src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  18  */
  19 package jalview.ws.dbsources;
  20
  21 import com.stevesoft.pat.Regex;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  26
  27 public class EmblCdsSouce extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  28 {
  29
  30   public EmblCdsSouce()
  31   {
  32     super();
  33     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  34   }
  35
  36   public String getAccessionSeparator()
  37   {
  38     return null;
  39   }
  40
  41   public Regex getAccessionValidator()
  42   {
  43     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  44   }
  45
  46   public String getDbSource()
  47   {
  48     return DBRefSource.EMBLCDS;
  49   }
  50
  51   public String getDbVersion()
  52   {
  53     return "0"; // TODO : this is dynamically set for a returned record - not
  54     // tied to proxy
  55   }
  56
  57   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  58   {
  59     if (queries.indexOf(".") > -1)
  60     {
  61       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));
  62     }
  63     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);
  64   }
  65
  66   public boolean isValidReference(String accession)
  67   {
  68     // most embl CDS refs look like ..
  69     // TODO: improve EMBLCDS regex
  70     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
  71             : getAccessionValidator().search(accession);
  72   }
  73
  74   /**
  75    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence
  76    */
  77   public String getTestQuery()
  78   {
  79     return "CAA37824";
  80   }
  81
  82   public String getDbName()
  83   {
  84     return "EMBL (CDS)";
  85   }
  86
  87   @Override
  88   public int getTier()
  89   {
  90     return 0;
  91   }
  92
  93 }