src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws;
  19
  20 import jalview.bin.Cache;
  21 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  22 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.gui.AlignFrame;
  25 import jalview.gui.Desktop;
  26 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  27 import jalview.util.GroupUrlLink;
  28 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  29
  30 import java.awt.Component;
  31 import java.awt.Cursor;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.ItemEvent;
  35 import java.awt.event.ItemListener;
  36 import java.io.BufferedOutputStream;
  37 import java.io.BufferedReader;
  38 import java.io.InputStreamReader;
  39 import java.io.OutputStreamWriter;
  40 import java.io.PrintWriter;
  41 import java.io.StringWriter;
  42 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  43 import java.net.URL;
  44 import java.net.URLEncoder;
  45 import java.nio.charset.Charset;
  46 import java.nio.charset.CharsetEncoder;
  47 import java.util.Hashtable;
  48 import java.util.Map;
  49 import java.util.Vector;
  50 import java.util.regex.Pattern;
  51
  52 import javax.swing.JMenu;
  53 import javax.swing.JMenuItem;
  54 import javax.swing.JOptionPane;
  55 import javax.swing.event.MenuEvent;
  56 import javax.swing.event.MenuListener;
  57 import javax.xml.parsers.SAXParser;
  58 import javax.xml.parsers.SAXParserFactory;
  59
  60 import org.apache.axis.utils.StringUtils;
  61 import org.apache.http.client.utils.URLEncodedUtils;
  62 import org.apache.http.entity.StringEntity;
  63 import org.xml.sax.Attributes;
  64 import org.xml.sax.SAXException;
  65 import org.xml.sax.helpers.DefaultHandler;
  66
  67 import com.lowagie.text.html.HtmlEncoder;
  68
  69 /**
  70  * Lightweight runnable to discover dynamic 'one way' group URL services
  71  *
  72  * @author JimP
  73  *
  74  */
  75 public class EnfinEnvision2OneWay extends DefaultHandler implements
  76         Runnable, WSMenuEntryProviderI
  77 {
  78   private static EnfinEnvision2OneWay groupURLLinksGatherer = null;
  79
  80   public static EnfinEnvision2OneWay getInstance()
  81   {
  82     if (groupURLLinksGatherer == null)
  83     {
  84       groupURLLinksGatherer = new EnfinEnvision2OneWay();
  85     }
  86     return groupURLLinksGatherer;
  87   }
  88
  89   private void waitForCompletion()
  90   {
  91     if (groupURLLinksGatherer.isRunning())
  92     {
  93       // wait around and show a visual delay indicator
  94       Cursor oldCursor = Desktop.instance.getCursor();
  95       Desktop.instance.setCursor(new Cursor(Cursor.WAIT_CURSOR));
  96       while (groupURLLinksGatherer.isRunning())
  97       {
  98         try
  99         {
 100           Thread.sleep(100);
 101         } catch (InterruptedException e)
 102         {
 103         }
 104         ;
 105       }
 106       Desktop.instance.setCursor(oldCursor);
 107     }
 108   }
 109
 110   public Vector getEnvisionServiceGroupURLS()
 111   {
 112     waitForCompletion();
 113     return groupURLLinks;
 114   }
 115
 116   /**
 117    * indicate if
 118    */
 119   private static String BACKGROUND = "BACKGROUNDPARAM";
 120
 121   /**
 122    * contains null strings or one of the above constants - indicate if this URL
 123    * is a special case.
 124    */
 125   private Vector additionalPar = new Vector();
 126
 127   /**
 128    * the enfin service URL
 129    */
 130   private String enfinService = null;
 131
 132   private String description = null;
 133
 134   private String wfname;
 135
 136   /*
 137    * (non-Javadoc)
 138    *
 139    * @see org.xml.sax.helpers.DefaultHandler#endElement(java.lang.String,
 140    * java.lang.String, java.lang.String)
 141    */
 142   public void endElement(String uri, String localName, String qName)
 143           throws SAXException
 144   {
 145
 146     // System.err.println("End element: : '"+uri+" "+localName+" "+qName);
 147     if (qName.equalsIgnoreCase("workflow") && description != null
 148             && description.length() > 0)
 149     {
 150       // groupURLLinks.addElement("UNIPROT|EnVision2|http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow=Default&datasetName=JalviewIDs$DATASETID$&input=$SEQUENCEIDS$&inputType=0|,");
 151       // groupURLLinks.addElement("Seqs|EnVision2|http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow=Default&datasetName=JalviewSeqs$DATASETID$&input=$SEQUENCES=/([A-Za-z]+)+/=$&inputType=1|,");
 152       System.err.println("Adding entry for " + wfname + " " + description);
 153       if (wfname.toLowerCase().indexOf("funcnet") == -1)
 154       {
 155         description = Pattern.compile("\\s+",Pattern.MULTILINE).matcher(description).replaceAll(" ");
 156         groupURLdescr.addElement(description);
 157         groupURLdescr.addElement(description);
 158         String urlstub=wfname;
 159         if (wfname.indexOf(" ")>-1)
 160         {
 161                 // make the name safe!
