src/jalview/ws/JPredThread.java

   1 package jalview.ws;\r
   2 \r
   3 import java.util.*;\r
   4 \r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.bin.*;\r
   7 import jalview.datamodel.*;\r
   8 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   9 import jalview.gui.*;\r
  10 import jalview.io.*;\r
  11 import jalview.util.*;\r
  12 import vamsas.objects.simple.JpredResult;\r
  13 \r
  14 class JPredThread\r
  15     extends WSThread implements WSClientI\r
  16 {\r
  17   // TODO: put mapping between JPredJob input and input data here - JNetAnnotation adding is done after result parsing.\r
  18   class JPredJob\r
  19       extends WSThread.WSJob\r
  20   {\r
  21     // TODO: make JPredJob deal only with what was sent to and received from a JNet service\r
  22     int[] predMap = null; // mapping from sequence(i) to the original sequence(predMap[i]) being predicted on\r
  23     vamsas.objects.simple.Sequence sequence;\r
  24     vamsas.objects.simple.Msfalignment msa;\r
  25     java.util.Hashtable SequenceInfo = null;\r
  26     int msaIndex = 0; // the position of the original sequence in the array of Sequences in the input object that this job holds a prediction for\r
  27     /**\r
  28      *\r
  29      * @return true if getResultSet will return a valid alignment and prediction result.\r
  30      */\r
  31     public boolean hasResults()\r
  32     {\r
  33       if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()\r
  34           && ( (JpredResult) result).getPredfile() != null &&\r
  35           ( (JpredResult) result).getAligfile() != null)\r
  36       {\r
  37         return true;\r
  38       }\r
  39       return false;\r
  40     }\r
  41 \r
  42     boolean hasValidInput()\r
  43     {\r
  44       if (sequence != null)\r
  45       {\r
  46         return true;\r
  47       }\r
  48       return false;\r
  49     }\r
  50 \r
  51     /**\r
  52      *\r
  53      * @return null or Object[] { annotated alignment for this prediction, ColumnSelection for this prediction} or null if no results available.\r
  54      * @throws Exception\r
  55      */\r
  56     public Object[] getResultSet()\r
  57         throws Exception\r
  58     {\r
  59       if (result == null || !result.isFinished())\r
  60       {\r
  61         return null;\r
  62       }\r
  63       Alignment al = null;\r
  64       ColumnSelection alcsel = null;\r
  65       int FirstSeq = -1; // the position of the query sequence in Alignment al\r
  66 \r
  67       JpredResult result = (JpredResult)this.result;\r
  68 \r
  69       jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output from JNet job.");\r
  70       // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt", "File");\r
  71       jalview.io.JPredFile prediction = new jalview.io.JPredFile(result.\r
  72           getPredfile(),\r
  73           "Paste");\r
  74       SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
  75       jalview.bin.Cache.log.debug("Got prediction profile.");\r
  76 \r
  77       if ( (this.msa != null) && (result.getAligfile() != null))\r
  78       {\r
  79         jalview.bin.Cache.log.debug("Getting associated alignment.");\r
  80         // we ignore the returned alignment if we only predicted on a single sequence\r
  81         String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(result.\r
  82             getAligfile(),\r
  83             "Paste");\r
  84 \r
  85         if (jalview.io.FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
  86         {\r
  87           SequenceI sqs[];\r
  88           if (predMap != null)\r
  89           {\r
  90             Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(\r
  91                 getGapChar());\r
  92             sqs = (SequenceI[]) alandcolsel[0];\r
  93             al = new Alignment(sqs);\r
  94             alcsel = (ColumnSelection) alandcolsel[1];\r
  95           }\r
  96           else\r
  97           {\r
  98             al = new FormatAdapter().readFile(result.getAligfile(),\r
  99                                               "Paste", format);\r
 100             sqs = new SequenceI[al.getHeight()];\r
 101 \r
 102             for (int i = 0, j = al.getHeight(); i < j; i++)\r
 103             {\r
 104               sqs[i] = al.getSequenceAt(i);\r
 105             }\r
 106             if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify( (Hashtable)\r
 107                 SequenceInfo, sqs))\r
 108             {\r
 109               throw (new Exception(\r
 110                   "Couldn't recover sequence properties for alignment."));\r
 111             }\r
 112           }\r
 113           FirstSeq = 0;\r
 114           al.setDataset(null);\r
 115 \r
 116           jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al,\r
 117               FirstSeq,\r
 118               false, predMap);\r
 119 \r
 120         }\r
 121         else\r
 122         {\r
 123           throw (new Exception(\r
 124               "Unknown format " + format + " for file : \n" +\r
 125               result.getAligfile()));\r
