75
  76   /**
  77    * display gap characters
  78    */
  79   boolean renderGaps = true;
  80
  81   private boolean rightAlignIds = false;
  82
  83   boolean scaleAboveWrapped = false;
  84
  85   boolean scaleLeftWrapped = true;
  86
  87   boolean scaleRightWrapped = true;
  88
  89   boolean seqNameItalics;
  90
  91   /**
  92    * show annotation tracks on the alignment
  93    */
  94   private boolean showAnnotation = true;
  95
  96   /**
  97    * render each residue in a coloured box
  98    */
  99   boolean showBoxes = true;
 100
 101   /**
 102    * Colour sequence text
 103    */
 104   boolean showColourText = false;
 105
 106   /**
 107    * show blue triangles
 108    */
 109   boolean showHiddenMarkers = true;
 110
 111   /**
 112    * show /start-end in ID panel
 113    */
 114   boolean showJVSuffix = true;
 115
 116   /**
 117    * scale features height according to score
 118    */
 119   boolean showSeqFeaturesHeight;
 120
 121   /**
 122    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 123    */
 124   boolean showSequenceFeatures = false;
 125
 126   /**
 127    * display sequence symbols
 128    */
 129   boolean showText = true;
 130
 131   /**
 132    * show non-conserved residues only
 133    */
 134   protected boolean showUnconserved = false;
 135
 136   Color textColour = Color.black;
 137
 138   Color textColour2 = Color.white;
 139
 140   /**
 141    * PID or consensus threshold
 142    */
 143   int threshold;
 144
 145   /**
 146    * threshold for switching between textColour & textColour2
 147    */
 148   int thresholdTextColour = 0;
 149
 150   /**
 151    * upper case characters in sequence are shown in bold
 152    */
 153   boolean upperCasebold = false;
 154
 155   /**
 156    * name of base font for view
 157    */
 158   private String fontName;
 159
 160   /**
 161    * size for base font
 162    */
 163   private int fontSize;
 164
 165   /*
 166    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 167    * SplitFrame views only)
 168    */
 169   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 170
 171   /*
 172    * if true, font changes to protein or cDNA are applied to both
 173    * sides of a split screen
 174    */
 175   private boolean proteinFontAsCdna = true;
 176
 177   /**
 178    * Copy constructor
 179    *
 180    * @param vs
 181    */
 182   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 183   {
 184     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 185     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 186     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 187     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 188     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 189     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 190     setColourText(vs.getColourText());
 191     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 192     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 193     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 194     setFontName(vs.getFontName());
 195     setFontSize(vs.getFontSize());
 196     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 197     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 198     setIncrement(vs.getIncrement());
 199     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 200     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 201     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 202     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 203     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 204     setProteinFontAsCdna(vs.isProteinFontAsCdna());
 205     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 206     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 207     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 208     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 209     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 210     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 211     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 212     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 213     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 214     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 215     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 216     setShowText(vs.getShowText());
 217     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 218     setTextColour(vs.getTextColour());
 219     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 220     setThreshold(vs.getThreshold());
 221     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 222     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 223     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 224     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 225     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 226   }
 227
 228   public ViewStyle()
 229   {
 230   }
 231
 232   /**
 233    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 234    */
 235   @Override
 236   public boolean equals(Object other)
 237   {
 238     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 239     {
 240       return false;
 241     }
 242     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 243
 244     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 245             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 246             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 247             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 248             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 249                     .getColourAppliesToAllGroups()
 250             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 251             && getColourText() == vs.getColourText()
 252             && isConservationColourSelected() == vs
 253                     .isConservationColourSelected()
 254             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 255             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 256             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 257             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 258             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 259             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 260             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 261             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 262             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 263             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 264             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 265             && isProteinFontAsCdna() == vs.isProteinFontAsCdna()
 266             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 267             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 268             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 269             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 270             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 271             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 272             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 273             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 274             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 275             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 276                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 277             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 278             && getShowText() == vs.getShowText()
 279             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 280             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 281             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 282             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 283             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment() && getWrappedWidth() == vs
 284             .getWrappedWidth());
 285     /*
 286      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 287      * values
 288      */
 289     match = match
 290             && String.valueOf(getFontName()).equals(
 291                     String.valueOf(vs.getFontName()));
 292     match = match
 293             && String.valueOf(getTextColour()).equals(
 294                     String.valueOf(vs.getTextColour()));
 295     match = match
 296             && String.valueOf(getTextColour2()).equals(
 297                     String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 298     return match;
 299     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 300   }
 301
 302   /**
 303    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 304    * vs2.hashCode()
 305    */
 306   @Override
 307   public int hashCode()
 308   {
 309     /*
 310      * No need to include all properties, just a selection...
