src/jalview/ws/JPredClient.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import ext.vamsas.*;\r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.gui.*;\r
  29 import jalview.io.FormatAdapter;\r
  30 \r
  31 public class JPredClient\r
  32     extends WSClient\r
  33 {\r
  34   ext.vamsas.Jpred server;\r
  35   String altitle = "";\r
  36   java.util.Hashtable SequenceInfo = null;\r
  37   public JPredClient(ext.vamsas.ServiceHandle sh, String title, SequenceI seq) {\r
  38     wsInfo = setWebService(sh);\r
  39     startJPredClient(title, seq);\r
  40   }\r
  41   public JPredClient(ext.vamsas.ServiceHandle sh, String title, SequenceI[] msa) {\r
  42     wsInfo = setWebService(sh);\r
  43     startJPredClient(title, msa);\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public JPredClient(String title, SequenceI[] msf) {\r
  47     startJPredClient(title, msf);\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public JPredClient(String title, SequenceI seq) {\r
  51     startJPredClient(title, seq);\r
  52   }\r
  53 \r
  54   private void startJPredClient(String title, SequenceI[] msf)\r
  55   {\r
  56     if (wsInfo==null)\r
  57       wsInfo = setWebService();\r
  58 \r
  59     SequenceI seq = msf[0];\r
  60     altitle = "JNet prediction on " + seq.getName() +\r
  61         " using alignment from " + title;\r
  62 \r
  63     wsInfo.setProgressText("Job details for MSA based prediction (" +\r
  64                            title + ") on sequence :\n>" + seq.getName() + "\n" +\r
  65                            AlignSeq.extractGaps("-. ", seq.getSequence()) +\r
  66                            "\n");\r
  67     SequenceI aln[] = new SequenceI[msf.length];\r
  68     for (int i=0,j=msf.length; i<j;i++)\r
  69       aln[i] = new jalview.datamodel.Sequence(msf[i]);\r
  70     SequenceInfo = jalview.analysis.SeqsetUtils.uniquify(aln, true);\r
  71 \r
  72     if (!locateWebService())\r
  73     {\r
  74       return;\r
  75     }\r
  76 \r
  77     JPredThread jthread = new JPredThread(aln);\r
  78     jthread.start();\r
  79   }\r
  80 \r
  81   public void startJPredClient(String title, SequenceI seq)\r
  82   {\r
  83     if (wsInfo==null)\r
  84       wsInfo = setWebService();\r
  85     wsInfo.setProgressText("Job details for prediction on sequence :\n>" +\r
  86                            seq.getName() + "\n" +\r
  87                            AlignSeq.extractGaps("-. ", seq.getSequence()) +\r
  88                            "\n");\r
  89     altitle = "JNet prediction for sequence " + seq.getName() + " from " +\r
  90         title;\r
  91 \r
  92     SequenceInfo = jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterHash(seq);\r
  93 \r
  94     if (!locateWebService())\r
  95     {\r
  96       return;\r
  97     }\r
  98 \r
  99     JPredThread jthread = new JPredThread(seq);\r
 100     jthread.start();\r
 101   }\r
 102 \r
 103   private WebserviceInfo setWebService()\r
 104   {\r
 105     WebServiceName = "JNetWS";\r
 106     WebServiceJobTitle = "JNet secondary structure prediction";\r
 107     WebServiceReference =\r
 108         "\"Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced " +\r
 109         "multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary structure prediction, " +\r
 110         "Proteins 40:502-511\".";\r
 111     WsURL = "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/jpred";\r
 112 \r
 113     WebserviceInfo wsInfo = new WebserviceInfo(WebServiceJobTitle,\r
 114                                                WebServiceReference);\r
 115 \r
 116     return wsInfo;\r
 117   }\r
 118 \r
 119   private boolean locateWebService()\r
 120   {\r
 121     ext.vamsas.JpredServiceLocator loc = new JpredServiceLocator(); // Default\r
 122 \r
 123     try\r
 124     {\r
 125       this.server = loc.getjpred(new java.net.URL(WsURL)); // JBPNote will be set from properties\r
 126       ( (JpredSoapBindingStub)this.server).setTimeout(60000); // one minute stub\r
 127     }\r
 128     catch (Exception ex)\r
 129     {\r
 130       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 131                                     "The Secondary Structure Prediction Service named " +\r
 132                                     WebServiceName + " at " + WsURL +\r
 133                                     " couldn't be located.",\r
 134                                     "Internal Jalview Error",\r
 135                                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 136       wsInfo.setProgressText("Serious! " + WebServiceName +\r
 137                              " Service location failed\nfor URL :" + WsURL +\r
 138                              "\n" +\r
 139                              ex.getMessage());\r
 140       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 141 \r
 142       return false;\r
 143     }\r
 144 \r
 145     return true;\r
 146   }\r
 147 \r
 148   class JPredThread\r
 149       extends Thread\r
 150   {\r
 151     String OutputHeader;\r
 152     vamsas.objects.simple.JpredResult result;\r
 153     vamsas.objects.simple.Sequence sequence;\r
 154     vamsas.objects.simple.Msfalignment msa;\r
 155     String jobId;\r
