src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.workers;
  19
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29
  30 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker implements
  31         AlignCalcWorkerI
  32 {
  33
  34   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable
  35                                  // property!
  36
  37   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport,
  38           AlignmentViewPanel alignPanel)
  39   {
  40     super(alignViewport, alignPanel);
  41     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  42   }
  43
  44   private Conservation cons;
  45
  46   AlignmentAnnotation conservation, quality;
  47
  48   int alWidth;
  49
  50   @Override
  51   public void run()
  52   {
  53     try
  54     {
  55       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
  56
  57       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  58       {
  59         try
  60         {
  61           if (ap != null)
  62           {
  63             // ap.paintAlignment(false);
  64           }
  65           Thread.sleep(200);
  66         } catch (Exception ex)
  67         {
  68           ex.printStackTrace();
  69         }
  70       }
  71       if (alignViewport.isClosed())
  72       {
  73         abortAndDestroy();
  74       }
  75       List<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  76       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  77       conservation = alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  78       quality = alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  79       ourAnnot.add(conservation);
  80       ourAnnot.add(quality);
  81       ourAnnots = ourAnnot;
  82
  83       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  84
  85       if (alignment == null || (alWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  86       {
  87         calcMan.workerComplete(this);
  88         // .updatingConservation = false;
  89         // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  90
  91         return;
  92       }
  93       try
  94       {
  95         cons = Conservation.calculateConservation("All",
  96                 jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,
  97                 alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false,
  98                 ConsPercGaps, quality != null);
  99       } catch (IndexOutOfBoundsException x)
 100       {
 101         // probable race condition. just finish and return without any fuss.
 102         calcMan.workerComplete(this);
 103         return;
 104       }
 105       updateResultAnnotation(true);
 106     } catch (OutOfMemoryError error)
 107     {
 108       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
 109       calcMan.workerCannotRun(this);
 110       // alignViewport.conservation = null;
 111       // this.alignViewport.quality = null;
 112
 113     }
 114     calcMan.workerComplete(this);
 115
 116     if (ap != null)
 117     {
 118       ap.paintAlignment(true);
 119     }
 120
 121   }
 122
 123   private void updateResultAnnotation(boolean b)
 124   {
 125     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons != null
 126             && conservation != null && quality != null)
 127       cons.completeAnnotations(conservation, quality, 0, alWidth);
 128   }
 129
 130   @Override
 131   public void updateAnnotation()
 132   {
 133     updateResultAnnotation(false);
 134
 135   }
 136 }