 126         }\r
 127       }\r
 128       else\r
 129       {\r
 130         al = new Alignment(preds);\r
 131         FirstSeq = prediction.getQuerySeqPosition();\r
 132         if (predMap != null)\r
 133         {\r
 134           char gc = getGapChar();\r
 135           SequenceI[] sqs = (SequenceI[]) ( (java.lang.Object[]) input.\r
 136                                            getAlignmentAndColumnSelection(gc))[\r
 137               0];\r
 138           if (this.msaIndex >= sqs.length)\r
 139           {\r
 140             throw new Error("Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!");\r
 141           }\r
 142 \r
 143           /////\r
 144           //Uses RemoveGapsCommand\r
 145           /////\r
 146           new jalview.commands.RemoveGapsCommand("Remove Gaps",\r
 147                                                  new SequenceI[]\r
 148                                                  {sqs[msaIndex]},\r
 149                                                  currentView);\r
 150 \r
 151           SequenceI profileseq = al.getSequenceAt(FirstSeq);\r
 152           profileseq.setSequence(sqs[msaIndex].getSequenceAsString());\r
 153         }\r
 154 \r
 155         if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash(\r
 156             al.getSequenceAt(FirstSeq), SequenceInfo))\r
 157         {\r
 158           throw (new Exception(\r
 159               "Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!"));\r
 160         }\r
 161         else\r
 162         {\r
 163           al.setDataset(null);\r
 164           jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al,\r
 165               FirstSeq,\r
 166               true, predMap);\r
 167           SequenceI profileseq = al.getSequenceAt(0); // this includes any gaps.\r
 168           alignToProfileSeq(al, profileseq);\r
 169           if (predMap != null)\r
 170           {\r
 171             // Adjust input view for gaps\r
 172             // propagate insertions into profile\r
 173             alcsel = propagateInsertions(profileseq, al, input);\r
 174           }\r
 175         }\r
 176       }\r
 177       return new Object[]\r
 178           {\r
 179           al, alcsel}; // , FirstSeq, noMsa};\r
 180     }\r
 181 \r
 182     /**\r
 183      * Given an alignment where all other sequences except profileseq are aligned to the ungapped profileseq, insert gaps in the other sequences to realign them with the residues in profileseq\r
 184      * @param al\r
 185      * @param profileseq\r
 186      */\r
 187     private void alignToProfileSeq(Alignment al, SequenceI profileseq)\r
 188     {\r
 189       char gc = al.getGapCharacter();\r
 190       int[] gapMap = profileseq.gapMap();\r
 191       // insert gaps into profile\r
 192       for (int lp = 0, r = 0; r < gapMap.length; r++)\r
 193       {\r
 194         if (gapMap[r] - lp > 1)\r
 195         {\r
 196           StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 197           for (int s = 0, ns = gapMap[r] - lp; s < ns; s++)\r
 198           {\r
 199             sb.append(gc);\r
 200           }\r
 201           for (int s = 1, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
 202           {\r
 203             String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
 204             int diff = gapMap[r] - sq.length();\r
 205             if (diff > 0)\r
 206             {\r
 207               // pad gaps\r
 208               sq = sq + sb;\r
 209               while ( (diff = gapMap[r] - sq.length()) > 0)\r
 210               {\r
 211                 sq = sq +\r
 212                     ( (diff >= sb.length()) ? sb.toString() :\r
 213                      sb.substring(0, diff));\r
 214               }\r
 215               al.getSequenceAt(s).setSequence(sq);\r
 216             }\r
 217             else\r
 218             {\r
 219               al.getSequenceAt(s).setSequence(sq.substring(0, gapMap[r]) +\r
 220                                               sb.toString() +\r
 221                                               sq.substring(gapMap[r]));\r
 222             }\r
 223           }\r
 224         }\r
 225         lp = gapMap[r];\r
 226       }\r
 227     }\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * Add gaps into the sequences aligned to profileseq under the given AlignmentView\r
 231      * @param profileseq\r
 232      * @param al\r
 233      * @param input\r
 234      */\r
 235     private ColumnSelection propagateInsertions(SequenceI profileseq,\r
 236                                                 Alignment al,\r
 237                                                 AlignmentView input)\r
 238     {\r
 239       char gc = al.getGapCharacter();\r
 240       Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(gc);\r
 241       ColumnSelection nview = (ColumnSelection) alandcolsel[1];\r
 242       SequenceI origseq;\r
 243       nview.pruneDeletions(ShiftList.parseMap( (origseq = ( (SequenceI[])\r
 244           alandcolsel[0])[0]).gapMap())); // recover original prediction sequence's mapping to view.\r
