src/jalview/ws/SeqSearchWSThread.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.ws;\r
  19 \r
  20 import java.util.*;\r
  21 \r
  22 import jalview.analysis.*;\r
  23 import jalview.bin.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.gui.*;\r
  26 import jalview.io.NewickFile;\r
  27 import vamsas.objects.simple.MsaResult;\r
  28 import vamsas.objects.simple.SeqSearchResult;\r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * <p>\r
  32  * Title:\r
  33  * </p>\r
  34  * \r
  35  * <p>\r
  36  * Description:\r
  37  * </p>\r
  38  * \r
  39  * <p>\r
  40  * Copyright: Copyright (c) 2004\r
  41  * </p>\r
  42  * \r
  43  * <p>\r
  44  * Company: Dundee University\r
  45  * </p>\r
  46  * \r
  47  * @author not attributable\r
  48  * @version 1.0\r
  49  */\r
  50 class SeqSearchWSThread extends WSThread implements WSClientI\r
  51 {\r
  52   String dbs = null;\r
  53 \r
  54   boolean profile = false;\r
  55 \r
  56   class SeqSearchWSJob extends WSThread.WSJob\r
  57   {\r
  58     // hold special input for this\r
  59     vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * MsaWSJob\r
  63      * \r
  64      * @param jobNum\r
  65      *          int\r
  66      * @param jobId\r
  67      *          String\r
  68      */\r
  69     public SeqSearchWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)\r
  70     {\r
  71       this.jobnum = jobNum;\r
  72       if (!prepareInput(inSeqs, 2))\r
  73       {\r
  74         submitted = true;\r
  75         subjobComplete = true;\r
  76         result = new MsaResult();\r
  77         result.setFinished(true);\r
  78         result.setStatus("Job never ran - input returned to user.");\r
  79       }\r
  80 \r
  81     }\r
  82 \r
  83     Hashtable SeqNames = new Hashtable();\r
  84 \r
  85     Vector emptySeqs = new Vector();\r
  86 \r
  87     /**\r
  88      * prepare input sequences for service\r
  89      * \r
  90      * @param seqs\r
  91      *          jalview sequences to be prepared\r
  92      * @param minlen\r
  93      *          minimum number of residues required for this MsaWS service\r
  94      * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.\r
  95      */\r
  96     private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)\r
  97     {\r
  98       int nseqs = 0;\r
  99       if (minlen < 0)\r
 100       {\r
 101         throw new Error(\r
 102                 "Implementation error: minlen must be zero or more.");\r
 103       }\r
 104       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
 105       {\r
 106         if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
 107         {\r
 108           nseqs++;\r
 109         }\r
 110       }\r
 111       boolean valid = nseqs >= 1; // need at least one sequence for valid input\r
 112       // TODO: generalise\r
 113       vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray = (valid) ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]\r
 114               : null;\r
 115       boolean submitGaps = (nseqs == 1) ? false : true; // profile is submitted\r
 116       // with gaps\r
 117       for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)\r
 118       {\r
 119 \r
 120         String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same\r
 121         // for\r
 122         // any\r
 123         // subjob\r
 124         SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils\r
 125                 .SeqCharacterHash(seqs[i]));\r
 126         if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
 127         {\r
 128           seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 129           seqarray[n].setId(newname);\r
 130           seqarray[n++].setSeq((submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()\r
 131                   : AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,\r
 132                           seqs[i].getSequenceAsString()));\r
 133         }\r
 134         else\r
 135         {\r
 136           String empty = null;\r
 137           if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())\r
 138           {\r
 139             empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq\r
 140                     .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]\r
 141                             .getSequenceAsString());\r
 142           }\r
 143           emptySeqs.add(new String[]\r
 144           { newname, empty });\r
 145         }\r
 146       }\r
 147       if (submitGaps)\r
 148       {\r
 149         // almost certainly have to remove gapped columns here\r
 150       }\r
 151       this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
 152       this.seqs.setSeqs(seqarray);\r
 153       return valid;\r
 154     }\r
 155 \r
 156     /**\r
 157      * \r
 158      * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.\r
 159      */\r
 160     public boolean hasResults()\r
 161     {\r
 162       if (subjobComplete\r
 163               && result != null\r
