src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31
  32 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker
  33 {
  34
  35   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable
  36                                  // property!
  37
  38   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport,
  39           AlignmentViewPanel alignPanel)
  40   {
  41     super(alignViewport, alignPanel);
  42     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  43   }
  44
  45   private Conservation cons;
  46
  47   AlignmentAnnotation conservation, quality;
  48
  49   int alWidth;
  50
  51   @Override
  52   public void run()
  53   {
  54     try
  55     {
  56       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
  57
  58       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  59       {
  60         try
  61         {
  62           if (ap != null)
  63           {
  64             // ap.paintAlignment(false);
  65           }
  66           Thread.sleep(200);
  67         } catch (Exception ex)
  68         {
  69           ex.printStackTrace();
  70         }
  71       }
  72       if (alignViewport.isClosed())
  73       {
  74         abortAndDestroy();
  75         return;
  76       }
  77       List<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  78       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  79       conservation = alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  80       quality = alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  81       ourAnnot.add(conservation);
  82       ourAnnot.add(quality);
  83       ourAnnots = ourAnnot;
  84       ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  85       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  86
  87       if (alignment == null || (alWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  88       {
  89         calcMan.workerComplete(this);
  90         // .updatingConservation = false;
  91         // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  92
  93         return;
  94       }
  95       try
  96       {
  97         cons = Conservation.calculateConservation("All", 3,
  98                 alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false,
  99                 ConsPercGaps, quality != null);
 100       } catch (IndexOutOfBoundsException x)
 101       {
 102         // probable race condition. just finish and return without any fuss.
 103         calcMan.workerComplete(this);
 104         return;
 105       }
 106       updateResultAnnotation(true);
 107     } catch (OutOfMemoryError error)
 108     {
 109       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
 110       calcMan.disableWorker(this);
 111       // alignViewport.conservation = null;
 112       // this.alignViewport.quality = null;
 113
 114     }
 115     calcMan.workerComplete(this);
 116
 117     if (ap != null)
 118     {
 119       ap.paintAlignment(true);
 120     }
 121
 122   }
 123
 124   private void updateResultAnnotation(boolean b)
 125   {
 126     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons != null
 127             && conservation != null && quality != null)
 128     {
 129       alignViewport.setConservation(cons);
 130       cons.completeAnnotations(conservation, quality, 0, alWidth);
 131     }
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public void updateAnnotation()
 136   {
 137     updateResultAnnotation(false);
 138
 139   }
 140 }