 162                 try {
 163                                 urlstub = URLEncoder.encode(wfname,"utf-8");
 164                         } catch (UnsupportedEncodingException e) {
 165                                 // TODO Auto-generated catch block
 166                                 e.printStackTrace();
 167                         }
 168         }
 169         groupURLLinks
 170                 .addElement(wfname
 171                         + "|"
 172                         + "http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow="
 173                         + urlstub
 174                         + "&datasetName=JalviewSeqs$DATASETID$&input=$SEQUENCEIDS$&inputType=0|,"); // #"+description+"#");
 175         groupURLLinks
 176                 .addElement(wfname
 177                         + "|"
 178                         + "http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow="
 179                         + urlstub
 180                         + "&datasetName=JalviewSeqs$DATASETID$&input=$SEQUENCES=/([A-Za-z]+)+/=$&inputType=1|,"); // #"+description+"#");
 181       }
 182     }
 183   }
 184
 185   /*
 186    * (non-Javadoc)
 187    *
 188    * @see org.xml.sax.helpers.DefaultHandler#characters(char[], int, int)
 189    */
 190   public void characters(char[] ch, int start, int length)
 191           throws SAXException
 192   {
 193     if (description != null)
 194     {
 195       for (int i = start; i < start + length; i++)
 196       {
 197         description += ch[i];
 198       }
 199     }
 200   }
 201
 202   /*
 203    * (non-Javadoc)
 204    *
 205    * @see org.xml.sax.helpers.DefaultHandler#startElement(java.lang.String,
 206    * java.lang.String, java.lang.String, org.xml.sax.Attributes)
 207    */
 208   public void startElement(String uri, String localName, String qName,
 209           Attributes attributes) throws SAXException
 210   {
 211     if (qName.equalsIgnoreCase("workflow"))
 212     {
 213       description = null;
 214       wfname = attributes.getValue("name");
 215     }
 216     if (qName.equalsIgnoreCase("description"))
 217     {
 218       description = "";
 219     }
 220
 221     // System.err.println("Start element: : '"+uri+" "+localName+" "+qName+" attributes"+attributes);
 222     // super.startElement(uri,localName,qname,attributes);
 223   }
 224
 225   private boolean started = false;
 226
 227   private boolean running = false;
 228
 229   private Vector groupURLLinks = null;
 230
 231   private Vector groupURLdescr = null;
 232
 233   private static String[] allowedDb = new String[]
 234   { "UNIPROT", "EMBL", "PDB" };
 235
 236   public EnfinEnvision2OneWay()
 237   {
 238     groupURLLinks = new Vector();
 239     groupURLdescr = new Vector();
 240
 241     enfinService = Cache.getDefault("ENVISION2_WORKFLOWSERVICE",
 242             "http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/workflows.xml");
 243     new Thread(this).start();
 244   }
 245
 246   public void run()
 247   {
 248     started = true;
 249     running = true;
 250     try
 251     {
 252       SAXParserFactory spf = SAXParserFactory.newInstance();
 253       SAXParser sp = spf.newSAXParser();
 254       sp.parse(new URL(enfinService).openStream(), this);
 255     } catch (Exception e)
 256     {
 257       Cache.log.warn("Exception when discovering One Way services: ", e);
 258     } catch (Error e)
 259     {
 260       Cache.log.warn("Error when discovering One Way services: ", e);
 261     }
 262     running = false;
 263     Cache.log.debug("Finished running.");
 264   }
 265
 266   /**
 267    * have we finished running yet ?
 268    *
 269    * @return false if we have been run.