 156     boolean jobComplete = false;\r
 157     int allowedServerExceptions = 3; // thread dies if too many exceptions.\r
 158 \r
 159     JPredThread(SequenceI seq)\r
 160     {\r
 161       OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 162       this.sequence = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 163       this.sequence.setId(seq.getName());\r
 164       this.sequence.setSeq(AlignSeq.extractGaps("-. ", seq.getSequence()));\r
 165     }\r
 166 \r
 167     JPredThread(SequenceI[] msf)\r
 168     {\r
 169       OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 170       this.sequence = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 171       this.sequence.setId(msf[0].getName());\r
 172       this.sequence.setSeq(AlignSeq.extractGaps("-. ",\r
 173                                                 msf[0].getSequence()));\r
 174 \r
 175       this.msa = new vamsas.objects.simple.Msfalignment();\r
 176       msa.setMsf(jalview.io.PileUpfile.print(msf));\r
 177     }\r
 178 \r
 179     public void run()\r
 180     {\r
 181       StartJob();\r
 182 \r
 183       while (!jobComplete && (allowedServerExceptions > 0))\r
 184       {\r
 185         try\r
 186         {\r
 187           if ( (result = server.getresult(jobId)) == null)\r
 188           {\r
 189             throw (new Exception(\r
 190                 "Timed out when communicating with server\nTry again later.\n"));\r
 191           }\r
 192           if (result.getState()==0)\r
 193             jalview.bin.Cache.log.debug("Finished "+jobId);\r
 194           if (result.isRunning())\r
 195           {\r
 196             wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
 197           }\r
 198           if (result.isQueued())\r
 199           {\r
 200             wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_QUEUING);\r
 201           }\r
 202 \r
 203           wsInfo.setProgressText(OutputHeader + "\n" +\r
 204                                  result.getStatus());\r
 205 \r
 206           if (result.isFinished())\r
 207           {\r
 208 \r
 209             parseResult();\r
 210             jobComplete = true;\r
 211             jobsRunning--;\r
 212           } else {\r
 213             // catch exceptions\r
 214             if (! (result.isJobFailed() || result.isServerError()))\r
 215             {\r
 216               try\r
 217               {\r
 218                 Thread.sleep(5000);\r
 219               }\r
 220               catch (InterruptedException ex1)\r
 221               {\r
 222               }\r
 223 \r
 224               //  System.out.println("I'm alive "+seqid+" "+jobid);\r
 225             }\r
 226             else\r
 227             {\r
 228               wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 229               jobsRunning--;\r
 230               jobComplete = true;\r
 231             }\r
 232           }\r
 233         }\r
 234         catch (Exception ex)\r
 235         {\r
 236           allowedServerExceptions--;\r
 237           wsInfo.appendProgressText("\nJPredWS Server exception!\n" +\r
 238                                     ex.getMessage());\r
 239 \r
 240           try\r
 241           {\r
 242             if (allowedServerExceptions > 0)\r
 243             {\r
 244               Thread.sleep(5000);\r
 245             }\r
 246           }\r
 247           catch (InterruptedException ex1)\r
 248           {\r
 249           }\r
 250         }\r
 251         catch (OutOfMemoryError er)\r
 252         {\r
 253           jobComplete = true;\r
 254           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 255           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 256                                                 "Out of memory handling result!!"\r
 257                                                 +\r
 258               "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 259                                                 , "Out of memory",\r
 260                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 261           System.out.println("JPredClient: "+er);\r
 262           System.gc();\r
 263         }\r
 264       }\r
 265       if (result!=null)\r
 266         if (! (result.isJobFailed() || result.isServerError()))\r
 267         {\r
 268           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK);\r
 269         }\r
 270         else\r
 271         {\r
 272           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 273         }\r
 274     }\r
 275 \r
 276     void StartJob()\r
 277     {\r
 278       try\r
 279       {\r
 280         if (msa != null)\r
 281         {\r
 282           jobId = server.predictOnMsa(msa);\r
 283         }\r
 284         else\r
 285         {\r
 286           jobId = server.predict(sequence);\r
 287         }\r
 288 \r
 289         if (jobId != null)\r
 290         {\r
 291           if (jobId.startsWith("Broken"))\r
 292           {\r
 293             throw new Exception("Submission " + jobId);\r
 294           }\r
 295           else\r
 296           {\r
 297             System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");\r
 298           }\r
 299         }\r
 300         else\r
 301         {\r
