src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

   1 package jalview.ws;\r
   2 \r
   3 import java.util.Enumeration;\r
   4 import java.util.Vector;\r
   5 \r
   6 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
   8 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  10 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;\r
  11 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  12 \r
  13 /**\r
  14  * This is the the concrete implementation of the sequence retrieval interface\r
  15  * and abstract class in jalview.ws.seqfetcher. This implements the run-time\r
  16  * discovery of sequence database clients, and provides a hardwired main for testing all registered handlers. \r
  17  * \r
  18  */\r
  19 public class SequenceFetcher extends ASequenceFetcher\r
  20 {\r
  21   /**\r
  22    * Thread safe construction of database proxies TODO: extend to a configurable\r
  23    * database plugin mechanism where classes are instantiated by reflection and\r
  24    * queried for their DbRefSource and version association.\r
  25    * \r
  26    */\r
  27   public SequenceFetcher()\r
  28   {\r
  29     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.EmblSource.class);\r
  30     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.EmblCdsSouce.class);\r
  31     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.Uniprot.class);\r
  32     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.UnprotName.class);\r
  33     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.Pdb.class);\r
  34     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.Pfam.class);\r
  35   };\r
  36   /**\r
  37    * simple run method to test dbsources.\r
  38    * @param argv\r
  39    */\r
  40   public static void main(String[] argv)\r
  41   {\r
  42     AlignmentI ds = null;\r
  43     Vector noProds = new Vector();\r
  44     String usage = "SequenceFetcher.main [<DBNAME> <ACCNO>]\n"\r
  45       +"With no arguments, all DbSources will be queried with their test Accession number.\n"\r
  46       +"If given two arguments, SequenceFetcher will try to find the DbFetcher corresponding to <DBNAME> and retrieve <ACCNO> from it.";\r
  47     if (argv != null && argv.length > 0)\r
  48     {\r
  49       DbSourceProxy sp = new SequenceFetcher().getSourceProxy(argv[0]);\r
  50       if (sp!=null)\r
  51       {\r
  52         AlignmentI al = null;\r
  53         try\r
  54         {\r
  55           al = sp.getSequenceRecords(argv[1]);\r
  56         } catch (Exception e)\r
  57         {\r
  58           e.printStackTrace();\r
  59           System.err.println("Error when retrieving "+argv[1]+" from "+argv[0]+"\nUsage: "+usage);\r
  60         }\r
  61         SequenceI[] prod = al.getSequencesArray();\r
  62         if (al!=null)\r
  63         {\r
  64           for (int p = 0; p < prod.length; p++)\r
  65           {\r
  66             System.out.println("Prod " + p + ": "\r
  67                     + prod[p].getDisplayId(true) + " : "+prod[p].getDescription());\r
  68           }\r
  69         }\r
  70         return;\r
  71       } else {\r
  72         System.err.println("Can't resolve "+argv[0]+" as a database name. Allowed values are :\n"+new SequenceFetcher().getSupportedDb());\r
  73       }\r
  74       System.out\r
  75               .println(usage);\r
  76     }\r
  77     ASequenceFetcher sfetcher = new SequenceFetcher();\r
  78     String[] dbSources = sfetcher.getSupportedDb();\r
  79     for (int dbsource=0; dbsource<dbSources.length;dbsource++)\r
  80     {\r
  81       String db = dbSources[dbsource];\r
  82       // skip me\r
  83       if (db.equals(DBRefSource.PDB))\r
  84         continue;\r
  85       DbSourceProxy sp = sfetcher.getSourceProxy(db);\r
  86       System.out\r
  87               .println("" + db + ": retrieving test:" + sp.getTestQuery());\r
  88       AlignmentI al = null;\r
  89       try\r
  90       {\r
  91         al = sp.getSequenceRecords(sp.getTestQuery());\r
  92         if (al != null && al.getHeight() > 0)\r
  93         {\r
  94           boolean dna = sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
  95                   DBRefSource.DNACODINGSEQDB)\r
  96                   || sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
  97                           DBRefSource.DNASEQDB)\r
  98                   || sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
