src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws;\r
  20 \r
  21 import java.net.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 \r
  26 import org.biojava.dasobert.das.*;\r
  27 import org.biojava.dasobert.das2.*;\r
  28 import org.biojava.dasobert.das2.io.*;\r
  29 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  30 import org.biojava.dasobert.eventmodel.*;\r
  31 import jalview.bin.Cache;\r
  32 import jalview.datamodel.*;\r
  33 import jalview.gui.*;\r
  34 import jalview.util.UrlLink;\r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  * \r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class DasSequenceFeatureFetcher\r
  43 {\r
  44   SequenceI[] sequences;\r
  45 \r
  46   AlignFrame af;\r
  47 \r
  48   FeatureSettings fsettings;\r
  49 \r
  50   StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
  51 \r
  52   Vector selectedSources;\r
  53 \r
  54   boolean cancelled = false;\r
  55 \r
  56   private void debug(String mesg)\r
  57   {\r
  58     debug(mesg, null);\r
  59   }\r
  60 \r
  61   private void debug(String mesg, Exception e)\r
  62   {\r
  63     if (Cache.log != null)\r
  64     {\r
  65       Cache.log.debug(mesg, e);\r
  66     }\r
  67     else\r
  68     {\r
  69       System.err.println(mesg);\r
  70       if (e != null)\r
  71       {\r
  72         e.printStackTrace();\r
  73       }\r
  74     }\r
  75   }\r
  76 \r
  77   long startTime;\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * Creates a new SequenceFeatureFetcher object. Uses default\r
  81    * \r
  82    * @param align\r
  83    *                DOCUMENT ME!\r
  84    * @param ap\r
  85    *                DOCUMENT ME!\r
  86    */\r
  87   public DasSequenceFeatureFetcher(SequenceI[] sequences,\r
  88           FeatureSettings fsettings, Vector selectedSources)\r
  89   {\r
  90     this(sequences, fsettings, selectedSources, true, true);\r
  91   }\r
  92 \r
  93   public DasSequenceFeatureFetcher(SequenceI[] oursequences,\r
  94           FeatureSettings fsettings, Vector ourselectedSources,\r
  95           boolean checkDbrefs, boolean promptFetchDbrefs)\r
  96   {\r
  97     this.selectedSources = new Vector(); \r
  98     Enumeration sources = ourselectedSources.elements();\r
  99     // filter both sequences and sources to eliminate duplicates\r
 100     while (sources.hasMoreElements())\r
 101     {\r
 102       Object src = sources.nextElement();\r
 103       if (!selectedSources.contains(src)) { \r
 104         selectedSources.addElement(src); \r
 105       };\r
 106     }\r
 107     Vector sqs = new Vector();\r
 108     for (int i=0; i<oursequences.length; i++)\r
 109     {\r
 110       if (!sqs.contains(oursequences[i]))\r
 111       {\r
 112         sqs.addElement(oursequences[i]);\r
 113       }\r
 114     }\r
 115     sequences = new SequenceI[sqs.size()];\r
 116     for (int i=0; i<sequences.length; i++) {\r
 117       sequences[i] = (SequenceI) sqs.elementAt(i);\r
 118     }\r
 119     if (fsettings != null)\r
 120     {\r
 121       this.fsettings = fsettings;\r
 122       this.af = fsettings.af;\r
 123       af.setShowSeqFeatures(true);\r
 124     }\r
 125     int uniprotCount = 0;\r
 126     for (int i = 0; i < selectedSources.size(); i++)\r
 127     {\r
 128       DasSource source = (DasSource) selectedSources.elementAt(i);\r
 129       DasCoordinateSystem[] coords = source.getCoordinateSystem();\r
 130       for (int c = 0; c < coords.length; c++)\r
 131       {\r
 132         // TODO: match UniProt coord system canonically (?) - does\r
 133         // UniProt==uniprot==UNIPROT ?\r
 134         if (coords[c].getName().indexOf("UniProt") > -1)\r
 135         {\r
 136           uniprotCount++;\r
 137           break;\r
 138         }\r
 139       }\r
 140     }\r
 141 \r
 142     int refCount = 0;\r
 143     for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
 144     {\r
 145       DBRefEntry[] dbref = sequences[i].getDBRef();\r
 146       if (dbref != null)\r
 147       {\r
 148         for (int j = 0; j < dbref.length; j++)\r
 149         {\r
 150           if (dbref[j].getSource().equals(\r
 151                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT))\r
 152           {\r
 153             refCount++;\r
 154             break;\r
 155           }\r
 156         }\r
 157       }\r