 302           throw new Exception("Server timed out - try again later\n");\r
 303         }\r
 304       }\r
 305       catch (Exception e)\r
 306       {\r
 307         if (e.getMessage().indexOf("Exception")>-1) {\r
 308           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 309           wsInfo.setProgressText(\r
 310               "Failed to submit the prediction. (Just close the window)\n"\r
 311               +\r
 312               "It is most likely that there is a problem with the server.\n");\r
 313           System.err.println(\r
 314               "JPredWS Client: Failed to submit the prediction. Quite possibly because of a server error - see below)\n" +\r
 315               e.getMessage() + "\n");\r
 316 \r
 317           jalview.bin.Cache.log.warn("Server Exception",e);\r
 318         } else {\r
 319           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 320           // JBPNote - this could be a popup informing the user of the problem.\r
 321           wsInfo.setProgressText("Failed to submit the prediction:\n"\r
 322                                  +e.getMessage()+\r
 323                                  wsInfo.getProgressText());\r
 324 \r
 325           jalview.bin.Cache.log.debug("Failed Submission",e);\r
 326 \r
 327         }\r
 328         allowedServerExceptions = -1;\r
 329         jobComplete = true;\r
 330 \r
 331       }\r
 332     }\r
 333 \r
 334 \r
 335 \r
 336   /*  private void addFloatAnnotations(Alignment al, int[] gapmap,\r
 337                                      Vector values, String Symname,\r
 338                                      String Visname, float min,\r
 339                                      float max, int winLength)\r
 340     {\r
 341       Annotation[] annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 342 \r
 343       for (int j = 0; j < values.size(); j++)\r
 344       {\r
 345         float value = Float.parseFloat(values.get(j).toString());\r
 346         annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", value + "", ' ',\r
 347                                                 value);\r
 348       }\r
 349 \r
 350       al.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(Symname, Visname,\r
 351                                                annotations, min, max, winLength));\r
 352     }*/\r
 353 \r
 354     void parseResult()\r
 355     {\r
 356       // OutputHeader = output.getText();\r
 357       if (result.isFailed())\r
 358       {\r
 359         OutputHeader += "Job failed.\n";\r
 360       }\r
 361 \r
 362       if (result.getStatus() != null)\r
 363       {\r
 364         OutputHeader += ("\n" + result.getStatus());\r
 365       }\r
 366 \r
 367       if (result.getPredfile() != null)\r
 368       {\r
 369         OutputHeader += ("\n" + result.getPredfile());\r
 370 \r
 371         // JBPNote The returned files from a webservice could be hidden behind icons in the monitor window that, when clicked, pop up their corresponding data\r
 372       }\r
 373 \r
 374       if (result.getAligfile() != null)\r
 375       {\r
 376         OutputHeader += ("\n" + result.getAligfile());\r
 377       }\r
 378 \r
 379       wsInfo.setProgressText(OutputHeader+"Parsing...");\r
 380 \r
 381       try\r
 382       {\r
 383         jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output from JNet job.");\r
 384         // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt", "File");\r
 385         jalview.io.JPredFile prediction = new jalview.io.JPredFile(result.\r
 386             getPredfile(),\r
 387             "Paste");\r
 388         SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
 389         jalview.bin.Cache.log.debug("Got prediction profile.");\r
 390         Alignment al;\r
 391         int FirstSeq; // the position of the query sequence in Alignment al\r
 392         boolean noMsa = true; // set if no MSA has been returned by JPred\r
 393 \r
 394         if ( (this.msa != null) && (result.getAligfile() != null))\r
 395         {\r
 396           jalview.bin.Cache.log.debug("Getting associated alignment.");\r
 397           // we ignore the returned alignment if we only predicted on a single sequence\r
 398           String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(result.getAligfile(),\r
 399               "Paste");\r
 400 \r
 401           if (jalview.io.FormatAdapter.formats.contains(format))\r
 402           {\r
 403             al = new Alignment(new FormatAdapter().readFile(\r
 404                 result.getAligfile(), "Paste", format));\r
 405             for (int i=0, j=al.getHeight(); i<j; i++) {\r
 406               SequenceI sq = al.getSequenceAt(i);\r
 407               if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash(\r
 408                   sq, (Hashtable) SequenceInfo.get(sq.getName())))\r
 409               {\r
 410                 throw (new Exception(\r
 411                     "Couldn't recover sequence properties for JNet "\r
 412                     +((i==0) ? "Query sequence" : "alignment sequence ("+i+")")));\r
 413               }\r
 414             }\r
 415             noMsa = false;\r
 416             FirstSeq = 0;\r
 417           }\r
 418           else\r
 419           {\r
