src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.ws;\r
  19 \r
  20 import java.net.*;\r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import org.biojava.dasobert.das.*;\r
  26 import org.biojava.dasobert.das2.*;\r
  27 import org.biojava.dasobert.das2.io.*;\r
  28 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  29 import org.biojava.dasobert.eventmodel.*;\r
  30 import jalview.bin.Cache;\r
  31 import jalview.datamodel.*;\r
  32 import jalview.gui.*;\r
  33 import jalview.util.UrlLink;\r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  * \r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class DasSequenceFeatureFetcher\r
  42 {\r
  43   SequenceI[] sequences;\r
  44 \r
  45   AlignFrame af;\r
  46 \r
  47   FeatureSettings fsettings;\r
  48 \r
  49   StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
  50 \r
  51   Vector selectedSources;\r
  52 \r
  53   boolean cancelled = false;\r
  54 \r
  55   private void debug(String mesg)\r
  56   {\r
  57     debug(mesg, null);\r
  58   }\r
  59 \r
  60   private void debug(String mesg, Exception e)\r
  61   {\r
  62     if (Cache.log != null)\r
  63     {\r
  64       Cache.log.debug(mesg, e);\r
  65     }\r
  66     else\r
  67     {\r
  68       System.err.println(mesg);\r
  69       if (e != null)\r
  70       {\r
  71         e.printStackTrace();\r
  72       }\r
  73     }\r
  74   }\r
  75 \r
  76   long startTime;\r
  77 \r
  78   /**\r
  79    * Creates a new SequenceFeatureFetcher object. Uses default\r
  80    * \r
  81    * @param align\r
  82    *          DOCUMENT ME!\r
  83    * @param ap\r
  84    *          DOCUMENT ME!\r
  85    */\r
  86   public DasSequenceFeatureFetcher(SequenceI[] sequences,\r
  87           FeatureSettings fsettings, Vector selectedSources)\r
  88   {\r
  89     this(sequences, fsettings, selectedSources, true, true);\r
  90   }\r
  91 \r
  92   public DasSequenceFeatureFetcher(SequenceI[] oursequences,\r
  93           FeatureSettings fsettings, Vector ourselectedSources,\r
  94           boolean checkDbrefs, boolean promptFetchDbrefs)\r
  95   {\r
  96     this.selectedSources = new Vector();\r
  97     Enumeration sources = ourselectedSources.elements();\r
  98     // filter both sequences and sources to eliminate duplicates\r
  99     while (sources.hasMoreElements())\r
 100     {\r
 101       Object src = sources.nextElement();\r
 102       if (!selectedSources.contains(src))\r
 103       {\r
 104         selectedSources.addElement(src);\r
 105       }\r
 106       ;\r
 107     }\r
 108     Vector sqs = new Vector();\r
 109     for (int i = 0; i < oursequences.length; i++)\r
 110     {\r
 111       if (!sqs.contains(oursequences[i]))\r
 112       {\r
 113         sqs.addElement(oursequences[i]);\r
 114       }\r
 115     }\r
 116     sequences = new SequenceI[sqs.size()];\r
 117     for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
 118     {\r
 119       sequences[i] = (SequenceI) sqs.elementAt(i);\r
 120     }\r
 121     if (fsettings != null)\r
 122     {\r
 123       this.fsettings = fsettings;\r
 124       this.af = fsettings.af;\r
 125       af.setShowSeqFeatures(true);\r
 126     }\r
 127     int uniprotCount = 0;\r
 128     for (int i = 0; i < selectedSources.size(); i++)\r
 129     {\r
 130       DasSource source = (DasSource) selectedSources.elementAt(i);\r
 131       DasCoordinateSystem[] coords = source.getCoordinateSystem();\r
 132       for (int c = 0; c < coords.length; c++)\r
 133       {\r
 134         // TODO: match UniProt coord system canonically (?) - does\r
 135         // UniProt==uniprot==UNIPROT ?\r
 136         if (coords[c].getName().indexOf("UniProt") > -1)\r
 137         {\r
 138           uniprotCount++;\r
 139           break;\r
 140         }\r
 141       }\r
 142     }\r
 143 \r
 144     int refCount = 0;\r
