src/jalview/ws/api/MsaWithGuideTreeI.java

   1 package jalview.ws.api;
   2
   3 import jalview.analysis.NJTree;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ws.params.InvalidArgumentException;
   6 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
   7
   8 import java.io.IOError;
   9 import java.rmi.ServerError;
  10 import java.util.List;
  11
  12 public interface MsaWithGuideTreeI
  13 {
  14   /**
  15    * Given a set of sequences
  16    *
  17    * @param toalign
  18    * @param parameters
  19    * @return JobId or exceptions are thrown.
  20    */
  21   public JobId align(List<SequenceI> toalign, NJTree guideTree,
  22           WsParamSetI parameters)
  23           throws InvalidArgumentException, ServerError, IOError;
  24 }