 420             throw (new Exception(\r
 421                 "Unknown format 'format' for file : \n" +\r
 422                 result.getAligfile()));\r
 423           }\r
 424         }\r
 425         else\r
 426         {\r
 427           al = new Alignment(preds);\r
 428           FirstSeq = prediction.getQuerySeqPosition();\r
 429           if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash(\r
 430               al.getSequenceAt(FirstSeq), SequenceInfo))\r
 431           {\r
 432             throw (new Exception(\r
 433                 "Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!"));\r
 434           }\r
 435         }\r
 436 \r
 437 \r
 438         AlignmentAnnotation annot;\r
 439         Annotation[] annotations = null;\r
 440         int i = 0;\r
 441         int width = preds[0].getSequence().length();\r
 442 \r
 443         int[] gapmap = al.getSequenceAt(FirstSeq).gapMap();\r
 444 \r
 445         if (gapmap.length != width)\r
 446         {\r
 447           throw (new Exception(\r
 448               "Jnet Client Error\nNumber of residues in supposed query sequence :\n" +\r
 449               al.getSequenceAt(FirstSeq).getName() + "\n" +\r
 450               al.getSequenceAt(FirstSeq).getSequence() +\r
 451               "\nDiffer from number of prediction sites in \n" +\r
 452               result.getPredfile() + "\n"));\r
 453         }\r
 454 \r
 455         // JBPNote Should also rename the query sequence sometime...\r
 456         i = 0;\r
 457 \r
 458         while (i < preds.length)\r
 459         {\r
 460           String id = preds[i].getName().toUpperCase();\r
 461 \r
 462           if (id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET") ||\r
 463               id.startsWith("JPRED"))\r
 464           {\r
 465             annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 466 \r
 467             if (id.equals("JNETPRED") || id.equals("JNETPSSM") ||\r
 468                 id.equals("JNETFREQ") || id.equals("JNETHMM") ||\r
 469                 id.equals("JNETALIGN") || id.equals("JPRED"))\r
 470             {\r
 471               for (int j = 0; j < width; j++)\r
 472               {\r
 473                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "",\r
 474                     preds[i].getCharAt(j), 0);\r
 475               }\r
 476             }\r
 477             else if (id.equals("JNETCONF"))\r
 478             {\r
 479               for (int j = 0; j < width; j++)\r
 480               {\r
 481                 float value = Float.parseFloat(preds[i].getCharAt(\r
 482                     j) + "");\r
 483                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(\r
 484                     j) + "", "", preds[i].getCharAt(j),\r
 485                     value);\r
 486               }\r
 487             }\r
 488             else\r
 489             {\r
 490               for (int j = 0; j < width; j++)\r
 491               {\r
 492                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(\r
 493                     j) + "", "", ' ', 0);\r
 494               }\r
 495             }\r
 496 \r
 497             if (id.equals("JNETCONF"))\r
 498             {\r
 499               annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
 500                                               "JNet Output", annotations, 0f,\r
 501                                               10f, 1);\r
 502             }\r
 503             else\r
 504             {\r
 505               annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
 506                                               "JNet Output", annotations);\r
 507             }\r
 508 \r
 509             al.addAnnotation(annot);\r
 510 \r
 511             if (noMsa)\r
 512             {\r
 513               al.deleteSequence(preds[i]);\r
 514             }\r
 515           }\r
 516 \r
 517           i++;\r
 518         }\r
 519 \r
 520         //Hashtable scores = prediction.getScores();\r
 521 \r
 522         /*  addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPH"),\r
 523                               "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);\r
 524 \r
 525           addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPB"),\r
 526          "JnetpropB", "Jnet Beta Sheet Propensity", 0f,1f,1);\r
 527 \r
 528           addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPC"),\r
 529                               "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);\r
 530          */\r
 531 \r
 532         wsInfo.setProgressText(OutputHeader);\r
 533         jalview.bin.Cache.log.debug("Finished parsing output.");\r
 534         AlignFrame af = new AlignFrame(al);\r
 535 \r
 536         Desktop.addInternalFrame(af, altitle,\r
 537                                  AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 538                                  AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 539       }\r
 540       catch (Exception ex)\r
 541       {\r
 542         jalview.bin.Cache.log.warn("Exception whilst parsing JNet style secondary structure prediction.");\r
 543         jalview.bin.Cache.log.debug("Exception: ",ex);\r
 544       }\r
 545     }\r
 546   }\r
 547 }\r