src/jalview/workers/AlignCalcManager.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
  24 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Collections;
  29 import java.util.HashSet;
  30 import java.util.Hashtable;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.Set;
  34
  35 public class AlignCalcManager implements AlignCalcManagerI
  36 {
  37   private volatile List<AlignCalcWorkerI> restartable = Collections
  38           .synchronizedList(new ArrayList<AlignCalcWorkerI>());
  39
  40   private volatile List<Class> blackList = Collections
  41           .synchronizedList(new ArrayList<Class>());
  42
  43   /**
  44    * global record of calculations in progress
  45    */
  46   private volatile Map<Class, AlignCalcWorkerI> inProgress = Collections
  47           .synchronizedMap(new Hashtable<Class, AlignCalcWorkerI>());
  48
  49   /**
  50    * record of calculations pending or in progress in the current context
  51    */
  52   private volatile Map<Class, List<AlignCalcWorkerI>> updating = Collections
  53           .synchronizedMap(new Hashtable<Class, List<AlignCalcWorkerI>>());
  54
  55   @Override
  56   public void notifyStart(AlignCalcWorkerI worker)
  57   {
  58     synchronized (updating)
  59     {
  60       List<AlignCalcWorkerI> upd = updating.get(worker.getClass());
  61       if (upd == null)
  62       {
  63         updating.put(
  64                 worker.getClass(),
  65                 upd = Collections
  66                         .synchronizedList(new ArrayList<AlignCalcWorkerI>()));
  67       }
  68       synchronized (upd)
  69       {
  70         upd.add(worker);
  71       }
  72     }
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public boolean alreadyDoing(AlignCalcWorkerI worker)
  77   {
  78     synchronized (inProgress)
  79     {
  80       return inProgress.containsKey(worker.getClass());
  81     }
  82   }
  83
  84   /*
  85    * (non-Javadoc)
  86    *
  87    * @see jalview.api.AlignCalcManagerI#isPending(jalview.api.AlignCalcWorkerI)
  88    */
  89   @Override
  90   public boolean isPending(AlignCalcWorkerI workingClass)
  91   {
  92     List<AlignCalcWorkerI> upd;
  93     synchronized (updating)
  94     {
  95       upd = updating.get(workingClass.getClass());
  96       if (upd == null)
  97       {
  98         return false;
  99       }
 100       synchronized (upd)
 101       {
 102         if (upd.size() > 1)
 103         {
 104           return true;
 105         }
 106       }
 107       return false;
 108     }
 109   }
 110
 111   // TODO make into api method if needed ?
 112   public int numberLive(AlignCalcWorkerI worker)
 113   {
 114     synchronized (updating)
 115     {
 116       List<AlignCalcWorkerI> upd = updating.get(worker.getClass());
 117       if (upd == null)
 118       {
 119         return 0;
 120       }
 121       ;
 122       return upd.size();
 123     }
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public boolean notifyWorking(AlignCalcWorkerI worker)
 128   {
 129     synchronized (inProgress)
 130     {
 131       // TODO: decide if we should throw exceptions here if multiple workers
 132       // start to work
 133       if (inProgress.get(worker.getClass()) != null)
 134       {
 135         if (false)
 136         {
 137           System.err
 138                   .println("Warning: Multiple workers are running of type "
 139                           + worker.getClass());
 140         }
 141         return false;
 142       }
 143       inProgress.put(worker.getClass(), worker);
 144     }
 145     return true;
 146   }
 147
 148   private final HashSet<AlignCalcWorkerI> canUpdate = new HashSet<AlignCalcWorkerI>();
 149
 150   @Override
 151   public void workerComplete(AlignCalcWorkerI worker)
 152   {
 153     synchronized (inProgress)
 154     {
 155       // System.err.println("Worker "+worker.getClass()+" marked as complete.");
 156       inProgress.remove(worker.getClass());
 157       List<AlignCalcWorkerI> upd = updating.get(worker.getClass());
 158       if (upd != null)
 159       {
 160         synchronized (upd)
 161         {
 162           upd.remove(worker);
 163         }
 164         canUpdate.add(worker);
 165       }
 166     }
 167   }
 168
 169   @Override
 170   public void workerCannotRun(AlignCalcWorkerI worker)
 171   {
 172     synchronized (blackList)
 173     {
 174       blackList.add(worker.getClass());
 175     }
 176   }
 177
 178   public boolean isBlackListed(Class workerType)
 179   {
 180     synchronized (blackList)
 181     {
 182       return blackList.contains(workerType);
 183     }
 184   }
 185
 186   @Override
 187   public void startWorker(AlignCalcWorkerI worker)
 188   {
 189     // System.err.println("Starting "+worker.getClass());
 190     // new Exception("").printStackTrace();
 191     Thread tw = new Thread(worker);
 192     tw.setName(worker.getClass().toString());
 193     tw.start();
 194   }
 195
 196   @Override
 197   public boolean isWorking(AlignCalcWorkerI worker)
 198   {
 199     synchronized (inProgress)
 200     {// System.err.println("isWorking : worker "+(worker!=null ?