 270    */
 271   public boolean isRunning()
 272   {
 273
 274     // TODO Auto-generated method stub
 275     return !started || running;
 276   }
 277
 278   public static void main(String[] args)
 279   {
 280     Cache.initLogger();
 281     EnfinEnvision2OneWay ow = new EnfinEnvision2OneWay();
 282     while (ow.isRunning())
 283     {
 284       try
 285       {
 286         Thread.sleep(50);
 287       } catch (Exception e)
 288       {
 289       }
 290       ;
 291
 292     }
 293     for (int i = 0; i < ow.groupURLLinks.size(); i++)
 294     {
 295       System.err.println("Description" + ow.groupURLdescr.elementAt(i)
 296               + "Service URL: " + ow.groupURLLinks.elementAt(i));
 297     }
 298   }
 299
 300   // / Copied from jalview.gui.PopupMenu
 301   /**
 302    * add a late bound URL service item to the given menu
 303    *
 304    * @param linkMenu
 305    * @param label
 306    *          - menu label string
 307    * @param urlgenerator
 308    *          GroupURLLink used to generate URL
 309    * @param urlstub
 310    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 311    */
 312   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, String descr,
 313           String dbname, final GroupUrlLink urlgenerator,
 314           final Object[] urlstub)
 315   {
 316     Component[] jmi = linkMenu.getMenuComponents();
 317     for (int i = 0; i < jmi.length; i++)
 318     {
 319       if (jmi[i] instanceof JMenuItem
 320               && ((JMenuItem) jmi[i]).getText().equalsIgnoreCase(label))
 321       {
 322         // don't add this - its a repeat of an existing URL.
 323         return;
 324       }
 325     }
 326     try {
 327       descr = HtmlEncoder.encode(descr);
 328     } catch (Exception e){};
 329
 330     boolean seqsorids = (urlgenerator.getGroupURLType() & urlgenerator.SEQUENCEIDS) == 0;
 331     int i = urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub);
 332     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 333     //
 334     if (dbname == null || dbname.trim().length() == 0)
 335     {
 336       dbname = "";
 337     }
 338     item.setToolTipText("<html>"
 339             + JvSwingUtils.wrapTooltip("Submit " + i + " " + dbname + " "
 340                     + (seqsorids ? "sequence" : "sequence id")
 341                     + (i > 1 ? "s" : "")
 342
 343                     + " to<br/>" + descr) + "</html>");
 344     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 345     {
 346       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 347       {
 348         new Thread(new Runnable()
 349         {
 350
 351           public void run()
 352           {
 353             try
 354             {
 355               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 356             } catch (UrlStringTooLongException ex)
 357             {
 358               Cache.log.warn("Not showing link: URL is too long!", ex);
 359             }
 360           }
 361
 362         }).start();
 363       }
 364     });
 365
 366     linkMenu.add(item);
 367   }
 368
 369   /**
 370    * open the given link in a new browser window
 371    *
 372    * @param url
 373    */
 374   public void showLink(String url)
 375   {
 376     try
 377     {
 378       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 379     } catch (Exception ex)
 380     {
 381       JOptionPane
 382               .showInternalMessageDialog(
 383                       Desktop.desktop,
 384                       "Unixers: Couldn't find default web browser."
 385                               + "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",
 386                       "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 387
 388       ex.printStackTrace();
 389     }
 390   }
 391
 392   /**
 393    * called by a web service menu instance when it is opened.
 394    *
 395    * @param enfinServiceMenu
 396    * @param alignFrame
 397    */
 398   private void buildGroupLinkMenu(JMenu enfinServiceMenu,
 399           AlignFrame alignFrame)
 400   {
 401     if (running || !started)
 402     {
 403       return;
 404     }
 405     SequenceI[] seqs = alignFrame.getViewport().getSelectionAsNewSequence();
 406     SequenceGroup sg = alignFrame.getViewport().getSelectionGroup();
 407     if (sg == null)
 408     {
 409       // consider visible regions here/
 410     }
 411     enfinServiceMenu.removeAll();
 412     JMenu entries = buildGroupURLMenu(seqs, sg);
 413     if (entries != null)
 414     {
 415       for (int i = 0, iSize = entries.getMenuComponentCount(); i < iSize; i++)
 416       {
 417         // transfer - menu component is removed from entries automatically
 418         enfinServiceMenu.add(entries.getMenuComponent(0));
 419       }
 420       // entries.removeAll();
 421       enfinServiceMenu.setEnabled(true);
 422     }
 423     else
 424     {
 425       enfinServiceMenu.setEnabled(false);
 426     }
 427   }
 428
 429   /**
 430    * construct a dynamic enfin services menu given a sequence selection
 431    *
 432    * @param seqs
 433    * @param sg
 434    * @param groupLinks
 435    * @return
 436    */
 437   private JMenu buildGroupURLMenu(SequenceI[] seqs, SequenceGroup sg)
 438   {
 439     if (groupURLdescr == null || groupURLLinks == null)
 440       return null;
 441     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 442     // menu appears asap
 443     // sequence only URLs
 444     // ID/regex match URLs
 445     JMenu groupLinksMenu = new JMenu("Group Link");
 446     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
 447     Hashtable commonDbrefs = new Hashtable();
 448     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
 449     {
 450
 451       int start, end;
 452       if (sg != null)
 453       {
 454         start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes());
 455         end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
 456       }
 457       else
 458       {
 459         // get total width of alignment.