 164               && result.isFinished()\r
 165               && ((SeqSearchResult) result).getAlignment() != null\r
 166               && ((SeqSearchResult) result).getAlignment().getSeqs() != null)\r
 167       {\r
 168         return true;\r
 169       }\r
 170       return false;\r
 171     }\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * return sequence search results for display\r
 175      * \r
 176      * @return null or { Alignment(+features and annotation), NewickFile)}\r
 177      */\r
 178     public Object[] getAlignment(Alignment dataset, Hashtable featureColours)\r
 179     {\r
 180 \r
 181       if (result != null && result.isFinished())\r
 182       {\r
 183         SequenceI[] alseqs = null;\r
 184         // char alseq_gapchar = '-';\r
 185         // int alseq_l = 0;\r
 186         if (((SeqSearchResult) result).getAlignment() != null)\r
 187         {\r
 188           alseqs = getVamsasAlignment(((SeqSearchResult) result)\r
 189                   .getAlignment());\r
 190           // alseq_gapchar = ( (SeqSearchResult)\r
 191           // result).getAlignment().getGapchar().charAt(0);\r
 192           // alseq_l = alseqs.length;\r
 193         }\r
 194         /**\r
 195          * what has to be done. 1 - annotate returned alignment with annotation\r
 196          * file and sequence features file, and associate any tree-nodes. 2.\r
 197          * connect alignment back to any associated dataset: 2.a. deuniquify\r
 198          * recovers sequence information - but additionally, relocations must be\r
 199          * made from the returned aligned sequence back to the dataset.\r
 200          */\r
 201         // construct annotated alignment as it would be done by the jalview\r
 202         // applet\r
 203         jalview.datamodel.Alignment al = new Alignment(alseqs);\r
 204         // al.setDataset(dataset);\r
 205         // make dataset\r
 206         String inFile = null;\r
 207         try\r
 208         {\r
 209           inFile = ((SeqSearchResult) result).getAnnotation();\r
 210           if (inFile != null && inFile.length() > 0)\r
 211           {\r
 212             new jalview.io.AnnotationFile().readAnnotationFile(al, inFile,\r
 213                     jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 214           }\r
 215         } catch (Exception e)\r
 216         {\r
 217           System.err\r
 218                   .println("Failed to parse the annotation file associated with the alignment.");\r
 219           System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");\r
 220           e.printStackTrace(System.err);\r
 221         }\r
 222 \r
 223         try\r
 224         {\r
 225           inFile = ((SeqSearchResult) result).getFeatures();\r
 226           if (inFile != null && inFile.length() > 0)\r
 227           {\r
 228             jalview.io.FeaturesFile ff = new jalview.io.FeaturesFile(\r
 229                     inFile, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 230             ff.parse(al, featureColours, false);\r
 231           }\r
 232         } catch (Exception e)\r
 233         {\r
 234           System.err\r
 235                   .println("Failed to parse the Features file associated with the alignment.");\r
 236           System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");\r
 237           e.printStackTrace(System.err);\r
 238         }\r
 239         jalview.io.NewickFile nf = null;\r
 240         try\r
 241         {\r
 242           inFile = ((SeqSearchResult) result).getNewickTree();\r
 243           if (inFile != null && inFile.length() > 0)\r
 244           {\r
 245             nf = new jalview.io.NewickFile(inFile,\r
 246                     jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 247             if (!nf.isValid())\r
 248             {\r
 249               nf.close();\r
 250               nf = null;\r
 251             }\r
 252           }\r
 253         } catch (Exception e)\r
 254         {\r
 255           System.err\r
 256                   .println("Failed to parse the treeFile associated with the alignment.");\r
 257           System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");\r
 258           e.printStackTrace(System.err);\r
 259         }\r
 260 \r
 261         /*\r
 262          * TODO: housekeeping w.r.t. recovery of dataset and annotation\r
 263          * references for input sequences, and then dataset sequence creation\r
 264          * for new sequences retrieved from service // finally, attempt to\r
 265          * de-uniquify to recover input sequence identity, and try to map back\r
 266          * onto dataset Note: this\r
 267          * jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs, true); will\r
 268          * NOT WORK - the returned alignment may contain multiple versions of\r
 269          * the input sequence, each being a subsequence of the original.\r
 270          * deuniquify also removes existing annotation and features added in the\r