 201      // worker.getClass():"null")+ " "+hashCode());
 202       return worker != null && inProgress.get(worker.getClass()) == worker;
 203     }
 204   }
 205
 206   @Override
 207   public boolean isWorking()
 208   {
 209     synchronized (inProgress)
 210     {
 211       // System.err.println("isWorking "+hashCode());
 212       return inProgress.size() > 0;
 213     }
 214   }
 215
 216   @Override
 217   public void registerWorker(AlignCalcWorkerI worker)
 218   {
 219     synchronized (restartable)
 220     {
 221       if (!restartable.contains(worker))
 222       {
 223         restartable.add(worker);
 224       }
 225       startWorker(worker);
 226     }
 227   }
 228
 229   @Override
 230   public void restartWorkers()
 231   {
 232     synchronized (restartable)
 233     {
 234       for (AlignCalcWorkerI worker : restartable)
 235       {
 236         startWorker(worker);
 237       }
 238     }
 239   }
 240
 241   @Override
 242   public boolean workingInvolvedWith(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation)
 243   {
 244     synchronized (inProgress)
 245     {
 246       for (AlignCalcWorkerI worker : inProgress.values())
 247       {
 248         if (worker.involves(alignmentAnnotation))
 249         {
 250           return true;
 251         }
 252       }
 253     }
 254     synchronized (updating)
 255     {
 256       for (List<AlignCalcWorkerI> workers : updating.values())
 257       {
 258         for (AlignCalcWorkerI worker : workers)
 259         {
 260           if (worker.involves(alignmentAnnotation))
 261           {
 262             return true;
 263           }
 264         }
 265       }
 266     }
 267     return false;
 268   }
 269
 270   @Override
 271   public void updateAnnotationFor(Class workerClass)
 272   {
 273
 274     AlignCalcWorkerI[] workers;
 275     synchronized (canUpdate)
 276     {
 277       workers = canUpdate.toArray(new AlignCalcWorkerI[0]);
 278     }
 279     for (AlignCalcWorkerI worker : workers)
 280     {
 281       if (workerClass.equals(worker.getClass()))
 282       {
 283         worker.updateAnnotation();
 284       }
 285     }
 286   }
 287
 288   @Override
 289   public List<AlignCalcWorkerI> getRegisteredWorkersOfClass(
 290           Class workerClass)
 291   {
 292     List<AlignCalcWorkerI> workingClass = new ArrayList<AlignCalcWorkerI>();
 293     AlignCalcWorkerI[] workers;
 294     synchronized (canUpdate)
 295     {
 296       workers = canUpdate.toArray(new AlignCalcWorkerI[canUpdate.size()]);
 297     }
 298     for (AlignCalcWorkerI worker : workers)
 299     {
 300       if (workerClass.equals(worker.getClass()))
 301       {
 302         workingClass.add(worker);
 303       }
 304     }
 305     return (workingClass.size() == 0) ? null : workingClass;
 306   }
 307
 308   @Override
 309   public boolean startRegisteredWorkersOfClass(Class workerClass)
 310   {
 311     List<AlignCalcWorkerI> workers = getRegisteredWorkersOfClass(workerClass);
 312     if (workers == null)
 313     {
 314       return false;
 315     }
 316     for (AlignCalcWorkerI worker : workers)
 317     {
 318       if (!isPending(worker))
 319       {
 320         startWorker(worker);
 321       }
 322       else
 323       {
 324         System.err.println("Pending exists for " + workerClass);
 325       }
 326     }
 327     return true;
 328   }
 329
 330   @Override
 331   public void workerMayRun(AlignCalcWorkerI worker)
 332   {
 333     synchronized (blackList)
 334     {
 335       if (blackList.contains(worker.getClass()))
 336       {
 337         blackList.remove(worker.getClass());
 338       }
 339     }
 340   }
 341
 342   @Override
 343   public void removeRegisteredWorkersOfClass(Class typeToRemove)
 344   {
 345     List<AlignCalcWorkerI> workers = getRegisteredWorkersOfClass(typeToRemove);
 346     List<AlignCalcWorkerI> removable = new ArrayList<AlignCalcWorkerI>();
 347     Set<AlignCalcWorkerI> toremovannot = new HashSet<AlignCalcWorkerI>();
 348     synchronized (restartable)
 349     {
 350       for (AlignCalcWorkerI worker : restartable)
 351       {
 352         if (typeToRemove.equals(worker.getClass()))
 353         {
 354           removable.add(worker);
 355           toremovannot.add(worker);
 356         }
 357       }
 358       restartable.removeAll(removable);
 359     }
 360     synchronized (canUpdate)
 361     {
 362       for (AlignCalcWorkerI worker : canUpdate)
 363       {
 364         if (typeToRemove.equals(worker.getClass()))
 365         {
 366           removable.add(worker);
 367           toremovannot.add(worker);
 368         }
 369       }
 370       canUpdate.removeAll(removable);
 371     }
 372     // TODO: finish testing this extension
 373
 374     /*
 375      * synchronized (inProgress) { // need to kill or mark as dead any running
 376      * threads... (inProgress.get(typeToRemove)); }
 377      *
 378      * if (workers == null) { return; } for (AlignCalcWorkerI worker : workers)
 379      * {
 380      *
 381      * if (isPending(worker)) { worker.abortAndDestroy(); startWorker(worker); }
 382      * else { System.err.println("Pending exists for " + workerClass); } }
 383      */
 384   }
 385 }