src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.ws.dbsources;\r
  19 \r
  20 import java.util.Hashtable;\r
  21 \r
  22 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  25 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  26 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  27 \r
  28 public class EmblCdsSouce extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
  29 {\r
  30 \r
  31   public EmblCdsSouce()\r
  32   {\r
  33     super();\r
  34     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public String getAccessionSeparator()\r
  38   {\r
  39     return null;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public Regex getAccessionValidator()\r
  43   {\r
  44     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public String getDbSource()\r
  48   {\r
  49     return DBRefSource.EMBLCDS;\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public String getDbVersion()\r
  53   {\r
  54     return "0"; // TODO : this is dynamically set for a returned record - not\r
  55     // tied to proxy\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  59   {\r
  60     if (queries.indexOf(".") > -1)\r
  61     {\r
  62       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));\r
  63     }\r
  64     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public boolean isValidReference(String accession)\r
  68   {\r
  69     // most embl CDS refs look like ..\r
  70     // TODO: improve EMBLCDS regex\r
  71     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false\r
  72             : getAccessionValidator().search(accession);\r
  73   }\r
  74 \r
  75   /**\r
  76    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence\r
  77    */\r
  78   public String getTestQuery()\r
  79   {\r
  80     return "CAA37824";\r
  81   }\r
  82 \r
  83   public String getDbName()\r
  84   {\r
  85     return "EMBL (CDS)";\r
  86   }\r
  87 \r
  88 }\r