src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.ws.dbsources;\r
  19 \r
  20 import java.io.BufferedReader;\r
  21 import java.io.File;\r
  22 import java.io.FileReader;\r
  23 \r
  24 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  27 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  28 \r
  29 public abstract class EbiFileRetrievedProxy extends DbSourceProxyImpl\r
  30 {\r
  31 \r
  32   /**\r
  33    * temp path to retrieved file\r
  34    */\r
  35   protected String file = null;\r
  36 \r
  37   public StringBuffer getRawRecords()\r
  38   {\r
  39     if (file == null)\r
  40       return null;\r
  41     StringBuffer bf = null;\r
  42     try\r
  43     {\r
  44       File f = new File(file);\r
  45       if (f.exists())\r
  46       {\r
  47         bf = new StringBuffer();\r
  48         BufferedReader breader = new BufferedReader(new FileReader(f));\r
  49         String line = null;\r
  50         while (breader.ready() && (line = breader.readLine()) != null)\r
  51         {\r
  52           bf.append(line);\r
  53         }\r
  54         breader.close();\r
  55       }\r
  56     } catch (Exception e)\r
  57     {\r
  58       System.err.println("Warning: problems reading temp file " + file);\r
  59       return null;\r
  60     }\r
  61     return bf;\r
  62   }\r
  63 \r
  64 }\r