 311      */
 312     int hash = 0;
 313     int m = 1;
 314     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 315     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 316     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 317     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 318     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 319     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 320     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 321     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 322     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 323     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 324     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 325     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 326     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 327     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 328     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 329     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 330     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 331     hash += m++ * this.charHeight;
 332     hash += m++ * this.charWidth;
 333     hash += m++ * fontSize;
 334     hash += m++ * fontStyle;
 335     hash += m++ * idWidth;
 336     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 337     return hash;
 338   }
 339
 340   /**
 341    * @return the upperCasebold
 342    */
 343   @Override
 344   public boolean isUpperCasebold()
 345   {
 346     return upperCasebold;
 347   }
 348
 349   /**
 350    * @param upperCasebold
 351    *          the upperCasebold to set
 352    */
 353   @Override
 354   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 355   {
 356     this.upperCasebold = upperCasebold;
 357   }
 358
 359   /**
 360    * flag for wrapping
 361    */
 362   boolean wrapAlignment = false;
 363
 364   /**
 365    * number columns in wrapped alignment
 366    */
 367   int wrappedWidth;
 368
 369   private int fontStyle;
 370
 371   /**
 372    * GUI state
 373    *
 374    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 375    */
 376   @Override
 377   public boolean getAbovePIDThreshold()
 378   {
 379     return abovePIDThreshold;
 380   }
 381
 382   /**
 383    * DOCUMENT ME!
 384    *
 385    * @return DOCUMENT ME!
 386    */
 387   @Override
 388   public int getCharHeight()
 389   {
 390     return charHeight;
 391   }
 392
 393   /**
 394    * DOCUMENT ME!
 395    *
 396    * @return DOCUMENT ME!
 397    */
 398   @Override
 399   public int getCharWidth()
 400   {
 401     return charWidth;
 402   }
 403
 404   /**
 405    *
 406    *
 407    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 408    */
 409   @Override
 410   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 411   {
 412     return colourAppliesToAllGroups;
 413   }
 414
 415   /**
 416    * DOCUMENT ME!
 417    *
 418    * @return DOCUMENT ME!
 419    */
 420   @Override
 421   public boolean getColourText()
 422   {
 423     return showColourText;
 424   }
 425
 426   /**
 427    * GUI state
 428    *
 429    * @return true if conservation based shading is enabled
 430    */
 431   @Override
 432   public boolean getConservationSelected()
 433   {
 434     return conservationColourSelected;
 435   }
 436
 437   /**
 438    * GUI State
 439    *
 440    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 441    */
 442   @Override
 443   public int getIncrement()
 444   {
 445     return increment;
 446   }
 447
 448   /**
 449    * DOCUMENT ME!
 450    *
 451    * @return DOCUMENT ME!
 452    */
 453   @Override
 454   public boolean getScaleAboveWrapped()
 455   {
 456     return scaleAboveWrapped;
 457   }
 458
 459   /**
 460    * DOCUMENT ME!
 461    *
 462    * @return DOCUMENT ME!
 463    */
 464   @Override
 465   public boolean getScaleLeftWrapped()
 466   {
 467     return scaleLeftWrapped;
 468   }
 469
 470   /**
 471    * DOCUMENT ME!
 472    *
 473    * @return DOCUMENT ME!
 474    */
 475   @Override
 476   public boolean getScaleRightWrapped()
 477   {
 478     return scaleRightWrapped;
 479   }
 480
 481   /**
 482    * DOCUMENT ME!
 483    *
 484    * @return DOCUMENT ME!