 145     for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
 146     {\r
 147       DBRefEntry[] dbref = sequences[i].getDBRef();\r
 148       if (dbref != null)\r
 149       {\r
 150         for (int j = 0; j < dbref.length; j++)\r
 151         {\r
 152           if (dbref[j].getSource().equals(\r
 153                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT))\r
 154           {\r
 155             refCount++;\r
 156             break;\r
 157           }\r
 158         }\r
 159       }\r
 160     }\r
 161 \r
 162     if (checkDbrefs && refCount < sequences.length && uniprotCount > 0)\r
 163     {\r
 164 \r
 165       int reply = JOptionPane.YES_OPTION;\r
 166       if (promptFetchDbrefs)\r
 167       {\r
 168         reply = JOptionPane\r
 169                 .showInternalConfirmDialog(\r
 170                         Desktop.desktop,\r
 171                         "Do you want Jalview to find\n"\r
 172                                 + "Uniprot Accession ids for given sequence names?",\r
 173                         "Find Uniprot Accession Ids",\r
 174                         JOptionPane.YES_NO_OPTION,\r
 175                         JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 176       }\r
 177 \r
 178       if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)\r
 179       {\r
 180         Thread thread = new Thread(new FetchDBRefs());\r
 181         thread.start();\r
 182       }\r
 183       else\r
 184       {\r
 185         startFetching();\r
 186       }\r
 187     }\r
 188     else\r
 189     {\r
 190       startFetching();\r
 191     }\r
 192 \r
 193   }\r
 194 \r
 195   class FetchDBRefs implements Runnable\r
 196   {\r
 197     public void run()\r
 198     {\r
 199       new DBRefFetcher(sequences, af).fetchDBRefs(true);\r
 200       startFetching();\r
 201     }\r
 202   }\r
 203 \r
 204   /**\r
 205    * Spawns a number of dasobert Fetcher threads to add features to sequences in\r
 206    * the dataset\r
 207    */\r
 208   void startFetching()\r
 209   {\r
 210     cancelled = false;\r
 211     startTime = System.currentTimeMillis();\r
 212     if (af != null)\r
 213     {\r
 214       af.setProgressBar("Fetching DAS Sequence Features", startTime);\r
 215     }\r
 216 \r
 217     if (selectedSources == null || selectedSources.size() == 0)\r
 218     {\r
 219       try\r
 220       {\r
 221         DasSource[] sources = new jalview.gui.DasSourceBrowser()\r
 222                 .getDASSource();\r
 223 \r
 224         String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 225                 "uniprot");\r
 226         StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 227         selectedSources = new Vector();\r
 228         String token;\r
 229         while (st.hasMoreTokens())\r
 230         {\r
 231           token = st.nextToken();\r
 232           for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 233           {\r
 234             if (sources[i].getNickname().equals(token))\r
 235             {\r
 236               selectedSources.addElement(sources[i]);\r
 237               break;\r
 238             }\r
 239           }\r
 240         }\r
 241       } catch (Exception ex)\r
 242       {\r
 243         debug(\r
 244                 "Exception whilst setting default feature sources from registry and local preferences.",\r
 245                 ex);\r
 246       }\r
 247     }\r
 248 \r
 249     if (selectedSources == null || selectedSources.size() == 0)\r
 250     {\r
 251       System.out.println("No DAS Sources active");\r
 252       cancelled = true;\r
 253       setGuiNoDassourceActive();\r
 254       return;\r
 255     }\r
 256 \r
 257     sourcesRemaining = selectedSources.size();\r
 258     // Now sending requests one at a time to each server\r
 259     for (int sourceIndex = 0; sourceIndex < selectedSources.size()\r
