src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31
  32 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker
  33 {
  34
  35   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable
  36                                  // property!
  37
  38   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport,
  39           AlignmentViewPanel alignPanel)
  40   {
  41     super(alignViewport, alignPanel);
  42     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  43   }
  44
  45   private Conservation cons;
  46
  47   AlignmentAnnotation conservation, quality;
  48
  49   int alWidth;
  50
  51   @Override
  52   public String getCalcName()
  53   {
  54     return "Conservation";
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public void run()
  59   {
  60     if ((alignViewport == null) || (calcMan == null)
  61             || (alignViewport.isClosed()))
  62     {
  63       abortAndDestroy();
  64       return;
  65     }
  66     List<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<>();
  67     AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  68     conservation = alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  69     quality = alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  70     ourAnnot.add(conservation);
  71     ourAnnot.add(quality);
  72     ourAnnots = ourAnnot;
  73     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  74     // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  75
  76     if (alignment == null || (alWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  77     {
  78       // .updatingConservation = false;
  79       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  80       return;
  81     }
  82     try
  83     {
  84       cons = Conservation.calculateConservation("All",
  85               alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false,
  86               ConsPercGaps, quality != null);
  87     } catch (IndexOutOfBoundsException x)
  88     {
  89       // probable race condition. just finish and return without any fuss.
  90       return;
  91     }
  92     updateResultAnnotation(true);
  93
  94     if ((alignViewport == null) || (calcMan == null)
  95             || (alignViewport.isClosed()))
  96     {
  97       abortAndDestroy();
  98       return;
  99     }
 100     if (ap != null)
 101     {
 102       ap.paintAlignment(true, true);
 103     }
 104
 105   }
 106
 107   private void updateResultAnnotation(boolean b)
 108   {
 109     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons != null
 110             && conservation != null && quality != null)
 111     {
 112       alignViewport.setConservation(cons);
 113       cons.completeAnnotations(conservation, quality, 0, alWidth);
 114     }
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public void updateAnnotation()
 119   {
 120     updateResultAnnotation(false);
 121
 122   }
 123 }