src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws;
  19
  20 import jalview.bin.Cache;
  21 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  22 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.gui.AlignFrame;
  25 import jalview.gui.Desktop;
  26 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  27 import jalview.util.GroupUrlLink;
  28 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  29
  30 import java.awt.Component;
  31 import java.awt.Cursor;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.ItemEvent;
  35 import java.awt.event.ItemListener;
  36 import java.io.BufferedOutputStream;
  37 import java.io.BufferedReader;
  38 import java.io.InputStreamReader;
  39 import java.io.OutputStreamWriter;
  40 import java.io.PrintWriter;
  41 import java.io.StringWriter;
  42 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  43 import java.net.URL;
  44 import java.net.URLEncoder;
  45 import java.nio.charset.Charset;
  46 import java.nio.charset.CharsetEncoder;
  47 import java.util.Hashtable;
  48 import java.util.Map;
  49 import java.util.Vector;
  50 import java.util.regex.Pattern;
  51
  52 import javax.swing.JMenu;
  53 import javax.swing.JMenuItem;
  54 import javax.swing.JOptionPane;
  55 import javax.swing.event.MenuEvent;
  56 import javax.swing.event.MenuListener;
  57 import javax.xml.parsers.SAXParser;
  58 import javax.xml.parsers.SAXParserFactory;
  59
  60 import org.apache.axis.utils.StringUtils;
  61 import org.apache.http.client.utils.URLEncodedUtils;
  62 import org.apache.http.entity.StringEntity;
  63 import org.xml.sax.Attributes;
  64 import org.xml.sax.SAXException;
  65 import org.xml.sax.helpers.DefaultHandler;
  66
  67 import com.lowagie.text.html.HtmlEncoder;
  68
  69 /**
  70  * Lightweight runnable to discover dynamic 'one way' group URL services
  71  *
  72  * @author JimP
  73  *
  74  */
  75 public class EnfinEnvision2OneWay extends DefaultHandler implements
  76         Runnable, WSMenuEntryProviderI
  77 {
  78   private static EnfinEnvision2OneWay groupURLLinksGatherer = null;
  79
  80   public static EnfinEnvision2OneWay getInstance()
  81   {
  82     if (groupURLLinksGatherer == null)
  83     {
  84       groupURLLinksGatherer = new EnfinEnvision2OneWay();
  85     }
  86     return groupURLLinksGatherer;
  87   }
  88
  89   private void waitForCompletion()
  90   {
  91     if (groupURLLinksGatherer.isRunning())
  92     {
  93       // wait around and show a visual delay indicator
  94       Cursor oldCursor = Desktop.instance.getCursor();
  95       Desktop.instance.setCursor(new Cursor(Cursor.WAIT_CURSOR));
  96       while (groupURLLinksGatherer.isRunning())
  97       {
  98         try
  99         {
 100           Thread.sleep(100);
 101         } catch (InterruptedException e)
 102         {
 103         }
 104         ;
 105       }
 106       Desktop.instance.setCursor(oldCursor);
 107     }
 108   }
 109
 110   public Vector getEnvisionServiceGroupURLS()
 111   {
 112     waitForCompletion();
 113     return groupURLLinks;
 114   }
 115
 116   /**
 117    * indicate if
 118    */
 119   private static String BACKGROUND = "BACKGROUNDPARAM";
 120
 121   /**
 122    * contains null strings or one of the above constants - indicate if this URL
 123    * is a special case.
 124    */
 125   private Vector additionalPar = new Vector();
 126
 127   /**
 128    * the enfin service URL
 129    */
 130   private String enfinService = null;
 131
 132   private String description = null;
 133
 134   private String wfname;
 135
 136   /*
 137    * (non-Javadoc)
 138    *
 139    * @see org.xml.sax.helpers.DefaultHandler#endElement(java.lang.String,
 140    * java.lang.String, java.lang.String)
 141    */
 142   public void endElement(String uri, String localName, String qName)
 143           throws SAXException
 144   {
 145
 146     // System.err.println("End element: : '"+uri+" "+localName+" "+qName);
 147     if (qName.equalsIgnoreCase("workflow") && description != null
 148             && description.length() > 0)
 149     {
 150       // groupURLLinks.addElement("UNIPROT|EnVision2|http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow=Default&datasetName=JalviewIDs$DATASETID$&input=$SEQUENCEIDS$&inputType=0|,");
 151       // groupURLLinks.addElement("Seqs|EnVision2|http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow=Default&datasetName=JalviewSeqs$DATASETID$&input=$SEQUENCES=/([A-Za-z]+)+/=$&inputType=1|,");
 152       System.err.println("Adding entry for " + wfname + " " + description);
 153       if (wfname.toLowerCase().indexOf("funcnet") == -1)
 154       {
 155         description = Pattern.compile("\\s+", Pattern.MULTILINE)
 156                 .matcher(description).replaceAll(" ");
 157         groupURLdescr.addElement(description);
 158         groupURLdescr.addElement(description);
 159         String urlstub = wfname;
 160         if (wfname.indexOf(" ") > -1)
 161         {
 162           // make the name safe!