 271          * previous step... al.setDataset(dataset); // add in new sequences\r
 272          * retrieved from sequence search which are not already in dataset. //\r
 273          * trigger a 'fetchDBids' to annotate sequences with database ids...\r
 274          */\r
 275 \r
 276         return new Object[]\r
 277         { al, nf };\r
 278       }\r
 279       return null;\r
 280     }\r
 281 \r
 282     /**\r
 283      * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly\r
 284      */\r
 285     void cancel()\r
 286     {\r
 287       cancelled = true;\r
 288       subjobComplete = true;\r
 289       result = null;\r
 290     }\r
 291 \r
 292     /**\r
 293      * \r
 294      * @return boolean true if job can be submitted.\r
 295      */\r
 296     boolean hasValidInput()\r
 297     {\r
 298       if (seqs.getSeqs() != null)\r
 299       {\r
 300         return true;\r
 301       }\r
 302       return false;\r
 303     }\r
 304   }\r
 305 \r
 306   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.\r
 307 \r
 308   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be\r
 309 \r
 310   // associated.\r
 311 \r
 312   ext.vamsas.SeqSearchI server = null;\r
 313 \r
 314   private String dbArg;\r
 315 \r
 316   /**\r
 317    * set basic options for this (group) of Msa jobs\r
 318    * \r
 319    * @param subgaps\r
 320    *          boolean\r
 321    * @param presorder\r
 322    *          boolean\r
 323    */\r
 324   SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,\r
 325           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
 326           AlignmentView alview, String wsname, String db)\r
 327   {\r
 328     super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);\r
 329     this.server = server;\r
 330     this.dbArg = db;\r
 331   }\r
 332 \r
 333   /**\r
 334    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa\r
 335    * \r
 336    * @param title\r
 337    *          String\r
 338    * @param _msa\r
 339    *          AlignmentView\r
 340    * @param subgaps\r
 341    *          boolean\r
 342    * @param presorder\r
 343    *          boolean\r
 344    * @param seqset\r
 345    *          Alignment\r
 346    */\r
 347   SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,\r
 348           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
 349           String wsname, String title, AlignmentView _msa, String db,\r
 350           Alignment seqset)\r
 351   {\r
 352     this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, db);\r
 353     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 354     alTitle = title;\r
 355     dataset = seqset;\r
 356 \r
 357     SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');\r
 358     if (conmsa != null)\r
 359     {\r
 360       int njobs = conmsa.length;\r
 361       jobs = new SeqSearchWSJob[njobs];\r
 362       for (int j = 0; j < njobs; j++)\r
 363       {\r
 364         if (j != 0)\r
 365         {\r
 366           jobs[j] = new SeqSearchWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);\r
 367         }\r
 368         else\r
 369         {\r
 370           jobs[j] = new SeqSearchWSJob(0, conmsa[j]);\r
 371         }\r
 372         if (njobs > 0)\r
 373         {\r
 374           wsinfo\r
 375                   .setProgressName("region " + jobs[j].jobnum,\r
 376                           jobs[j].jobnum);\r
 377         }\r
 378         wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);\r
 379       }\r
 380     }\r
 381   }\r
 382 \r
 383   public boolean isCancellable()\r
 384   {\r
 385     return true;\r
 386   }\r
 387 \r
 388   public void cancelJob()\r
 389   {\r
 390     if (!jobComplete && jobs != null)\r
 391     {\r
 392       boolean cancelled = true;\r
 393       for (int job = 0; job < jobs.length; job++)\r
 394       {\r
 395         if (jobs[job].submitted && !jobs[job].subjobComplete)\r
 396         {\r
 397           String cancelledMessage = "";\r
 398           try\r
 399           {\r
 400             vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server\r
 401                     .cancel(jobs[job].jobId);\r
 402             if (cancelledJob.getStatus() == 2)\r
 403             {\r
 404               // CANCELLED_JOB\r
 405               cancelledMessage = "Job cancelled.";\r
 406               ((SeqSearchWSJob) jobs[job]).cancel();\r
 407               wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
 408                       WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
 409             }\r
 410             else if (cancelledJob.getStatus() == 3)\r
 411             {\r
 412               // VALID UNSTOPPABLE JOB\r
 413               cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";\r
 414               cancelled = false;\r
 415               // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
 416               // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
 417             }\r