 245       int[] viscontigs = nview.getVisibleContigs(0, profileseq.getLength());\r
 246       int spos = 0;\r
 247       int offset = 0;\r
 248       //  input.pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[]) alandcolsel[0])[0].gapMap()))\r
 249       // add profile to visible contigs\r
 250       for (int v = 0; v < viscontigs.length; v += 2)\r
 251       {\r
 252         if (viscontigs[v] > spos)\r
 253         {\r
 254           StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 255           for (int s = 0, ns = viscontigs[v] - spos; s < ns; s++)\r
 256           {\r
 257             sb.append(gc);\r
 258           }\r
 259           for (int s = 0, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
 260           {\r
 261             SequenceI sqobj = al.getSequenceAt(s);\r
 262             if (sqobj != profileseq)\r
 263             {\r
 264               String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
 265               if (sq.length() <= spos + offset)\r
 266               {\r
 267                 // pad sequence\r
 268                 int diff = spos + offset - sq.length() - 1;\r
 269                 if (diff > 0)\r
 270                 {\r
 271                   // pad gaps\r
 272                   sq = sq + sb;\r
 273                   while ( (diff = spos + offset - sq.length() - 1) > 0)\r
 274                   {\r
 275                     sq = sq +\r
 276                         ( (diff >= sb.length()) ? sb.toString() :\r
 277                          sb.substring(0, diff));\r
 278                   }\r
 279                 }\r
 280                 sq += sb.toString();\r
 281               }\r
 282               else\r
 283               {\r
 284                 al.getSequenceAt(s).setSequence(sq.substring(0, spos + offset) +\r
 285                                                 sb.toString() +\r
 286                                                 sq.substring(spos + offset));\r
 287               }\r
 288             }\r
 289           }\r
 290           //offset+=sb.length();\r
 291         }\r
 292         spos = viscontigs[v + 1] + 1;\r
 293       }\r
 294       if ( (offset + spos) < profileseq.getLength())\r
 295       {\r
 296         StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 297         for (int s = 0, ns = profileseq.getLength() - spos - offset; s < ns; s++)\r
 298         {\r
 299           sb.append(gc);\r
 300         }\r
 301         for (int s = 1, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
 302         {\r
 303           String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
 304           // pad sequence\r
 305           int diff = origseq.getLength() - sq.length();\r
 306           while (diff > 0)\r
 307           {\r
 308             sq = sq +\r
 309                 ( (diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb.substring(0, diff));\r
 310             diff = origseq.getLength() - sq.length();\r
 311           }\r
 312         }\r
 313       }\r
 314       return nview;\r
 315     }\r
 316 \r
 317     public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI seq, int[] delMap)\r
 318     {\r
 319       super();\r
 320       this.predMap = delMap;\r
 321       String sq = AlignSeq.extractGaps(Comparison.GapChars,\r
 322                                        seq.getSequenceAsString());\r
 323       if (sq.length() >= 20)\r
 324       {\r
 325         this.SequenceInfo = SequenceInfo;\r
 326         sequence = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 327         sequence.setId(seq.getName());\r
 328         sequence.setSeq(sq);\r
 329       }\r
 330     }\r
 331 \r
 332     public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf, int[] delMap)\r
 333     {\r
 334       this(SequenceInfo, msf[0], delMap);\r
 335       if (sequence != null)\r
 336       {\r
 337         if (msf.length > 1)\r
 338         {\r
 339           msa = new vamsas.objects.simple.Msfalignment();\r
 340           jalview.io.PileUpfile pileup = new jalview.io.PileUpfile();\r
 341           msa.setMsf(pileup.print(msf));\r
 342         }\r
 343       }\r
 344     }\r
 345   }\r
 346 \r
 347   ext.vamsas.Jpred server;\r
 348   String altitle = "";\r
 349   JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server,\r
 350               String wsurl, AlignmentView alview, AlignFrame alframe)\r
 351   {\r
 352     super(alframe, wsinfo, alview, wsurl);\r
 353     this.altitle = altitle;\r
 354     this.server = server;\r
 355   }\r
 356 \r
 357   JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server,\r
 358               String wsurl, Hashtable SequenceInfo, SequenceI seq, int[] delMap,\r
 359               AlignmentView alview, AlignFrame alframe)\r
 360   {\r
 361     this(wsinfo, altitle, server, wsurl, alview, alframe);\r
 362     JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, seq, delMap);\r
 363     if (job.hasValidInput())\r
 364     {\r
 365       OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 366       jobs = new WSJob[]\r
 367           {\r