 158     }\r
 159 \r
 160     if (checkDbrefs && refCount < sequences.length && uniprotCount > 0)\r
 161     {\r
 162 \r
 163       int reply = JOptionPane.YES_OPTION;\r
 164       if (promptFetchDbrefs)\r
 165       {\r
 166         reply = JOptionPane\r
 167                 .showInternalConfirmDialog(\r
 168                         Desktop.desktop,\r
 169                         "Do you want Jalview to find\n"\r
 170                                 + "Uniprot Accession ids for given sequence names?",\r
 171                         "Find Uniprot Accession Ids",\r
 172                         JOptionPane.YES_NO_OPTION,\r
 173                         JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 174       }\r
 175 \r
 176       if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)\r
 177       {\r
 178         Thread thread = new Thread(new FetchDBRefs());\r
 179         thread.start();\r
 180       }\r
 181       else\r
 182       {\r
 183         startFetching();\r
 184       }\r
 185     }\r
 186     else\r
 187     {\r
 188       startFetching();\r
 189     }\r
 190 \r
 191   }\r
 192 \r
 193   class FetchDBRefs implements Runnable\r
 194   {\r
 195     public void run()\r
 196     {\r
 197       new DBRefFetcher(sequences, af).fetchDBRefs(true);\r
 198       startFetching();\r
 199     }\r
 200   }\r
 201 \r
 202   /**\r
 203    * Spawns a number of dasobert Fetcher threads to add features to sequences in\r
 204    * the dataset\r
 205    */\r
 206   void startFetching()\r
 207   {\r
 208     cancelled = false;\r
 209     startTime = System.currentTimeMillis();\r
 210     if (af != null)\r
 211     {\r
 212       af.setProgressBar("Fetching DAS Sequence Features", startTime);\r
 213     }\r
 214 \r
 215 \r
 216     if (selectedSources == null || selectedSources.size() == 0)\r
 217     {\r
 218       try {\r
 219         DasSource[] sources = new jalview.gui.DasSourceBrowser().getDASSource();\r
 220       \r
 221       String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 222               "uniprot");\r
 223       StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 224       selectedSources = new Vector();\r
 225       String token;\r
 226       while (st.hasMoreTokens())\r
 227       {\r
 228         token = st.nextToken();\r
 229         for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 230         {\r
 231           if (sources[i].getNickname().equals(token))\r
 232           {\r
 233             selectedSources.addElement(sources[i]);\r
 234             break;\r
 235           }\r
 236         }\r
 237       }\r
 238       } catch (Exception ex)\r
 239       {\r
 240         debug("Exception whilst setting default feature sources from registry and local preferences.",ex);\r
 241       }\r
 242     }\r
 243 \r
 244     if (selectedSources == null || selectedSources.size() == 0)\r
 245     {\r
 246       System.out.println("No DAS Sources active");\r
 247       cancelled = true;\r
 248       setGuiNoDassourceActive();\r
 249       return;\r
 250     }\r
 251 \r
 252     sourcesRemaining = selectedSources.size();\r
 253     // Now sending requests one at a time to each server\r
 254     for (int sourceIndex = 0; sourceIndex < selectedSources.size()\r
 255             && !cancelled; sourceIndex++)\r
 256     {\r
 257       DasSource dasSource = (DasSource) selectedSources\r
 258               .elementAt(sourceIndex);\r
 259 \r
 260       nextSequence(dasSource, sequences[0]);\r
 261     }\r
 262   }\r
 263 \r
 264   private void setGuiNoDassourceActive()\r
 265   {\r
 266 \r
 267     if (af != null)\r
 268     {\r
 269       af.setProgressBar("No DAS Sources Active", startTime);\r
 270     }\r
 271     if (getFeatSettings() != null)\r
 272     {\r
 273       fsettings.noDasSourceActive();\r
 274     }\r
 275   }\r
 276 \r
 277   /**\r
 278    * Update our fsettings dialog reference if we didn't have one when we were\r
 279    * first initialised.\r
 280    * \r
 281    * @return fsettings\r
 282    */\r
 283   private FeatureSettings getFeatSettings()\r
 284   {\r
 285     if (fsettings == null)\r
 286     {\r
 287       if (af != null)\r
 288       {\r
 289         fsettings = af.featureSettings;\r
 290       }\r
 291     }\r
 292     return fsettings;\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void cancel()\r