 260             && !cancelled; sourceIndex++)\r
 261     {\r
 262       DasSource dasSource = (DasSource) selectedSources\r
 263               .elementAt(sourceIndex);\r
 264 \r
 265       nextSequence(dasSource, sequences[0]);\r
 266     }\r
 267   }\r
 268 \r
 269   private void setGuiNoDassourceActive()\r
 270   {\r
 271 \r
 272     if (af != null)\r
 273     {\r
 274       af.setProgressBar("No DAS Sources Active", startTime);\r
 275     }\r
 276     if (getFeatSettings() != null)\r
 277     {\r
 278       fsettings.noDasSourceActive();\r
 279     }\r
 280   }\r
 281 \r
 282   /**\r
 283    * Update our fsettings dialog reference if we didn't have one when we were\r
 284    * first initialised.\r
 285    * \r
 286    * @return fsettings\r
 287    */\r
 288   private FeatureSettings getFeatSettings()\r
 289   {\r
 290     if (fsettings == null)\r
 291     {\r
 292       if (af != null)\r
 293       {\r
 294         fsettings = af.featureSettings;\r
 295       }\r
 296     }\r
 297     return fsettings;\r
 298   }\r
 299 \r
 300   public void cancel()\r
 301   {\r
 302     if (af != null)\r
 303     {\r
 304       af.setProgressBar("DAS Feature Fetching Cancelled", startTime);\r
 305     }\r
 306     cancelled = true;\r
 307   }\r
 308 \r
 309   int sourcesRemaining = 0;\r
 310 \r
 311   void responseComplete(DasSource dasSource, SequenceI seq)\r
 312   {\r
 313     if (seq != null)\r
 314     {\r
 315       for (int seqIndex = 0; seqIndex < sequences.length - 1 && !cancelled; seqIndex++)\r
 316       {\r
 317         if (sequences[seqIndex] == seq)\r
 318         {\r
 319           nextSequence(dasSource, sequences[++seqIndex]);\r
 320           return;\r
 321         }\r
 322       }\r
 323     }\r
 324 \r
 325     sourcesRemaining--;\r
 326 \r
 327     if (sourcesRemaining == 0)\r
 328     {\r
 329       System.err.println("Fetching Complete.");\r
 330       setGuiFetchComplete();\r
 331     }\r
 332 \r
 333   }\r
 334 \r
 335   private void setGuiFetchComplete()\r
 336   {\r
 337 \r
 338     if (!cancelled && af != null)\r
 339     {\r
 340       // only update the progress bar if we've completed the fetch normally\r
 341       af.setProgressBar("DAS Feature Fetching Complete", startTime);\r
 342     }\r
 343 \r
 344     if (af != null && af.featureSettings != null)\r
 345     {\r
 346       af.featureSettings.setTableData();\r
 347     }\r
 348 \r
 349     if (getFeatSettings() != null)\r
 350     {\r
 351       fsettings.complete();\r
 352     }\r
 353   }\r
 354 \r
 355   void featuresAdded(SequenceI seq)\r
 356   {\r
 357     if (af == null)\r
 358     {\r
 359       // no gui to update with features.\r
 360       return;\r
 361     }\r
 362     af.getFeatureRenderer().featuresAdded();\r
 363 \r
 364     int start = af.getViewport().getStartSeq();\r
 365     int end = af.getViewport().getEndSeq();\r
 366     int index;\r
 367     for (index = start; index < end; index++)\r
 368     {\r
 369       if (seq == af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(index)\r
 370               .getDatasetSequence())\r
 371       {\r
 372         af.alignPanel.paintAlignment(true);\r
 373         break;\r
 374       }\r
 375     }\r
 376   }\r
 377 \r
 378   void nextSequence(DasSource dasSource, SequenceI seq)\r
 379   {\r
 380     if (cancelled)\r
 381       return;\r
 382     DBRefEntry[] uprefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(\r
 383             seq.getDBRef(), new String[]\r
 384             {\r
 385             // jalview.datamodel.DBRefSource.PDB,\r
 386             jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT,\r
 387             // jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL - not tested on any EMBL coord\r
 388             // sys sources\r
 389             });\r