 485    */
 486   @Override
 487   public boolean getShowBoxes()
 488   {
 489     return showBoxes;
 490   }
 491
 492   @Override
 493   public boolean getShowHiddenMarkers()
 494   {
 495     return showHiddenMarkers;
 496   }
 497
 498   /**
 499    * DOCUMENT ME!
 500    *
 501    * @return DOCUMENT ME!
 502    */
 503   @Override
 504   public boolean getShowJVSuffix()
 505   {
 506     return showJVSuffix;
 507   }
 508
 509   /**
 510    * DOCUMENT ME!
 511    *
 512    * @return DOCUMENT ME!
 513    */
 514   @Override
 515   public boolean getShowText()
 516   {
 517     return showText;
 518   }
 519
 520   @Override
 521   public boolean getShowUnconserved()
 522   {
 523     return showUnconserved;
 524   }
 525
 526   /**
 527    * @return the textColour
 528    */
 529   @Override
 530   public Color getTextColour()
 531   {
 532     return textColour;
 533   }
 534
 535   /**
 536    * @return the textColour2
 537    */
 538   @Override
 539   public Color getTextColour2()
 540   {
 541     return textColour2;
 542   }
 543
 544   /**
 545    * DOCUMENT ME!
 546    *
 547    * @return DOCUMENT ME!
 548    */
 549   @Override
 550   public int getThreshold()
 551   {
 552     return threshold;
 553   }
 554
 555   /**
 556    * @return the thresholdTextColour
 557    */
 558   @Override
 559   public int getThresholdTextColour()
 560   {
 561     return thresholdTextColour;
 562   }
 563
 564   /**
 565    * DOCUMENT ME!
 566    *
 567    * @return DOCUMENT ME!
 568    */
 569   @Override
 570   public boolean getWrapAlignment()
 571   {
 572     return wrapAlignment;
 573   }
 574
 575   /**
 576    * DOCUMENT ME!
 577    *
 578    * @return DOCUMENT ME!
 579    */
 580   @Override
 581   public int getWrappedWidth()
 582   {
 583     return wrappedWidth;
 584   }
 585
 586   @Override
 587   public boolean isColourByReferenceSeq()
 588   {
 589     return colourByReferenceSeq;
 590   }
 591
 592   /**
 593    * @return the conservationColourSelected
 594    */
 595   @Override
 596   public boolean isConservationColourSelected()
 597   {
 598     return conservationColourSelected;
 599   }
 600
 601   @Override
 602   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 603   {
 604     return displayReferenceSeq;
 605   }
 606
 607   /**
 608    * @return the renderGaps
 609    */
 610   @Override
 611   public boolean isRenderGaps()
 612   {
 613     return renderGaps;
 614   }
 615
 616   @Override
 617   public boolean isRightAlignIds()
 618   {
 619     return rightAlignIds;
 620   }
 621
 622   /**
 623    * @return the seqNameItalics
 624    */
 625   @Override
 626   public boolean isSeqNameItalics()
 627   {
 628     return seqNameItalics;
 629   }
 630
 631   @Override
 632   public boolean isShowAnnotation()
 633   {
 634     return showAnnotation;
 635   }
 636
 637   /**
 638    * @return the showColourText
 639    */
 640   @Override
 641   public boolean isShowColourText()
 642   {
 643     return showColourText;
 644   }
 645
 646   /**
 647    * @return the showSeqFeaturesHeight
 648    */
 649   @Override
 650   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 651   {
 652     return showSeqFeaturesHeight;
 653   }
 654
 655   @Override
 656   public boolean isShowSequenceFeatures()
 657   {
 658     return showSequenceFeatures;
 659   }
 660
 661   /**
 662    * GUI state
 663    *
 664    *
 665    * @param b
 666    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 667    */
 668   @Override
 669   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 670   {
 671     abovePIDThreshold = b;
 672   }
 673
 674   /**
 675    * DOCUMENT ME!
 676    *
 677    * @param h
 678    *          DOCUMENT ME!
 679    */
 680   @Override
 681   public void setCharHeight(int h)
 682   {
 683     this.charHeight = h;
 684   }
 685
 686   /**
 687    * DOCUMENT ME!
 688    *
 689    * @param w
 690    *          DOCUMENT ME!