 296   {\r
 297     if (af != null)\r
 298     {\r
 299       af.setProgressBar("DAS Feature Fetching Cancelled", startTime);\r
 300     }\r
 301     cancelled = true;\r
 302   }\r
 303 \r
 304   int sourcesRemaining = 0;\r
 305 \r
 306   void responseComplete(DasSource dasSource, SequenceI seq)\r
 307   {\r
 308     if (seq != null)\r
 309     {\r
 310       for (int seqIndex = 0; seqIndex < sequences.length - 1 && !cancelled; seqIndex++)\r
 311       {\r
 312         if (sequences[seqIndex] == seq)\r
 313         {\r
 314           nextSequence(dasSource, sequences[++seqIndex]);\r
 315           return;\r
 316         }\r
 317       }\r
 318     }\r
 319 \r
 320     sourcesRemaining--;\r
 321 \r
 322     if (sourcesRemaining == 0)\r
 323     {\r
 324       System.err.println("Fetching Complete.");\r
 325       setGuiFetchComplete();\r
 326     }\r
 327 \r
 328   }\r
 329 \r
 330   private void setGuiFetchComplete()\r
 331   {\r
 332 \r
 333     if (!cancelled && af != null)\r
 334     {\r
 335       // only update the progress bar if we've completed the fetch normally\r
 336       af.setProgressBar("DAS Feature Fetching Complete", startTime);\r
 337     }\r
 338 \r
 339     if (af != null && af.featureSettings != null)\r
 340     {\r
 341       af.featureSettings.setTableData();\r
 342     }\r
 343 \r
 344     if (getFeatSettings() != null)\r
 345     {\r
 346       fsettings.complete();\r
 347     }\r
 348   }\r
 349 \r
 350   void featuresAdded(SequenceI seq)\r
 351   {\r
 352     if (af == null)\r
 353     {\r
 354       // no gui to update with features.\r
 355       return;\r
 356     }\r
 357     af.getFeatureRenderer().featuresAdded();\r
 358 \r
 359     int start = af.getViewport().getStartSeq();\r
 360     int end = af.getViewport().getEndSeq();\r
 361     int index;\r
 362     for (index = start; index < end; index++)\r
 363     {\r
 364       if (seq == af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(index)\r
 365               .getDatasetSequence())\r
 366       {\r
 367         af.alignPanel.paintAlignment(true);\r
 368         break;\r
 369       }\r
 370     }\r
 371   }\r
 372 \r
 373   void nextSequence(DasSource dasSource, SequenceI seq)\r
 374   {\r
 375     if (cancelled)\r
 376       return;\r
 377     DBRefEntry[] uprefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(\r
 378             seq.getDBRef(), new String[]\r
 379             {\r
 380             // jalview.datamodel.DBRefSource.PDB,\r
 381             jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT,\r
 382             // jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL - not tested on any EMBL coord\r
 383             // sys sources\r
 384             });\r
 385     // TODO: minimal list of DAS queries to make by querying with untyped ID if\r
 386     // distinct from any typed IDs\r
 387 \r
 388     boolean dasCoordSysFound = false;\r
 389 \r
 390     if (uprefs != null)\r
 391     {\r
 392       // do any of these ids match the source's coordinate system ?\r
 393       for (int j = 0; !dasCoordSysFound && j < uprefs.length; j++)\r
 394       {\r
 395         DasCoordinateSystem cs[] = dasSource.getCoordinateSystem();\r
 396 \r
 397         for (int csIndex = 0; csIndex < cs.length && !dasCoordSysFound; csIndex++)\r
 398         {\r
 399           if (cs.length > 0\r
 400                   && jalview.util.DBRefUtils.isDasCoordinateSystem(\r
 401                           cs[csIndex].getName(), uprefs[j]))\r
 402           {\r
 403             debug("Launched fetcher for coordinate system "\r
 404                     + cs[0].getName());\r
 405             // Will have to pass any mapping information to the fetcher\r
 406             // - the start/end for the DBRefEntry may not be the same as the\r
 407             // sequence's start/end\r
 408 \r
 409             System.out.println(seq.getName() + " "\r
 410                     + (seq.getDatasetSequence() == null) + " "\r
 411                     + dasSource.getUrl());\r
 412 \r
 413             dasCoordSysFound = true; // break's out of the loop\r
 414             createFeatureFetcher(seq, dasSource, uprefs[j]);\r
 415           }\r
 416           else\r
 417             System.out.println("IGNORE " + cs[csIndex].getName());\r
 418         }\r
 419       }\r
 420     }\r
 421 \r