 390     // TODO: minimal list of DAS queries to make by querying with untyped ID if\r
 391     // distinct from any typed IDs\r
 392 \r
 393     boolean dasCoordSysFound = false;\r
 394 \r
 395     if (uprefs != null)\r
 396     {\r
 397       // do any of these ids match the source's coordinate system ?\r
 398       for (int j = 0; !dasCoordSysFound && j < uprefs.length; j++)\r
 399       {\r
 400         DasCoordinateSystem cs[] = dasSource.getCoordinateSystem();\r
 401 \r
 402         for (int csIndex = 0; csIndex < cs.length && !dasCoordSysFound; csIndex++)\r
 403         {\r
 404           if (cs.length > 0\r
 405                   && jalview.util.DBRefUtils.isDasCoordinateSystem(\r
 406                           cs[csIndex].getName(), uprefs[j]))\r
 407           {\r
 408             debug("Launched fetcher for coordinate system "\r
 409                     + cs[0].getName());\r
 410             // Will have to pass any mapping information to the fetcher\r
 411             // - the start/end for the DBRefEntry may not be the same as the\r
 412             // sequence's start/end\r
 413 \r
 414             System.out.println(seq.getName() + " "\r
 415                     + (seq.getDatasetSequence() == null) + " "\r
 416                     + dasSource.getUrl());\r
 417 \r
 418             dasCoordSysFound = true; // break's out of the loop\r
 419             createFeatureFetcher(seq, dasSource, uprefs[j]);\r
 420           }\r
 421           else\r
 422             System.out.println("IGNORE " + cs[csIndex].getName());\r
 423         }\r
 424       }\r
 425     }\r
 426 \r
 427     if (!dasCoordSysFound)\r
 428     {\r
 429       String id = null;\r
 430       // try and use the name as the sequence id\r
 431       if (seq.getName().indexOf("|") > -1)\r
 432       {\r
 433         id = seq.getName().substring(seq.getName().lastIndexOf("|") + 1);\r
 434         if (id.trim().length() < 4)\r
 435         {\r
 436           // hack - we regard a significant ID as being at least 4\r
 437           // non-whitespace characters\r
 438           id = seq.getName().substring(0, seq.getName().lastIndexOf("|"));\r
 439           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 440           {\r
 441             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 442           }\r
 443         }\r
 444       }\r
 445       else\r
 446       {\r
 447         id = seq.getName();\r
 448       }\r
 449       if (id != null)\r
 450       {\r
 451         // Should try to call a general feature fetcher that\r
 452         // queries many sources with name to discover applicable ID references\r
 453         createFeatureFetcher(seq, dasSource, id);\r
 454       }\r
 455     }\r
 456 \r
 457   }\r
 458 \r
 459   /**\r
 460    * fetch and add das features to a sequence using the given source URL and\r
 461    * compatible DbRef id. new features are mapped using the DbRef mapping to the\r
 462    * local coordinate system.\r
 463    * \r
 464    * @param seq\r
 465    * @param SourceUrl\r
 466    * @param dbref\r
 467    */\r
 468   protected void createFeatureFetcher(final SequenceI seq,\r
 469           final DasSource dasSource, final DBRefEntry dbref)\r
 470   {\r
 471 \r
 472     // ////////////\r
 473     // / fetch DAS features\r
 474     final Das1Source source = new Das1Source();\r
 475     source.setUrl(dasSource.getUrl());\r
 476     source.setNickname(dasSource.getNickname());\r
 477     if (dbref == null || dbref.getAccessionId() == null\r
 478             || dbref.getAccessionId().length() < 1)\r
 479     {\r
 480       responseComplete(dasSource, seq); // reduce thread count anyhow\r
 481       return;\r
 482     }\r
 483     debug("new Das Feature Fetcher for " + dbref.getSource() + ":"\r
 484             + dbref.getAccessionId() + " querying " + dasSource.getUrl());\r