 368           job};\r
 369       job.jobnum = 0;\r
 370     }\r
 371   }\r
 372 \r
 373   JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server,\r
 374               Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf, int[] delMap,\r
 375               AlignmentView alview, AlignFrame alframe, String wsurl)\r
 376   {\r
 377     this(wsinfo, altitle, server, wsurl, alview, alframe);\r
 378     JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, msf, delMap);\r
 379     if (job.hasValidInput())\r
 380     {\r
 381       jobs = new WSJob[]\r
 382           {\r
 383           job};\r
 384       OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 385       job.jobnum = 0;\r
 386     }\r
 387   }\r
 388 \r
 389   void StartJob(WSJob j)\r
 390   {\r
 391     if (! (j instanceof JPredJob))\r
 392     {\r
 393       throw new Error("Implementation error - StartJob(JpredJob) called on " +\r
 394                       j.getClass());\r
 395     }\r
 396     try\r
 397     {\r
 398       JPredJob job = (JPredJob) j;\r
 399       if (job.msa != null)\r
 400       {\r
 401         job.jobId = server.predictOnMsa(job.msa);\r
 402       }\r
 403       else\r
 404       if (job.sequence != null)\r
 405       {\r
 406         job.jobId = server.predict(job.sequence); // debug like : job.jobId = "/jobs/www-jpred/jp_Yatat29";//\r
 407       }\r
 408 \r
 409       if (job.jobId != null)\r
 410       {\r
 411         if (job.jobId.startsWith("Broken"))\r
 412         {\r
 413           job.result = (vamsas.objects.simple.Result)new JpredResult();\r
 414           job.result.setInvalid(true);\r
 415           job.result.setStatus("Submission " + job.jobId);\r
 416           throw new Exception(job.jobId); \r
 417         }\r
 418         else\r
 419         {\r
 420           job.submitted = true;\r
 421           job.subjobComplete = false;\r
 422           Cache.log.info(WsUrl + " Job Id '" + job.jobId + "'");\r
 423         }\r
 424       }\r
 425       else\r
 426       {\r
 427         throw new Exception("Server timed out - try again later\n");\r
 428       }\r
 429     }\r
 430     catch (Exception e)\r
 431     {\r
 432       // kill the whole job.\r
 433       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 434       if (e.getMessage().indexOf("Exception") > -1)\r
 435       {\r
 436         wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 437         wsInfo.setProgressText(j.jobnum,\r
 438                                "Failed to submit the prediction. (Just close the window)\n"\r
 439                                +\r
 440                                "It is most likely that there is a problem with the server.\n");\r
 441         System.err.println(\r
 442             "JPredWS Client: Failed to submit the prediction. Quite possibly because of a server error - see below)\n" +\r
 443             e.getMessage() + "\n");\r
 444 \r
 445         jalview.bin.Cache.log.warn("Server Exception", e);\r
 446       }\r
 447       else\r
 448       {\r
 449         wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 450         // JBPNote - this could be a popup informing the user of the problem.\r
 451         wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
 452                                   "Failed to submit the prediction:\n"\r
 453                                   + e.getMessage() +\r
 454                                   wsInfo.getProgressText());\r
 455 \r
 456         jalview.bin.Cache.log.debug("Failed Submission of job " + j.jobnum, e);\r
 457 \r
 458       }\r
 459       j.allowedServerExceptions = -1;\r
 460       j.subjobComplete = true;\r
 461     }\r
 462   }\r
 463 \r
 464   void parseResult()\r
 465   {\r
 466     int results = 0; // number of result sets received\r
 467     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
 468     try\r
 469     {\r
 470       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 471       {\r
 472         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
 473         if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete && jobs[j].hasResults())\r
 474         {\r
 475           results++;\r
 476         }\r
 477       }\r
 478     }\r
 479     catch (Exception ex)\r
 480     {\r
 481 \r
 482       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for " +\r
 483                       altitle, ex);\r
 484       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 485     }\r
 486     if (results > 0)\r
 487     {\r
 488       wsInfo.showResultsNewFrame\r
 489           .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 490       {\r
 491         public void actionPerformed(\r
 492             java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 493         {\r
 494           displayResults(true);\r
 495         }\r
 496       });\r
 497       wsInfo.mergeResults\r
 498           .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 499       {\r
 500         public void actionPerformed(\r
 501             java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 502         {\r