 418 \r
 419             if (cancelledJob.getJobId() != null)\r
 420             {\r
 421               cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");\r
 422             }\r
 423 \r
 424             cancelledMessage += "\n";\r
 425           } catch (Exception exc)\r
 426           {\r
 427             cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"\r
 428                     + exc + "\n");\r
 429             Cache.log.warn(\r
 430                     "Exception whilst cancelling " + jobs[job].jobId, exc);\r
 431           }\r
 432           wsInfo.setProgressText(jobs[job].jobnum, OutputHeader\r
 433                   + cancelledMessage + "\n");\r
 434         }\r
 435       }\r
 436       if (cancelled)\r
 437       {\r
 438         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
 439         jobComplete = true;\r
 440       }\r
 441       this.interrupt(); // kick thread to update job states.\r
 442     }\r
 443     else\r
 444     {\r
 445       if (!jobComplete)\r
 446       {\r
 447         wsInfo\r
 448                 .setProgressText(OutputHeader\r
 449                         + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");\r
 450       }\r
 451     }\r
 452   }\r
 453 \r
 454   void pollJob(WSJob job) throws Exception\r
 455   {\r
 456     ((SeqSearchWSJob) job).result = server\r
 457             .getResult(((SeqSearchWSJob) job).jobId);\r
 458   }\r
 459 \r
 460   void StartJob(WSJob job)\r
 461   {\r
 462     if (!(job instanceof SeqSearchWSJob))\r
 463     {\r
 464       throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "\r
 465               + job.getClass());\r
 466     }\r
 467     SeqSearchWSJob j = (SeqSearchWSJob) job;\r
 468     if (j.submitted)\r
 469     {\r
 470       if (Cache.log.isDebugEnabled())\r
 471       {\r
 472         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "\r
 473                 + j.jobId);\r
 474       }\r
 475       return;\r
 476     }\r
 477     if (j.seqs.getSeqs() == null)\r
 478     {\r
 479       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...\r
 480       j.submitted = true;\r
 481       j.result = new MsaResult();\r
 482       j.result.setFinished(true);\r
 483       j.result.setStatus("Empty Alignment Job");\r
 484       ((MsaResult) j.result).setMsa(null);\r
 485     }\r
 486     try\r
 487     {\r
 488       vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.search(j.seqs\r
 489               .getSeqs()[0], dbArg);\r
 490 \r
 491       if ((jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))\r
 492       {\r
 493         j.jobId = jobsubmit.getJobId();\r
 494         j.submitted = true;\r
 495         j.subjobComplete = false;\r
 496         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");\r
 497       }\r
 498       else\r
 499       {\r
 500         if (jobsubmit == null)\r
 501         {\r
 502           throw new Exception(\r
 503                   "Server at "\r
 504                           + WsUrl\r
 505                           + " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");\r
 506         }\r
 507 \r
 508         throw new Exception(jobsubmit.getJobId());\r
 509       }\r
 510     } catch (Exception e)\r
 511     {\r
 512       // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly\r
 513       // For unexpected errors\r
 514       System.err\r
 515               .println(WebServiceName\r
 516                       + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"\r
 517                       + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"\r
 518                       + e.toString() + "\n");\r
 519       j.allowedServerExceptions = 0;\r
 520       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 521       wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 522       wsInfo\r
 523               .appendProgressText(\r
 524                       j.jobnum,\r
 525                       "Failed to submit sequences for alignment.\n"\r
 526                               + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"\r
 527                               + "Just close the window\n");\r
 528 \r
 529       // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG\r
 530     }\r
 531   }\r
 532 \r
 533   private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(\r
 534           vamsas.objects.simple.Alignment valign)\r
 535   {\r
 536     vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();\r
 537     jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.length];\r
 538 \r
 539     for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)\r
 540     {\r
 541       msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]\r
 542               .getSeq());\r
 543     }\r
 544 \r
 545     return msa;\r
 546   }\r
 547 \r
 548   void parseResult()\r
 549   {\r
 550     int results = 0; // number of result sets received\r
 551     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
 552     try\r
 553     {\r