 691    */
 692   @Override
 693   public void setCharWidth(int w)
 694   {
 695     this.charWidth = w;
 696   }
 697
 698   /**
 699    * @param value
 700    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 701    *          to all groups
 702    */
 703   @Override
 704   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 705   {
 706     colourAppliesToAllGroups = b;
 707   }
 708
 709   @Override
 710   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 711   {
 712     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 713   }
 714
 715   /**
 716    * DOCUMENT ME!
 717    *
 718    * @param state
 719    *          DOCUMENT ME!
 720    */
 721   @Override
 722   public void setColourText(boolean state)
 723   {
 724     showColourText = state;
 725   }
 726
 727   /**
 728    * @param conservationColourSelected
 729    *          the conservationColourSelected to set
 730    */
 731   @Override
 732   public void setConservationColourSelected(
 733           boolean conservationColourSelected)
 734   {
 735     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 736   }
 737
 738   /**
 739    * GUI state
 740    *
 741    * @param b
 742    *          enable conservation based shading
 743    */
 744   @Override
 745   public void setConservationSelected(boolean b)
 746   {
 747     conservationColourSelected = b;
 748   }
 749
 750   @Override
 751   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 752   {
 753     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 754   }
 755
 756   /**
 757    *
 758    * @param inc
 759    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 760    *          conservation
 761    */
 762   @Override
 763   public void setIncrement(int inc)
 764   {
 765     increment = inc;
 766   }
 767
 768   /**
 769    * DOCUMENT ME!
 770    *
 771    * @param state
 772    *          DOCUMENT ME!
 773    */
 774   @Override
 775   public void setRenderGaps(boolean state)
 776   {
 777     renderGaps = state;
 778   }
 779
 780   @Override
 781   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 782   {
 783     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 784   }
 785
 786   /**
 787    * DOCUMENT ME!
 788    *
 789    * @param b
 790    *          DOCUMENT ME!
 791    */
 792   @Override
 793   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 794   {
 795     scaleAboveWrapped = b;
 796   }
 797
 798   /**
 799    * DOCUMENT ME!
 800    *
 801    * @param b
 802    *          DOCUMENT ME!
 803    */
 804   @Override
 805   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 806   {
 807     scaleLeftWrapped = b;
 808   }
 809
 810   /**
 811    *
 812    *
 813    * @param scaleRightWrapped
 814    *          - true or false
 815    */
 816
 817   @Override
 818   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 819   {
 820     scaleRightWrapped = b;
 821   }
 822
 823   @Override
 824   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 825   {
 826     seqNameItalics = italics;
 827   }
 828
 829   @Override
 830   public void setShowAnnotation(boolean b)
 831   {
 832     showAnnotation = b;
 833   }
 834
 835   /**
 836    * DOCUMENT ME!
 837    *
 838    * @param state
 839    *          DOCUMENT ME!
 840    */
 841   @Override
 842   public void setShowBoxes(boolean state)
 843   {
 844     showBoxes = state;
 845   }
 846
 847   /**
 848    * @param showColourText
 849    *          the showColourText to set
 850    */
 851   @Override
 852   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 853   {
 854     this.showColourText = showColourText;
 855   }
 856
 857   @Override
 858   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 859   {
 860     showHiddenMarkers = show;
 861   }
 862
 863   /**
 864    * DOCUMENT ME!
 865    *
 866    * @param b
 867    *          DOCUMENT ME!
 868    */
 869   @Override
 870   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 871   {
 872     showJVSuffix = b;
 873   }
 874
 875   @Override
 876   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 877   {
 878     showSeqFeaturesHeight = selected;
 879
 880   }
 881
 882   /**
 883    * set the flag
 884    *
 885    * @param b
 886    *          features are displayed if true
 887    */
 888   @Override
 889   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 890   {
 891     showSequenceFeatures = b;
 892   }
 893
 894   /**
 895    * DOCUMENT ME!
 896    *
 897    * @param state
 898    *          DOCUMENT ME!