 422     if (!dasCoordSysFound)\r
 423     {\r
 424       String id = null;\r
 425       // try and use the name as the sequence id\r
 426       if (seq.getName().indexOf("|") > -1)\r
 427       {\r
 428         id = seq.getName().substring(seq.getName().lastIndexOf("|") + 1);\r
 429         if (id.trim().length() < 4)\r
 430         {\r
 431           // hack - we regard a significant ID as being at least 4\r
 432           // non-whitespace characters\r
 433           id = seq.getName().substring(0, seq.getName().lastIndexOf("|"));\r
 434           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 435           {\r
 436             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 437           }\r
 438         }\r
 439       }\r
 440       else\r
 441       {\r
 442         id = seq.getName();\r
 443       }\r
 444       if (id != null)\r
 445       {\r
 446         // Should try to call a general feature fetcher that\r
 447         // queries many sources with name to discover applicable ID references\r
 448         createFeatureFetcher(seq, dasSource, id);\r
 449       }\r
 450     }\r
 451 \r
 452   }\r
 453 \r
 454   /**\r
 455    * fetch and add das features to a sequence using the given source URL and\r
 456    * compatible DbRef id. new features are mapped using the DbRef mapping to the\r
 457    * local coordinate system.\r
 458    * \r
 459    * @param seq\r
 460    * @param SourceUrl\r
 461    * @param dbref\r
 462    */\r
 463   protected void createFeatureFetcher(final SequenceI seq,\r
 464           final DasSource dasSource, final DBRefEntry dbref)\r
 465   {\r
 466 \r
 467     // ////////////\r
 468     // / fetch DAS features\r
 469     final Das1Source source = new Das1Source();\r
 470     source.setUrl(dasSource.getUrl());\r
 471     source.setNickname(dasSource.getNickname());\r
 472     if (dbref == null || dbref.getAccessionId() == null\r
 473             || dbref.getAccessionId().length() < 1)\r
 474     {\r
 475       responseComplete(dasSource, seq); // reduce thread count anyhow\r
 476       return;\r
 477     }\r
 478     debug("new Das Feature Fetcher for " + dbref.getSource() + ":"\r
 479             + dbref.getAccessionId() + " querying " + dasSource.getUrl());\r
 480     FeatureThread fetcher = new FeatureThread(dbref.getAccessionId()\r
 481     // + ":" + start + "," + end,\r
 482             , source);\r
 483 \r
 484     fetcher.addFeatureListener(new FeatureListener()\r
 485     {\r
 486       public void comeBackLater(FeatureEvent e)\r
 487       {\r
 488         responseComplete(dasSource, seq);\r
 489         debug("das source " + e.getSource().getNickname()\r
 490                 + " asked us to come back in " + e.getComeBackLater()\r
 491                 + " secs.");\r
 492       }\r
 493 \r
 494       public void newFeatures(FeatureEvent e)\r
 495       {\r
 496 \r
 497         Das1Source ds = e.getSource();\r
 498 \r
 499         Map[] features = e.getFeatures();\r
 500         // add features to sequence\r
 501         debug("das source " + ds.getUrl() + " returned " + features.length\r
 502                 + " features");\r
 503 \r
 504         if (features.length > 0)\r
 505         {\r
 506           for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 507           {\r
 508             // standard DAS feature-> jalview sequence feature transformation\r
 509             SequenceFeature f = newSequenceFeature(features[i], source\r
 510                     .getNickname());\r
 511             if (!parseSeqFeature(seq, f, features[i], source))\r
 512             {\r
 513               if (dbref.getMap() != null && f.getBegin() > 0\r
 514                       && f.getEnd() > 0)\r
 515               {\r
 516                 debug("mapping from " + f.getBegin() + " - " + f.getEnd());\r
 517                 SequenceFeature vf[] = null;\r
 518 \r
 519                 try\r
 520                 {\r
 521                   vf = dbref.getMap().locateFeature(f);\r
 522                 } catch (Exception ex)\r
 523                 {\r
 524                   Cache.log\r
 525                           .info("Error in 'experimental' mapping of features. Please try to reproduce and then report info to jalview-discuss@jalview.org.");\r
 526                   Cache.log.info("Mapping feature from " + f.getBegin()\r
