src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.workers;
   5
   6 import java.util.List;
   7
   8 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
   9 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  10 import jalview.api.AlignViewportI;
  11 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  13 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  14
  15 /**
  16  * Base class for alignment calculation workers
  17  * @author jimp
  18  *
  19  */
  20 public abstract class AlignCalcWorker implements AlignCalcWorkerI
  21 {
  22   /**
  23    * manager and data source for calculations
  24    */
  25   protected AlignViewportI alignViewport;
  26   protected AlignCalcManagerI calcMan;
  27   protected AlignmentViewPanel ap;
  28   protected List<AlignmentAnnotation> ourAnnots=null;
  29
  30   public AlignCalcWorker(AlignViewportI alignViewport,
  31           AlignmentViewPanel alignPanel)
  32   {
  33     this.alignViewport = alignViewport;
  34     calcMan=alignViewport.getCalcManager();
  35     ap = alignPanel;
  36   }
  37   protected void abortAndDestroy()
  38   {
  39     if (calcMan!=null) {
  40       calcMan.workerComplete(this);
  41     }
  42     alignViewport=null;
  43     calcMan=null;
  44     ap=null;
  45
  46   }
  47   public boolean involves(AlignmentAnnotation i)
  48   {
  49     return ourAnnots!=null && ourAnnots.contains(i);
  50   }
  51
  52   /**
  53    * permanently remove from the alignment all annotation rows managed by this worker
  54    */
  55   @Override
  56   public void removeOurAnnotation()
  57   {
  58     if (ourAnnots!=null && alignViewport!=null)
  59     {
  60       AlignmentI alignment=alignViewport.getAlignment();
  61       synchronized (ourAnnots) {
  62         for (AlignmentAnnotation aa:ourAnnots)
  63         {
  64           alignment.deleteAnnotation(aa, true);
  65         }
  66       }
  67     }
  68   }
  69   // TODO: allow GUI to query workers associated with annotation to add items to annotation label panel popup menu
  70
  71 }