src/jalview/ws/WSClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.Desktop;
  25 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  26 import jalview.gui.WsJobParameters;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.ws.api.ServiceWithParameters;
  29 import jalview.ws.api.UIinfo;
  30 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  31 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  32 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  33
  34 import java.util.List;
  35
  36 public abstract class WSClient // implements WSMenuEntryProviderI
  37 {
  38   /**
  39    * WSClient holds the basic attributes that are displayed to the user for all
  40    * jalview web service clients
  41    */
  42   /**
  43    * displayed name for this web service
  44    */
  45   protected String WebServiceName;
  46
  47   /**
  48    * specific job title (e.g. 'ClustalW Alignment of Selection from Aligment
  49    * from Cut and Paste input')
  50    */
  51   protected String WebServiceJobTitle;
  52
  53   /**
  54    * String giving additional information such as method citations for this
  55    * service
  56    */
  57   protected String WebServiceReference;
  58
  59   /**
  60    * Service endpoint
  61    */
  62   protected String WsURL;
  63
  64   /**
  65    * Web service information used to initialise the WSClient attributes
  66    */
  67   protected WebserviceInfo wsInfo;
  68
  69   /**
  70    * total number of jobs managed by this web service client instance.
  71    */
  72   int jobsRunning = 0;
  73
  74   /**
  75    * TODO: this is really service metadata, and should be moved elsewhere.
  76    * mappings between abstract interface names and menu entries
  77    */
  78   protected java.util.Hashtable ServiceActions;
  79
  80   /**
  81    * alignFrame associated with this client
  82    */
  83   protected AlignFrame alignFrame;
  84   {
  85     ServiceActions = new java.util.Hashtable();
  86     ServiceActions.put("MsaWS", "Multiple Sequence Alignment");
  87     ServiceActions.put("SecStrPred", "Secondary Structure Prediction");
  88   };
  89
  90   /**
  91    * The preset for the job executed by this client (may be null)
  92    */
  93   protected WsParamSetI preset;
  94
  95   /**
  96    * The parameters for the job executed by this client (may be null)
  97    */
  98   protected List<ArgumentI> paramset;
  99
 100   public WSClient()
 101   {
 102   }
 103
 104   /**
 105    * base constructor for a web service with parameters. Extending classes
 106    * should implement this constructor with additional logic to verify that
 107    * preset and arguments are compatible with the service being configured.
 108    *
 109    * @param _alignFrame
 110    * @param preset
 111    * @param arguments
 112    */
 113   public WSClient(AlignFrame _alignFrame, WsParamSetI preset,
 114           List<ArgumentI> arguments)
 115   {
 116     alignFrame = _alignFrame;
 117     this.preset = preset;
 118     this.paramset = arguments;
 119   }
 120
 121   protected WebserviceInfo setWebService(UIinfo serv, boolean b)
 122   {
 123     WebServiceName = serv.getName();
 124     WebServiceJobTitle = serv.getActionText();
 125     WsURL = serv.getHostURL();
 126     if (!b)
 127     {
 128       return new WebserviceInfo(WebServiceJobTitle,
 129               WebServiceJobTitle + " using service hosted at "
 130                       + WsURL + "\n"
 131                       + (serv.getDescription() != null
 132                               ? serv.getDescription()
 133                               : ""),
 134               false);
 135     }
 136     return null;
 137   }
 138
 139   /**
 140    * called to open a parameter editing dialog for parameterised services
 141    *
 142    * @param sh
 143    * @param editParams
 144    * @return
 145    */
 146   protected boolean processParams(ServiceWithParameters sh,
 147           boolean editParams)
 148   {
 149     return processParams(sh, editParams, false);
 150   }
 151
 152   protected boolean processParams(ServiceWithParameters sh,
 153           boolean editParams,
 154           boolean adjustingExisting)
 155   {
 156
 157     if (editParams)
 158     {
 159       // always do this
 160       sh.initParamStore(Desktop.getUserParameterStore());
 161
 162       WsJobParameters jobParams = (preset == null && paramset != null
 163               && paramset.size() > 0)
 164                       ? new WsJobParameters((ParamDatastoreI) null, sh,
 165                               (WsParamSetI) null, paramset)
 166                       : new WsJobParameters((ParamDatastoreI) null, sh,
 167                               preset, (List<ArgumentI>) null);
 168       if (adjustingExisting)
 169       {
 170         jobParams.setName(MessageManager
 171                 .getString("label.adjusting_parameters_for_calculation"));
 172       }
 173       if (!jobParams.showRunDialog())
 174       {
 175         return false; // dialog cancelled
 176       }
 177
 178       WsParamSetI prset = jobParams.getPreset();
 179       if (prset == null)
 180       {
 181         paramset = jobParams.isServiceDefaults() ? null
 182                 : jobParams.getJobParams();
 183         this.preset = null;
 184       }
 185       else
 186       {
 187         this.preset = prset; // ((JabaPreset) prset).p;
 188         paramset = null; // no user supplied parameters.
 189       }
 190     }
 191     return true;
 192   }
 193
 194 }