src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import com.stevesoft.pat.Regex;
  21
  22 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  23 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  24 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  25
  26 public class EmblCdsSouce extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  27 {
  28
  29   public EmblCdsSouce()
  30   {
  31     super();
  32     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  33   }
  34
  35   public String getAccessionSeparator()
  36   {
  37     return null;
  38   }
  39
  40   public Regex getAccessionValidator()
  41   {
  42     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  43   }
  44
  45   public String getDbSource()
  46   {
  47     return DBRefSource.EMBLCDS;
  48   }
  49
  50   public String getDbVersion()
  51   {
  52     return "0"; // TODO : this is dynamically set for a returned record - not
  53     // tied to proxy
  54   }
  55
  56   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  57   {
  58     if (queries.indexOf(".") > -1)
  59     {
  60       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));
  61     }
  62     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);
  63   }
  64
  65   public boolean isValidReference(String accession)
  66   {
  67     // most embl CDS refs look like ..
  68     // TODO: improve EMBLCDS regex
  69     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
  70             : getAccessionValidator().search(accession);
  71   }
  72
  73   /**
  74    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence
  75    */
  76   public String getTestQuery()
  77   {
  78     return "CAA37824";
  79   }
  80
  81   public String getDbName()
  82   {
  83     return "EMBL (CDS)";
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public int getTier()
  88   {
  89     return 0;
  90   }
  91
  92 }