 460         start = seqs[sq].getStart();
 461         end = seqs[sq].findPosition(seqs[sq].getLength());
 462       }
 463       // we skip sequences which do not have any non-gaps in the region of
 464       // interest
 465       if (start > end)
 466       {
 467         continue;
 468       }
 469       // just collect ids from dataset sequence
 470       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
 471       // current selection, too
 472       SequenceI sqi = seqs[sq];
 473       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
 474       {
 475         sqi = sqi.getDatasetSequence();
 476       }
 477       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRef();
 478       if (dbr != null && dbr.length > 0)
 479       {
 480         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
 481         {
 482           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
 483           Object[] sarray = (Object[]) commonDbrefs.get(src);
 484           if (sarray == null)
 485           {
 486             sarray = new Object[2];
 487             sarray[0] = new int[]
 488             { 0 };
 489             sarray[1] = new String[seqs.length];
 490
 491             commonDbrefs.put(src, sarray);
 492           }
 493
 494           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
 495           {
 496             if (!dbr[d].hasMap()
 497                     || (dbr[d].getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
 498             {
 499               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
 500               ((int[]) sarray[0])[0]++;
 501             }
 502           }
 503         }
 504       }
 505     }
 506     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
 507     Hashtable<String, JMenu[]> gurlMenus = new Hashtable<String, JMenu[]>();
 508     /**
 509      * last number of sequences where URL generation failed
 510      */
 511     int[] nsqtype = new int[]
 512     { 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 };
 513     for (int i = 0; i < groupURLLinks.size(); i++)
 514     {
 515       String link = (String) groupURLLinks.elementAt(i);
 516       String descr = (String) groupURLdescr.elementAt(i);
 517
 518       // boolean specialCase =
 519       // additionalPar.elementAt(i).toString().equals(BACKGROUND);
 520       GroupUrlLink urlLink = null;
 521       try
 522       {
 523         urlLink = new GroupUrlLink(link);
 524       } catch (Exception foo)
 525       {
 526         jalview.bin.Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link
 527                 + "'", foo);
 528         continue;
 529       }
 530       ;
 531       if (!urlLink.isValid())
 532       {
 533         jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 534         continue;
 535       }
 536       final String label = urlLink.getLabel();
 537       // create/recover the sub menus that might be populated for this link.
 538       JMenu[] wflinkMenus = gurlMenus.get(label);
 539       if (wflinkMenus == null)
 540       {
 541         // three types of url that might be
 542         // created.
 543         wflinkMenus = new JMenu[]
 544         { null, new JMenu("IDS"), new JMenu("Sequences"),
 545             new JMenu("IDS and Sequences") };
 546         gurlMenus.put(label, wflinkMenus);
 547       }
 548
 549       boolean usingNames = false;
 550       // Now see which parts of the group apply for this URL
 551       String ltarget;
 552       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
 553       for (int t = 0; t < allowedDb.length; t++)
 554       {
 555         ltarget = allowedDb[t]; // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
 556         Object[] idset = (Object[]) commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
 557         if (idset != null)
 558         {
 559           int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
 560           String[] allids = ((String[]) idset[1]);
 561           seqstr = new String[numinput];
 562           ids = new String[numinput];
 563           if (nsqtype[urlLink.getGroupURLType()] > 0
 564                   && numinput >= nsqtype[urlLink.getGroupURLType()])
 565           {
 566             continue;
 567           }
 568           for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
 569           {
 570             if (allids[sq] != null)
 571             {
 572               ids[idcount] = allids[sq];
 573               seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
 574             }
 575           }
 576           try
 577           {
 578             createAndAddLinks(wflinkMenus, false, urlLink, ltarget, null,
 579                     descr, ids, seqstr);
 580           } catch (UrlStringTooLongException ex)
 581           {
 582             nsqtype[urlLink.getGroupURLType()] = numinput;
 583           }
 584         }
 585       }
 586       // also do names only.
