src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  18  */
  19 package jalview.ws.dbsources;
  20
  21 import com.stevesoft.pat.Regex;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  26
  27 /**
  28  * @author JimP
  29  *
  30  */
  31 public class EmblSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  32 {
  33
  34   public EmblSource()
  35   {
  36     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);
  37     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  38   }
  39
  40   /*
  41    * (non-Javadoc)
  42    *
  43    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  44    */
  45   public String getAccessionSeparator()
  46   {
  47     // TODO Auto-generated method stub
  48     return null;
  49   }
  50
  51   /*
  52    * (non-Javadoc)
  53    *
  54    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  55    */
  56   public Regex getAccessionValidator()
  57   {
  58     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  59   }
  60
  61   /*
  62    * (non-Javadoc)
  63    *
  64    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  65    */
  66   public String getDbSource()
  67   {
  68     return DBRefSource.EMBL;
  69   }
  70
  71   /*
  72    * (non-Javadoc)
  73    *
  74    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  75    */
  76   public String getDbVersion()
  77   {
  78     // TODO Auto-generated method stub
  79     return "0";
  80   }
  81
  82   /*
  83    * (non-Javadoc)
  84    *
  85    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  86    */
  87   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  88   {
  89     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);
  90   }
  91
  92   /*
  93    * (non-Javadoc)
  94    *
  95    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
  96    */
  97   public boolean isValidReference(String accession)
  98   {
  99     // most embl refs look like ..
 100
 101     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
 102             : getAccessionValidator().search(accession);
 103
 104   }
 105
 106   /**
 107    * return LHD_CHICK coding gene
 108    */
 109   public String getTestQuery()
 110   {
 111     return "X53828";
 112   }
 113
 114   public String getDbName()
 115   {
 116     return "EMBL"; // getDbSource();
 117   }
 118
 119   @Override
 120   public int getTier()
 121   {
 122     return 0;
 123   }
 124 }