 163           try
 164           {
 165             urlstub = URLEncoder.encode(wfname, "utf-8");
 166           } catch (UnsupportedEncodingException e)
 167           {
 168             // TODO Auto-generated catch block
 169             e.printStackTrace();
 170           }
 171         }
 172         groupURLLinks
 173                 .addElement(wfname
 174                         + "|"
 175                         + "http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow="
 176                         + urlstub
 177                         + "&datasetName=JalviewSeqs$DATASETID$&input=$SEQUENCEIDS$&inputType=0|,"); // #"+description+"#");
 178         groupURLLinks
 179                 .addElement(wfname
 180                         + "|"
 181                         + "http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow="
 182                         + urlstub
 183                         + "&datasetName=JalviewSeqs$DATASETID$&input=$SEQUENCES=/([A-Za-z]+)+/=$&inputType=1|,"); // #"+description+"#");
 184       }
 185     }
 186   }
 187
 188   /*
 189    * (non-Javadoc)
 190    *
 191    * @see org.xml.sax.helpers.DefaultHandler#characters(char[], int, int)
 192    */
 193   public void characters(char[] ch, int start, int length)
 194           throws SAXException
 195   {
 196     if (description != null)
 197     {
 198       for (int i = start; i < start + length; i++)
 199       {
 200         description += ch[i];
 201       }
 202     }
 203   }
 204
 205   /*
 206    * (non-Javadoc)
 207    *
 208    * @see org.xml.sax.helpers.DefaultHandler#startElement(java.lang.String,
 209    * java.lang.String, java.lang.String, org.xml.sax.Attributes)
 210    */
 211   public void startElement(String uri, String localName, String qName,
 212           Attributes attributes) throws SAXException
 213   {
 214     if (qName.equalsIgnoreCase("workflow"))
 215     {
 216       description = null;
 217       wfname = attributes.getValue("name");
 218     }
 219     if (qName.equalsIgnoreCase("description"))
 220     {
 221       description = "";
 222     }
 223
 224     // System.err.println("Start element: : '"+uri+" "+localName+" "+qName+" attributes"+attributes);
 225     // super.startElement(uri,localName,qname,attributes);
 226   }
 227
 228   private boolean started = false;
 229
 230   private boolean running = false;
 231
 232   private Vector groupURLLinks = null;
 233
 234   private Vector groupURLdescr = null;
 235
 236   private static String[] allowedDb = new String[]
 237   { "UNIPROT", "EMBL", "PDB" };
 238
 239   public EnfinEnvision2OneWay()
 240   {
 241     groupURLLinks = new Vector();
 242     groupURLdescr = new Vector();
 243
 244     enfinService = Cache.getDefault("ENVISION2_WORKFLOWSERVICE",
 245             "http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/workflows.xml");
 246     new Thread(this).start();
 247   }
 248
 249   public void run()
 250   {
 251     started = true;
 252     running = true;
 253     try
 254     {
 255       SAXParserFactory spf = SAXParserFactory.newInstance();
 256       SAXParser sp = spf.newSAXParser();
 257       sp.parse(new URL(enfinService).openStream(), this);
 258     } catch (Exception e)
 259     {
 260       Cache.log.warn("Exception when discovering One Way services: ", e);
 261     } catch (Error e)
 262     {
 263       Cache.log.warn("Error when discovering One Way services: ", e);
 264     }
 265     running = false;
 266     Cache.log.debug("Finished running.");
 267   }
 268
 269   /**
 270    * have we finished running yet ?
 271    *
 272    * @return false if we have been run.