 485     FeatureThread fetcher = new FeatureThread(dbref.getAccessionId()\r
 486     // + ":" + start + "," + end,\r
 487             , source);\r
 488 \r
 489     fetcher.addFeatureListener(new FeatureListener()\r
 490     {\r
 491       public void comeBackLater(FeatureEvent e)\r
 492       {\r
 493         responseComplete(dasSource, seq);\r
 494         debug("das source " + e.getSource().getNickname()\r
 495                 + " asked us to come back in " + e.getComeBackLater()\r
 496                 + " secs.");\r
 497       }\r
 498 \r
 499       public void newFeatures(FeatureEvent e)\r
 500       {\r
 501 \r
 502         Das1Source ds = e.getSource();\r
 503 \r
 504         Map[] features = e.getFeatures();\r
 505         // add features to sequence\r
 506         debug("das source " + ds.getUrl() + " returned " + features.length\r
 507                 + " features");\r
 508 \r
 509         if (features.length > 0)\r
 510         {\r
 511           for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 512           {\r
 513             // standard DAS feature-> jalview sequence feature transformation\r
 514             SequenceFeature f = newSequenceFeature(features[i], source\r
 515                     .getNickname());\r
 516             if (!parseSeqFeature(seq, f, features[i], source))\r
 517             {\r
 518               if (dbref.getMap() != null && f.getBegin() > 0\r
 519                       && f.getEnd() > 0)\r
 520               {\r
 521                 debug("mapping from " + f.getBegin() + " - " + f.getEnd());\r
 522                 SequenceFeature vf[] = null;\r
 523 \r
 524                 try\r
 525                 {\r
 526                   vf = dbref.getMap().locateFeature(f);\r
 527                 } catch (Exception ex)\r
 528                 {\r
 529                   Cache.log\r
 530                           .info("Error in 'experimental' mapping of features. Please try to reproduce and then report info to jalview-discuss@jalview.org.");\r
 531                   Cache.log.info("Mapping feature from " + f.getBegin()\r
 532                           + " to " + f.getEnd() + " in dbref "\r
 533                           + dbref.getAccessionId() + " in "\r
 534                           + dbref.getSource());\r
 535                   Cache.log.info("using das Source " + ds.getUrl());\r
 536                   Cache.log.info("Exception", ex);\r
 537                 }\r
 538 \r
 539                 if (vf != null)\r
 540                 {\r
 541                   for (int v = 0; v < vf.length; v++)\r
 542                   {\r
 543                     debug("mapping to " + v + ": " + vf[v].getBegin()\r
 544                             + " - " + vf[v].getEnd());\r
 545                     seq.addSequenceFeature(vf[v]);\r
 546                   }\r
 547                 }\r
 548               }\r
 549               else\r
 550               {\r
 551                 seq.addSequenceFeature(f);\r
 552               }\r
 553             }\r
 554           }\r
 555           featuresAdded(seq);\r
 556         }\r
 557         else\r
 558         {\r
 559           // System.out.println("No features found for " + seq.getName()\r
 560           // + " from: " + e.getDasSource().getNickname());\r
 561         }\r
 562         responseComplete(dasSource, seq);\r
 563 \r
 564       }\r
 565     }\r
 566 \r
 567     );\r
 568 \r
 569     fetcher.start();\r
 570   }\r
 571 \r
 572   protected void createFeatureFetcher(final SequenceI seq,\r
 573           final DasSource dasSource, String id)\r
 574   {\r
 575     // ////////////\r
 576     // / fetch DAS features\r
 577     final Das1Source source = new Das1Source();\r
 578     source.setUrl(dasSource.getUrl());\r
 579     source.setNickname(dasSource.getNickname());\r
 580 \r
 581     if (id != null)\r
 582     {\r
 583       id = id.trim();\r