 554       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 555       {\r
 556         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
 557         if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete\r
 558                 && jobs[j].hasResults())\r
 559         {\r
 560           results++;\r
 561           vamsas.objects.simple.Alignment valign = ((SeqSearchResult) jobs[j].result)\r
 562                   .getAlignment();\r
 563           if (valign != null)\r
 564           {\r
 565             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum,\r
 566                     "\nAlignment Object Method Notes\n");\r
 567             String[] lines = valign.getMethod();\r
 568             for (int line = 0; line < lines.length; line++)\r
 569             {\r
 570               wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, lines[line] + "\n");\r
 571             }\r
 572             // JBPNote The returned files from a webservice could be\r
 573             // hidden behind icons in the monitor window that,\r
 574             // when clicked, pop up their corresponding data\r
 575           }\r
 576         }\r
 577       }\r
 578     } catch (Exception ex)\r
 579     {\r
 580 \r
 581       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "\r
 582               + alTitle, ex);\r
 583       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 584     }\r
 585     if (results > 0)\r
 586     {\r
 587       wsInfo.showResultsNewFrame\r
 588               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 589               {\r
 590                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 591                 {\r
 592                   displayResults(true);\r
 593                 }\r
 594               });\r
 595       wsInfo.mergeResults\r
 596               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 597               {\r
 598                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 599                 {\r
 600                   displayResults(false);\r
 601                 }\r
 602               });\r
 603       wsInfo.setResultsReady();\r
 604     }\r
 605     else\r
 606     {\r
 607       wsInfo.setFinishedNoResults();\r
 608     }\r
 609   }\r
 610 \r
 611   void displayResults(boolean newFrame)\r
 612   {\r
 613     if (!newFrame)\r
 614     {\r
 615       System.err.println("MERGE WITH OLD FRAME NOT IMPLEMENTED");\r
 616       return;\r
 617     }\r
 618     // each subjob is an independent alignment for the moment\r
 619     // Alignment al[] = new Alignment[jobs.length];\r
 620     // NewickFile nf[] = new NewickFile[jobs.length];\r
 621     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 622     {\r
 623       Hashtable featureColours = new Hashtable();\r
 624       Alignment al = null;\r
 625       NewickFile nf = null;\r
 626       if (jobs[j].hasResults())\r
 627       {\r
 628         Object[] res = ((SeqSearchWSJob) jobs[j]).getAlignment(dataset,\r
 629                 featureColours);\r
 630         if (res == null)\r
 631         {\r
 632           continue;\r
 633         }\r
 634         ;\r
 635         al = (Alignment) res[0];\r
 636         nf = (NewickFile) res[1];\r
 637       }\r
 638       else\r
 639       {\r
 640         al = null;\r
 641         nf = null;\r
 642         continue;\r
 643       }\r
 644       /*\r
 645        * We can't map new alignment back with insertions from input's hidden\r
 646        * regions until dataset mapping is sorted out... but basically it goes\r
 647        * like this: 1. Merge each domain hit back onto the visible segments in\r
 648        * the same way as a Jnet prediction is mapped back\r
 649        * \r
 650        * Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());\r
 651        * // trash references to original result data for (int j = 0; j <\r
 652        * jobs.length; j++) { results[j] = null; orders[j] = null; } SequenceI[]\r
 653        * alignment = (SequenceI[]) newview[0]; ColumnSelection columnselection =\r
 654        * (ColumnSelection) newview[1]; Alignment al = new Alignment(alignment);\r
 655        * \r
 656        * if (dataset != null) { al.setDataset(dataset); }\r
 657        * \r
 658        * propagateDatasetMappings(al); }\r
 659        */\r
 660 \r
 661       AlignFrame af = new AlignFrame(al,// columnselection,\r
 662               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 663       if (nf != null)\r
 664       {\r
 665         af.ShowNewickTree(nf, "Tree from " + this.alTitle);\r
 666       }\r
 667       // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.\r
 668       af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);\r
 669       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 670               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 671     }\r
 672   }\r
 673 \r
 674   public boolean canMergeResults()\r
 675   {\r
 676     return false;\r
 677   }\r
 678 }\r