 273    */
 274   public boolean isRunning()
 275   {
 276
 277     // TODO Auto-generated method stub
 278     return !started || running;
 279   }
 280
 281   public static void main(String[] args)
 282   {
 283     Cache.initLogger();
 284     EnfinEnvision2OneWay ow = new EnfinEnvision2OneWay();
 285     while (ow.isRunning())
 286     {
 287       try
 288       {
 289         Thread.sleep(50);
 290       } catch (Exception e)
 291       {
 292       }
 293       ;
 294
 295     }
 296     for (int i = 0; i < ow.groupURLLinks.size(); i++)
 297     {
 298       System.err.println("Description" + ow.groupURLdescr.elementAt(i)
 299               + "Service URL: " + ow.groupURLLinks.elementAt(i));
 300     }
 301   }
 302
 303   // / Copied from jalview.gui.PopupMenu
 304   /**
 305    * add a late bound URL service item to the given menu
 306    *
 307    * @param linkMenu
 308    * @param label
 309    *          - menu label string
 310    * @param urlgenerator
 311    *          GroupURLLink used to generate URL
 312    * @param urlstub
 313    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 314    */
 315   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, String descr,
 316           String dbname, final GroupUrlLink urlgenerator,
 317           final Object[] urlstub)
 318   {
 319     Component[] jmi = linkMenu.getMenuComponents();
 320     for (int i = 0; i < jmi.length; i++)
 321     {
 322       if (jmi[i] instanceof JMenuItem
 323               && ((JMenuItem) jmi[i]).getText().equalsIgnoreCase(label))
 324       {
 325         // don't add this - its a repeat of an existing URL.
 326         return;
 327       }
 328     }
 329     try
 330     {
 331       descr = HtmlEncoder.encode(descr);
 332     } catch (Exception e)
 333     {
 334     }
 335     ;
 336
 337     boolean seqsorids = (urlgenerator.getGroupURLType() & urlgenerator.SEQUENCEIDS) == 0;
 338     int i = urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub);
 339     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 340     //
 341     if (dbname == null || dbname.trim().length() == 0)
 342     {
 343       dbname = "";
 344     }
 345     item.setToolTipText("<html>"
 346             + JvSwingUtils.wrapTooltip("Submit " + i + " " + dbname + " "
 347                     + (seqsorids ? "sequence" : "sequence id")
 348                     + (i > 1 ? "s" : "")
 349
 350                     + " to<br/>" + descr) + "</html>");
 351     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 352     {
 353       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 354       {
 355         new Thread(new Runnable()
 356         {
 357
 358           public void run()
 359           {
 360             try
 361             {
 362               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 363             } catch (UrlStringTooLongException ex)
 364             {
 365               Cache.log.warn("Not showing link: URL is too long!", ex);
 366             }
 367           }
 368
 369         }).start();
 370       }
 371     });
 372
 373     linkMenu.add(item);
 374   }
 375
 376   /**
 377    * open the given link in a new browser window
 378    *
 379    * @param url
 380    */
 381   public void showLink(String url)
 382   {
 383     try
 384     {
 385       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 386     } catch (Exception ex)
 387     {
 388       JOptionPane
 389               .showInternalMessageDialog(
 390                       Desktop.desktop,
 391                       "Unixers: Couldn't find default web browser."
 392                               + "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",
 393                       "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 394
 395       ex.printStackTrace();
 396     }
 397   }
 398
 399   /**
 400    * called by a web service menu instance when it is opened.
 401    *
 402    * @param enfinServiceMenu
 403    * @param alignFrame
 404    */
 405   private void buildGroupLinkMenu(JMenu enfinServiceMenu,
 406           AlignFrame alignFrame)
 407   {
 408     if (running || !started)
 409     {
 410       return;
 411     }
 412     SequenceI[] seqs = alignFrame.getViewport().getSelectionAsNewSequence();
 413     SequenceGroup sg = alignFrame.getViewport().getSelectionGroup();
 414     if (sg == null)
 415     {
 416       // consider visible regions here/
 417     }
 418     enfinServiceMenu.removeAll();
 419     JMenu entries = buildGroupURLMenu(seqs, sg);
 420     if (entries != null)
 421     {
 422       for (int i = 0, iSize = entries.getMenuComponentCount(); i < iSize; i++)
 423       {
 424         // transfer - menu component is removed from entries automatically
 425         enfinServiceMenu.add(entries.getMenuComponent(0));
 426       }
 427       // entries.removeAll();
 428       enfinServiceMenu.setEnabled(true);
 429     }
 430     else
 431     {
 432       enfinServiceMenu.setEnabled(false);
 433     }
 434   }
 435
 436   /**
 437    * construct a dynamic enfin services menu given a sequence selection
 438    *
 439    * @param seqs
 440    * @param sg
 441    * @param groupLinks
 442    * @return
 443    */
 444   private JMenu buildGroupURLMenu(SequenceI[] seqs, SequenceGroup sg)
 445   {
 446     if (groupURLdescr == null || groupURLLinks == null)
 447       return null;
 448     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 449     // menu appears asap
 450     // sequence only URLs
 451     // ID/regex match URLs
 452     JMenu groupLinksMenu = new JMenu("Group Link");
 453     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
 454     Hashtable commonDbrefs = new Hashtable();
 455     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
 456     {
 457
 458       int start, end;
 459       if (sg != null)
 460       {
 461         start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes());
 462         end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
 463       }
 464       else
 465       {
 466         // get total width of alignment.
