src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25
  26 import com.stevesoft.pat.Regex;
  27
  28 /**
  29  * @author JimP
  30  *
  31  */
  32 public class EmblSource extends EmblXmlSource
  33 {
  34
  35   public EmblSource()
  36   {
  37     super();
  38   }
  39
  40   /*
  41    * (non-Javadoc)
  42    *
  43    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  44    */
  45   @Override
  46   public String getAccessionSeparator()
  47   {
  48     // TODO Auto-generated method stub
  49     return null;
  50   }
  51
  52   /*
  53    * (non-Javadoc)
  54    *
  55    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  56    */
  57   @Override
  58   public Regex getAccessionValidator()
  59   {
  60     return new Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  61   }
  62
  63   /*
  64    * (non-Javadoc)
  65    *
  66    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  67    */
  68   @Override
  69   public String getDbSource()
  70   {
  71     return DBRefSource.EMBL;
  72   }
  73
  74   /*
  75    * (non-Javadoc)
  76    *
  77    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  78    */
  79   @Override
  80   public String getDbVersion()
  81   {
  82     // TODO Auto-generated method stub
  83     return "0";
  84   }
  85
  86   /*
  87    * (non-Javadoc)
  88    *
  89    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  90    */
  91   @Override
  92   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  93   {
  94     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);
  95   }
  96
  97   /*
  98    * (non-Javadoc)
  99    *
 100    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 101    */
 102   @Override
 103   public boolean isValidReference(String accession)
 104   {
 105     // most embl refs look like ..
 106
 107     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
 108             : getAccessionValidator().search(accession);
 109
 110   }
 111
 112   /**
 113    * return LHD_CHICK coding gene
 114    */
 115   @Override
 116   public String getTestQuery()
 117   {
 118     return "X53828";
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public String getDbName()
 123   {
 124     return "EMBL"; // getDbSource();
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public int getTier()
 129   {
 130     return 0;
 131   }
 132 }