src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

   1 package jalview.ws.dbsources;\r
   2 \r
   3 import java.util.Hashtable;\r
   4 \r
   5 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
   6 \r
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
   8 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
   9 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  10 \r
  11 public class EmblCdsSouce extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
  12 {\r
  13 \r
  14   public EmblCdsSouce() {\r
  15     super();\r
  16     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB); \r
  17   }\r
  18   \r
  19   public String getAccessionSeparator()\r
  20   {\r
  21    return null;\r
  22   }\r
  23 \r
  24   public Regex getAccessionValidator()\r
  25   {\r
  26     // TODO Auto-generated method stub\r
  27     return null;\r
  28   }\r
  29 \r
  30   public String getDbSource()\r
  31   {\r
  32     return DBRefSource.EMBLCDS;\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public String getDbVersion()\r
  36   {\r
  37     return "0"; // TODO : this is dynamically set for a returned record - not tied to proxy\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  41   { \r
  42     if (queries.indexOf(".")>-1)\r
  43     {\r
  44       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));\r
  45     }\r
  46     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public boolean isValidReference(String accession)\r
  50   {\r
  51     // TODO Auto-generated method stub\r
  52     return true;\r
  53   }\r
  54   /**\r
  55    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence\r
  56    */\r
  57   public String getTestQuery()\r
  58   {\r
  59     return "CAA37824";\r
  60   }\r
  61 \r
  62 }\r