 467         start = seqs[sq].getStart();
 468         end = seqs[sq].findPosition(seqs[sq].getLength());
 469       }
 470       // we skip sequences which do not have any non-gaps in the region of
 471       // interest
 472       if (start > end)
 473       {
 474         continue;
 475       }
 476       // just collect ids from dataset sequence
 477       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
 478       // current selection, too
 479       SequenceI sqi = seqs[sq];
 480       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
 481       {
 482         sqi = sqi.getDatasetSequence();
 483       }
 484       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRef();
 485       if (dbr != null && dbr.length > 0)
 486       {
 487         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
 488         {
 489           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
 490           Object[] sarray = (Object[]) commonDbrefs.get(src);
 491           if (sarray == null)
 492           {
 493             sarray = new Object[2];
 494             sarray[0] = new int[]
 495             { 0 };
 496             sarray[1] = new String[seqs.length];
 497
 498             commonDbrefs.put(src, sarray);
 499           }
 500
 501           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
 502           {
 503             if (!dbr[d].hasMap()
 504                     || (dbr[d].getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
 505             {
 506               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
 507               ((int[]) sarray[0])[0]++;
 508             }
 509           }
 510         }
 511       }
 512     }
 513     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
 514     Hashtable<String, JMenu[]> gurlMenus = new Hashtable<String, JMenu[]>();
 515     /**
 516      * last number of sequences where URL generation failed
 517      */
 518     int[] nsqtype = new int[]
 519     { 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 };
 520     for (int i = 0; i < groupURLLinks.size(); i++)
 521     {
 522       String link = (String) groupURLLinks.elementAt(i);
 523       String descr = (String) groupURLdescr.elementAt(i);
 524
 525       // boolean specialCase =
 526       // additionalPar.elementAt(i).toString().equals(BACKGROUND);
 527       GroupUrlLink urlLink = null;
 528       try
 529       {
 530         urlLink = new GroupUrlLink(link);
 531       } catch (Exception foo)
 532       {
 533         jalview.bin.Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link
 534                 + "'", foo);
 535         continue;
 536       }
 537       ;
 538       if (!urlLink.isValid())
 539       {
 540         jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 541         continue;
 542       }
 543       final String label = urlLink.getLabel();
 544       // create/recover the sub menus that might be populated for this link.
 545       JMenu[] wflinkMenus = gurlMenus.get(label);
 546       if (wflinkMenus == null)
 547       {
 548         // three types of url that might be
 549         // created.
 550         wflinkMenus = new JMenu[]
 551         { null, new JMenu("IDS"), new JMenu("Sequences"),
 552             new JMenu("IDS and Sequences") };
 553         gurlMenus.put(label, wflinkMenus);
 554       }
 555
 556       boolean usingNames = false;
 557       // Now see which parts of the group apply for this URL
 558       String ltarget;
 559       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
 560       for (int t = 0; t < allowedDb.length; t++)
 561       {
 562         ltarget = allowedDb[t]; // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
 563         Object[] idset = (Object[]) commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
 564         if (idset != null)
 565         {
 566           int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
 567           String[] allids = ((String[]) idset[1]);
 568           seqstr = new String[numinput];
 569           ids = new String[numinput];
 570           if (nsqtype[urlLink.getGroupURLType()] > 0
 571                   && numinput >= nsqtype[urlLink.getGroupURLType()])
 572           {
 573             continue;
 574           }
 575           for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
 576           {
 577             if (allids[sq] != null)
 578             {
 579               ids[idcount] = allids[sq];
 580               seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
 581             }
 582           }
 583           try
 584           {
 585             createAndAddLinks(wflinkMenus, false, urlLink, ltarget, null,
 586                     descr, ids, seqstr);
 587           } catch (UrlStringTooLongException ex)
 588           {
 589             nsqtype[urlLink.getGroupURLType()] = numinput;
 590           }
 591         }
 592       }
 593       // also do names only.