 584     }\r
 585     if (id != null && id.length() > 0)\r
 586     {\r
 587       debug("new Das Feature Fetcher for " + id + " querying "\r
 588               + dasSource.getUrl());\r
 589       FeatureThread fetcher = new FeatureThread(id\r
 590       // + ":" + start + "," + end,\r
 591               , source);\r
 592 \r
 593       fetcher.addFeatureListener(new FeatureListener()\r
 594       {\r
 595         public void comeBackLater(FeatureEvent e)\r
 596         {\r
 597           responseComplete(dasSource, seq);\r
 598           debug("das source " + e.getSource().getNickname()\r
 599                   + " asked us to come back in " + e.getComeBackLater()\r
 600                   + " secs.");\r
 601         }\r
 602 \r
 603         public void newFeatures(FeatureEvent e)\r
 604         {\r
 605 \r
 606           Das1Source ds = e.getSource();\r
 607 \r
 608           Map[] features = e.getFeatures();\r
 609           // add features to sequence\r
 610           debug("das source " + ds.getUrl() + " returned "\r
 611                   + features.length + " features");\r
 612 \r
 613           if (features.length > 0)\r
 614           {\r
 615             for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 616             {\r
 617               // standard DAS feature-> jalview sequence feature transformation\r
 618               SequenceFeature f = newSequenceFeature(features[i], source\r
 619                       .getNickname());\r
 620               if (!parseSeqFeature(seq, f, features[i], source))\r
 621               {\r
 622                 // just add as a simple sequence feature\r
 623                 seq.addSequenceFeature(f);\r
 624               }\r
 625             }\r
 626 \r
 627             featuresAdded(seq);\r
 628           }\r
 629           else\r
 630           {\r
 631             // System.out.println("No features found for " + seq.getName()\r
 632             // + " from: " + e.getDasSource().getNickname());\r
 633           }\r
 634           responseComplete(dasSource, seq);\r
 635 \r
 636         }\r
 637       }\r
 638 \r
 639       );\r
 640 \r
 641       fetcher.start();\r
 642     }\r
 643     else\r
 644     {\r
 645       // invalid fetch - indicate it is finished.\r
 646       debug("Skipping empty ID for querying " + dasSource.getUrl());\r
 647       responseComplete(dasSource, seq);\r
 648     }\r
 649   }\r
 650 \r
 651   /**\r
 652    * examine the given sequence feature to determine if it should actually be\r
 653    * turned into sequence annotation or database cross references rather than a\r
 654    * simple sequence feature.\r
 655    * \r
 656    * @param seq\r
 657    *          the sequence to annotate\r
 658    * @param f\r
 659    *          the jalview sequence feature generated from the DAS feature\r
 660    * @param map\r
 661    *          the sequence feature attributes\r
 662    * @param source\r
 663    *          the source that emitted the feature\r
 664    * @return true if feature was consumed as another kind of annotation.\r
 665    */\r
 666   protected boolean parseSeqFeature(SequenceI seq, SequenceFeature f,\r
 667           Map map, Das1Source source)\r
 668   {\r
 669     SequenceI mseq = seq;\r
 670     while (seq.getDatasetSequence() != null)\r
 671     {\r
 672       seq = seq.getDatasetSequence();\r
 673     }\r
 674     if (f.getType() != null)\r
 675     {\r
 676       String type = f.getType();\r
 677       if (type.equalsIgnoreCase("protein_name"))\r
 678       {\r
 679         // parse name onto the alignment sequence or the dataset sequence.\r
 680         if (seq.getDescription() == null\r
 681                 || seq.getDescription().trim().length() == 0)\r
 682         {\r
 683           // could look at the note series to pick out the first long name, for\r