 527                           + " to " + f.getEnd() + " in dbref "\r
 528                           + dbref.getAccessionId() + " in "\r
 529                           + dbref.getSource());\r
 530                   Cache.log.info("using das Source " + ds.getUrl());\r
 531                   Cache.log.info("Exception", ex);\r
 532                 }\r
 533 \r
 534                 if (vf != null)\r
 535                 {\r
 536                   for (int v = 0; v < vf.length; v++)\r
 537                   {\r
 538                     debug("mapping to " + v + ": " + vf[v].getBegin()\r
 539                             + " - " + vf[v].getEnd());\r
 540                     seq.addSequenceFeature(vf[v]);\r
 541                   }\r
 542                 }\r
 543               }\r
 544               else\r
 545               {\r
 546                 seq.addSequenceFeature(f);\r
 547               }\r
 548             }\r
 549           }\r
 550           featuresAdded(seq);\r
 551         }\r
 552         else\r
 553         {\r
 554           // System.out.println("No features found for " + seq.getName()\r
 555           // + " from: " + e.getDasSource().getNickname());\r
 556         }\r
 557         responseComplete(dasSource, seq);\r
 558 \r
 559       }\r
 560     }\r
 561 \r
 562     );\r
 563 \r
 564     fetcher.start();\r
 565   }\r
 566 \r
 567   protected void createFeatureFetcher(final SequenceI seq,\r
 568           final DasSource dasSource, String id)\r
 569   {\r
 570     // ////////////\r
 571     // / fetch DAS features\r
 572     final Das1Source source = new Das1Source();\r
 573     source.setUrl(dasSource.getUrl());\r
 574     source.setNickname(dasSource.getNickname());\r
 575 \r
 576     if (id != null)\r
 577     {\r
 578       id = id.trim();\r
 579     }\r
 580     if (id != null && id.length() > 0)\r
 581     {\r
 582       debug("new Das Feature Fetcher for " + id + " querying "\r
 583               + dasSource.getUrl());\r
 584       FeatureThread fetcher = new FeatureThread(id\r
 585       // + ":" + start + "," + end,\r
 586               , source);\r
 587 \r
 588       fetcher.addFeatureListener(new FeatureListener()\r
 589       {\r
 590         public void comeBackLater(FeatureEvent e)\r
 591         {\r
 592           responseComplete(dasSource, seq);\r
 593           debug("das source " + e.getSource().getNickname()\r
 594                   + " asked us to come back in " + e.getComeBackLater()\r
 595                   + " secs.");\r
 596         }\r
 597 \r
 598         public void newFeatures(FeatureEvent e)\r
 599         {\r
 600 \r
 601           Das1Source ds = e.getSource();\r
 602 \r
 603           Map[] features = e.getFeatures();\r
 604           // add features to sequence\r
 605           debug("das source " + ds.getUrl() + " returned "\r
 606                   + features.length + " features");\r
 607 \r
 608           if (features.length > 0)\r
 609           {\r
 610             for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 611             {\r
 612               // standard DAS feature-> jalview sequence feature transformation\r
 613               SequenceFeature f = newSequenceFeature(features[i], source\r
 614                       .getNickname());\r
 615               if (!parseSeqFeature(seq, f, features[i], source))\r
 616               {\r
 617                 // just add as a simple sequence feature\r
 618                 seq.addSequenceFeature(f);\r
 619               }\r
 620             }\r
 621 \r
 622             featuresAdded(seq);\r
 623           }\r
 624           else\r
 625           {\r
 626             // System.out.println("No features found for " + seq.getName()\r
 627             // + " from: " + e.getDasSource().getNickname());\r
 628           }\r
 629           responseComplete(dasSource, seq);\r
 630 \r
 631         }\r
 632       }\r
 633 \r
 634       );\r
 635 \r
 636       fetcher.start();\r
 637     }\r
 638     else\r
 639     {\r
 640       // invalid fetch - indicate it is finished.\r
 641       debug("Skipping empty ID for querying " + dasSource.getUrl());\r
 642       responseComplete(dasSource, seq);\r
 643     }\r
 644   }\r
 645 \r
 646   /**\r
 647    * examine the given sequence feature to determine if it should actually be\r
 648    * turned into sequence annotation or database cross references rather than a\r
