src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.workers;
   5
   6 import java.util.List;
   7
   8 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
   9 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  10 import jalview.api.AlignViewportI;
  11 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  13
  14 /**
  15  * Base class for alignment calculation workers
  16  * @author jimp
  17  *
  18  */
  19 public abstract class AlignCalcWorker implements AlignCalcWorkerI
  20 {
  21   /**
  22    * manager and data source for calculations
  23    */
  24   protected AlignViewportI alignViewport;
  25   protected AlignCalcManagerI calcMan;
  26   protected AlignmentViewPanel ap;
  27   protected List<AlignmentAnnotation> ourAnnots=null;
  28
  29   public AlignCalcWorker(AlignViewportI alignViewport,
  30           AlignmentViewPanel alignPanel)
  31   {
  32     this.alignViewport = alignViewport;
  33     calcMan=alignViewport.getCalcManager();
  34     ap = alignPanel;
  35   }
  36   protected void abortAndDestroy()
  37   {
  38     if (calcMan!=null) {
  39       calcMan.workerComplete(this);
  40     }
  41     alignViewport=null;
  42     calcMan=null;
  43     ap=null;
  44
  45   }
  46   public boolean involves(AlignmentAnnotation i)
  47   {
  48     return ourAnnots!=null && ourAnnots.contains(i);
  49   }
  50
  51 }