src/jalview/ws/datamodel/alphafold/PAEContactMatrix.java

   1 package jalview.ws.datamodel.alphafold;
   2
   3 import java.util.Iterator;
   4 import java.util.List;
   5 import java.util.Map;
   6
   7 import jalview.datamodel.ContactListI;
   8 import jalview.datamodel.ContactListImpl;
   9 import jalview.datamodel.ContactListProviderI;
  10 import jalview.datamodel.ContactMatrixI;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12
  13 public class PAEContactMatrix implements ContactMatrixI
  14 {
  15
  16   SequenceI refSeq = null;
  17
  18   int maxrow = 0, maxcol = 0;
  19
  20   int[] indices1, indices2;
  21
  22   float[][] elements;
  23
  24   float maxscore;
  25
  26   @SuppressWarnings("unchecked")
  27   public PAEContactMatrix(SequenceI _refSeq, Map<String, Object> pae_obj)
  28           throws Exception
  29   {
  30     refSeq = _refSeq;
  31     while (refSeq.getDatasetSequence() != null)
  32     {
  33       refSeq = refSeq.getDatasetSequence();
  34     }
  35     // convert the lists to primitive arrays and store
  36     int length = _refSeq.getEnd() - _refSeq.getStart() + 1;
  37
  38     // assume indices are with respect to range defined by _refSeq on the
  39     // dataset refSeq
  40     Iterator<Long> rows = ((List<Long>) pae_obj.get("residue1")).iterator();
  41     Iterator<Long> cols = ((List<Long>) pae_obj.get("residue2")).iterator();
  42     Iterator<Double> scores = ((List<Double>) pae_obj.get("distance"))
  43             .iterator();
  44
  45     elements = new float[length][length];
  46     while (scores.hasNext())
  47     {
  48       float escore = scores.next().floatValue();
  49       int row = rows.next().intValue();
  50       int col = cols.next().intValue();
  51       if (maxrow < row)
  52       {
  53         maxrow = row;
  54       }
  55       if (maxcol < col)
  56       {
  57         maxcol = col;
  58       }
  59       elements[row - 1][col - 1] = escore;
  60     }
  61
  62     maxscore = ((Double) pae_obj.get("max_predicted_aligned_error"))
  63             .floatValue();
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public ContactListI getContactList(final int _column)
  68   {
  69     if (_column < 0 || _column >= elements.length)
  70     {
  71       return null;
  72     }
  73
  74     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  75     {
  76       @Override
  77       public int getContactHeight()
  78       {
  79         return maxcol - 1;
  80       }
  81
  82       @Override
  83       public double getContactAt(int column)
  84       {
  85         if (column < 0 || column >= elements[_column].length)
  86         {
  87           return -1;
  88         }
  89         // TODO Auto-generated method stub
  90         return elements[_column][column];
  91       }
  92     });
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public float getMin()
  97   {
  98     return 0;
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public float getMax()
 103   {
 104     return maxscore;
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public boolean hasReferenceSeq()
 109   {
 110     return (refSeq != null);
 111   }
 112
 113   @Override
 114   public SequenceI getReferenceSeq()
 115   {
 116     return refSeq;
 117   }
 118
 119 }