src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30
  31 import java.util.Hashtable;
  32
  33 public class StrucConsensusThread extends AlignCalcWorker
  34 {
  35   public StrucConsensusThread(AlignViewportI alignViewport,
  36           AlignmentViewPanel alignPanel)
  37   {
  38     super(alignViewport, alignPanel);
  39   }
  40
  41   AlignmentAnnotation strucConsensus;
  42
  43   Hashtable[] hStrucConsensus;
  44
  45   private long nseq = -1;
  46
  47   @Override
  48   public void run()
  49   {
  50       if (alignViewport.isClosed())
  51       {
  52         abortAndDestroy();
  53         return;
  54       }
  55       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  56
  57       int aWidth = -1;
  58
  59       if (alignment == null || (aWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  60       {
  61         return;
  62       }
  63       strucConsensus = alignViewport.getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
  64       hStrucConsensus = alignViewport.getRnaStructureConsensusHash();
  65       strucConsensus.annotations = null;
  66       strucConsensus.annotations = new Annotation[aWidth];
  67
  68       hStrucConsensus = new Hashtable[aWidth];
  69
  70       AlignmentAnnotation[] aa = alignViewport.getAlignment()
  71               .getAlignmentAnnotation();
  72       AlignmentAnnotation rnaStruc = null;
  73       // select rna struct to use for calculation
  74       if (aa != null)
  75       {
  76         for (int i = 0; i < aa.length; i++)
  77         {
  78           if (aa[i].visible && aa[i].isRNA() && aa[i].isValidStruc())
  79           {
  80             rnaStruc = aa[i];
  81             break;
  82           }
  83         }
  84       }
  85       // check to see if its valid
  86
  87       if (rnaStruc == null || !rnaStruc.isValidStruc())
  88       {
  89         return;
  90       }
  91
  92       try
  93       {
  94         final SequenceI[] arr = alignment.getSequencesArray();
  95         nseq = arr.length;
  96         jalview.analysis.StructureFrequency.calculate(arr, 0,
  97                 alignment.getWidth(), hStrucConsensus, true, rnaStruc);
  98       } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException x)
  99       {
 100         return;
 101       }
 102       alignViewport.setRnaStructureConsensusHash(hStrucConsensus);
 103       // TODO AlignmentAnnotation rnaStruc!!!
 104       updateResultAnnotation(true);
 105
 106   }
 107
 108   /**
 109    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
 110    * current visualization settings.
 111    */
 112   @Override
 113   public void updateAnnotation()
 114   {
 115     updateResultAnnotation(false);
 116   }
 117
 118   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
 119   {
 120     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && strucConsensus != null
 121             && hStrucConsensus != null)
 122     {
 123       StructureFrequency.completeConsensus(strucConsensus, hStrucConsensus,
 124               0, hStrucConsensus.length,
 125               alignViewport.isIgnoreGapsConsensus(),
 126               alignViewport.isShowSequenceLogo(), nseq);
 127     }
 128   }
 129
 130 }