 899    */
 900   @Override
 901   public void setShowText(boolean state)
 902   {
 903     showText = state;
 904   }
 905
 906   @Override
 907   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 908   {
 909     showUnconserved = showunconserved;
 910   }
 911
 912   /**
 913    * @param textColour
 914    *          the textColour to set
 915    */
 916   @Override
 917   public void setTextColour(Color textColour)
 918   {
 919     this.textColour = textColour;
 920   }
 921
 922   /**
 923    * @param textColour2
 924    *          the textColour2 to set
 925    */
 926   @Override
 927   public void setTextColour2(Color textColour2)
 928   {
 929     this.textColour2 = textColour2;
 930   }
 931
 932   /**
 933    * DOCUMENT ME!
 934    *
 935    * @param thresh
 936    *          DOCUMENT ME!
 937    */
 938   @Override
 939   public void setThreshold(int thresh)
 940   {
 941     threshold = thresh;
 942   }
 943
 944   /**
 945    * @param thresholdTextColour
 946    *          the thresholdTextColour to set
 947    */
 948   @Override
 949   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 950   {
 951     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 952   }
 953
 954   /**
 955    * DOCUMENT ME!
 956    *
 957    * @param state
 958    *          DOCUMENT ME!
 959    */
 960   @Override
 961   public void setWrapAlignment(boolean state)
 962   {
 963     wrapAlignment = state;
 964   }
 965
 966   /**
 967    * DOCUMENT ME!
 968    *
 969    * @param w
 970    *          DOCUMENT ME!
 971    */
 972   @Override
 973   public void setWrappedWidth(int w)
 974   {
 975     this.wrappedWidth = w;
 976   }
 977
 978   @Override
 979   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 980   {
 981     return this.equals(that);
 982   }
 983
 984   @Override
 985   public String getFontName()
 986   {
 987     return fontName;
 988   }
 989
 990   @Override
 991   public int getFontSize()
 992   {
 993     return fontSize;
 994   }
 995
 996   @Override
 997   public int getFontStyle()
 998   {
 999     return fontStyle;
1000   }
1001
1002   @Override
1003   public void setFontName(String name)
1004   {
1005     fontName = name;
1006   }
1007
1008   @Override
1009   public void setFontSize(int size)
1010   {
1011     fontSize = size;
1012
1013   }
1014
1015   @Override
1016   public void setFontStyle(int style)
1017   {
1018     fontStyle = style;
1019   }
1020
1021   @Override
1022   public int getIdWidth()
1023   {
1024     return idWidth;
1025   }
1026
1027   /**
1028    * @param idWidth
1029    *          the idWidth to set
1030    */
1031   @Override
1032   public void setIdWidth(int idWidth)
1033   {
1034     this.idWidth = idWidth;
1035   }
1036
1037   /**
1038    * @return the centreColumnLabels
1039    */
1040   @Override
1041   public boolean isCentreColumnLabels()
1042   {
1043     return centreColumnLabels;
1044   }
1045
1046   /**
1047    * @param centreColumnLabels
1048    *          the centreColumnLabels to set
1049    */
1050   @Override
1051   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1052   {
1053     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1054   }
1055
1056   /**
1057    * @return the showdbrefs
1058    */
1059   @Override
1060   public boolean isShowDBRefs()
1061   {
1062     return showdbrefs;
1063   }
1064
1065   /**
1066    * @param showdbrefs
1067    *          the showdbrefs to set
1068    */
1069   @Override
1070   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1071   {
1072     this.showdbrefs = showdbrefs;
1073   }
1074
1075   /**
1076    * @return the shownpfeats
1077    */
1078   @Override
1079   public boolean isShowNPFeats()
1080   {
1081     return shownpfeats;
1082   }
1083
1084   /**
1085    * @param shownpfeats
1086    *          the shownpfeats to set
1087    */
1088   @Override
1089   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1090   {
1091     this.shownpfeats = shownpfeats;
1092   }
1093
1094   @Override
1095   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1096   {
1097     return this.scaleProteinAsCdna;
1098   }
1099
1100   @Override
1101   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1102   {
1103     this.scaleProteinAsCdna = b;
1104   }
1105
1106   @Override
1107   public boolean isProteinFontAsCdna()
1108   {
1109     return proteinFontAsCdna;
1110   }
1111
1112   @Override
1113   public void setProteinFontAsCdna(boolean b)
1114   {
1115     proteinFontAsCdna = b;
1116   }
1117 }