 684           // the moment just use the whole description string\r
 685           seq.setDescription(f.getDescription());\r
 686         }\r
 687         if (mseq.getDescription() == null\r
 688                 || mseq.getDescription().trim().length() == 0)\r
 689         {\r
 690           // could look at the note series to pick out the first long name, for\r
 691           // the moment just use the whole description string\r
 692           mseq.setDescription(f.getDescription());\r
 693         }\r
 694         return true;\r
 695       }\r
 696       // check if source has biosapiens or other sequence ontology label\r
 697       if (type.equalsIgnoreCase("DBXREF") || type.equalsIgnoreCase("DBREF"))\r
 698       {\r
 699         // try to parse the accession out\r
 700 \r
 701         DBRefEntry dbr = new DBRefEntry();\r
 702         dbr.setVersion(source.getNickname());\r
 703         StringTokenizer st = new StringTokenizer(f.getDescription(), ":");\r
 704         if (st.hasMoreTokens())\r
 705         {\r
 706           dbr.setSource(st.nextToken());\r
 707         }\r
 708         if (st.hasMoreTokens())\r
 709         {\r
 710           dbr.setAccessionId(st.nextToken());\r
 711         }\r
 712         seq.addDBRef(dbr);\r
 713 \r
 714         if (f.links != null && f.links.size() > 0)\r
 715         {\r
 716           // feature is also appended to enable links to be seen.\r
 717           // TODO: consider extending dbrefs to have their own links ?\r
 718           // TODO: new feature: extract dbref links from DAS servers and add the\r
 719           // URL pattern to the list of DB name associated links in the user's\r
 720           // preferences ?\r
 721           // for the moment - just fix up the existing feature so it displays\r
 722           // correctly.\r
 723           // f.setType(dbr.getSource());\r
 724           // f.setDescription();\r
 725           f.setValue("linkonly", Boolean.TRUE);\r
 726           // f.setDescription("");\r
 727           Vector newlinks = new Vector();\r
 728           Enumeration it = f.links.elements();\r
 729           while (it.hasMoreElements())\r
 730           {\r
 731             String elm;\r
 732             UrlLink urllink = new UrlLink(elm = (String) it.nextElement());\r
 733             if (urllink.isValid())\r
 734             {\r
 735               urllink.setLabel(f.getDescription());\r
 736               newlinks.addElement(urllink.toString());\r
 737             }\r
 738             else\r
 739             {\r
 740               // couldn't parse the link properly. Keep it anyway - just in\r
 741               // case.\r
 742               debug("couldn't parse link string - " + elm);\r
 743               newlinks.addElement(elm);\r
 744             }\r
 745           }\r
 746           f.links = newlinks;\r
 747           seq.addSequenceFeature(f);\r
 748         }\r
 749         return true;\r
 750       }\r
 751     }\r
 752     return false;\r
 753   }\r
 754 \r
 755   /**\r
 756    * creates a jalview sequence feature from a das feature document\r
 757    * \r
 758    * @param dasfeature\r
 759    * @return sequence feature object created using dasfeature information\r
 760    */\r
 761   SequenceFeature newSequenceFeature(Map dasfeature, String nickname)\r
 762   {\r
 763     if (dasfeature == null)\r
 764     {\r
 765       return null;\r
 766     }\r
 767     try\r
 768     {\r
 769       /**\r
 770        * Different qNames for a DAS Feature - are string keys to the HashMaps in\r
 771        * features "METHOD") || qName.equals("TYPE") || qName.equals("START") ||\r
 772        * qName.equals("END") || qName.equals("NOTE") || qName.equals("LINK") ||\r
 773        * qName.equals("SCORE")\r
 774        */\r
 775       String desc = new String();\r
 776       if (dasfeature.containsKey("NOTE"))\r
 777       {\r