 649    * simple sequence feature.\r
 650    * \r
 651    * @param seq\r
 652    *                the sequence to annotate\r
 653    * @param f\r
 654    *                the jalview sequence feature generated from the DAS feature\r
 655    * @param map\r
 656    *                the sequence feature attributes\r
 657    * @param source\r
 658    *                the source that emitted the feature\r
 659    * @return true if feature was consumed as another kind of annotation.\r
 660    */\r
 661   protected boolean parseSeqFeature(SequenceI seq, SequenceFeature f,\r
 662           Map map, Das1Source source)\r
 663   {\r
 664     SequenceI mseq = seq;\r
 665     while (seq.getDatasetSequence()!=null)\r
 666     {\r
 667       seq = seq.getDatasetSequence();\r
 668     }\r
 669     if (f.getType() != null)\r
 670     {\r
 671       String type = f.getType();\r
 672       if (type.equalsIgnoreCase("protein_name"))\r
 673       {\r
 674         // parse name onto the alignment sequence or the dataset sequence.\r
 675         if (seq.getDescription()==null || seq.getDescription().trim().length() == 0)\r
 676         {\r
 677           // could look at the note series to pick out the first long name, for the moment just use the whole description string \r
 678           seq.setDescription(f.getDescription());\r
 679         }\r
 680         if (mseq.getDescription()==null || mseq.getDescription().trim().length() == 0)\r
 681         {\r
 682           // could look at the note series to pick out the first long name, for the moment just use the whole description string \r
 683           mseq.setDescription(f.getDescription());\r
 684         }\r
 685         return true;\r
 686       }\r
 687       // check if source has biosapiens or other sequence ontology label\r
 688       if (type.equalsIgnoreCase("DBXREF") || type.equalsIgnoreCase("DBREF"))\r
 689       {\r
 690         // try to parse the accession out\r
 691 \r
 692         DBRefEntry dbr = new DBRefEntry();\r
 693         dbr.setVersion(source.getNickname());\r
 694         StringTokenizer st = new StringTokenizer(f.getDescription(), ":");\r
 695         if (st.hasMoreTokens())\r
 696         {\r
 697           dbr.setSource(st.nextToken());\r
 698         }\r
 699         if (st.hasMoreTokens())\r
 700         {\r
 701           dbr.setAccessionId(st.nextToken());\r
 702         }\r
 703         seq.addDBRef(dbr);\r
 704         \r
 705         if (f.links != null && f.links.size() > 0)\r
 706         {\r
 707           // feature is also appended to enable links to be seen.\r
 708           // TODO: consider extending dbrefs to have their own links ?\r
 709           // TODO: new feature: extract dbref links from DAS servers and add the URL pattern to the list of DB name associated links in the user's preferences ?\r
 710           // for the moment - just fix up the existing feature so it displays correctly.\r
 711           // f.setType(dbr.getSource());\r
 712           //f.setDescription();\r
 713           f.setValue("linkonly", Boolean.TRUE);\r
 714           //f.setDescription("");\r
 715           Vector newlinks = new Vector();\r
 716           Enumeration it = f.links.elements();\r
 717           while (it.hasMoreElements())\r
 718           {\r
 719             String elm;\r
 720             UrlLink urllink = new UrlLink(elm = (String)it.nextElement());\r
 721             if (urllink.isValid()) {\r
 722               urllink.setLabel(f.getDescription());\r
 723               newlinks.addElement(urllink.toString());\r
 724             } else {\r
 725               // couldn't parse the link properly. Keep it anyway - just in case.\r
 726               debug("couldn't parse link string - "+elm);\r
 727               newlinks.addElement(elm);\r
 728             }\r
 729           }\r
 730           f.links = newlinks;\r
 731           seq.addSequenceFeature(f);\r
 732         }\r
 733         return true;\r
 734       }\r
 735     }\r
 736     return false;\r
 737   }\r
 738 \r
 739   /**\r
 740    * creates a jalview sequence feature from a das feature document\r
 741    * \r
 742    * @param dasfeature\r
 743    * @return sequence feature object created using dasfeature information\r
 744    */\r
 745   SequenceFeature newSequenceFeature(Map dasfeature, String nickname)\r
