src/jalview/ws/JPredThread.java

   1 package jalview.ws;
   2
   3 import static java.lang.String.format;
   4
   5 import java.util.Hashtable;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import jalview.bin.Cache;
   9 import jalview.datamodel.Alignment;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  12 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14 import jalview.gui.AlignFrame;
  15 import jalview.gui.Desktop;
  16 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  17 import jalview.util.MessageManager;
  18 import jalview.ws.api.CancellableI;
  19 import jalview.ws.api.JPredMutlipleAlignmentServiceI;
  20 import jalview.ws.gui.WsJob;
  21 import jalview.ws.gui.WsJob.JobState;
  22
  23
  24 class JPredJob extends WsJob
  25 {
  26   Hashtable<?, ?> sequenceInfo;
  27   List<SequenceI> msf;
  28   int[] delMap;
  29   public AlignmentI alignment;
  30
  31   public JPredJob(Hashtable<?, ?> sequenceInfo, SequenceI[] msf, int[] delMap)
  32   {
  33     this.sequenceInfo = sequenceInfo;
  34     this.msf = List.of(msf);
  35     this.delMap = delMap;
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public boolean hasValidInput()
  40   {
  41     return true;
  42   }
  43 }
  44
  45
  46 public class JPredThread extends AWSThread implements WSClientI
  47 {
  48
  49   private JPredMutlipleAlignmentServiceI server;
  50   private String title;
  51   private Hashtable<?, ?> sequenceInfo;
  52   private SequenceI[] msf;
  53   private int[] delMap;
  54
  55   public JPredThread(WebserviceInfo wsInfo, String title,
  56       JPredMutlipleAlignmentServiceI server, Hashtable<?, ?> sequenceInfo,
  57       SequenceI[] msf, int[] delMap, AlignmentView view, AlignFrame frame,
  58       String wsURL)
  59   {
  60     super(frame, wsInfo, view, wsURL);
  61     this.server = server;
  62     this.title = title;
  63     this.sequenceInfo = sequenceInfo;
  64     this.msf = msf;
  65     this.delMap = delMap;
  66     JPredJob job = new JPredJob(sequenceInfo, msf, delMap);
  67     this.jobs = new JPredJob[] { job };
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public boolean isCancellable()
  72   {
  73     return server instanceof CancellableI;
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public boolean canMergeResults()
  78   {
  79     return false;
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public void cancelJob()
  84   {
  85     // TODO Auto-generated method stub
  86
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public void pollJob(AWsJob job_) throws Exception
  91   {
  92     var job = (JPredJob) job_;
  93     server.updateStatus(job);
  94     server.updateJobProgress(job);
  95   }
  96
  97   @Override
  98   public void StartJob(AWsJob job_)
  99   {
 100     if (!(job_ instanceof JPredJob))
 101       throw new RuntimeException("Invalid job type");
 102     var job = (JPredJob) job_;
 103     if (job.isSubmitted())
 104     {
 105       return;
 106     }
 107     try {
 108       try
 109       {
 110         var jobHandle = server.align(job.msf);
 111         if (jobHandle != null)
 112           job.setJobHandle(jobHandle);
 113       }
 114       catch (Throwable th) {
 115         if (!server.handleSubmitError(th, job, wsInfo)) {
 116           throw th;
 117         }
 118       }
 119       if (job.getJobId() != null) {
 120         job.setSubmitted(true);
 121         job.setSubjobComplete(false);
 122         return;
 123       }
 124       else {
 125         throw new Exception(MessageManager.formatMessage(
 126                 "exception.web_service_returned_null_try_later",
 127                 new String[]
 128                 { WsUrl }));
 129       }
 130     }
 131     catch (Throwable th)
 132     {
 133       // For unexpected errors
 134       System.err.println(WebServiceName
 135               + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
 136               + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n");
 137       th.printStackTrace(System.err);
 138       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 139       wsInfo.setStatus(job.getJobnum(),
 140               WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 141
 142     }
 143     finally
 144     {
 145       if (!job.isSubmitted())
 146       {
 147         job.setAllowedServerExceptions(0);
 148         wsInfo.appendProgressText(job.getJobnum(), MessageManager.getString(
 149                 "info.failed_to_submit_sequences_for_alignment"));
 150       }
 151     }
 152   }
 153
 154   @Override
 155   public void parseResult()
 156   {
 157     long progbar = (long) (Math.random() * ~(1L << 63));
 158     wsInfo.setProgressBar(
 159         MessageManager.getString("status.collecting_job_results"), progbar);
 160     int results = 0;
 161     var finalState = new JobStateSummary();
 162     try
 163     {
 164       for (int i = 0; i < jobs.length; i++) {
 165         final var job = (JPredJob) jobs[i];
 166         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, job);
 167         if (job.isFinished()) {
 168           try {
 169             server.updateJobProgress(job);
 170           }
 171           catch (Exception e) {
 172             Cache.log.warn(format(
 173                 "Exception when retrieving remaining Job progress data " +
 174                 "for job %s on server %s", job.getJobId(), WsUrl));
 175             e.printStackTrace();
 176           }
 177           // removed the waiting loop
 178           Cache.log.debug(format("Job Execution file for job: %s " +
 179               "on server %s%n%s", job.getJobId(), WsUrl, job.getStatus()));
 180           try {
 181             job.alignment = server.getResult(job.getJobHandle());
 182           }
 183           catch (Exception e) {
 184             if (!server.handleCollectionException(e, job, wsInfo)) {
 185               Cache.log.error("Could not get alignment for job.", e);
 186               job.setState(JobState.SERVERERROR);
 187             }
 188           }
 189         }
 190         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, job);
 191         if (job.isSubmitted() && job.isSubjobComplete() && job.hasResults()) {
 192           results++;
 193         }
 194       }
 195     }
 196     catch (Exception e) {
 197       Cache.log.error(
 198           "Unexpected exception when processing results for " + title, e);
 199       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 200     }
 201     if (results > 0) {
 202       wsInfo.showResultsNewFrame.addActionListener(
 203           (evt) -> displayResults(true));
 204       wsInfo.mergeResults.addActionListener(
 205           (evt) -> displayResults(false));
 206       wsInfo.setResultsReady();
 207     }
 208     else {
 209       wsInfo.setFinishedNoResults();
 210     }
 211     updateGlobalStatus(finalState);
 212     wsInfo.removeProgressBar(progbar);
 213   }
 214
 215
 216
 217   private void displayResults(boolean newWindow)
 218   {
 219     System.out.println("DISPLAYING THE RESULT");
 220   }
 221
 222 }