  99                           DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
 100           // try and find products\r
 101           String types[] = jalview.analysis.CrossRef.findSequenceXrefTypes(\r
 102                   dna, al.getSequencesArray());\r
 103           if (types != null)\r
 104           {\r
 105             System.out.println("Xref Types for: " + (dna ? "dna" : "prot"));\r
 106             for (int t = 0; t < types.length; t++)\r
 107             {\r
 108               System.out.println("Type: " + types[t]);\r
 109               SequenceI[] prod = jalview.analysis.CrossRef\r
 110                       .findXrefSequences(al.getSequencesArray(), dna,\r
 111                               types[t]).getSequencesArray();\r
 112               System.out.println("Found "\r
 113                       + ((prod == null) ? "no" : "" + prod.length)\r
 114                       + " products");\r
 115               if (prod != null)\r
 116               {\r
 117                 for (int p = 0; p < prod.length; p++)\r
 118                 {\r
 119                   System.out.println("Prod " + p + ": "\r
 120                           + prod[p].getDisplayId(true));\r
 121                 }\r
 122               }\r
 123             }\r
 124           }\r
 125           else\r
 126           {\r
 127             noProds.addElement((dna ? new Object[]\r
 128             { al, al } : new Object[]\r
 129             { al }));\r
 130           }\r
 131 \r
 132         }\r
 133       } catch (Exception ex)\r
 134       {\r
 135         System.out.println("ERROR:Failed to retrieve test query.");\r
 136         ex.printStackTrace(System.out);\r
 137       }\r
 138       if (al == null)\r
 139       {\r
 140         System.out.println("ERROR:No alignment retrieved.");\r
 141         StringBuffer raw = sp.getRawRecords();\r
 142         if (raw != null)\r
 143           System.out.println(raw.toString());\r
 144         else\r
 145           System.out.println("ERROR:No Raw results.");\r
 146       }\r
 147       else\r
 148       {\r
 149         System.out.println("Retrieved " + al.getHeight() + " sequences.");\r
 150         for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)\r
 151         {\r
 152           SequenceI sq = al.getSequenceAt(s);\r
 153           while (sq.getDatasetSequence() != null)\r
 154           {\r
 155             sq = sq.getDatasetSequence();\r
 156 \r
 157           }\r
 158           if (ds == null)\r
 159           {\r
 160             ds = new Alignment(new SequenceI[]\r
 161             { sq });\r
 162 \r
 163           }\r
 164           else\r
 165           {\r
 166             ds.addSequence(sq);\r
 167           }\r
 168         }\r
 169       }\r
 170       System.out.flush();\r
 171       System.err.flush();\r
 172 \r
 173     }\r
 174     if (noProds.size() > 0)\r
 175     {\r
 176       Enumeration ts = noProds.elements();\r
 177       while (ts.hasMoreElements())\r
 178 \r
 179       {\r
 180         Object[] typeSq = (Object[]) ts.nextElement();\r
 181         boolean dna = (typeSq.length > 1);\r
 182         AlignmentI al = (AlignmentI) typeSq[0];\r
 183         System.out.println("Trying getProducts for "\r
 184                 + al.getSequenceAt(0).getDisplayId(true));\r
 185         System.out.println("Search DS Xref for: " + (dna ? "dna" : "prot"));\r
 186         // have a bash at finding the products amongst all the retrieved\r
 187         // sequences.\r
 188         SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();\r
 189         Alignment prodal = jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(\r
 190                 seqs, dna, null, ds);\r
 191         System.out.println("Found "\r
 192                 + ((prodal == null) ? "no" : "" + prodal.getHeight()) + " products");\r
 193         if (prodal != null)\r
 194         {\r
 195           SequenceI[] prod = prodal.getSequencesArray(); // note\r
 196           // should\r
 197           // test\r
 198           // rather\r
 199           // than\r
 200           // throw\r
 201           // away\r
 202           // codon\r
 203           // mapping\r
 204           // (if\r
 205           // present)\r
 206             for (int p = 0; p < prod.length; p++)\r
 207           {\r
 208             System.out.println("Prod " + p + ": "\r
 209                     + prod[p].getDisplayId(true));\r
 210           }\r
 211         }\r
 212       }\r
 213 \r
 214     }\r
 215   }\r
 216 }\r