 594       seqstr = idandseqs[1];
 595       ids = idandseqs[0];
 596       if (nsqtype[urlLink.getGroupURLType()] > 0
 597               && idandseqs[0].length >= nsqtype[urlLink.getGroupURLType()])
 598       {
 599         continue;
 600       }
 601
 602       try
 603       {
 604         createAndAddLinks(wflinkMenus, true, urlLink, "Any", null, descr,
 605                 ids, seqstr);
 606       } catch (UrlStringTooLongException ex)
 607       {
 608         nsqtype[urlLink.getGroupURLType()] = idandseqs[0].length;
 609       }
 610     }
 611     boolean anyadded = false; // indicates if there are any group links to give
 612     // to user
 613     for (Map.Entry<String, JMenu[]> menues : gurlMenus.entrySet())
 614     {
 615       JMenu grouplinkset = new JMenu(menues.getKey());
 616       JMenu[] wflinkMenus = menues.getValue();
 617       for (int m = 0; m < wflinkMenus.length; m++)
 618       {
 619         if (wflinkMenus[m] != null
 620                 && wflinkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
 621         {
 622           anyadded = true;
 623           grouplinkset.add(wflinkMenus[m]);
 624         }
 625       }
 626       groupLinksMenu.add(grouplinkset);
 627     }
 628     if (anyadded)
 629     {
 630       return groupLinksMenu;
 631     }
 632     return null;
 633   }
 634
 635   private boolean createAndAddLinks(JMenu[] linkMenus, boolean usingNames,
 636           GroupUrlLink urlLink, String label, String ltarget, String descr,
 637           String[] ids, String[] seqstr) throws UrlStringTooLongException
 638   {
 639     Object[] urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr, "FromJalview"
 640             + System.currentTimeMillis(), false);
 641
 642     if (urlset != null)
 643     {
 644       int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
 645       // System.out.println(urlLink.getGroupURLType()
 646       // +" "+((String[])urlset[3])[0]);
 647       // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
 648       // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
 649       addshowLink(
 650               linkMenus[type],
 651               label
 652                       + " "
 653                       + (ltarget == null ? (((type & 1) == 1 ? "ID"
 654                               : "Sequence") + (urlLink
 655                               .getNumberInvolved(urlset) > 1 ? "s" : ""))
 656                               : (usingNames ? (((type & 1) == 1) ? "(Names)"
 657                                       : "")
 658                                       : ("(" + ltarget + ")"))), descr,
 659               usingNames ? null : label, urlLink, urlset);
 660       return true;
 661     }
 662     return false;
 663   }
 664
 665   // / end of stuff copied from popupmenu
 666   public void attachWSMenuEntry(final JMenu wsmenu,
 667           final AlignFrame alignFrame)
 668   {
 669     final JMenu enfinServiceMenu = new JMenu("Envision 2");
 670     wsmenu.add(enfinServiceMenu);
 671     enfinServiceMenu.setEnabled(false);
 672     wsmenu.addMenuListener(new MenuListener()
 673     {
 674       // this listener remembers when the menu was first selected, and
 675       // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 676       // reselected again.
 677       boolean refresh = true;
 678
 679       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 680       {
 681         refresh = true;
 682       }
 683
 684       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 685       {
 686         refresh = true;
 687       }
 688
 689       public void menuSelected(MenuEvent e)
 690       {
 691         if (refresh && !isRunning())
 692         {
 693           new Thread(new Runnable()
 694           {
 695             public void run()
 696             {
 697               try
 698               {
 699                 buildGroupLinkMenu(enfinServiceMenu, alignFrame);
 700               } catch (OutOfMemoryError ex)
 701               {
 702                 Cache.log
 703                         .error("Out of memory when calculating the Envision2 links.",
 704                                 ex);
 705                 enfinServiceMenu.setEnabled(false);
 706               }
 707             }
 708           }).start();
 709           refresh = false;
 710         }
 711       }
 712     });
 713
 714   }
 715
 716 }