 587       seqstr = idandseqs[1];
 588       ids = idandseqs[0];
 589       if (nsqtype[urlLink.getGroupURLType()] > 0
 590               && idandseqs[0].length >= nsqtype[urlLink.getGroupURLType()])
 591       {
 592         continue;
 593       }
 594
 595       try
 596       {
 597         createAndAddLinks(wflinkMenus, true, urlLink, "Any", null, descr,
 598                 ids, seqstr);
 599       } catch (UrlStringTooLongException ex)
 600       {
 601         nsqtype[urlLink.getGroupURLType()] = idandseqs[0].length;
 602       }
 603     }
 604     boolean anyadded = false; // indicates if there are any group links to give
 605     // to user
 606     for (Map.Entry<String, JMenu[]> menues : gurlMenus.entrySet())
 607     {
 608       JMenu grouplinkset = new JMenu(menues.getKey());
 609       JMenu[] wflinkMenus = menues.getValue();
 610       for (int m = 0; m < wflinkMenus.length; m++)
 611       {
 612         if (wflinkMenus[m] != null
 613                 && wflinkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
 614         {
 615           anyadded = true;
 616           grouplinkset.add(wflinkMenus[m]);
 617         }
 618       }
 619       groupLinksMenu.add(grouplinkset);
 620     }
 621     if (anyadded)
 622     {
 623       return groupLinksMenu;
 624     }
 625     return null;
 626   }
 627
 628   private boolean createAndAddLinks(JMenu[] linkMenus, boolean usingNames,
 629           GroupUrlLink urlLink, String label, String ltarget, String descr,
 630           String[] ids, String[] seqstr) throws UrlStringTooLongException
 631   {
 632     Object[] urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr, "FromJalview"
 633             + System.currentTimeMillis(), false);
 634
 635     if (urlset != null)
 636     {
 637       int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
 638       // System.out.println(urlLink.getGroupURLType()
 639       // +" "+((String[])urlset[3])[0]);
 640       // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
 641       // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
 642       addshowLink(
 643               linkMenus[type],
 644               label
 645                       + " "
 646                       + (ltarget == null ? (((type & 1) == 1 ? "ID"
 647                               : "Sequence") + (urlLink
 648                               .getNumberInvolved(urlset) > 1 ? "s" : ""))
 649                               : (usingNames ? (((type & 1) == 1) ? "(Names)"
 650                                       : "")
 651                                       : ("(" + ltarget + ")"))), descr,
 652               usingNames ? null : label, urlLink, urlset);
 653       return true;
 654     }
 655     return false;
 656   }
 657
 658   // / end of stuff copied from popupmenu
 659   public void attachWSMenuEntry(final JMenu wsmenu,
 660           final AlignFrame alignFrame)
 661   {
 662     final JMenu enfinServiceMenu = new JMenu("Envision 2");
 663     wsmenu.add(enfinServiceMenu);
 664     enfinServiceMenu.setEnabled(false);
 665     wsmenu.addMenuListener(new MenuListener()
 666     {
 667       // this listener remembers when the menu was first selected, and
 668       // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 669       // reselected again.
 670       boolean refresh = true;
 671
 672       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 673       {
 674         refresh = true;
 675       }
 676
 677       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 678       {
 679         refresh = true;
 680       }
 681
 682       public void menuSelected(MenuEvent e)
 683       {
 684         if (refresh && !isRunning())
 685         {
 686           new Thread(new Runnable()
 687           {
 688             public void run()
 689             {
 690               try
 691               {
 692                 buildGroupLinkMenu(enfinServiceMenu, alignFrame);
 693               } catch (OutOfMemoryError ex)
 694               {
 695                 Cache.log
 696                         .error("Out of memory when calculating the Envision2 links.",
 697                                 ex);
 698                 enfinServiceMenu.setEnabled(false);
 699               }
 700             }
 701           }).start();
 702           refresh = false;
 703         }
 704       }
 705     });
 706
 707   }
 708
 709 }