src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25 import jalview.util.Platform;
  26
  27 import com.stevesoft.pat.Regex;
  28
  29 /**
  30  * @author JimP
  31  *
  32  */
  33 public class EmblSource extends EmblXmlSource
  34 {
  35
  36   private static Regex ACCESSION_REGEX;
  37
  38   public EmblSource()
  39   {
  40     super();
  41   }
  42
  43   /*
  44    * (non-Javadoc)
  45    *
  46    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  47    */
  48   @Override
  49   public String getAccessionSeparator()
  50   {
  51     // TODO Auto-generated method stub
  52     return null;
  53   }
  54
  55   /*
  56    * (non-Javadoc)
  57    *
  58    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  59    */
  60   @Override
  61   public Regex getAccessionValidator()
  62   {
  63     if (ACCESSION_REGEX == null)
  64     {
  65       ACCESSION_REGEX = Platform.newRegex("^[A-Z]+[0-9]+");
  66     }
  67     return ACCESSION_REGEX;
  68   }
  69
  70   /*
  71    * (non-Javadoc)
  72    *
  73    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  74    */
  75   @Override
  76   public String getDbSource()
  77   {
  78     return DBRefSource.EMBL;
  79   }
  80
  81   /*
  82    * (non-Javadoc)
  83    *
  84    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  85    */
  86   @Override
  87   public String getDbVersion()
  88   {
  89     // TODO Auto-generated method stub
  90     return "0";
  91   }
  92
  93   /*
  94    * (non-Javadoc)
  95    *
  96    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  97    */
  98   @Override
  99   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
 100   {
 101     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);
 102   }
 103
 104   /*
 105    * (non-Javadoc)
 106    *
 107    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 108    */
 109   @Override
 110   public boolean isValidReference(String accession)
 111   {
 112     // most embl refs look like ..
 113
 114     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
 115             : getAccessionValidator().search(accession);
 116
 117   }
 118
 119   /**
 120    * return LHD_CHICK coding gene
 121    */
 122   @Override
 123   public String getTestQuery()
 124   {
 125     return "X53828";
 126   }
 127
 128   @Override
 129   public String getDbName()
 130   {
 131     return "EMBL"; // getDbSource();
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public int getTier()
 136   {
 137     return 0;
 138   }
 139 }