src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.ws.dbsources;\r
  19 \r
  20 import java.io.File;\r
  21 import java.util.Hashtable;\r
  22 import java.util.Iterator;\r
  23 import java.util.StringTokenizer;\r
  24 \r
  25 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  31 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;\r
  32 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;\r
  33 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  34 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * @author JimP\r
  38  * \r
  39  */\r
  40 public class EmblSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
  41 {\r
  42 \r
  43   public EmblSource()\r
  44   {\r
  45     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);\r
  46     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
  47   }\r
  48 \r
  49   /*\r
  50    * (non-Javadoc)\r
  51    * \r
  52    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()\r
  53    */\r
  54   public String getAccessionSeparator()\r
  55   {\r
  56     // TODO Auto-generated method stub\r
  57     return null;\r
  58   }\r
  59 \r
  60   /*\r
  61    * (non-Javadoc)\r
  62    * \r
  63    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()\r
  64    */\r
  65   public Regex getAccessionValidator()\r
  66   {\r
  67     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");\r
  68   }\r
  69 \r
  70   /*\r
  71    * (non-Javadoc)\r
  72    * \r
  73    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()\r
  74    */\r
  75   public String getDbSource()\r
  76   {\r
  77     return DBRefSource.EMBL;\r
  78   }\r
  79 \r
  80   /*\r
  81    * (non-Javadoc)\r
  82    * \r
  83    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()\r
  84    */\r
  85   public String getDbVersion()\r
  86   {\r
  87     // TODO Auto-generated method stub\r
  88     return "0";\r
  89   }\r
  90 \r
  91   /*\r
  92    * (non-Javadoc)\r
  93    * \r
  94    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])\r
  95    */\r
  96   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  97   {\r
  98     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);\r
  99   }\r
 100 \r
 101   /*\r
 102    * (non-Javadoc)\r
 103    * \r
 104    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)\r
 105    */\r
 106   public boolean isValidReference(String accession)\r
 107   {\r
 108     // most embl refs look like ..\r
 109 \r
 110     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false\r
 111             : getAccessionValidator().search(accession);\r
 112 \r
 113   }\r
 114 \r
 115   /**\r
 116    * return LHD_CHICK coding gene\r
 117    */\r
 118   public String getTestQuery()\r
 119   {\r
 120     return "X53828";\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public String getDbName()\r
 124   {\r
 125     return "EMBL"; // getDbSource();\r
 126   }\r
 127 }\r