src/jalview/ws/dbsources/EmblFlatfileSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources;
   2
   3 import java.util.Locale;
   4
   5 import java.io.File;
   6 import java.io.IOException;
   7
   8 import com.stevesoft.pat.Regex;
   9
  10 import jalview.bin.Console;
  11 import jalview.datamodel.Alignment;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14 import jalview.io.DataSourceType;
  15 import jalview.io.EmblFlatFile;
  16 import jalview.io.FileParse;
  17 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  18
  19 /**
  20  * A class that does partial parsing of an EMBL flatfile.
  21  *
  22  * @author gmcarstairs
  23  *
  24  */
  25 public abstract class EmblFlatfileSource extends EbiFileRetrievedProxy
  26 {
  27   private static final Regex ACCESSION_REGEX = new Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  28
  29   @Override
  30   public String getDbVersion()
  31   {
  32     return "0";
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public String getAccessionSeparator()
  37   {
  38     return null;
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public Regex getAccessionValidator()
  43   {
  44     return ACCESSION_REGEX;
  45   }
  46
  47   @Override
  48   public boolean isValidReference(String accession)
  49   {
  50     if (accession == null || accession.length() < 2)
  51     {
  52       return false;
  53     }
  54     return getAccessionValidator().search(accession);
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  59   {
  60     return null;
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public int getTier()
  65   {
  66     return 0;
  67   }
  68
  69   protected AlignmentI getEmblSequenceRecords(String dbName, String query)
  70           throws Exception
  71   {
  72     startQuery();
  73     EBIFetchClient dbFetch = new EBIFetchClient();
  74     File reply;
  75     try
  76     {
  77       reply = dbFetch.fetchDataAsFile(
  78               dbName.toLowerCase(Locale.ROOT) + ":" + query.trim(), null,
  79               "gz");
  80     } catch (Exception e)
  81     {
  82       stopQuery();
  83       throw new Exception(
  84               String.format("EBI EMBL retrieval failed for %s:%s",
  85                       dbName.toLowerCase(Locale.ROOT), query.trim()),
  86               e);
  87     }
  88     return getEmblSequenceRecords(dbName, query, reply);
  89   }
  90
  91   private AlignmentI getEmblSequenceRecords(String dbName, String query,
  92           File reply) throws IOException
  93   {
  94     AlignmentI al = null;
  95
  96     if (reply != null && reply.exists())
  97     {
  98       file = reply.getAbsolutePath();
  99       FileParse fp = new FileParse(file, DataSourceType.FILE);
 100       EmblFlatFile emblParser = new EmblFlatFile(fp, getDbSource());
 101       SequenceI[] seqs = emblParser.getSeqsAsArray();
 102       if (seqs.length > 0)
 103       {
 104         al = new Alignment(seqs);
 105       }
 106
 107       if (al == null)
 108       {
 109         Console.error("No record found for '" + dbName + ":" + query + "'");
 110       }
 111     }
 112
 113     stopQuery();
 114     return al;
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public boolean isDnaCoding()
 119   {
 120     return true;
 121   }
 122 }