 503           displayResults(false);\r
 504         }\r
 505       });\r
 506       wsInfo.setResultsReady();\r
 507     }\r
 508     else\r
 509     {\r
 510       wsInfo.setFinishedNoResults();\r
 511     }\r
 512   }\r
 513 \r
 514   void displayResults(boolean newWindow)\r
 515   {\r
 516     // TODO: cope with multiple subjobs.\r
 517     if (jobs != null)\r
 518     {\r
 519       Object[] res = null;\r
 520       boolean msa = false;\r
 521       for (int jn = 0; jn < jobs.length; jn++)\r
 522       {\r
 523         Object[] jobres = null;\r
 524         JPredJob j = (JPredJob) jobs[jn];\r
 525 \r
 526         if (j.hasResults())\r
 527         {\r
 528           // hack - we only deal with all single seuqence predictions or all profile predictions\r
 529           msa = (j.msa != null) ? true : msa;\r
 530           try\r
 531           {\r
 532             jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output of job " + jn);\r
 533             jobres = j.getResultSet();\r
 534             jalview.bin.Cache.log.debug("Finished parsing output.");\r
 535             if (jobs.length == 1)\r
 536             {\r
 537               res = jobres;\r
 538             }\r
 539             else\r
 540             {\r
 541               // do merge with other job results\r
 542               throw new Error(\r
 543                   "Multiple JNet subjob merging not yet implemented.");\r
 544             }\r
 545           }\r
 546           catch (Exception e)\r
 547           {\r
 548             jalview.bin.Cache.log.error(\r
 549                 "JNet Client: JPred Annotation Parse Error",\r
 550                 e);\r
 551             wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 552             wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
 553                                       OutputHeader + "\n" +\r
 554                                       j.result.getStatus() +\r
 555                                       "\nInvalid JNet job result data!\n" +\r
 556                                       e.getMessage());\r
 557             j.result.setBroken(true);\r
 558           }\r
 559         }\r
 560       }\r
 561 \r
 562       if (res != null)\r
 563       {\r
 564         if (newWindow)\r
 565         {\r
 566           AlignFrame af;\r
 567           if (input == null)\r
 568           {\r
 569             if (res[1] != null)\r
 570             {\r
 571               af = new AlignFrame( (Alignment) res[0], (ColumnSelection) res[1],\r
 572                                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 573                                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 574             }\r
 575             else\r
 576             {\r
 577               af = new AlignFrame( (Alignment) res[0], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 578                                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 579             }\r
 580           }\r
 581           else\r
 582           {\r
 583             /*java.lang.Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(alignFrame.getViewport().getGapCharacter());\r
 584              if (((SequenceI[])alandcolsel[0])[0].getLength()!=res.getWidth()) {\r
 585               if (msa) {\r
 586                 throw new Error("Implementation Error! ColumnSelection from input alignment will not map to result alignment!");\r
 587               }\r
 588                          }\r
 589                          if (!msa) {\r
 590               // update hidden regions to account for loss of gaps in profile. - if any\r
 591               // gapMap returns insert list, interpreted as delete list by pruneDeletions\r
 592               //((ColumnSelection) alandcolsel[1]).pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[]) alandcolsel[0])[0].gapMap()));\r
 593                          }*/\r
 594 \r
 595             af = new AlignFrame( (Alignment) res[0], (ColumnSelection) res[1],\r
 596                                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 597                                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 598           }\r
 599           Desktop.addInternalFrame(af, altitle,\r
 600                                    AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 601                                    AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 602         }\r
 603         else\r
 604         {\r
 605           Cache.log.info("Append results onto existing alignment.");\r
 606         }\r
 607       }\r
 608     }\r
 609   }\r
 610 \r
 611   void pollJob(WSJob job)\r
 612       throws Exception\r
 613   {\r
 614     job.result = server.getresult(job.jobId);\r
 615   }\r
 616 \r
 617   public boolean isCancellable()\r
 618   {\r
 619     return false;\r
 620   }\r
 621 \r
 622   public void cancelJob()\r
 623   {\r
 624     throw new Error("Implementation error!");\r
 625   }\r
 626 \r
 627   public boolean canMergeResults()\r
 628   {\r
 629     return false;\r
 630   }\r
 631 \r
 632 }\r