src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import jalview.bin.ApplicationSingletonProvider;
  24 import jalview.bin.ApplicationSingletonProvider.ApplicationSingletonI;
  25 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  26 import jalview.ext.ensembl.EnsemblGene;
  27 import jalview.ws.dbsources.Uniprot;
  28 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  29 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  30
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.Collections;
  33 import java.util.List;
  34
  35 /**
  36  * Thread safe construction of database proxies. This implements the run-time
  37  * discovery of sequence database clients.
  38  *
  39  * TODO: extend to a configurable database plugin mechanism where classes are
  40  * instantiated by reflection and queried for their DbRefSource and version
  41  * association.
  42  */
  43 public class SequenceFetcher extends ASequenceFetcher implements ApplicationSingletonI
  44 {
  45   /*
  46    * set a mock fetcher here for testing only - reset to null afterwards
  47    */
  48   private static SequenceFetcher mockFetcher;
  49
  50   /**
  51    * Returns a new SequenceFetcher singleton, or a mock object if one has been
  52    * set.
  53    *
  54    * @return
  55    */
  56   public static SequenceFetcher getInstance()
  57   {
  58     return mockFetcher != null ? mockFetcher
  59             : (SequenceFetcher) ApplicationSingletonProvider
  60                     .getInstance(SequenceFetcher.class);
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Set the instance object to use (intended for unit testing with mock
  65    * objects).
  66    *
  67    * Be sure to reset to null in the tearDown method of any tests!
  68    *
  69    * @param sf
  70    */
  71   public static void setSequenceFetcher(SequenceFetcher sf)
  72   {
  73     mockFetcher = sf;
  74   }
  75
  76   /**
  77    *
  78    * This public constructor is only is for use by testng to anonymously
  79    * subclass SequenceFetcher.
  80    *
  81    *
  82    */
  83   public SequenceFetcher()
  84   {
  85     addAllDatabases();
  86   }
  87
  88   public void addAllDatabases()
  89   {
  90     addDBRefSourceImpl(EnsemblGene.class); // includes EnsemblGenomes.class
  91     addDBRefSourceImpl(Uniprot.class); // includes UniprotName.class
  92     // addDBRefSourceImpl(EmblSource.class);
  93     // addDBRefSourceImpl(EmblCdsSource.class);
  94     // addDBRefSourceImpl(Pdb.class);
  95     // addDBRefSourceImpl(PfamFull.class);
  96     // addDBRefSourceImpl(PfamSeed.class);
  97     // addDBRefSourceImpl(RfamSeed.class);
  98     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.EMBL,
  99             "jalview.ws.dbsources.EmblSource");
 100     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.EMBLCDS,
 101             "jalview.ws.dbsources.EmblCdsSource");
 102     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.PDB, "jalview.ws.dbsources.Pdb");
 103     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.PFAM_FULL,
 104             "jalview.ws.dbsources.PfamFull");
 105     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.PFAM_SEED,
 106             "jalview.ws.dbsources.PfamSeed");
 107     addDBRefSourceImpl(DBRefSource.RFAM_SEED,
 108             "jalview.ws.dbsources.RfamSeed");
 109   }
 110
 111   /**
 112    * return an ordered list of database sources excluding alignment only
 113    * databases
 114    */
 115   public String[] getNonAlignmentSources()
 116   {
 117     String[] srcs = this.getSupportedDb();
 118     List<String> src = new ArrayList<>();
 119     outer: for (int i = 0; i < srcs.length; i++)
 120     {
 121       for (DbSourceProxy dbs : getSourceProxy(srcs[i]))
 122       {
 123         // Skip the alignment databases for the moment - they're not useful for
 124         // verifying a single sequence against its reference source
 125         if (dbs.isAlignmentSource())
 126         {
 127           continue outer;
 128         }
 129       }
 130       src.add(srcs[i]);
 131     }
 132     Collections.sort(src, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
 133     return src.toArray(new String[src.size()]);
 134   }
 135 }