src/jalview/ws/dbsources/EmblFlatfileSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources;
   2
   3 import java.util.Locale;
   4
   5 import java.io.File;
   6 import java.io.IOException;
   7
   8 import com.stevesoft.pat.Regex;
   9
  10 import jalview.bin.Cache;
  11 import jalview.datamodel.Alignment;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14 import jalview.io.DataSourceType;
  15 import jalview.io.EmblFlatFile;
  16 import jalview.io.FileParse;
  17 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  18
  19 /**
  20  * A class that does partial parsing of an EMBL flatfile.
  21  *
  22  * @author gmcarstairs
  23  *
  24  */
  25 public abstract class EmblFlatfileSource extends EbiFileRetrievedProxy
  26 {
  27   private static final Regex ACCESSION_REGEX = null;
  28
  29   @Override
  30   public String getDbVersion()
  31   {
  32     return "0";
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public String getAccessionSeparator()
  37   {
  38     return null;
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public Regex getAccessionValidator()
  43   {
  44     if (ACCESSION_REGEX == null)
  45     {
  46       ACCESSION_REGEX = Platform.newRegex("^[A-Z]+[0-9]+");
  47     }
  48     return ACCESSION_REGEX;
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public boolean isValidReference(String accession)
  53   {
  54     if (accession == null || accession.length() < 2)
  55     {
  56       return false;
  57     }
  58     return getAccessionValidator().search(accession);
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  63   {
  64     return null;
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public int getTier()
  69   {
  70     return 0;
  71   }
  72
  73   protected AlignmentI getEmblSequenceRecords(String dbName, String query)
  74           throws Exception
  75   {
  76     startQuery();
  77     EBIFetchClient dbFetch = new EBIFetchClient();
  78     File reply;
  79     try
  80     {
  81       reply = dbFetch.fetchDataAsFile(
  82               dbName.toLowerCase(Locale.ROOT) + ":" + query.trim(), null, "gz");
  83     } catch (Exception e)
  84     {
  85       stopQuery();
  86       throw new Exception(
  87               String.format("EBI EMBL retrieval failed for %s:%s",
  88                       dbName.toLowerCase(Locale.ROOT), query.trim()),
  89               e);
  90     }
  91     return getEmblSequenceRecords(dbName, query, reply);
  92   }
  93
  94   private AlignmentI getEmblSequenceRecords(String dbName, String query,
  95           File reply) throws IOException
  96   {
  97     AlignmentI al = null;
  98
  99     if (reply != null && reply.exists())
 100     {
 101       file = reply.getAbsolutePath();
 102       FileParse fp = new FileParse(file, DataSourceType.FILE);
 103       EmblFlatFile emblParser = new EmblFlatFile(fp, getDbSource());
 104       SequenceI[] seqs = emblParser.getSeqsAsArray();
 105       if (seqs.length > 0)
 106       {
 107         al = new Alignment(seqs);
 108       }
 109
 110       if (al == null)
 111       {
 112         Cache.log.error(
 113                 "No record found for '" + dbName + ":" + query + "'");
 114       }
 115     }
 116
 117     stopQuery();
 118     return al;
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public boolean isDnaCoding()
 123   {
 124     return true;
 125   }
 126 }