 778         desc += (String) dasfeature.get("NOTE");\r
 779       }\r
 780 \r
 781       int start = 0, end = 0;\r
 782       float score = 0f;\r
 783 \r
 784       try\r
 785       {\r
 786         start = Integer.parseInt(dasfeature.get("START").toString());\r
 787       } catch (Exception ex)\r
 788       {\r
 789       }\r
 790       try\r
 791       {\r
 792         end = Integer.parseInt(dasfeature.get("END").toString());\r
 793       } catch (Exception ex)\r
 794       {\r
 795       }\r
 796       try\r
 797       {\r
 798         Object scr = dasfeature.get("SCORE");\r
 799         if (scr != null)\r
 800         {\r
 801           score = (float) Double.parseDouble(scr.toString());\r
 802 \r
 803         }\r
 804       } catch (Exception ex)\r
 805       {\r
 806       }\r
 807 \r
 808       SequenceFeature f = new SequenceFeature((String) dasfeature\r
 809               .get("TYPE"), desc, start, end, score, nickname);\r
 810 \r
 811       if (dasfeature.containsKey("LINK"))\r
 812       {\r
 813         // Do not put feature extent in link text for non-positional features\r
 814         if (f.begin == 0 && f.end == 0)\r
 815         {\r
 816           f.addLink(f.getType() + "|" + dasfeature.get("LINK"));\r
 817         }\r
 818         else\r
 819         {\r
 820           f.addLink(f.getType() + " " + f.begin + "_" + f.end + "|"\r
 821                   + dasfeature.get("LINK"));\r
 822         }\r
 823       }\r
 824 \r
 825       return f;\r
 826     } catch (Exception e)\r
 827     {\r
 828       System.out.println("ERRR " + e);\r
 829       e.printStackTrace();\r
 830       System.out.println("############");\r
 831       debug("Failed to parse " + dasfeature.toString(), e);\r
 832       return null;\r
 833     }\r
 834   }\r
 835 \r
 836   /**\r
 837    * query the default DAS Source Registry for sources. Uses value of jalview\r
 838    * property DAS_REGISTRY_URL and the DasSourceBrowser.DEFAULT_REGISTRY if that\r
 839    * doesn't exist.\r
 840    * \r
 841    * @return list of sources\r
 842    */\r
 843   public static DasSource[] getDASSources()\r
 844   {\r
 845 \r
 846     String registryURL = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
 847             DasSourceBrowser.DEFAULT_REGISTRY);\r
 848     return getDASSources(registryURL);\r
 849   }\r
 850 \r
 851   /**\r
 852    * query the given URL for DasSources.\r
 853    * \r
 854    * @param registryURL\r
 855    *          return sources from registryURL\r
 856    */\r
 857   public static DasSource[] getDASSources(String registryURL)\r
 858   {\r
 859     DasSourceReaderImpl reader = new DasSourceReaderImpl();\r
 860 \r
 861     try\r
 862     {\r
 863       URL url = new URL(registryURL);\r
 864 \r
 865       DasSource[] sources = reader.readDasSource(url);\r
 866 \r
 867       List das1sources = new ArrayList();\r
 868       for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 869       {\r
 870         DasSource ds = sources[i];\r
 871         if (ds instanceof Das2Source)\r
 872         {\r
 873           Das2Source d2s = (Das2Source) ds;\r
 874           if (d2s.hasDas1Capabilities())\r
 875           {\r
 876             Das1Source d1s = DasSourceConverter.toDas1Source(d2s);\r
 877             das1sources.add(d1s);\r
 878           }\r
 879 \r
 880         }\r
 881         else if (ds instanceof Das1Source)\r
 882         {\r
 883           das1sources.add((Das1Source) ds);\r
 884         }\r
 885       }\r
 886 \r
 887       return (Das1Source[]) das1sources.toArray(new Das1Source[das1sources\r
 888               .size()]);\r
 889     } catch (Exception ex)\r
 890     {\r
 891       System.err.println("Failed to contact DAS1 registry at "\r
 892               + registryURL);\r
 893       ex.printStackTrace();\r
 894       return null;\r
 895     }\r
 896   }\r
 897 \r
 898 }\r