 746   {\r
 747     if (dasfeature == null)\r
 748     {\r
 749       return null;\r
 750     }\r
 751     try\r
 752     {\r
 753       /**\r
 754        * Different qNames for a DAS Feature - are string keys to the HashMaps in\r
 755        * features "METHOD") || qName.equals("TYPE") || qName.equals("START") ||\r
 756        * qName.equals("END") || qName.equals("NOTE") || qName.equals("LINK") ||\r
 757        * qName.equals("SCORE")\r
 758        */\r
 759       String desc = new String();\r
 760       if (dasfeature.containsKey("NOTE"))\r
 761       {\r
 762         desc += (String) dasfeature.get("NOTE");\r
 763       }\r
 764 \r
 765       int start = 0, end = 0;\r
 766       float score = 0f;\r
 767 \r
 768       try\r
 769       {\r
 770         start = Integer.parseInt(dasfeature.get("START").toString());\r
 771       } catch (Exception ex)\r
 772       {\r
 773       }\r
 774       try\r
 775       {\r
 776         end = Integer.parseInt(dasfeature.get("END").toString());\r
 777       } catch (Exception ex)\r
 778       {\r
 779       }\r
 780       try\r
 781       {\r
 782         Object scr = dasfeature.get("SCORE");\r
 783         if (scr != null)\r
 784         {\r
 785           score = (float) Double.parseDouble(scr.toString());\r
 786 \r
 787         }\r
 788       } catch (Exception ex)\r
 789       {\r
 790       }\r
 791 \r
 792       SequenceFeature f = new SequenceFeature((String) dasfeature\r
 793               .get("TYPE"), desc, start, end, score, nickname);\r
 794 \r
 795       if (dasfeature.containsKey("LINK"))\r
 796       {\r
 797         // Do not put feature extent in link text for non-positional features\r
 798         if (f.begin == 0 && f.end == 0)\r
 799         {\r
 800           f.addLink(f.getType() + "|" + dasfeature.get("LINK"));\r
 801         }\r
 802         else\r
 803         {\r
 804           f.addLink(f.getType() + " " + f.begin + "_" + f.end + "|"\r
 805                   + dasfeature.get("LINK"));\r
 806         }\r
 807       }\r
 808 \r
 809       return f;\r
 810     } catch (Exception e)\r
 811     {\r
 812       System.out.println("ERRR " + e);\r
 813       e.printStackTrace();\r
 814       System.out.println("############");\r
 815       debug("Failed to parse " + dasfeature.toString(), e);\r
 816       return null;\r
 817     }\r
 818   }\r
 819 \r
 820   /**\r
 821    * query the default DAS Source Registry for sources. Uses value of jalview\r
 822    * property DAS_REGISTRY_URL and the DasSourceBrowser.DEFAULT_REGISTRY if that\r
 823    * doesn't exist.\r
 824    * \r
 825    * @return list of sources\r
 826    */\r
 827   public static DasSource[] getDASSources()\r
 828   {\r
 829 \r
 830     String registryURL = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
 831             DasSourceBrowser.DEFAULT_REGISTRY);\r
 832     return getDASSources(registryURL);\r
 833   }\r
 834 \r
 835   /**\r
 836    * query the given URL for DasSources.\r
 837    * \r
 838    * @param registryURL\r
 839    *                return sources from registryURL\r
 840    */\r
 841   public static DasSource[] getDASSources(String registryURL)\r
 842   {\r
 843     DasSourceReaderImpl reader = new DasSourceReaderImpl();\r
 844 \r
 845     try\r
 846     {\r
 847       URL url = new URL(registryURL);\r
 848 \r
 849       DasSource[] sources = reader.readDasSource(url);\r
 850 \r
 851       List das1sources = new ArrayList();\r
 852       for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 853       {\r
 854         DasSource ds = sources[i];\r
 855         if (ds instanceof Das2Source)\r
 856         {\r
 857           Das2Source d2s = (Das2Source) ds;\r
 858           if (d2s.hasDas1Capabilities())\r
 859           {\r
 860             Das1Source d1s = DasSourceConverter.toDas1Source(d2s);\r
 861             das1sources.add(d1s);\r
 862           }\r
 863 \r
 864         }\r
 865         else if (ds instanceof Das1Source)\r
 866         {\r
 867           das1sources.add((Das1Source) ds);\r
 868         }\r
 869       }\r
 870 \r
 871       return (Das1Source[]) das1sources.toArray(new Das1Source[das1sources\r
 872               .size()]);\r
 873     } catch (Exception ex)\r
 874     {\r
 875       ex.printStackTrace();\r
 876       return null;\r
 877     }\r
 878   }\r
 879 \r
 880 }\r