src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25
  26 import com.stevesoft.pat.Regex;
  27
  28 public class EmblCdsSource extends EmblXmlSource
  29 {
  30
  31   public EmblCdsSource()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public String getAccessionSeparator()
  38   {
  39     return null;
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public Regex getAccessionValidator()
  44   {
  45     return new Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public String getDbSource()
  50   {
  51     return DBRefSource.EMBLCDS;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public String getDbVersion()
  56   {
  57     return "0"; // TODO : this is dynamically set for a returned record - not
  58     // tied to proxy
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  63   {
  64     if (queries.indexOf(".") > -1)
  65     {
  66       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));
  67     }
  68     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public boolean isValidReference(String accession)
  73   {
  74     // most embl CDS refs look like ..
  75     // TODO: improve EMBLCDS regex
  76     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
  77             : getAccessionValidator().search(accession);
  78   }
  79
  80   /**
  81    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence
  82    */
  83   @Override
  84   public String getTestQuery()
  85   {
  86     return "CAA37824";
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public String getDbName()
  91   {
  92     return "EMBL (CDS)";
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public int getTier()
  97   {
  98     return 0;
  99   }
 100
 101 }