src/jalview/workers/ConsensusThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  32
  33 public class ConsensusThread extends AlignCalcWorker
  34 {
  35   public ConsensusThread(AlignViewportI alignViewport,
  36           AlignmentViewPanel alignPanel)
  37   {
  38     super(alignViewport, alignPanel);
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public void run()
  43   {
  44     if (calcMan.isPending(this))
  45     {
  46       return;
  47     }
  48     calcMan.notifyStart(this);
  49     long started = System.currentTimeMillis();
  50     try
  51     {
  52       AlignmentAnnotation consensus = getConsensusAnnotation();
  53       if (consensus == null || calcMan.isPending(this))
  54       {
  55         calcMan.workerComplete(this);
  56         return;
  57       }
  58       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  59       {
  60         // System.err.println("Thread (Consensus"+Thread.currentThread().getName()+") Waiting around.");
  61         try
  62         {
  63           if (ap != null)
  64           {
  65             ap.paintAlignment(false);
  66           }
  67           Thread.sleep(200);
  68         } catch (Exception ex)
  69         {
  70           ex.printStackTrace();
  71         }
  72       }
  73       if (alignViewport.isClosed())
  74       {
  75         abortAndDestroy();
  76         return;
  77       }
  78       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  79
  80       int aWidth = -1;
  81
  82       if (alignment == null || (aWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  83       {
  84         calcMan.workerComplete(this);
  85         return;
  86       }
  87
  88       eraseConsensus(aWidth);
  89       computeConsensus(alignment);
  90       updateResultAnnotation(true);
  91
  92       if (ap != null)
  93       {
  94         ap.paintAlignment(true);
  95       }
  96     } catch (OutOfMemoryError error)
  97     {
  98       calcMan.disableWorker(this);
  99       ap.raiseOOMWarning("calculating consensus", error);
 100     } finally
 101     {
 102       /*
 103        * e.g. ArrayIndexOutOfBoundsException can happen due to a race condition
 104        * - alignment was edited at same time as calculation was running
 105        */
 106       calcMan.workerComplete(this);
 107     }
 108   }
 109
 110   /**
 111    * Clear out any existing consensus annotations
 112    *
 113    * @param aWidth
 114    *          the width (number of columns) of the annotated alignment
 115    */
 116   protected void eraseConsensus(int aWidth)
 117   {
 118     AlignmentAnnotation consensus = getConsensusAnnotation();
 119     consensus.annotations = new Annotation[aWidth];
 120   }
 121
 122   /**
 123    * @param alignment
 124    */
 125   protected void computeConsensus(AlignmentI alignment)
 126   {
 127
 128     SequenceI[] aseqs = getSequences();
 129     int width = alignment.getWidth();
 130     ProfilesI hconsensus = AAFrequency.calculate(aseqs, width, 0,
 131             width, true);
 132
 133     alignViewport.setSequenceConsensusHash(hconsensus);
 134     setColourSchemeConsensus(hconsensus);
 135   }
 136
 137   /**
 138    * @return
 139    */
 140   protected SequenceI[] getSequences()
 141   {
 142     return alignViewport.getAlignment().getSequencesArray();
 143   }
 144
 145   /**
 146    * @param hconsensus
 147    */
 148   protected void setColourSchemeConsensus(ProfilesI hconsensus)
 149   {
 150     ResidueShaderI cs = alignViewport.getResidueShading();
 151     if (cs != null)
 152     {
 153       cs.setConsensus(hconsensus);
 154     }
 155   }
 156
 157   /**
 158    * Get the Consensus annotation for the alignment
 159    *
 160    * @return
 161    */
 162   protected AlignmentAnnotation getConsensusAnnotation()
 163   {
 164     return alignViewport.getAlignmentConsensusAnnotation();
 165   }
 166
 167   /**
 168    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
 169    * current visualization settings.
 170    */
 171   @Override
 172   public void updateAnnotation()
 173   {
 174     updateResultAnnotation(false);
 175   }
 176
 177   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
 178   {
 179     AlignmentAnnotation consensus = getConsensusAnnotation();
 180     ProfilesI hconsensus = (ProfilesI) getViewportConsensus();
 181     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && consensus != null
 182             && hconsensus != null)
 183     {
 184       deriveConsensus(consensus, hconsensus);
 185     }
 186   }
 187
 188   /**
 189    * Convert the computed consensus data into the desired annotation for
 190    * display.
 191    *
 192    * @param consensusAnnotation
 193    *          the annotation to be populated
 194    * @param hconsensus
 195    *          the computed consensus data
 196    */
 197   protected void deriveConsensus(AlignmentAnnotation consensusAnnotation,
 198           ProfilesI hconsensus)
 199   {
 200
 201     long nseq = getSequences().length;
 202     AAFrequency.completeConsensus(consensusAnnotation, hconsensus,
 203             hconsensus.getStartColumn(),
 204             hconsensus.getEndColumn() + 1,
 205             alignViewport.isIgnoreGapsConsensus(),
 206             alignViewport.isShowSequenceLogo(), nseq);
 207   }
 208
 209   /**
 210    * Get the consensus data stored on the viewport.
 211    *
 212    * @return
 213    */
 214   protected Object getViewportConsensus()
 215   {
 216     // TODO convert ComplementConsensusThread to use Profile
 217     return alignViewport.getSequenceConsensusHash();
 218   }
 219 }